View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1623_2D_high_12 (Length: 577)

Name: NF1623_2D_high_12
Description: NF1623_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1623_2D_high_12
NF1623_2D_high_12
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-558)||(4890735-4891292)
chr8 (111-514)||(4725482-4725885)
chr8 (198-528)||(21440143-21440473)
chr8 (111-518)||(4735950-4736357)
chr8 (164-518)||(4995507-4995858)
chr8 (111-514)||(4688218-4688618)
chr8 (111-521)||(4680577-4680987)
chr8 (111-518)||(4744954-4745356)
chr8 (164-518)||(10445961-10446315)
chr8 (171-514)||(4702714-4703054)
chr8 (171-518)||(4714046-4714390)
chr8 (200-511)||(4777136-4777444)
chr8 (179-518)||(4914070-4914406)
chr8 (206-496)||(4925826-4926113)
chr8 (178-385)||(4904954-4905158)
chr8 (200-518)||(4875927-4876242)
chr8 (111-141)||(4925728-4925758)
chr8 (435-496)||(4905876-4905937)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 558
Target Start/End: Original strand, 4890735 - 4891292
Alignment:
Q  1 acatcactgctacatcattaatgatgataccacgtcataaaaaatggtggaggaccnnnnnnntaccatggggagactaaaggtattcttacctgcatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4890735 acatcactgctacatcattaatgatgataccacgtcataaaaaatggtggaggaccaaaaaaataccatggggagactaaaagtattcttacctgcatgc 4890834  T
Q  101 aacctattcatacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagatttagctgagtatgtgacataagctgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4890835 aacctattcatacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagatttagctgagtatgtgacataagctgta 4890934  T
Q  201 ttgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4890935 ttgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagcgacggagtgtaaatga 4891034  T
Q  301 tttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891035 tttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagatt 4891134  T
Q  401 atcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891135 atcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctc 4891234  T
Q  501 acatattctagttgctgtagagaaaacttatctgtacgtgctatcctcttgcttacac 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891235 acatattctagttgctgtagagaaaacttatctgtacgtgctatcctcttgcttacac 4891292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 111 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4725885 - 4725482
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagat---ttagctgagtatgtgacataagctgtattgttca 207  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| |    | |||||| |||   |||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  4725885 tacctgtattgtaaatttgtgatggaacctatatcaaatcgaaaggaaagtgataatactgatgatttagctgagtgtgtgacataagttttattgttca 4725786  T
Q  208 aaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccct 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||    
T  4725785 aagtcctcaattctatagctgaaatgaatggagtccctttgtctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctcact 4725686  T
Q  308 gaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatag 407  Q
    |  ||||| | | |||  ||||| |   || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4725685 ggttgtgatgcgcgatagattggtg---aagtttacagtatcccaaacattagctccaaaatgaagatcaaattgtggtggcttgtttagatcatcatag 4725589  T
Q  408 tttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatatt 507  Q
    || ||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725588 ttaccataatagaaagaagctctgattaaatatttagtaccacttgttatatttattttgtaacaatttctcactccacttggaaagcttctcacatatt 4725489  T
Q  508 ctagttg 514  Q
    |||||||    
T  4725488 ctagttg 4725482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 198 - 528
Target Start/End: Original strand, 21440143 - 21440473
Alignment:
Q  198 gtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaa 297  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  21440143 gtattgttcatagccctcaattctatggctgaaatgaatggagtccctttgcctgtgttaacaagacatggttttatgtaatctactgatggagtgtaaa 21440242  T
Q  298 tgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttag 397  Q
    | || ||| |||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||    
T  21440243 taatctccttgatagtgatgtgtgatgcattggagaacaacttcactgtatcccacacattagctccaaaatgaagatcaaattgtggtggttcatttag 21440342  T
Q  398 attatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagctt 497  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21440343 attatcatagtttccataatagaaagaagctcttattaaatatttagtaccacttgttacatttattttgtaacagtttctcactccacttggaaagctc 21440442  T
Q  498 ctcacatattctagttgctgtagagaaaact 528  Q
    ||||| |  ||||||| |||| |||||||||    
T  21440443 ctcactttctctagttcctgtcgagaaaact 21440473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 111 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 4736357 - 4735950
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaag 210  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||  ||||     ||   | ||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4736357 tacctgtactgtaagtttgtgatggaacctacatcagatcgtttccagaatgataacacagaattagccgggtatgtgacataagctgtgttgttcaaag 4736258  T
Q  211 gcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaa 310  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  4736257 tcctcaattctataactgaaatgaatggagttccgtttcctgtgttaacaaaacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtataaatgatttccctgta 4736158  T
