View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16232_high_3 (Length: 553)

Name: NF16232_high_3
Description: NF16232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16232_high_3
NF16232_high_3
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (1-536)||(13161571-13162106)
chr1 (1-536)||(13094449-13094984)
chr1 (1-536)||(13129878-13130413)
chr1 (136-536)||(13007250-13007650)
chr1 (92-536)||(13101050-13101494)
chr1 (135-536)||(13069917-13070318)
chr1 (192-536)||(13204509-13204853)
chr1 (133-536)||(30367847-30368250)
chr1 (92-423)||(19727316-19727647)
chr1 (178-536)||(13244302-13244663)
chr1 (178-536)||(13271636-13271997)
chr1 (322-536)||(12963803-12964017)
chr1 (322-536)||(13065141-13065355)
chr1 (181-536)||(19278952-19279310)
chr1 (322-536)||(13080793-13081007)
chr1 (178-536)||(13086157-13086518)
chr1 (91-273)||(13214132-13214314)
chr1 (178-277)||(12963692-12963791)
chr1 (133-278)||(13064952-13065097)
chr1 (173-278)||(13080641-13080746)
chr1 (1-30)||(13010797-13010826)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (343-397)||(36668314-36668368)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (178-275)||(31396459-31396557)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (343-397)||(12164462-12164516)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13162106 - 13161571
Alignment:
Q  1 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaatgaagaaatggaccaatgtattttaggcatggtaaaagccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13162106 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaacgaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccc 13162007  T
Q  101 taaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagc 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  13162006 taaagaaagaaggatatggaaagggggaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcactcactatggtgtttgccggaaatggttcaattagttcagc 13161907  T
Q  201 tctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcgg 300  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161906 tctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcgg 13161807  T
Q  301 attattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13161806 attattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatct 13161707  T
Q  401 gtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161706 gtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatg 13161607  T
Q  501 gggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13161606 gggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 13161571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13094984 - 13094449
Alignment:
Q  1 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaatgaagaaatggaccaatgtattttaggcatggtaaaagccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13094984 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagtaagtgcagctatgaagaaatgtaccaatgttttttaggcatggtaaaagccc 13094885  T
Q  101 taaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagc 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13094884 taaagaatgaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcatttactatgatatttgccggaaatggtacaattagttcagc 13094785  T
Q  201 tctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcgg 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  13094784 tctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataattggttaacacgagaggattatcgg 13094685  T
Q  301 attattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatct 400  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13094684 attactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatct 13094585  T
Q  401 gtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatg 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| | | | ||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13094584 gtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatg 13094485  T
Q  501 gggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13094484 gggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 13094449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13130413 - 13129878
Alignment:
Q  1 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccttggtgaagagcaaagcaaatgcagcaatgaagaaatggaccaatgtattttaggcatggtaaaagccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13130413 cgattcttgtatgaaagtataacattttcccatggtgaagagcaaagcaagtgcagcgatgaagaaatggaccaatgttttttaggcatggtaaaagccc 13130314  T
Q  101 taaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagc 200  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  13130313 taaagaatgaaggatatggaaagggtgaaatcagtgagaagtatcttagagatactgcatttactatgttttttgccggaaatggttcaattagttcagc 13130214  T
Q  201 tctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcgg 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  13130213 tctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagagggtaatcgg 13130114  T
Q  301 attattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatct 400  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13130113 attactttgaggcatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatct 13130014  T
Q  401 gtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatg 500  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||| | | | || |||||||||||| ||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  13130013 gttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatg 13129914  T
Q  501 gggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13129913 gggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 13129878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 136 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13007650 - 13007250
Alignment:
Q  136 gagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatc 235  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || ||| |  | || || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  13007650 gagaagtatcttagagacaatgtcctcactctctttttagcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatc 13007551  T
Q  236 ctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagt 335  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||| |||| || |  |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  13007550 ctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagt 13007451  T
Q  336 atacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagag 435  Q
     ||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13007450 gtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagag 13007351  T
Q  436 cgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagat 535  Q
    ||| || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13007350 cgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagat 13007251  T
Q  536 g 536  Q
    |    
T  13007250 g 13007250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 92 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13101494 - 13101050
Alignment:
Q  92 taaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaat 191  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| || | | ||| |  | || || ||||||||  || |    
T  13101494 taaaagcactaacgaaggaaggatctggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagt 13101395  T
Q  192 tagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 291  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||    
T  13101394 tagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 13101295  T
Q  292 gataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 391  Q
    || |||| ||||  || ||| |||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  13101294 gagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttg 13101195  T
Q  392 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatgga 491  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  13101194 agcatatatgttcaatcaaatccgatatacttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatgga 13101095  T
