View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1624_low_15 (Length: 399)

Name: NF1624_low_15
Description: NF1624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1624_low_15
NF1624_low_15
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-371)||(29990645-29991015)
chr1 (1-383)||(16502685-16503066)
chr1 (65-372)||(24431852-24432159)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-383)||(53017147-53017527)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-383)||(20670077-20670459)
chr4 (66-156)||(52392858-52392948)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (65-372)||(17450901-17451208)
chr6 (65-383)||(14825616-14825934)
chr6 (292-378)||(5241879-5241965)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-383)||(12544157-12544535)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (88-304)||(15269032-15269249)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 371
Target Start/End: Original strand, 29990645 - 29991015
Alignment:
Q  1 tttgttctctttattgatgattattctcatttcacatggatagatatgatnnnnnnntagacacgagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatg 100  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||       |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29990645 tttgttatatttattgatgattattctcgtttcacatggatatatatgatgaaaaa-tagacatgagcttcctcaaatttacatcaattttgccaaaatg 29990743  T
Q  101 attcaaacacaattttct-aaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggt 199  Q
    |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29990744 attcaaacacaatttttttaaagtcattaaagttttccgacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcatggt 29990843  T
Q  200 acattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatct 299  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29990844 acattgtctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaatggtcgcgctgagagaaagcatcattacattcttgactcagtctgtgtcatgcttatct 29990943  T
Q  300 cagcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctccctt 371  Q
    | || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  29990944 cggcctcttgtccagaacgtgcttggggtgaagctgctcttactgctgtccatataatcaatcatctccctt 29991015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 16502685 - 16503066
Alignment:
Q  1 tttgttctctttattgatgattattctcatttcacatggatagatatgatnnnnnnntagacacgagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatg 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||       |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16502685 tttgttatatttattgatgattattctcgctttacatggatatatatgatgaaaaa-tagacatgagcttcctcaaatttacatcaattttgccaaaatg 16502783  T
Q  101 attcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggta 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  16502784 attcaaacataattttctaaagtcattaaagtttttcggcgagataatgtcatggaatatcgtgattctaaactcttgacatttcttagtgatcagggta 16502883  T
Q  201 cattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctc 300  Q
    | || | ||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16502884 ccttgtttgaattttcatgtccatatacatctcaacagaatggtcgcgctgagagaaagcatcgttacattcttgactcagtctgtgccatgcatatctc 16502983  T
Q  301 agcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctcccttcctctgtccttg 383  Q
    ||| || ||| || |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  16502984 agcctcatgttcagaacgcgcttggggtgaagccgctcttaccgctgtccatataatcaatcgcctctcttcctctgtccttg 16503066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 65 - 372
Target Start/End: Original strand, 24431852 - 24432159
Alignment:
Q  65 gagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatgattcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtg 164  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  24431852 gagcttcctcaaatttacattaagtttgcaaaaatgattcaaacacaattttctaaaattattaaagtttttcgccgagataatgccatggaatatcgtg 24431951  T
Q  165 attctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggtacattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcg 264  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  24431952 attctaaactcttagattttcttggtgagcagggtaccttgtctgaattctcttgtccatatacatctcaacaaaatggtcgtgctgagagaaaacatcg 24432051  T
Q  265 tcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctcagcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgt 364  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || || ||||||    
T  24432052 tcacattcttgactttgtccgtgccatgcttatctcagcctcttgtcctgaacgtgcttggggtgaagcttctcttactgctgtccacattatcaatcgt 24432151  T
Q  365 ctcccttc 372  Q
    || |||||    
T  24432152 cttccttc 24432159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 53017527 - 53017147
Alignment:
Q  2 ttgttctctttattgatgattattctcatttcacatggatagatatgatnnnnnnntagacacgagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatga 101  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||       ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53017527 ttgttctatttattgatgattattctcgctttacatggatatatatgatgaaaaa-tagacacgagcttcctcatatttacatcaattttgccaaaatga 53017429  T
Q  102 ttcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggtac 201  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || |   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  53017428 ttcaaacacaattttctaaagtcattaaagtctttcggtgagataatgccatgaaatatcgtgattctaaactcttgtcatttcttagtgagcagggtac 53017329  T
Q  202 attttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctca 301  Q
     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  53017328 cttgtctgaattttcatgtccatacacatctcaacaaaatggtcgtgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtccgtgccatgcttatctca 53017229  T
Q  302 gcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctcccttcctctgtccttg 383  Q
    || || |||||| |||  |||||||  ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53017228 gcctcgtgtccagaacacgcttgggatgaagccgctcttaccgcagtccatataatcaatcgtctcccttcctctgtccttg 53017147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 20670459 - 20670077
Alignment:
Q  1 tttgttctctttattgatgattattctcatttcacatggatagatatgatnnnnnnntagacacgagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatg 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  20670459 tttgttatatttattgatgattattctcactttacatggatatatatgatgaaaaa-tagacacgagcttcctcgaatttatatcaattttgccaaaatg 20670361  T
