View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1623_2D_low_2 (Length: 1793)

Name: NF1623_2D_low_2
Description: NF1623_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1623_2D_low_2
NF1623_2D_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (143-1774)||(37810109-37811738)
chr4 (10-144)||(37811761-37811895)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (744-1774)||(52351968-52353004)
chr1 (387-583)||(52355305-52355501)
chr1 (582-745)||(52355035-52355198)
chr1 (286-390)||(52355587-52355691)
chr1 (176-274)||(52356185-52356283)
chr1 (20-144)||(52357166-52357287)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (686-1395)||(17199198-17199881)
chr5 (176-502)||(17208860-17209179)
chr5 (236-445)||(17199985-17200181)
chr5 (525-634)||(17199878-17199986)
chr5 (15-144)||(17209436-17209565)
chr5 (1634-1707)||(17198600-17198673)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1486; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 143 - 1774
Target Start/End: Complemental strand, 37811738 - 37810109
Alignment:
Q  143 gaagcaaagaaggaacgtaggagatttggtgataaacttggaagcctctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaattcagaaat 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811738 gaagcaaagaaggaacgtaggagatttggtgataaacttggaagcctctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaattcagaaat 37811639  T
Q  243 tgttatcagagaagctgaagaaaattcctcagttgaataagagaaccaaagctcctgttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatgtacatgg 342  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37811638 tgttgtcagagaagctgaagaaaattcctcagttgaataagagaaccaaagctccttttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatgaacatgg 37811539  T
Q  343 aaatgttgttaatgtaactaagccaagcaaccttagcacattaaaggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattg 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811538 aaatgttgttaatgtaactaagccaagcaaccttagcacattaaaggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattg 37811439  T
Q  443 gatgttaatcctgaatctaatcctcattttgatgaaagaatgggtatcgacaaaacaaagctcctgcggcctaagaggatgaattttctgtttgtggagg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811438 gatgttaatcctgaatctaatcctcattttgatgaaagaatgggtatcgacaaaacaaagctcctgcggcctaagaggatgaattttctgtttgtggagg 37811339  T
Q  543 aaggaaaatggtcaagagatgctgaatcaataaaatggaagagtaaatttggagaagctcaagcaaaagaacaaaaggacaaacaagcacagctagcaaa 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37811338 aaggaaaatggtcaagagatgctgaatcaataaaatggaagagtaaatttggagaagctcaagcaaaagaacagaaggacaaacaagcacagctagcaaa 37811239  T
Q  643 ggcaaaggctgctcctgatatcaatccgaacttaataaaaattacagagagagttgcaatgaaagcaaaactgaaggacccaattccagatattgagtgg 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37811238 ggcaaaggctgctcctgatatcaatccgaacttaatagaaattacagagagagttgcaatgaaagcaaaactgaaggacccaattccagatattgggtgg 37811139  T
Q  743 tgggacgtggaacttctgcattctggaaattatggcgacattgccaatggtactata--gatgaaggcaatatgaaaatggaagaattcaacttttatgt 840  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811138 tgggacgtggaacttctgcattctggaaattatggcgacattgccaatggtactatatagatgaaggcaatatgaaaatggaagaattcaacttttatgt 37811039  T
Q  841 ggaaactcctcggcctattgaaccgcctgctgagcccgcccctccaccacctcaacttatcaagccaactaaacaggagcagaaaaaactaaggacccaa 940  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37811038 ggaaactcctcggcctattgaaccgcctgctgagcccgcccctccaccacctcaacttatcaagccaactaaacaggagcagaagaaactaaggacccaa 37810939  T
Q  941 aggcgtatagctaaggagaaaaagcgacaggagatgattagacagggtgtcatagaaccgccaaaaccaaaggtcaagatgagtaatttacataaggtac 1040  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810938 aggcgtatagctaaggagaaaaagcgacaggagatgattagacagggtttcatagaaccgccaaaaccaaaggtcaagatgagtaatttacataaggtac 37810839  T
Q  1041 tagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctcacatagataggaatattgcacg 1140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  37810838 tagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgccgagcgtgagcaggctcacatagataggaatattgcaca 37810739  T
Q  1141 caagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaattgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtctcactttacagggtaaatgac 1240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810738 caagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaagttgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtctcactttacagggtaaatgac 37810639  T
Q  1241 ctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtgatggtattagcgttgtcgttg 1340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  37810638 ctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgatttgtgatggtattagcgttgtcgtgg 37810539  T
Q  1341 ttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggtgtgatgtttcaaaagagatagaagataatgaagattc 1440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37810538 ttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggcgtgatgtttcaaaagagaaagaagataatgaagattc 37810439  T