Q  492 acaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13101094 acaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 13101050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 135 - 536
Target Start/End: Original strand, 13069917 - 13070318
Alignment:
Q  135 tgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttat 234  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  || |  | || || |||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  13069917 tgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcat 13070016  T
Q  235 cctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctag 334  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| ||||  ||||||||||| |||| || |  || ||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  13070017 cctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataactggcccacacaagaggagaatcagactccttggagagatgtggatcttgataatctag 13070116  T
Q  335 tatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggaga 434  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13070117 tgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggaga 13070216  T
Q  435 gcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagaga 534  Q
    |||| || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13070217 gcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagaga 13070316  T
Q  535 tg 536  Q
    ||    
T  13070317 tg 13070318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 192 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13204853 - 13204509
Alignment:
Q  192 tagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 291  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||    
T  13204853 tagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagag 13204754  T
Q  292 gataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 391  Q
    || |||| ||||  || ||| |||| |  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||    
T  13204753 gagaatcagattccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttg 13204654  T
Q  392 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatgga 491  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  13204653 agcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatgga 13204554  T
Q  492 acaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13204553 acaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 13204509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 133 - 536
Target Start/End: Original strand, 30367847 - 30368250
Alignment:
Q  133 agtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaactt 232  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||  || |  | || || || ||||| ||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  30367847 agtgagaagtatcttagagacaatgcactctctcttttgttagcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactc 30367946  T
Q  233 atcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagct 332  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  || || || | || ||| |||| | ||  | ||  |     |||||||||||    
T  30367947 atcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataacttcaatggtggaaagccttgataagct 30368046  T
Q  333 agtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtgga 432  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| || | ||| | |||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30368047 agtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtgga 30368146  T
Q  433 gagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgaga 532  Q
    |||  | || |||||||||| |  ||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30368147 gagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgaga 30368246  T
Q  533 gatg 536  Q
    ||||    
T  30368247 gatg 30368250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 92 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 19727647 - 19727316
Alignment:
Q  92 taaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaat 191  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |  ||| ||| |  | || || ||||||||  || |    
T  19727647 taaaagcactaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaagtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatggcccagt 19727548  T
Q  192 tagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagag 291  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||| |||||| |||| ||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
T  19727547 tagtacaggtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagag 19727448  T
Q  292 gataatcggattattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttg 391  Q
    || || | || |  |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| || |||| || |||||||||||| |||||||||    
T  19727447 gagaaccagactcctttgagagatgtggatcttgataagctagtgtacctccacggagatctatgttaagccttgagactttatcctcctgtaccttttg 19727348  T
Q  392 agcatatctgtgcaatcaaatccgatatacta 423  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  19727347 agcatatatgtgcaatcaaatctcatatacta 19727316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 178 - 536
Target Start/End: Original strand, 13244302 - 13244663
Alignment:
Q  178 ggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 277  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||  || |||||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13244302 ggaaatggaacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataatt 13244401  T
Q  278 ggctaacacaagaggataatcggat---tattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 374  Q
    | |||||||||||||| |||   ||   || ||| |  |  |      |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  13244402 gtctaacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctata 13244501  T
Q  375 tcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtat 474  Q
    ||||||| |  | ||| |||| |  || || |||||||| |||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||  || || || ||| |||||    
T  13244502 tcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtat 13244601  T
Q  475 tctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
     | ||||| |||||| ||||| ||||||| || || ||| |||||||||||||||| |||||    
T  13244602 gcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatg 13244663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 178 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13271997 - 13271636
Alignment:
Q  178 ggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 277  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||  || |||||| |||||||| |||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||    
T  13271997 ggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcatt 13271898  T
Q  278 ggctaacacaagaggataatcggat---tattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 374  Q
    | |||||||||||||| |||  |||   || ||| |  | ||      ||||||||||  | ||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13271897 gtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagacttta 13271798  T
Q  375 tcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtat 474  Q
    |||||||||||| ||||| || |  |||||| | || || |||||||||||||||||| | | | || ||||||| ||||  ||||| |||||| |||||    
T  13271797 tcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtat 13271698  T
Q  475 tctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
     | ||||| || ||||||||  ||||||| |  || ||| |||| |||||||||||||||||    
T  13271697 gcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatg 13271636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 536
Target Start/End: Original strand, 12963803 - 12964017
Alignment:
Q  322 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 421  Q
    ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| || |  |||||||| ||||| ||||||     
T  12963803 cttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatat 12963902  T
Q  422 tacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 521  Q
    ||||||||||||| | | || ||||||||||||  || || || ||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||    