Q  311 tgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagttt 410  Q
    ||||||| |||||| || |  ||| ||| |||||||| ||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||| ||    
T  4736157 tgtgaagtgtgatgtatggttggagaacctcactgtagccaccacattaggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggcttgtctaaaccatcatagctt 4736058  T
Q  411 ccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattcta 510  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  4736057 ccataaagaaaagtagctctgattaaatatttagtaccacttgttacatttattttgtaacaatttctcactccacttggaaagctcctcaaatattcta 4735958  T
Q  511 gttgctgt 518  Q
    ||| ||||    
T  4735957 gttcctgt 4735950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 164 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 4995858 - 4995507
Alignment:
Q  164 taatacagatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaaga 263  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4995858 taatactgatttaggtgagtatgtgatataagctgtattgttcaaaggcctcaattcaatagcagaaatgaatggagtccctttgcctgtgttaacaaga 4995759  T
Q  264 catggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctc 363  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||  ||||| | |||||  | ||| |   ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4995758 catggttgaatgtaatctagtgatggagtgtatatgatctcactgtctgtgatgtgtgatagactggcg---aacttcactgtatcccaaacattaggtc 4995662  T
Q  364 caaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttat 463  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  4995661 caaaatgaagatcaaattctggtggcttgtttagattatcatagttaccataatagaaagatgctctgattaaatatttagtaccacttgctacatttat 4995562  T
Q  464 gttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattctagttgctgt 518  Q
      ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4995561 tctgtaacagtttctcattccaattggaaagctcctcacatattgtagttgctgt 4995507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 111 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4688618 - 4688218
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaag 210  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| | |||||| | ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  4688618 tacctgtattcaatgtttgtgatggaacctatatcaaatcgaaggaagtttgataatactgttttagttgagtttgtgacataagcagtattgttcaaag 4688519  T
Q  211 gcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaa 310  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||      
T  4688518 tcctcaattctatagatgaaatgaatggagtcccgttgcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggagtgtaaatgatctcactggt 4688419  T
Q  311 tgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagttt 410  Q
    || || |||||||  ||| | |   ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  4688418 tgcgatgagtgataaatttgtg---aactttactgtatcccaaacattagcgccaaaatgaagatcaaattgtggtggctcgtttaaatcatcatagttt 4688322  T
Q  411 ccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattcta 510  Q
    ||||||   ||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||    
T  4688321 ccataatagaaagacgctctgattaaatatttagtatcacttgttacatttattctgtaacaatttctcactccactaggaaaactcctcacatgttcta 4688222  T
Q  511 gttg 514  Q
    ||||    
T  4688221 gttg 4688218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 111 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 4680987 - 4680577
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatac---agatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||  | ||||||    |||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||    
T  4680987 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctaaatcaaatcgaaagaagtatgataatactgatgatttagctgcgtatgtgacataagctttattatcca 4680888  T
Q  208 aaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccct 307  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |    
T  4680887 aagtcctcaattctatggctgaaatgaacggagtccctttgcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtatatgatctcctt 4680788  T
Q  308 gaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatag 407  Q
    || ||| | | |||||  ||| | |   ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||| |||    
T  4680787 gattgtcatgcgtgataaatttgtg---aactttactgtatcccaaacattaggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggctcatttaaatcatcgtag 4680691  T
Q  408 tttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatatt 507  Q
    |||||||||   ||||||| |||||| |||||||| |||||| | ||||||  ||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4680690 tttccataatagaaagaagctctgattaaatatttggtaccattggttacatctattttgtaacaatttttcactccactgggaaagctcctcacatatt 4680591  T
Q  508 ctagttgctgtaga 521  Q
    | ||||||||||||    
T  4680590 ccagttgctgtaga 4680577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 111 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 4745356 - 4744954
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaacctacatctaatcggaagaagttggttaatacagat---ttagctgagtatgtgacataagctgtattgttca 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||| ||| |    | |||||| |||   ||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4745356 tacctgtattgtaagtttgtgatggaacctatatccgatcgaaaggaaagtgataatactgatgatttatctgagtatttgccataagctgtattgttca 4745257  T
