View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16235_low_25 (Length: 343)

Name: NF16235_low_25
Description: NF16235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16235_low_25
NF16235_low_25
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (17-323)||(2926670-2926976)
chr6 (17-323)||(2934109-2934415)
chr6 (17-313)||(3004043-3004339)
chr6 (17-319)||(2951456-2951758)
chr6 (20-323)||(2997662-2997965)
chr6 (17-312)||(2982387-2982688)
chr6 (17-311)||(2659265-2659559)
chr6 (20-323)||(2963992-2964301)
chr6 (157-323)||(2972508-2972676)
chr6 (20-119)||(2973727-2973826)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-323)||(3338691-3338997)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (17-312)||(35486-35784)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-132)||(49618096-49618197)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2926976 - 2926670
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
2926976 ttgaattataaaagcggaattgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaatcagataagata 2926877  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
2926876 gattctatgtagccgactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2926777  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| || ||||| ||||||||    
2926776 gttgaccgtggtgaaaggggccaatagaaacgaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttatagatacaacagtc 2926677  T
317 atcggtt 323  Q
    |||||||    
2926676 atcggtt 2926670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2934415 - 2934109
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||    
2934415 ttgaattataaaagcggaatctattaaaattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcagaataacaacgtttgaaatcagataagata 2934316  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
2934315 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2934216  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||    
2934215 ggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataagggaccttatagatgcaacagtc 2934116  T
317 atcggtt 323  Q
    |||||||    
2934115 atcggtt 2934109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 3004043 - 3004339
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |    
3004043 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaatcagataagaca 3004142  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
3004143 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgattttccatgttttggagctggg 3004242  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaaca 313  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||  |||| | ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
3004243 ggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaaca 3004339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 2951758 - 2951456
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||  ||||||||||    
2951758 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcagaataacaacttttgaaatcagataagata 2951659  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
2951658 gattctatgtagacaactaagtcgtttaaacatgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggg 2951559  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||   ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||    
2951558 ggtgaccatggtgaaaggggccaatggaaacgaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgcctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaacactc 2951459  T
317 atc 319  Q
    |||    
2951458 atc 2951456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 323
Target Start/End: Original strand, 2997662 - 2997965
Alignment:
20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||     
2997662 aattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataacaacgtttgaaattagataagatagaa 2997761  T
120 tctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgggggt 219  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||| | || |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| || |    
2997762 tctacgtagcatactaagtcatttaaacatgcctcagttcgttggagaaaagctttgaagtgaatgagtttctgaggttccatgttttggagctgtggat 2997861  T
220 gaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtcatc 319  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| | |||  |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||| |    
2997862 gaccatggtgaaaggggccaatggaaacgacagtgggggtgtatgcgtctgcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcacc 2997961  T
320 ggtt 323  Q
    ||||    
2997962 ggtt 2997965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 2982688 - 2982387
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |  ||||||||  ||||||||||    
2982688 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcattatgagaaaatggtaggggttcagaataacagtgtttgaaatcagataagata 2982589  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgg- 215  Q
    || |||| ||||||||| |||||||||||| ||| || ||||| ||| |||||| | || |||| |||||| ||||||| |||||||||||| || |||     
2982588 gaatctacgtagcagaccaagtcgtttaaagatgcctcggttcgttgaagaaaagctttgaagtgaatgagcttctgacgttccatgttttggagatgga 2982489  T
216 -----gggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgca 310  Q
          |||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||| ||| |||  | ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
2982488 ggcctaggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgacattgggggtgtatgcgttttcgttgactgtgcgaataacagaggggaccttgtagatgca 2982389  T
311 ac 312  Q
    ||    
2982388 ac 2982387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 2659265 - 2659559
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||    
