View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16257_high_6 (Length: 485)
Name: NF16257_high_6
Description: NF16257
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16257_high_6 |
 | |
|
| [»] scaffold1453 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 468
Target Start/End: Original strand, 30045826 - 30046286
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaaaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30045826 |
ccaagcaaatatgggatgagctggacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
30045925 |
T |
|
| Q |
108 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30045926 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
30046025 |
T |
|
| Q |
208 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30046026 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
30046125 |
T |
|
| Q |
308 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30046126 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctgatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
30046225 |
T |
|
| Q |
408 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30046226 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
30046286 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 200189 - 199729
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaaaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
200189 |
ccaagcaaatatgggatgagctggacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
200090 |
T |
|
| Q |
108 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
200089 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
199990 |
T |
|
| Q |
208 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
199989 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
199890 |
T |
|
| Q |
308 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
199889 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctgatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
199790 |
T |
|
| Q |
408 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
199789 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
199729 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 468
Target Start/End: Original strand, 3942080 - 3942540
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaaaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3942080 |
ccaagcaaatatgggatgagctggacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
3942179 |
T |
|
| Q |
108 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3942180 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
3942279 |
T |
|
| Q |
208 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3942280 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
3942379 |
T |
|
| Q |
308 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3942380 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctgatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
3942479 |
T |
|
| Q |
408 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3942480 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
3942540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 39953342 - 39952888
Alignment:
| Q |
14 |
aaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaaaatgaa |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953342 |
aaatatgggatgagctgaacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaaaatgaa |
39953243 |
T |
|
| Q |
114 |
ggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagtagtggaa |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953242 |
ggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagtagtggaa |
39953143 |
T |
|
| Q |
214 |
aagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatggtcagca |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953142 |
aagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatggtcagca |
39953043 |
T |
|
| Q |
314 |
aattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggacagaagaa |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39953042 |
aattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctgatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggacagaagaa |
39952943 |
T |
|
| Q |
414 |
aaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39952942 |
aaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
39952888 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1453 (Bit Score: 427; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:
Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 468
Target Start/End: Original strand, 535 - 989
Alignment:
| Q |
14 |
aaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaaaatgaa |
113 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
535 |
aaatatgggatgagatgaacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaaaatgaa |
634 |
T |
|
| Q |
114 |
ggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagtagtggaa |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
635 |
ggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagtagtggaa |
734 |
T |
|
| Q |
214 |
aagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatggtcagca |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
735 |
aagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagacaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatggtcagca |
834 |
T |
|
| Q |
314 |
aattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggacagaagaa |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
835 |
aattgacagctcataaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctgatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggacagaagaa |
934 |
T |
|
| Q |
414 |
aaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
935 |
aaagaactacaaacatggtggtgataaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
989 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 468
Target Start/End: Original strand, 22361720 - 22362168
Alignment:
| Q |
8 |
ccaagaaaatatgggatgagctagacgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaatgctgaa |
107 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
22361720 |
ccaagcaaatatgggatgagctggatgaaaggtatgctggtgatgaaagggtaagatccataaagttattgactcttaaaagggagtttgaaaggctaaa |
22361819 |
T |
|
| Q |
108 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22361820 |
aatgaaggaacatgaatctgtcaaagaatacacctcaaaactatctcacttggtgaatcaaatgagacttcatggtgaggttgtagatgacagcaaagta |
22361919 |
T |
|
| Q |
208 |
gtggaaaagatgctgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatctcaagaaactaactgtttctgagatgg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22361920 |
gtggaaaagatgttgatcagcttacccgacaaatttgaagccaaagttgctgctattgaagagtcatgtgatcttaagaaactaactgtttctgagatgg |
22362019 |
T |
|
| Q |
308 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgtttctaatggtgcttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22362020 |
tcagcaaattgacagctcatgaacaaagattctctatgagaatggatgatgt------------ttttcaggccaaacacaagcagtttggagttggaca |
22362107 |
T |
|
| Q |
408 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
468 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22362108 |
gaagaaaaagaactacaaacatggtggtgatcaaaaaggaaagaacaaagatgatggtagt |
22362168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University