View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16232_low_8 (Length: 502)

Name: NF16232_low_8
Description: NF16232
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16232_low_8
NF16232_low_8
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (20-483)||(5549709-5550172)
chr8 (20-485)||(5607757-5608222)
chr8 (20-485)||(5627148-5627613)
chr8 (21-484)||(6310189-6310652)
chr8 (20-485)||(14404635-14405100)
chr8 (24-452)||(32633215-32633646)
chr8 (21-434)||(5571341-5571754)
chr8 (21-493)||(13164791-13165263)
chr8 (21-430)||(12188342-12188751)
chr8 (21-430)||(12432770-12433179)
chr8 (21-430)||(12177021-12177430)
chr8 (21-430)||(12421449-12421858)
chr8 (36-190)||(9394202-9394356)
chr8 (83-143)||(5649854-5649914)
chr8 (83-149)||(5603257-5603323)
chr8 (83-149)||(5632047-5632113)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (20-485)||(13753-14218)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-372)||(19492741-19493093)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 5550172 - 5549709
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5550172 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 5550073  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5550072 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 5549973  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5549972 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 5549873  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5549872 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaactccaatgatttgaacttctgttgaatcaaattttattaaagattgaatgctccgatagttttca 5549773  T
Q  420 tcaggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctc 483  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5549772 tcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttaatacagctc 5549709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 485
Target Start/End: Original strand, 5607757 - 5608222
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5607757 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 5607856  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5607857 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttacaaagaagtttgttgc 5607956  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5607957 atgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 5608056  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttca 419  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  5608057 aagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagattgaacgctccaatagttttca 5608156  T
Q  420 tcaggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 485  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5608157 tcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 5608222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 5627613 - 5627148
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5627613 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 5627514  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5627513 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttacaaagaagtttgttgc 5627414  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5627413 atgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 5627314  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttca 419  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  5627313 aagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagattgaacgctccaatagttttca 5627214  T
Q  420 tcaggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 485  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5627213 tcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 5627148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 21 - 484
Target Start/End: Original strand, 6310189 - 6310652
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6310189 gtcacaatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctattacaatgaaag 6310288  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
    ||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||    
T  6310289 atttcatgcgtttgagtcttctcatgatcattgatggtattaatttggaagtatcaatatcaagatcttccctgagtaacttggaaagaagtttgttgca 6310388  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    |||||||||||| ||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  6310389 tgtgtaattgatcccatgtctctttgatacttctgttaccttttctaagaagcaactgccttcatatttaaaagagaccctttgaaacatagcagcagca 6310488  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6310489 agggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttagatcagattttattaaagattgaatgctccaatagttttcat 6310588  T
Q  421 caggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctct 484  Q
    || ||||||||||| | | ||||||| ||||    |||||||||||||||| || |||||||||    
T  6310589 caagtatgaaattacatggaagatcatttgtatactgttgatttaattttcctaatacagctct 6310652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 14405100 - 14404635
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14405100 agtcacgatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgaagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 14405001  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14405000 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagtaacttggaaagaagtttgttgc 14404901  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    | | ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  ||  ||    
T  14404900 acgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaacctttgaaacagaatagaagc 14404801  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttca 419  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  14404800 aagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaaattttattaatgattgaatgctccaatagttttca 14404701  T
Q  420 tcaggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 485  Q
    ||| |||| |||||| | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||||    
T  14404700 tcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctg 14404635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 24 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 32633646 - 32633215
Alignment:
Q  24 acaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatt 123  Q
    ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32633646 acaatgactatgctaccatctcctagccaaccattcccgactccaatcaagttttgcagaagttccaaagtatgaacatcatctagtacaatgaaagatt 32633547  T
