View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1623_1D_high_15 (Length: 234)

Name: NF1623_1D_high_15
Description: NF1623_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1623_1D_high_15
NF1623_1D_high_15
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (7-234)||(16232484-16232711)
chr2 (7-231)||(34691144-34691362)
chr2 (7-231)||(34713556-34713774)
chr2 (22-159)||(33861221-33861361)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (7-212)||(4620026-4620227)
chr8 (7-212)||(1846728-1846929)
chr8 (23-157)||(4787274-4787408)
chr8 (18-166)||(4297851-4297999)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (7-212)||(7890792-7890993)
chr1 (10-231)||(45983463-45983680)
chr1 (7-232)||(45993240-45993461)
chr1 (27-227)||(38137628-38137824)
chr1 (21-212)||(7888541-7888728)
chr1 (7-231)||(43045311-43045531)
chr1 (7-231)||(43045764-43045984)
chr1 (7-231)||(43066423-43066643)
chr1 (7-231)||(43084192-43084412)
chr1 (7-230)||(3301048-3301267)
chr1 (6-205)||(51291959-51292153)
chr1 (7-212)||(40034448-40034647)
chr1 (23-212)||(43076553-43076737)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-212)||(4231803-4232004)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (27-212)||(16349475-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-151)||(7528838-7528982)
chr6 (27-209)||(7519487-7519665)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 7 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 16232711 - 16232484
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232711 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 16232612  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16232611 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcatcgggacctccgaagctgactgtgc 16232512  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactactctc 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16232511 tgttctagtcatcaattccactactctc 16232484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34691362 - 34691144
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  34691362 ctgagatgaagaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc--tatgcaagtt 34691265  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34691264 tgagacaaccaagtactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgc 34691169  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||    
T  34691168 tgttctcgtcattgattcgactact 34691144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34713774 - 34713556
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||    
T  34713774 ctgagatgaagaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc--tatgcaagtt 34713677  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34713676 tgagacaaccaagtactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgc 34713581  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||    
T  34713580 tgttctcgtcattgattcgactact 34713556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 33861361 - 33861221
Alignment:
Q  22 gttcattcaagtatgct---tgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaa 118  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| ||| | || |||||||||| | |    
T  33861361 gttcattcaagtatgctaattgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaacca 33861262  T
Q  119 gtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatt 159  Q
    |||| | | |||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  33861261 gtaccggtacactgtcattgatgcccctggacacagggatt 33861221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 4620227 - 4620026
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||||||    
T  4620227 ctgagataaacatgtgttcattcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtt 4620128  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||    
T  4620127 tgagacaaccaagtactactgcactctcattgatgcccccggacacagagatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgc 4620032  T
Q  207 tgttct 212  Q
    ||||||    
T  4620031 tgttct 4620026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 1846929 - 1846728
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||    
T  1846929 ctgagataaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtt 1846830  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||| | |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||    
T  1846829 tgagacaaccaacttcctctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgc 1846734  T
Q  207 tgttct 212  Q
     |||||    
T  1846733 cgttct 1846728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 157
Target Start/End: Original strand, 4787274 - 4787408
Alignment:
Q  23 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  4787274 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtac 4787373  T
Q  123 tgttgcaccctcattgatgcccccggacacaggga 157  Q
       |||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  4787374 aactgcactgtcattgatgctcccggacacaggga 4787408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 4297999 - 4297851
Alignment:
Q  18 atgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaacca 117  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||||  |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||    
T  4297999 atgccttcgttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaaca 4297900  T
Q  118 agtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaa 166  Q
    |||||   ||||   ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  4297899 agtacaactgcattgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaa 4297851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 212
Target Start/End: Original strand, 7890792 - 7890993
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  7890792 ctgagatgaacaggcattcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtt 7890891  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||| | | | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||    
T  7890892 tgagacaaccaacttccgctgcactctcattgatgcccctggacacagggatttc----attaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgc 7890987  T
Q  207 tgttct 212  Q
    ||||||    
T  7890988 tgttct 7890993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 231
Target Start/End: Original strand, 45983463 - 45983680
Alignment:
Q  10 agatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttga 109  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| || |||  ||||||||    
T  45983463 agatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttga 45983562  T
Q  110 gacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgt 209  Q
    ||||| |||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  45983563 gacaaacaagtacaactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgt 45983658  T
Q  210 tctagtcatcaattccactact 231  Q
    ||| |||||  |||||||||||    
T  45983659 tctcgtcattgattccactact 45983680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 232
Target Start/End: Original strand, 45993240 - 45993461
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  |||||    
T  45993240 ctgagatgatcaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtt 45993339  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||| ||||||| | |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  45993340 tgagacaaacaagtacagctgcactgtcattgatgcctccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgc 45993435  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactactc 232  Q
    ||||||  ||||  ||||||||||||    
T  45993436 tgttctcatcattgattccactactc 45993461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 27 - 227
Target Start/End: Original strand, 38137628 - 38137824
Alignment:
Q  27 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 126  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||  |    