Q  1441 aggctatgcctataaatgtgttctggtgtggcaaggaaatgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcattactgcatcactgaagcagctgct 1540  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37810438 aggcgatgccaataaatgtgttctggtgtggcaaggaagtgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcatgactgcatcactgaagcagctgct 37810339  T
Q  1541 cgtaaagtttttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacagatgatgatgctgtttgaattgtcctctaatgtttttggt 1640  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810338 cgtaaagtttttgtggatgctggggttcttcattattggtaccaagctgtcaactatacagatgatgatgctgtttgaattgtcctctaatgtttttggt 37810239  T
Q  1641 caacattatttggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagttatgcaattgcttttattggagnnnnnnnnnnnnaacaaaataagaaatacaata 1740  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||            ||||||||||||||||| |||    
T  37810238 caacattatttggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagttatgcaattgcttttagtggag----tttttttgaacaaaataagaaataccata 37810143  T
Q  1741 gctgttggtgctcctttgtttcctgtggtcaatg 1774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37810142 gctgttggtgctcctttgtttcctgtggtcaatg 37810109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 37811895 - 37811761
Alignment:
Q  10 cgactgagatgaaagagagggtagcaaaggtaggtctaaatcgaaacgcgatgaagagatggagtattcagtggaaactcgatactccttgcataagagg 109  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811895 cgacagagacgaaagagagggtagctaaggtaggtctaaatcgaagcgcgatgaagagatggagtattcagtggaaactcgatactccttgcataagagg 37811796  T
Q  110 aaagatagagaacatagcgaggatagggaattgga 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37811795 aaagatagagaacatagcgaggatagggaattgga 37811761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 705; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 705; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 744 - 1774
Target Start/End: Complemental strand, 52353004 - 52351968
Alignment:
Q  744 gggacgtggaacttctgcattctggaaattatggcgacattgccaatggtactatagatgaaggcaatatgaaaatggaagaattcaacttttatgtgga 843  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  52353004 gggacgtggcacttctgcattctggaaattatggtgacattgccaacggtacaatagacgaaggcaatataaaaatggaaaaaatcaacttctatgtgga 52352905  T
Q  844 aactcctcggcctattgaaccgcctgctgagcccgcccctccaccacctcaacttatcaagccaactaaacaggagcagaaaaaactaaggacccaaagg 943  Q
    |  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  52352904 acatcctcggcctattgagccgcctgctgagcctgcccctccaccacctcaacctctcaagctaactaaacaagagcagaagaaactaaggacccaaagg 52352805  T
Q  944 cgtatagctaaggagaaaaagcgacaggagatgattagacagggtgtcatagaaccgccaaaaccaaaggtcaagatgagtaatttacataaggtactag 1043  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352804 cgtatagctaaggagaaagagcgacaggagatgattagacagggtgtcatagaaccgccaaaaccaaaggtcaagatgagtaatttacataaggtactag 52352705  T
Q  1044 ggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctcacatagataggaatattgcacgcaa 1143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352704 ggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaagtacgtaatgctgctgctgagcgtgagcaggctcacatagataggaatattgcacgcaa 52352605  T
Q  1144 gcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaattgtttgatgacccaaatacattggacacacttgtctcactttacagggtaaatgacctt 1243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  52352604 gcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaagaaaggaagctctttgatgacccaaattcattggacacacttgtctcactttacagggtaaatgacctc 52352505  T
Q  1244 tctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtgatggtattagcgttgtcgttgttg 1343  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||    
T  52352504 tctcatcccaaggcccgctttagagttgatgttaatgctcaagaaaatcgtttgactggatgtgctgtgatttgtgatggtattagcgttgttgtggttg 52352405  T
Q  1344 aaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgtattaaatggtgtgatgtttcaaaagagatagaagataatgaagattcagg 1443  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||     
T  52352404 aaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgcttagacgcatcaattggagcgatgtttcaaaagagaaagaagatgatgaggattcaga 52352305  T
Q  1444 ctat-----gcct----ataaatgtgttctggtgtggcaaggaaatgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcattactgcatcactgaagca 1534  Q
    | ||     ||||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52352304 cgatgaaaagcctgcgaataaatgtgttctggtgtggcaaggaagtgttgccaaatcgagcttcaataggttcagtgttcatgactgcatcactgaagca 52352205  T
Q  1535 gctgctcgtaaagtttttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacagatgatgatgctgtttgaattgtcctctaatgtt 1634  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  52352204 gctgctcgtaaagtgtttgtggatgctggggttcctcattattgggaccaagctgtcaactatacggaggacgatgctgtttgaattgtcttctagtgtt 52352105  T
