View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1624_high_4 (Length: 676)

Name: NF1624_high_4
Description: NF1624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1624_high_4
NF1624_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-658)||(55931222-55931873)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 55931873 - 55931222
Alignment:
Q  12 gaatggcatatggtgtgtatgctatgattcataagcagggttacctatacttgtaaagggtagtatagtactaataa-------atacttgctatatata 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||      
T  55931873 gaatggcatatggtgtgtatgctatgattcataagcagggttacctatacttgtaaagggtagtatagtactaataattaataaatacttgctatgta-- 55931776  T
Q  105 ggtctttgtcccatcatcactaataagattcttattatggtaatcgattttctttgttcattatttcatcttttcatatgacttctttcctaatttgaag 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55931775 ggtctttgtcccatcatcactaataagattcttattatggtaatcgattttctttgttcattatttcatcttttcatatgacttctttcctaatttgaag 55931676  T
Q  205 tgtttcaagaagcctttcaagttacagggtcatcaatattccaaatttgattgttctttatttggttcatctaatcatggttttgttggttctgtatgta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55931675 tgtttcaagaagcctttcaagttacagggtcatcaatattccaaatttgattgttctttatttggttcatctaatcatggttttgttggttctatatgta 55931576  T
Q  305 ttgaggtctacctttgaactcagttattggttcgataagttctgtattgattggttctgccaatattaggcttttggtgaaccaaatatacaagtctctt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55931575 ttgaggtctacctttgaactcagttattggttcgataagttctgtattgattggttctgccaacattaggcttttggtgaaccaaatatacaagtctctt 55931476  T
Q  405 aagttgaatgtggggtgaactctttaaagtgatcaaaagtttcatcacaccttcatcaacataatattagagtatgtttgatttgctaaaagaacataga 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55931475 aagttgaatgtggggtgaactctttaaagtgatcaaaagtttcatcacaccttcatcaacataatattagagtatgtttgatttgctaaaagaacataga 55931376  T
Q  505 attggacataacctttttataccccgtttgatttagaaactgtcgtgaaatcaaaaaagaggtagcaaaagaccggacaaaaacatgaacttttatcccc 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  55931375 attggacataacctttttataccccgtttgatttagaaactgtcgtgaaatcaaaaaagaggtagcaaaagaccggacaaaaacatgaactcttatcccc 55931276  T
Q  605 tcaactcaaaagactgtctctcccctgtctatcctagactataaggtatcactt 658  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55931275 tcaactcaaaagactgtctctctcctgtctatcctagactataatgtatcactt 55931222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University