T  38137628 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactact 38137727  T
Q  127 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttctagtcatcaattcca 226  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  38137728 gcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgttctcgtcattgattcca 38137823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 212
Target Start/End: Original strand, 7888541 - 7888728
Alignment:
Q  21 cgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagt 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||  |    
T  7888541 cgtttattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaaccagct 7888640  T
Q  121 actgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 212  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||    
T  7888641 actgctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttc----atcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgttct 7888728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43045531 - 43045311
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || |||||    
T  43045531 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43045432  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  43045431 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43045336  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
     |||||  ||||  |||||||||||    
T  43045335 cgttctcatcattgattccactact 43045311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43045984 - 43045764
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || |||||    
T  43045984 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43045885  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  43045884 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43045789  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
     |||||  ||||  |||||||||||    
T  43045788 cgttctcatcattgattccactact 43045764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Original strand, 43066423 - 43066643
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || |||||    
T  43066423 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43066522  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  43066523 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttc----attaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43066618  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
     |||||  ||||  |||||||||||    
T  43066619 cgttctcatcattgattccactact 43066643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43084412 - 43084192
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || |||||    
T  43084412 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43084313  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||    
T  43084312 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43084217  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactact 231  Q
     |||||  ||||  |||||||||||    
T  43084216 cgttctcatcattgattccactact 43084192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3301267 - 3301048
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||    
T  3301267 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 3301168  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||| || |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||    
T  3301167 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgc 3301072  T
Q  207 tgttctagtcatcaattccactac 230  Q
    ||||||  ||||  ||||||||||    
T  3301071 tgttctgatcattgattccactac 3301048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 6 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 51292153 - 51291959
Alignment:
Q  6 actgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||    
T  51292153 actgagatgaacatgcgttcattcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagt 51292054  T
Q  106 ttgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtg 205  Q
    |||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  || |||||    ||||||||||||||| ||||| | | | ||||||||||||    
T  51292053 ttga-acaatcaagtactattgcactctcattgatgcccccggacatgggaatttc----attaagaacatgatcgccgggccgttccaagctgactgtg 51291959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 212
Target Start/End: Original strand, 40034448 - 40034647
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  40034448 ctgagatgaacaagcgctcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtt 40034547  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||||||||| |||   ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||    || ||||||||| | ||||| || |||  ||||||||||||    
T  40034548 tgagacaaccaaataccactgcactctcattgacgcccccggacaca--gatttc----atcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgc 40034641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 212
Target Start/End: Original strand, 43076553 - 43076737
Alignment:
Q  23 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtac 122  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| |||||  | || |||||||||||||| ||| ||    
T  43076553 ttcagtcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaac 43076651  T
Q  123 tgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 212  Q
    || |||    ||||||||| ||| ||||||| | |||||    ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  43076652 tgctgcgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttc----attaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttct 43076737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 4232004 - 4231803
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||    
T  4232004 ctgagatgaacaagcgttcatttaagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 4231905  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgc 206  Q
    |||||| || |||||||  |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||||| || || || ||| ||||||| |||||    
T  4231904 tgagaccactaagtactactgcactgtcattgatgcccctggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgc 4231809  T
Q  207 tgttct 212  Q
    ||||||    
T  4231808 tgttct 4231803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349475
Alignment:
Q  27 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 126  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||| | |    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  127 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgttct 212  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| || ||||| ||| ||||||| |||||| ||||    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttct 16349475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 7528838 - 7528982
Alignment:
Q  7 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| || || || || ||| || |||| || ||    
T  7528838 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatt 7528937  T
Q  107 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggaca 151  Q
    |||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| ||||||||    
T  7528938 tgagaccaccaagtactactgcacagtcattgatgctcccggaca 7528982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 27 - 209
Target Start/End: Original strand, 7519487 - 7519665
Alignment:
Q  27 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgtt 126  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |  |||| || |||||||| ||||||||||  |    
T  7519487 ttcaagtacgcatgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatttgagaccaccaagtactact 7519586  T
Q  127 gcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcaccgggacctccgaagctgactgtgctgt 209  Q
    ||||  |||||||||| ||||||||  | ||||||    || ||||||||||| || || |||||| | ||||| ||||||||    
T  7519587 gcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttc----atcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgt 7519665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University