Q  101 attcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |  |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  20670360 attcaaacacaattttctaaagttgttaaattttttcggcgagataatgtcatggaagatcgtgattctaaactcttgtctttacttagtgaacatggta 20670261  T
Q  201 cattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctc 300  Q
    | || | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||| |    
T  20670260 ccttgtttgaattttcatgtccatacacatctcaacaaaatggtcgtgatgaaagaaagcatcgtcacattcttgactcaattcgtgtcatgcttatccc 20670161  T
Q  301 agcttcttgtccataacgtgcttggggg-gaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctcccttcctctgtccttg 383  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  20670160 agcctcttgtccagaacgtgcttgggggtgaagatgctcttactactatccatataatcaattgtctcccttcctctgtccttg 20670077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 52392948 - 52392858
Alignment:
Q  66 agcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatgattcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatgga 156  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||  |||||| ||||   | ||||||||||||||||    
T  52392948 agcttcctcaattttacagcaactttgtcaaaatgattcaaaaacaatttttcaaagccattaaattttttggatgagataatgccatgga 52392858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 65 - 372
Target Start/End: Original strand, 17450901 - 17451208
Alignment:
Q  65 gagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatgattcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtg 164  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  17450901 gagcttcctcaaatttacattaagtttgcaaaaatgattcaaacacaattttctaaaattattaaagtttttcgccgagataatgccatggaatatcgtg 17451000  T
Q  165 attctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggtacattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcg 264  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  17451001 attctaaactcttagattttcttggtgagcagggtaccttgtctgaattctcttgtccatatacatctcaacaaaatggtcgtgctgagagaaaacatcg 17451100  T
Q  265 tcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctcagcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgt 364  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || || ||||||    
T  17451101 tcacattcttgactctgtccgtgccatgcttatctcagcctcttgtcctgaacgtgcttggggtgaagcttctcttactgctgtccacattatcaatcgt 17451200  T
Q  365 ctcccttc 372  Q
    || |||||    
T  17451201 cttccttc 17451208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 65 - 383
Target Start/End: Original strand, 14825616 - 14825934
Alignment:
Q  65 gagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatgattcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtg 164  Q
    |||||| ||||||||||||  ||  |||| ||||||||| || ||||||||||||||  ||| || ||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||    
T  14825616 gagcttcctcaaatttacactaacgttgcaaaaatgattaaagcacaattttctaaaacaatcaaggtttttcgccgagataatgcaatggaataccgtg 14825715  T
Q  165 attctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggtacattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcg 264  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  14825716 attttaaactcttatcttttcttggtaagcagggtaccttgtctgaattttcttgtccttatacatcacaacaaaatggtcgtgctgagagaaagcatcg 14825815  T
Q  265 tcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctcagcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgt 364  Q
    || ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| | |||||   ||| |||| |||||| || |||||||||    
T  14825816 tcccattcttgattctgttcgtgccatgcttatctcagcctcttgtcctgaacgtgcttggtgtgaagcatgtctaactgttgtccacattattaatcgt 14825915  T
Q  365 ctcccttcctctgtccttg 383  Q
    || || || ||||||||||    
T  14825916 cttccctcatctgtccttg 14825934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 292 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 5241965 - 5241879
Alignment:
Q  292 gcttatctcagcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctcccttcctctgt 378  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||    
T  5241965 gcttatctcagcctcttgtccaaaacgcgcttggggtgaagctgctcttaccgctgtccatatgataaactgtctcccttccgctgt 5241879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 8e-77; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 383
Target Start/End: Original strand, 12544157 - 12544535
Alignment:
Q  1 tttgttctctttattgatgattattctcatttcacatggatagatatgatnnnnnnntagacacgagcttactcaaatttacatcaattttgccaaaatg 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12544157 tttgttctatttattgatgattattctcgctttacatggatatatatgatgaaaaa-tagacacgagcttcctcaaatttacatcaattttatcaaaatg 12544255  T
Q  101 attcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtgattctaaactcttgtcttttcttagtgagcagggta 200  Q
    | |  |||||||||||  ||||| |||||||| || |  |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |    
T  12544256 aattcaacacaatttt--aaagtcattaaagtctttcggcgagataatgccacaaaatatcgtgattctaaactcttgtcatttcttaatgagcagagga 12544353  T
Q  201 cattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctgtgccatgcttatctc 300  Q
    | || ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  12544354 ctttgtcccagttttcatgtccatacacatctcaacaaaatagttgtgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtccgtgccatgcttatttc 12544453  T
Q  301 agcttcttgtccataacgtgcttggggggaagctgctcttactgctgtccatataattaatcgtctcccttcctctgtccttg 383  Q
    ||| ||||||||| | |   | | ||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  12544454 agcatcttgtccagatcacac-tagggtgaagccgctcttactgttgttcatataatcaatcatctcccttcctctgtccttg 12544535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 304
Target Start/End: Original strand, 15269032 - 15269249
Alignment:
Q  88 ttttgccaaaatgattcaaacacaattttctaaagtaattaaagttttccaacgagataatgccatggaatatcgtg-at-tctaaactcttgtcttttc 185  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||  || || |||||||||||||||||||    
T  15269032 ttttgccaaaatgattcaaacttagttttctaaaatctttaaagtttttcaacgagataatgccatgaaatatattgtatatctaaactcttgtcttttc 15269131  T
Q  186 ttagtgagcagggtacattttctgaattttcttgtccatacacatctcaacaaaagggtcgcgctgagagaaagcatcgtcacattcttgactcagtctg 285  Q
    || |||||||| |||| || ||||| | || ||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  15269132 ttggtgagcagagtaccttgtctgattatt-ttgtccatatacatttcaacaaaatggttgcgctgagagaaagcatcgtcacgttcttgacttagtttg 15269230  T
Q  286 tgccatgcttatctcagct 304  Q
    || ||||||||||||||||    
T  15269231 tgtcatgcttatctcagct 15269249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University