Q  208 aaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccct 307  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4745256 aactcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcctgctgcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctccct 4745157  T
Q  308 gaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatag 407  Q
       ||||  || |||| |||||| |   || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  4745156 tgttgtggtgactgatacattgggg---aaattcaccgtatcccacacattagcaccaaaatgaagatcaaattgtggtggttgatttagattatcatag 4745060  T
Q  408 tttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatatt 507  Q
    |||||||||   ||||||| |||||| |||||| || | |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4745059 tttccataatagaaagaagctctgattaaatatatatttccacttgttacacttatgt-----cagtttctcactccacttggaaagcttctcacatatt 4744965  T
Q  508 ctagttgctgt 518  Q
    ||||| |||||    
T  4744964 ctagtagctgt 4744954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 164 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 10446315 - 10445961
Alignment:
Q  164 taatacagatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaaga 263  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||  |||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10446315 taatactgatttagctgagtgtgtggtataagtattattgttcaaagtcctcaattctatagctgaaatgaatggaatccctttgcctgtgttaacaaga 10446216  T
Q  264 catggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctc 363  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||   | |  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  10446215 catggttgtatgtaatcttgtgatggagtgtatatgatctccttgaatgcgaaccctaaatcattggaggagaacgtcactgtatcccacacattaggtc 10446116  T
Q  364 caaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttat 463  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||| ||||||| | |||||||||| ||| ||||    
T  10446115 caaaatgaagatcaaactgtggtgtttcatttagattatcatagtttccataatagaaagaaactctgattaaatattgaataccacttgtaacatttat 10446016  T
Q  464 gttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattctagttgctgt 518  Q
      ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10446015 tctgtaacaatttctcactccactaggaaagctcctcacatattctagttgctgt 10445961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 171 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4703054 - 4702714
Alignment:
Q  171 gatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggtt 270  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4703054 gatttagatgaatatgtgacataagctttattgttcaaagtcctcaattcaataactgaaatgaatggagtccctttgcctgtgttaacaagacatggtt 4702955  T
Q  271 gtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtg 370  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |   || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  4702954 gtatgtaatctagtgatggagtgtaaatgatctccataaatgtgacgagtgatgcattgggg---aagttcactgtatcccagacattaggtccaaaatg 4702858  T
Q  371 aagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaa 470  Q
    ||||||||||| ||| || |  |||| || ||||||||| ||||||   |||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||    
T  4702857 aagatcaaattctgggggatcatttaaatcatcatagttaccataatagaaagtagctctgattaaatatttagtatcacttgttacatttattctgtaa 4702758  T
Q  471 cagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattctagttg 514  Q
    || |||||||||||| | ||||| || ||||||| |||||||||    
T  4702757 caatttctcactccattaggaaaactcctcacatgttctagttg 4702714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 171 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 4714390 - 4714046
Alignment:
Q  171 gatttagctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggtt 270  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4714390 gatttagctgagtttgtgacataaacttcattgttcaaagtcctcaattctataactgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggtt 4714291  T
Q  271 gtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtg 370  Q
    |||||||||||| | | |||||||| ||||| || |||  ||||| | |||||  ||| |     ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||    
T  4714290 gtatgtaatctaataatggagtgtatatgatctcactgtctgtgatgtgtgatatattagtt---aacttcactgtatcccaaacattaggtccaaaatg 4714194  T
Q  371 aagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaa 470  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||| || |||||||||||| |||   ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||    
T  4714193 aagatcaaattctggtggctcatttaaatcatcatagtttccgtaatagaaagaagatctgattaaatatttaataccacttgttacatttattctgtaa 4714094  T
Q  471 cagtttctcactccacttggaaagcttctcacatattctagttgctgt 518  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  4714093 caatttctcactccacttggaaagctcctcacatattgtagttcctgt 4714046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 200 - 511
Target Start/End: Original strand, 4777136 - 4777444
Alignment:
Q  200 attgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  4777136 attgttcaaaggcctcaattctatagccgaaatgaatggagtcccttggcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatcttgtgatggactgtaaatg 4777235  T
Q  300 atttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagat 399  Q
    || ||  ||||| | |   |||||||||||| |   |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |  |||| ||    
T  4777236 atctcattgaatctcatacgtgatgcattgggg---aacttcacagtatcccaaacattagctccaaaatgaagatcaaattgtggagggtcatttaaat 4777332  T