Q  1635 tttggtcaacattatttggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagttatgcaattgcttttattggagnnnnnnnnnnnnaacaaaataagaaat 1734  Q
    |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||            |||||||||||||||    
T  52352104 tttggttaacataattaggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagttatgcaattgcttctagtggag-----ttttttgaacaaaataagaaat 52352010  T
Q  1735 acaatagctgttggtg--ctcctttgtttcctgtggtcaatg 1774  Q
     | |||||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||    
T  52352009 gccatagctgttggtgctctcccttgtttgctgtggtcaatg 52351968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 387 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 52355501 - 52355305
Alignment:
Q  387 aggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattggatgttaatcctgaatctaatcctcattttgatgaaagaatggg 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52355501 aggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattggatgtcgatcctgaatctaatcctcattttgatgagagaatggg 52355402  T
Q  487 tatcgacaaaacaaagctcctgcggcctaagaggatgaattttctgtttgtggaggaaggaaaatggtcaagagatgctgaatcaataaaatggaag 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  52355401 tatcgacaaaacaaagctcctgcggcctaagaggatgaattttctgtttgtggaggaaggaaaatggtcaagagacgctgaatcaataaaattgaag 52355305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 582 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 52355198 - 52355035
Alignment:
Q  582 agagtaaatttggagaagctcaagcaaaagaacaaaaggacaaacaagcacagctagcaaaggcaaaggctgctcctgatatcaatccgaacttaataaa 681  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52355198 agagtaaatttggagaagctcaagcaaaagagcagaaggccaaacaagcacagctagcaaaggcaaaggctgctcctgatatcaatccgaacttaataga 52355099  T
Q  682 aattacagagagagttgcaatgaaagcaaaactgaaggacccaattccagatattgagtggtgg 745  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  52355098 aattacagagagagttgtaatgaaagcaaaactgaaggaccgtattccagatattgagtggtgg 52355035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 286 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 52355691 - 52355587
Alignment:
Q  286 aaccaaagctcctgttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatgtacatggaaatgttgttaatgtaactaagccaagcaaccttagcacatta 385  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52355691 aaccaaggctcctgttcttcgtcttgatgcccagggacgtgaaatagatgaacatggaaatgttgttaatgtgactaagccaagcaaccttagcacatta 52355592  T
Q  386 aaggt 390  Q
    |||||    
T  52355591 aaggt 52355587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 176 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 52356283 - 52356185
Alignment:
Q  176 aaacttggaagcctctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaattcagaaattgttatcagagaagctgaagaaaattcctcag 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  52356283 aaacttggaagcctctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaatgcagaaattgttgtcagcgaagctgaagaaaattcctcag 52356185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 20 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 52357287 - 52357166
Alignment:
Q  20 gaaagagagggtagcaaaggtaggtctaaatcgaaacgcgatgaagagatggagtattcagtggaaactcgatactccttgcataagaggaaagatagag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||||| ||||    |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  52357287 gaaagagagggtagcaaaggtaggtctaaatcgaagcgcgatgaagagagggaagattcattgga---gcgatactcctcgcataagaggaaagacagag 52357191  T
Q  120 aacatagcgaggatagggaattgga 144  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  52357190 aacatagcgaggatcgggaattgga 52357166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 686 - 1395
Target Start/End: Complemental strand, 17199881 - 17199198
Alignment:
Q  686 acagagagagttgcaatgaaagcaaaactgaaggacccaattccagatattgagtggtgggacgtggaacttctgcattctggaaattatggcgacattg 785  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||   |||||||    
T  17199881 acagagagagttgtaatgaaagcaaaactgaaggacccaattccagatattgagtggtgggacatggcacttctgcattccggaaattatcctgacattg 17199782  T
Q  786 ccaatggtactatagatgaaggcaatatgaaaatggaagaattcaacttttatgtggaaactcctcggcctattgaaccgcctgctgagcccgcccctcc 885  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17199781 ccaacggtactatagatgaaggcgatctgaaaatggaaaaattcgacttttatgtggaacatcctcggcctattgaaccgcctgctgagcccgcccctcc 17199682  T
Q  886 accacctcaacttatcaagccaactaaacaggagcagaaaaaactaaggacccaaaggcgtatagctaaggagaaaaagcgacaggagatgattagacag 985  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||                  
T  17199681 accacctcaacctctcaagccaactaaacaggagcagaagaaactaaggactcaagggcgtatagctaaggagaaagagcgacagg-------------- 17199596  T
Q  986 ggtgtcatagaaccgccaaaaccaaaggtcaagatgagtaatttacataaggtactagggactgaagcaactcaagatcccacccggcttgaaaaggaag 1085  Q