Q  124 tcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgcatgt 223  Q
    |||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32633546 tcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaacttagaaagaagtttgttgcatat 32633447  T
Q  224 gtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggcaagg 323  Q
    | ||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  32633446 gaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagaccctttgaaacaaagcagcagcaagg 32633347  T
Q  324 gttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    |||||||||||| | |||| | | |||||||||||    
T  32633346 gttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaattttttttattaaagactgaatggtgcgatagttttcat 32633247  T
Q  421 caggtatgaaattagaagtaagatcaattgtg 452  Q
    |  ||||||||||| | ||||| ||| |||||    
T  32633246 cgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtg 32633215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 5571754 - 5571341
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||| |||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  5571754 gtcacaatgactatgctaccaggtccaagccaaccacctctcactccaatcaagtcttgcagaagttcagagttatgtacatcatctaatacaatgaaag 5571655  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
    |||||||   | ||||||||||  ||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5571654 atttcatatgtctgagtcttctcttgatcatggctgggattactttgggagtgtcaatacgaagatcttcccctagtaacttggaaagaagtttgttgca 5571555  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
     ||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  5571554 cgtgtaattgattccatgcttttttgaaacttctgtcaccctttctaagaagcaattgccttcatatttgaaagagaacctttgaaacatagcagcagca 5571455  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    || |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||||    
T  5571454 agagttgtcttaccagtgcctcccattccccaaagtccaatgatttgaactgttgttgaatcaaattttattaaagatcgaacggcccaatagttttcat 5571355  T
Q  421 caggtatgaaatta 434  Q
    || |||| ||||||    
T  5571354 caagtatcaaatta 5571341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 13165263 - 13164791
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13165263 gtcacaatgactgtgctaccagctcctaaccaaccatgtcccactccaatcaagttttgtagaagttccgaggtatgtacgtcatctagtacaatgaaag 13165164  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||  ||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13165163 atttcatgcgtttgagtcttctcctgatcatggatggtattactttgagagtggtaatatcaaggtcttcccctagtaacttggaaagaagtttgttgca 13165064  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    ||||| |||||||||| |  ||| ||||  |||||| || ||||| |||||||||  ||| ||||| |   ||||||| ||||||||||| ||||  |||    
T  13165063 tgtgtcattgattccatgcttttctgattgttctgtcacattttctaagaagcaatggccttcatagtgagaagagactctttgaaacatggcagcagca 13164964  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  13164963 agggttgtcttgcctgtgccccccattccccaaactccaatgatttgaacttctgatgaatcaatttttattaaagatttaatgctccagtaattttcat 13164864  T
Q  421 caggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctgatgatgtc 493  Q
    |  |||||||| || | ||||| ||||||| |    | ||||||||||||| || |||| ||||||| |||||    
T  13164863 cgagtatgaaactatatgtaagttcaattgcgtaccggtgatttaattttcctaatacaactctgataatgtc 13164791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 430
Target Start/End: Original strand, 12188342 - 12188751
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||| || ||| |||| ||| |||||||||| || |  ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  12188342 gtcacaatgactctgctaccagctccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaattatttagaagttctaaaatacgaacatcatctagtacaatgaaag 12188441  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
     |||||||| |||||||||| |  | | ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  12188442 ctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtagcttagaaagaagtctgttgta 12188541  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    ||||||| |||  ||| | || |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| || |||| ||| | ||||| || ||||  |||    
T  12188542 tgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagataccttctgaaatatggcagcagca 12188641  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||  ||  ||||||| ||||||||  |||||  || |||| ||||||  |||||| |||||    
T  12188642 agggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgagtcatcttttaaaaatgattcaatgcttgaatagtcttcat 12188741  T
Q  421 caggtatgaa 430  Q
    | ||||||||    
T  12188742 ctggtatgaa 12188751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 430
Target Start/End: Original strand, 12432770 - 12433179
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||| || ||| |||| ||| |||||||||| || |  ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  12432770 gtcacaatgactctgctaccagctccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaattatttagaagttctaaaatacgaacatcatctagtacaatgaaag 12432869  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
     |||||||| |||||||||| |  | | ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  12432870 ctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtagcttagaaagaagtctgttgta 12432969  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    ||||||| |||  ||| | || |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||| || |||| ||| | ||||| || ||||  |||    
T  12432970 tgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagataccttctgaaatatggcagcagca 12433069  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||  ||  ||||||| ||||||||  |||||  || |||| ||||||  |||||| |||||    
T  12433070 agggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgagtcatcttttaaaaatgattcaatgcttgaatagtcttcat 12433169  T
Q  421 caggtatgaa 430  Q
    | ||||||||    
T  12433170 ctggtatgaa 12433179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 430
Target Start/End: Original strand, 12177021 - 12177430
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||| | ||||||  ||| || ||| |||| ||| |||||||||| || |  ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  12177021 gtcacaatgactctgctaccaactccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaattatctagaagttctaaagtacgaacatcatctagtacaatgaaag 12177120  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