Q  400 tatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttct 499  Q
     ||||||||| ||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4777333 catcatagttaccataatagaaagaagctctgattaaatatttagtaccagatgttacatttattctgtaacaatttctcactccacttggaaagcttct 4777432  T
Q  500 cacatattctag 511  Q
    ||||||||||||    
T  4777433 cacatattctag 4777444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 179 - 518
Target Start/End: Original strand, 4914070 - 4914406
Alignment:
Q  179 tgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaa 278  Q
    ||||||||||||||||   | |||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  4914070 tgagtatgtgacataattagaatttgtcaaagtcctcaattctaaaactgaaatgaatggagtccctttgcctatgttaacaagacatggttgtatgtga 4914169  T
Q  279 tctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaa 378  Q
    ||| |||| |||||||| ||||| ||| ||| ||||| |  |||| |||| | |   ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  4914170 tcttgtgatggagtgtatatgatctccttgagtgtgatgcctgatacattagtg---aactttactgtttcccaaacattagctccaaaatgtagatcaa 4914266  T
Q  379 attgtggtggcttgtttagattatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttct 478  Q
    ||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  4914267 attctggtggttgatttagattatcatagtttccataataaaaagaagctctgattaaatatttagtaccacttgttacatttattctgtaacagtttct 4914366  T
Q  479 cactccacttggaaagcttctcacatattctagttgctgt 518  Q
     |||||||| ||||| || ||||||| || ||||| ||||    
T  4914367 aactccactaggaaaactcctcacatgttgtagttcctgt 4914406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 206 - 496
Target Start/End: Original strand, 4925826 - 4926113
Alignment:
Q  206 caaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatgatttcc 305  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||| |||    
T  4925826 caaagtcctcaattctatagttgaaatgaatggagtccctttgcctgttttaacaagacatggttgtatgtaatcttttgatggaatgtaaatgatctcc 4925925  T
Q  306 ctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagattatcat 405  Q
     ||| ||||  | |||||||||||||  ||||   ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||    
T  4925926 ttgattgtggggcgtgatgcattggataacaa---caccgtatcccacacattaggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggttcatttatattatcat 4926022  T
Q  406 agtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagct 496  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||| ||||||| |  |||  |  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4926023 agtttccataaaggaaagtagctctgattaaatattgaacacccatgtttacatttattctgtaacagtttctaactccacttggaaagct 4926113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 178 - 385
Target Start/End: Original strand, 4904954 - 4905158
Alignment:
Q  178 ctgagtatgtgacataagctgtattgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgta 277  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4904954 ctgagtttgtgacataagctctattgttcaaaggcctcaattctatggctgaaatgaatggagtccctttgcctgtgttaacaagacatggttgtatgta 4905053  T
Q  278 atctagtgacggagtgtaaatgatttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatca 377  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||| ||| |||   |||||||||| | | |   ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  4905054 atcttgtgatggagtgtaaatgatctccttgattgtagtgagtgatgcaattgtg---aactttactgtatcccaaacatttgctccaaaatgaagatca 4905150  T
Q  378 aattgtgg 385  Q
    ||||||||    
T  4905151 aattgtgg 4905158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 200 - 518
Target Start/End: Original strand, 4875927 - 4876242
Alignment:
Q  200 attgttcaaaggcctcaattctatagctgaaatgaatggagtcccttttcctgtgttaacaagacatggttgtatgtaatctagtgacggagtgtaaatg 299  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||    
T  4875927 attgttcaaagtcctcaattctataactgaaatgaatggagttccatttccagtgttaacaagacatggttctatgtagtctagtgatggagtgtatatg 4876026  T
Q  300 atttccctgaatgtgaagagtgatgcattggaggacaacttcactgtatcccacacattagctccaaagtgaagatcaaattgtggtggcttgtttagat 399  Q
    || ||| ||| ||||  | |||||  ||| | |   ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||    
T  4876027 atctccttgattgtggtgcgtgataaatttgtg---aacttcactgtatcccacacattaggtccaaaatgaagatcaaattgtggtggatcatttagat 4876123  T
Q  400 tatcatagtttccataaagaaaagaagttctgataaaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagcttct 499  Q
    |||||||||||||||||   |||| || |||||| ||||||| | || |  |  ||||| ||||  |||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  4876124 tatcatagtttccataatagaaagtagctctgattaaatattgaatatccatgtttacatttattctgtagcaatttctcactccacttggaaagctcct 4876223  T
Q  500 cacatattctagttgctgt 518  Q
     ||| | | ||||||||||    
T  4876224 tacaaaatgtagttgctgt 4876242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 141
Target Start/End: Original strand, 4925728 - 4925758
Alignment:
Q  111 tacctgtattctaagtttgtgatggaaccta 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4925728 tacctgtattctaagtttgtgatggaaccta 4925758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 496
Target Start/End: Original strand, 4905876 - 4905937
Alignment:
Q  435 aaatatttagtaccacttgttacacttatgttgtaacagtttctcactccacttggaaagct 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||| ||||  |||||||| ||||||||    
T  4905876 aaatatttagtaccacttgttacatatactttgtaacaatttcctactccactaggaaagct 4905937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University