     |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17199595 -gtgtaaaagaaccgccaaaaccaaagatcaagatgagtaatttacataaggtactagggacagaagcgactcaagatcccacccggcttgaaaaggaag 17199497  T
Q  1086 tacgtaatgcagctgctgagcgtgggcaggctcacatagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgtgagaagaaggaaaggaaatt 1185  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  17199496 tacgtaatgcaactgctgagcgtgagcaggctcacatagataggaatattgcacgcaagcttactcctgctgagctgcgcgagaagaagaaaaggaaact 17199397  T
Q  1186 gtttgatgacccaaatacattggacacacttgtctcactttacagggtaaatgacctttctcatcacaaagcccgctttagagtttatgctaatgctcaa 1285  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||         |||||||    
T  17199396 gtttgatgagccaaatacattggacacacttgtctcactttacagggtaaatggcctctctcatcccaatgcccgctttagagt---------tgctcaa 17199306  T
Q  1286 gaaaatcgtttgactggatgtgcggtgattcgtgatggtattagcgttgtcgttgttgaaggtggaagcaagtcaattaagaggtatgggaaacttatgc 1385  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  17199305 gaaaatcgtttgactggatgtgcggtaatttgtgatggcattagcattgttgtggttgaaggtggaagcaagtcaattaagag--ataggaaacttatgc 17199208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 176 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 17209179 - 17208860
Alignment:
Q  176 aaacttggaagcctctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaattcagaaattgttatcagagaagctgaagaaaattcctcagt 275  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  17209179 aaacttggaagcttctctagtagtgatgccttagcaaaggctaagaaggctttacaaatgcagaaattattatcatagaagccgaagaaaattcctcag- 17209081  T
Q  276 tgaataagagaaccaaagctcctgttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatgtacatggaaatgttgttaatgtaactaagccaagcaacct 375  Q
         ||   |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17209080 -----aaaccaaccaaggctccttttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatgaacatggaaatgttgttaatgtaactaagccaagcaac-t 17208987  T
Q  376 tagcacattaaaggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattggatgttaatcctgaatctaatcctcattttgat 475  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||     
T  17208986 tagcacattaaaggtcatcattaataaacataagaaagatgcatttgaaatactaaaacctgtattggatgtcgatcctgaatctaatcctcatttcgac 17208887  T
Q  476 gaaagaatgggtatcgacaaaacaaag 502  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  17208886 gagagaatgggtatcgacaaaacaaag 17208860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 236 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 17200181 - 17199985
Alignment:
Q  236 cagaaattgttatcagagaagctgaagaaaattcctcagttgaataagagaaccaaagctcctgttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatg 335  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||      ||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17200181 cagaaattattgtcagagaagctgaagaaaattcctcag------aaaccaaccaaggctcctgttcttcgtcttgacgcccagggacgtgaaatagatg 17200088  T
Q  336 tacatggaaatgttgttaatgtaactaagccaagcaaccttagcacattaaaggtcaacattaataaacagaagaaagatgcatttgaaatactaaaacc 435  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17200087 aacatggaaattttgttaatgtaactaagccaagcaaccttagc-------agctcaacattaataaacataagaaagatgcatttgaaatactaaaacc 17199995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 525 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 17199986 - 17199878
Alignment:
Q  525 attttctgtttgtggaggaaggaaaatggtcaagagatgctgaatcaataaaatggaagagtaaatttggagaagctcaagcaaaagaacaaaaggacaa 624  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| || ||||  ||    
T  17199986 attttctgtttgtggaggatggaaaatggtcaagagatgctgaatcaataaaattgaagagtgaatttggagaagctcaa-caagagagcagaaggcgaa 17199888  T
Q  625 acaagcacag 634  Q
    ||||||||||    
T  17199887 acaagcacag 17199878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 15 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 17209565 - 17209436
Alignment:
Q  15 gagatgaaagagagggtagcaaaggtaggtctaaatcgaaacgcgatgaagagatggagtattcagtggaaactcgatactccttgcataagaggaaaga 114  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | | | |||||||||||| |||||||| || | | |||||||| |||||||||||||||    
T  17209565 gagacgaaagagagggtaacaaaggtaggtatatatcgaagcactacgaagagatggaggattcagtgaaaccgcaatactcctcgcataagaggaaaga 17209466  T
Q  115 tagagaacatagcgaggatagggaattgga 144  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  17209465 tagagaacatagcgaggaccgggaattgga 17209436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1634 - 1707
Target Start/End: Complemental strand, 17198673 - 17198600
Alignment:
Q  1634 ttttggtcaacattatttggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagttatgcaattgcttttattggag 1707  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  17198673 ttttggtcaacattattaggatgcctatccagtcttttggtgagttaacagatatgcaattgcttctagtggag 17198600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University