     |||||||| |||||||||| |  | | ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  12177121 ctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtaacttagaaagaagtctgttgta 12177220  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    ||||||| |||  ||| | || |||||| ||||||| || ||||| | ||||||||| || |||||  || |||| ||| | ||||| || ||||  |||    
T  12177221 tgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagataccttctgaaatatggcagcagca 12177320  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||  ||  ||||||| |||| || | ||||| ||| |||| ||||||  ||||||||||||    
T  12177321 agggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatctacttttaataatgattcaatgcttgaatagttttcat 12177420  T
Q  421 caggtatgaa 430  Q
    | ||||||||    
T  12177421 ctggtatgaa 12177430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 430
Target Start/End: Original strand, 12421449 - 12421858
Alignment:
Q  21 gtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaag 120  Q
    |||||||||||| | ||||||  ||| || ||| |||| ||| |||||||||| || |  ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  12421449 gtcacaatgactctgctaccaactccaaggcaatcatgccctgctccaatcaaattatctagaagttctaaagtacgaacatcatctagtacaatgaaag 12421548  T
Q  121 atttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgca 220  Q
     |||||||| |||||||||| |  | | ||| |||||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| |    
T  12421549 ctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagtaacttagaaagaagtctgttgta 12421648  T
Q  221 tgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggca 320  Q
    ||||||| |||  ||| | || |||||| ||||||| || ||||| | ||||||||| || |||||  || |||| ||| | ||||| || ||||  |||    
T  12421649 tgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagataccttctgaaatatggcagcagca 12421748  T
Q  321 agggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttcat 420  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||  ||  ||||||| |||| || | ||||| ||| |||| ||||||  ||||||||||||    
T  12421749 agggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatctacttttaataatgattcaatgcttgaatagttttcat 12421848  T
Q  421 caggtatgaa 430  Q
    | ||||||||    
T  12421849 ctggtatgaa 12421858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 190
Target Start/End: Original strand, 9394202 - 9394356
Alignment:
Q  36 ctaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttga 135  Q
    ||||||| ||| || ||| |||| |||||||||||||| ||||  ||||||| | || |||| |  || |||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  9394202 ctaccagctccaaggcaatcatgccctactccaatcaaattttctagaagttttaaagtatgaatgtcgtctagtacaatgaaagctttcatgtgtttga 9394301  T
Q  136 gtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttc 190  Q
    |||||    | | ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  9394302 gtctttacataaccatagatgatattactttgggagtgtcaataccaagatcttc 9394356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 83 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 5649914 - 5649854
Alignment:
Q  83 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttctt 143  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  5649914 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaatgaaagcttttatgcttttgagtcttctt 5649854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 149
Target Start/End: Original strand, 5603257 - 5603323
Alignment:
Q  83 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatc 149  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5603257 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaacgaaagcttttatgcttttgagtcttcttatgatc 5603323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 5632113 - 5632047
Alignment:
Q  83 aagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatc 149  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5632113 aagttctgaagtacgtacatcatctaatacaacgaaagcttttatgcttttgagtcttcttatgatc 5632047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 485
Target Start/End: Original strand, 13753 - 14218
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13753 agtcacgatgactgtgctaccagatcctagccaaccatgtcccactccaatcaagttttgaagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 13852  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||    
T  13853 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagtaacttggaaagaagtttgttgc 13952  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    | | ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  ||  ||    
T  13953 acgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaacctttgaaacagaatagaagc 14052  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaaattttattaaagatttaatgctccaatagttttca 419  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  14053 aagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaaattttattaatgattgaatgctccaatagttttca 14152  T
Q  420 tcaggtatgaaattagaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctg 485  Q
    ||| |||| |||||| | ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |||| |||||    
T  14153 tcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctg 14218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 372
Target Start/End: Original strand, 19492741 - 19493093
Alignment:
Q  20 agtcacaatgactgtactaccagatcctagccaaccatgtcctactccaatcaagttttgcagaagttctgaattatgtacatcatctagtacaatgaaa 119  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||  ||   ||| ||||||  ||| ||||  ||||| | || | |||||||||||||||||||||    
T  19492741 agtcacaatgactatgctaccagctcctagccaaccacctctctctctaatcaaagttttcagagtttctggactacgaacatcatctagtacaatgaaa 19492840  T
Q  120 gatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagtaacttagaaagaagtttgttgc 219  Q
    | |||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||| |||| | | || ||||| |||| || ||||||    |||||  | |||| |||||| ||      
T  19492841 gctttcattcctttgagtcttctaatgaccatggatgacattactataggcgtgtcgatattaacatcttccccgagtaatgtggaaacaagttttttat 19492940  T
Q  220 atgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagaccctttgaaacatagcagtggc 319  Q
    | ||| |||||||||||   ||||||||| ||||||  |||||||| ||||||||  | || | ||||||| ||||||   |||||||||||||||   |    
T  19492941 aagtgaaattgattccattcctttttgattcttctgccaccttttctaagaagcaggtaccttgatatttgcaagagaaattttgaaacatagcagcaac 19493040  T
Q  320 aagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaactt 372  Q
    || || ||||||||| ||||||     |||||||| |||||||||||||||||    
T  19493041 aatggctgtcttacctatgccttttgcaccccaaattccaatgatttgaactt 19493093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University