View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16254_high_5 (Length: 329)

Name: NF16254_high_5
Description: NF16254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16254_high_5
NF16254_high_5
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-329)||(30024775-30025103)
chr2 (1-329)||(30117019-30117347)
chr2 (1-329)||(30131776-30132104)
chr2 (1-329)||(30035594-30035922)
chr2 (1-329)||(30229732-30230060)
chr2 (1-329)||(30237025-30237353)
chr2 (7-329)||(30182153-30182475)
chr2 (7-319)||(30281377-30281689)
chr2 (7-319)||(30792423-30792735)
chr2 (7-325)||(30253800-30254115)
chr2 (2-319)||(30069905-30070222)
chr2 (30-319)||(30176679-30176968)
chr2 (36-266)||(30031818-30032048)
chr2 (36-266)||(30225956-30226186)
chr2 (36-208)||(30092572-30092744)
chr2 (36-208)||(30114425-30114597)
chr2 (36-208)||(30129177-30129349)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 30025103 - 30024775
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30025103 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 30025004  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30025003 catagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 30024904  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30024903 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatcattaagttgaccattgc 30024804  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30024803 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30024775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 30117019 - 30117347
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117019 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 30117118  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117119 catagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 30117218  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30117219 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatcattaagttgaccattgc 30117318  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30117319 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30117347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 30131776 - 30132104
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30131776 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 30131875  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30131876 catagttgtttcagaatgtccagcgcatttgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 30131975  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30131976 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatcattaagttgaccattgc 30132075  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30132076 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30132104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 30035594 - 30035922
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30035594 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaaattctcaactt 30035693  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30035694 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagcattatgagattgataaacttt 30035793  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30035794 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcaccattaagttgaccattgc 30035893  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30035894 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30035922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 30229732 - 30230060
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30229732 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaaattctcaactt 30229831  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30229832 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagcattatgagattgataaacttt 30229931  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30229932 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcaccattaagttgaccattgc 30230031  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30230032 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30230060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 30237025 - 30237353
Alignment:
Q  1 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30237025 tcaaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactagaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaactt 30237124  T
Q  101 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  30237125 catagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactcgagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcacaataagctctatgagattgataaacttt 30237224  T
Q  201 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30237225 tggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactctgtagataagctcatcattaagttgaccattgc 30237324  T
Q  301 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30237325 ataacatggtgacatcctttctgttcaga 30237353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 329
Target Start/End: Original strand, 30182153 - 30182475
Alignment:
Q  7 tttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagt 106  Q
    ||||||||| ||||| ||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | ||||  ||  ||| ||||| ||| |||||||||| |    