2659265 ttgaattataaaacaggaatcgattaagattaacttaacaagttcattatcagaaaatggtagggtttcggaataacaacttttgaaacgagataagtta 2659364  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    |||| ||||| || ||| |||  || ||||||||  ||||||| |||||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
2659365 gattttatgttgctgaccaaggtgtctaaacatgcattggttcgttggagaaaagctttcaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctggg 2659464  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaa 311  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||| |   | ||||||||||| | ||| |||  | |||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
2659465 ggtgatcatggtgaaaggggccaatggaaacgagagtgggggtgtatgctttttcgttgagtgtgcgaatagcagaggggaccttgtagatgcaa 2659559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2964301 - 2963992
Alignment:
20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||  |||||||||||      
2964301 aattataaaaccagaatcgattaagattaacttgacaagttcatcatgagaaaatggtagagtttcggaataacagcatttgaaatcagataagatagca 2964202  T
120 tctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaa------gct 213  Q
    ||||||||| |||| |  |||||||||  ||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || | |||||||||||| |      | |    
2964201 tctatgtagtagaccatttcgtttaaagttgtctcggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttttgtcgttccatgttttggatctgggggt 2964102  T
214 gggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaaca 313  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||  | |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
2964101 gggggtgaccgtggtgaaaggggccgatggaaacgaacttgggggtgtatgcgttttcgttgagtgtgcgaatatcagaggggaccttgtagatgcaaca 2964002  T
314 gtcatcggtt 323  Q
     |||| ||||    
2964001 atcataggtt 2963992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2972676 - 2972508
Alignment:
157 ttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctgggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttagg 256  Q
    |||||| ||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||| || || ||    
2972676 ttcttttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggtttgaacgtggtgaaaggggccaatggaaacgactttggg 2972577  T
257 ggtg--tatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtcatcggtt 323  Q
     |||  ||||| ||||| |||  |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||    
2972576 agtgtatatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggtt 2972508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 2973826 - 2973727
Alignment:
20 aattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagat 119  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||  |||||||||||||    
2973826 aattataaaaccggaatccattaaaattaacttaacaagttcaatatgagaaaatgatagggttttggaataacagcctttgaaatcagataagatagat 2973727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3338997 - 3338691
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagata 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||| |||||| |||||||||||  || |||||||    
3338997 ttgaattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagtttatcatcagaaaatgttaggaattccgaataacaacgtttgaaatcaggtaagata 3338898  T
117 gattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagctggg 216  Q
    || |||| |||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| |||||||||| | || |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||  |||    
3338897 gactctacgtagaagaccaagtcttttaaacatgcctcggttcgttggagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttagagtcggg 3338798  T
217 ggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaacagtc 316  Q
      | |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
3338797 ttttaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgaacttaggggtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagagggtactttgtagatgcaacagtc 3338698  T
317 atcggtt 323  Q
    |||||||    
3338697 atcggtt 3338691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 312
Target Start/End: Original strand, 35486 - 35784
Alignment:
17 ttgaattataaaagcggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcat---gagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataag 113  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||  |||||||    
35486 ttgaattataaaaccggaatcgattaagattaacttaacaagttcttcatcctgaggaaatgatagggtttccgaataacaacatttgaaatcagataag 35585  T
114 atagattctatgtagcagactaagtcgtttaaacatgtcttggttctttggagaaaatcctttaagtaaatgagtttctgactttccatgttttgaagct 213  Q
    ||||| | ||||| || ||  |||  | ||||| |||  ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||    
35586 atagaatatatgtcgctgatcaagatgcttaaagatgcattggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgtttttgagct 35685  T
214 gggggtgaccgtggtgataggggccaatggaaacaaccttaggggtgtatgcgtcttcattgtatttgcgaataacagatgggactttgtagatgcaac 312  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
35686 gggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgaaattaggggtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagaggggaccttgtagatgcaac 35784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 49618197 - 49618096
Alignment:
31 cggaatcgattaagattaacttaacaagttcatcatgagaaaatggtagggtttcggaataagaacgtttgaaaaaagataagatagattctatgtagca 130  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||  | ||||||  ||||||||| || |||||||||||    
49618197 cggaatcaattaagattaacttaacaaattcatcatgagtaaattgtagggttttggaataagagtgattgaaatgagataagatggaatctatgtagca 49618098  T
131 ga 132  Q
    ||    
49618097 ga 49618096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University