T  12963903 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatt 12964002  T
Q  522 taagcctgagagatg 536  Q
    ||||||||| |||||    
T  12964003 taagcctgaaagatg 12964017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 536
Target Start/End: Original strand, 13065141 - 13065355
Alignment:
Q  322 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 421  Q
    |||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |  | |||||||||| | |||||||    
T  13065141 cttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatac 13065240  T
Q  422 tacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 521  Q
    | ||||||||||  | | |  |||||||||||||  || | |||| | ||||||| ||||| ||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||    
T  13065241 ttcctagtggagtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatt 13065340  T
Q  522 taagcctgagagatg 536  Q
    |||||||||||||||    
T  13065341 taagcctgagagatg 13065355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 181 - 536
Target Start/End: Original strand, 19278952 - 19279310
Alignment:
Q  181 aatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggc 280  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||  || |||||  | |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||      
T  19278952 aatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtt 19279051  T
Q  281 taacacaagaggataatcggattat---tttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcc 377  Q
    ||||| |||||||||||  ||| |    ||| || |     |  |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19279052 taacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatcc 19279151  T
Q  378 tcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattct 477  Q
     ||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||||||||||||||||||| | | || ||| ||||||||  ||||| |||||| ||||| |     
T  19279152 acctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtctaaatacaaagttaatatactctttgtatgca 19279251  T
Q  478 atgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||| | ||||||  ||||||||||||    
T  19279252 atgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatg 19279310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 322 - 536
Target Start/End: Original strand, 13080793 - 13081007
Alignment:
Q  322 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 421  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || | ||| |||| |  ||||| |||||||| |||| ||    
T  13080793 cttgataagctagtttaccttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaac 13080892  T
Q  422 tacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatt 521  Q
    | ||||||||||| | | || ||||||||||||  ||||| || ||| ||||| | ||||| |||||||| ||| ||||||| || || ||| |||| ||    
T  13080893 ttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtt 13080992  T
Q  522 taagcctgagagatg 536  Q
    |||||||||||||||    
T  13080993 taagcctgagagatg 13081007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 178 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 13086518 - 13086157
Alignment:
Q  178 ggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 277  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||  |  |||||| |||||||| ||   || |||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13086518 ggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcatagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataatt 13086419  T
Q  278 ggctaacacaagaggataatcggat---tattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 374  Q
    | ||| |||| |||||||||  | |   || ||| || | ||     ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||    
T  13086418 gtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggcttta 13086319  T
Q  375 tcctcctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtatttgtccaaatacaagtttaatgtactctatgtat 474  Q
    ||||||| |||| ||| |||| |  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||   | ||   |||||||| |  ||||| |||||| |||||    
T  13086318 tcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgttaaaccaaatactaagttaatatactctttgtat 13086219  T
Q  475 tctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatg 536  Q
     | ||||| |||||| ||||| |||||||  | ||  || | ||||||||||| ||||||||    
T  13086218 gcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatg 13086157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 91 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 13214314 - 13214132
Alignment:
Q  91 gtaaaagccctaaagaaagaaggacatggaaagggagaaatcagtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaa 190  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||   |||||||||||||||||||| |||  | ||| |  | || || ||||||||  ||     
T  13214314 gtaaaagcactaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaagtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatggcccag 13214215  T
Q  191 ttagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagat 273  Q
    || |||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||||| || ||||||    
T  13214214 ttcgttcaggtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 277
Target Start/End: Original strand, 12963692 - 12963791
Alignment:
Q  178 ggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 277  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||  || |||||| |||||||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  12963692 ggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagattaaagataatt 12963791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 278
Target Start/End: Original strand, 13064952 - 13065097
Alignment:
Q  133 agtgagaagtatcttagagacactgcacttactatgatatttgccggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaactt 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | | |  | || || ||||| || ||| ||||||||| |||||||||||  || |||||| |||||  |     
T  13064952 agtgagaagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtc 13065051  T
Q  233 atcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattg 278  Q
    ||||| |||||||||  || || ||||||||||| |||||||||||    
T  13065052 atcctgttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattg 13065097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 278
Target Start/End: Original strand, 13080641 - 13080746
Alignment:
Q  173 ttgccggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaaga 272  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||  || || |  ||||| |||||||||||||||||    
T  13080641 ttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagggtagatggtaaaattattcaagagatcaaaga 13080740  T
Q  273 taattg 278  Q
    ||||||    
T  13080741 taattg 13080746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 13010826 - 13010797
Alignment:
Q  1 cgattcttgtatgaaagtataacattttcc 30  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13010826 cgattcttgtatgaaagtataacattttcc 13010797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 343 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668314
Alignment:
Q  343 catggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcata 397  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccaccaataccttttgagcata 36668314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 178 - 275
Target Start/End: Original strand, 31396459 - 31396557
Alignment:
Q  178 ggaaatggaacaattagttcagctctcagttggtatttctggctt-ctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataa 275  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||  ||||| |||||||||||  |||||||    
T  31396459 ggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagattcaagataa 31396557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 343 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 12164516 - 12164462
Alignment:
Q  343 catggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcata 397  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  12164516 catggagctttatgtgaagccttgaggctttatccgccgataccttttgagcata 12164462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University