T  30182153 tttcaatatcttgaagaacaggttgcacctcaaatttctcttcaaatataaattcgaggttttgtaacataatgagttctaaacttcccaacttcataat 30182252  T
Q  107 tgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggagg 206  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||| |    || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  30182253 tgtttcagaatgtctggtgcattcgcttccatttgcaaatatatatgtgaaggaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgatgaacctttggagg 30182352  T
Q  207 aaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgcataaca 306  Q
    |||||||||||||| || |||| | |||| || |||||||||| || |||||||||||||  || |||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||    
T  30182353 aaaccagatggaaacttttcagacacatcgtgaaaacatcgcaagcaaagagctgttactgtgttgataagctcatcattaaggtgaccattgcatgcca 30182452  T
Q  307 tggtgacatcctttctgttcaga 329  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  30182453 tggtgacatccttgctgttcaga 30182475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 30281689 - 30281377
Alignment:
Q  7 tttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagt 106  Q
    ||||||||| ||||| ||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| | ||||| ||  ||| ||||| ||  |||||||||| |    
T  30281689 tttcaatatcttgaagaacagggtgcacctcaaaattctcttcacatataaattcgaggttttgtaacttaatgagttctaaactttccaacttcataat 30281590  T
Q  107 tgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggagg 206  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  |||| |||    
T  30281589 tgtttcagaatgtccagtccattcgcttccactcgaaaatatatatgtgaaggaactacatgtcaccttaaggtttttgagattgataaatctttgaagg 30281490  T
Q  207 aaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgcataaca 306  Q
    ||||||| || ||||||| |||  |||||||| |||||||||| |||||||||| | |||  ||||||| || || ||||||||| |||  |||||||||    
T  30281489 aaaccagttgaaaatttgacagattcatcatgaaaacatcgcaagcgaagagctttcactttgtagataggcccatcattaagttcaccgctgcataaca 30281390  T
Q  307 tggtgacatcctt 319  Q
    |||||||||||||    
T  30281389 tggtgacatcctt 30281377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 30792735 - 30792423
Alignment:
Q  7 tttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagt 106  Q
    ||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||   | |||||||||   ||||||||||||||||    
T  30792735 tttcaatgttttgaagaaccggttgcacctcagatttctctttacatataaactcaaggttttttaatccagcaagtactagtcttctcaacttcatagt 30792636  T
Q  107 tgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggagg 206  Q
    ||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||||||| | |   || | ||||||  ||||||||    
T  30792635 tgtttcagaatgttcagtgcaaatgcttccactcaagaaaatctctgagaaggaactacatgacaccttaagatattccaggtggataaatctttggagg 30792536  T
Q  207 aaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgcataaca 306  Q
    ||||||||||||||||| |||| |   ||||| |||||||| |||||||||||| |||||  |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  30792535 aaaccagatggaaatttttcagtcgtgtcatgaaaacatcgtaggcgaagagcttttactgtgtagatcagctcatcattaagttgaccgttgcataaca 30792436  T
Q  307 tggtgacatcctt 319  Q
    ||||||| |||||    
T  30792435 tggtgacgtcctt 30792423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 30254115 - 30253800
Alignment:
Q  7 tttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagt 106  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||| | ||| || |||||| |||||||||||||| |    
T  30254115 tttcaatattttgaagaactgtttgcacctcaaatttctcttcacaaataaacttgaggttgtgtaagttaacgagcactaaacttctcaacttcataat 30254016  T
Q  107 tgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggagg 206  Q
    |||||||||||||||   | |  | | ||||||   |||||| | ||||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  30254015 tgtttcagaatgtccgctggaagcacatccact---gaaaatctttgtgaaggaactacaagttatcttaaggtttttgagattgataaacctttggagg 30253919  T
Q  207 aaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgcataaca 306  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||   ||||||   ||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  30253918 aaacctgatggaaatttgtcagactcattatgaaaacatcgtaggcgaagagcttttaccgtgtagattgtctcattgttatgttgaccattgcataaca 30253819  T
Q  307 tggtgacatcctttctgtt 325  Q
    | ||||||||||| |||||    
T  30253818 ttgtgacatccttactgtt 30253800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 30070222 - 30069905
Alignment:
Q  2 caaagtttcaatattttgaataactgattgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttc 101  Q
    ||||||||| || || ||||||| || |||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||| | ||| | |   ||||||||| |||||||||||    
T  30070222 caaagtttccatgttctgaataattggttgcacctcagatttgacatcacatataaactcaaggttgtgtaagttactgagtactaaacttctcaacttc 30070123  T
Q  102 atagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaactttt 201  Q
    ||| |||||| | ||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||| |||    
T  30070122 atacttgttttataatgtccagtgcaaacgcttccactcgagaaaatctctgagaaggaactacatgtcaacttaaggttttcgagattgataaaccttt 30070023  T
Q  202 ggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgca 301  Q
    | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||||| |||| ||||| | | ||   ||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  30070022 gcaagaaacctgatggaaacttgacagactcgtcatgaaaacatcgtaggcaaagagatttcaccgcgtaaataagctcatcattaagttgaccattgcg 30069923  T
Q  302 taacatggtgacatcctt 319  Q
    |||||||| |||||||||    
T  30069922 taacatggagacatcctt 30069905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 30176968 - 30176679
Alignment:
Q  30 tgcacctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcatt 129  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||  ||||||||||||||  || ||||||||||| ||| ||       
T  30176968 tgcatctcagatttctcttcacatataaactcgaggttatttagttcaacaattactagttttctcaacttcatctttctttcagaatgttcagtgccaa 30176869  T
Q  130 cgcttccactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagc 229  Q
     |||||||||  ||||||| |  ||||| |||||||| | ||| ||||| |||   |||||||||||  ||||||||||||||| |||||| || ||||     
T  30176868 agcttccacttgagaaaatctcagtgaaagaactacaagacactttaagattttcaagattgataaatctttggaggaaaccagttggaaacttctcaga 30176769  T
Q  230 ctcatcatggaaacatcgcaggcgaagagctgttactcggtagataagctcagcattaagttgaccattgcataacatggtgacatcctt 319  Q
    ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||  |||   ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  30176768 ctcgtcatgaaaacatcgcagacgaagagctttcactgtgtagatagactcgttattaagttgaccgctacataacatggtgacatcctt 30176679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30032048 - 30031818
Alignment:
Q  36 tcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttc 135  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |     |||||    
T  30032048 tcagaattgtctccacatataaactcaaggttatgtaattcaacaagtactagctttttcaacttcattgttgtttccgaatgtccagtgtcaaagcttc 30031949  T
Q  136 cactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatc 235  Q
    ||||  ||||||| | |||||||||||| || |||||| |||| |||   |||||||||||  |||||||||| |   |||||||| | |||| |||||     
T  30031948 cacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaagctgtatggaaatatttcagactcatt 30031849  T
Q  236 atggaaacatcgcaggcgaagagctgttact 266  Q
     || ||||| |||| ||||||| || |||||    
T  30031848 gtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttact 30031818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 30226186 - 30225956
Alignment:
Q  36 tcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttc 135  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||  ||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |     |||||    
T  30226186 tcagaattgtctccacatataaactcaaggttatgtaattcaacaagtactagctttttcaacttcattgttgtttccgaatgtccagtgtcaaagcttc 30226087  T
Q  136 cactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaaaccagatggaaatttgtcagcctcatc 235  Q
    ||||  ||||||| | |||||||||||| || |||||| |||| |||   |||||||||||  |||||||||| |   |||||||| | |||| |||||     
T  30226086 cacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaagctgtatggaaatatttcagactcatt 30225987  T
Q  236 atggaaacatcgcaggcgaagagctgttact 266  Q
     || ||||| |||| ||||||| || |||||    
T  30225986 gtgaaaacaacgcaagcgaagatcttttact 30225956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30092744 - 30092572
Alignment:
Q  36 tcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttc 135  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||  |     |||||    
T  30092744 tcagaattgtctccacatataaactcaaggttatgtaattcaacaagtactaattttttcaacttcattgttgtttccgaatgtccaaggtcaaagcttc 30092645  T
Q  136 cactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaa 208  Q
    ||||  ||||||| | |||||||||||| || |||||| |||| |||   |||||||||||  ||||||||||    
T  30092644 cacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaa 30092572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30114597 - 30114425
Alignment:
Q  36 tcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttc 135  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||  |     |||||    
T  30114597 tcagaattgtctccacatataaactcaaggttatgtaattcaacaagtactaattttttcaacttcattgttgtttccgaatgtccaaggtcaaagcttc 30114498  T
Q  136 cactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaa 208  Q
    ||||  ||||||| | |||||||||||| || |||||| |||| |||   |||||||||||  ||||||||||    
T  30114497 cacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaa 30114425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30129349 - 30129177
Alignment:
Q  36 tcagatttctcttcacatataaactcgaggttatctaactgaacaagtactaaatttctcaacttcatagttgtttcagaatgtccagcgcattcgcttc 135  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||||  |     |||||    
T  30129349 tcagaattgtctccacatataaactcaaggttatgtaattcaacaagtactaattttttcaacttcattgttgtttccgaatgtccaaggtcaaagcttc 30129250  T
Q  136 cactccagaaaatgtatgtgaaggaactacatgtcaccttaagctttatgagattgataaacttttggaggaa 208  Q
    ||||  ||||||| | |||||||||||| || |||||| |||| |||   |||||||||||  ||||||||||    
T  30129249 cacttgagaaaatttctgtgaaggaactgcaagtcaccataagtttttcaagattgataaatctttggaggaa 30129177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University