View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16267_low_1 (Length: 1322)
Name: NF16267_low_1
Description: NF16267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16267_low_1 |
 | |
|
| [»] chr2 (4 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1105; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1105; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1322
Target Start/End: Complemental strand, 33807541 - 33806236
Alignment:
| Q |
11 |
acatcatcaacagccataagaaagtaaagatccaagattaattaaatgagtgcgacaattacaaactcaattggccataagtcattgatgtgggtgatgt |
110 |
Q |
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| T |
33807541 |
acattatcaacagccataagaaagaaaagatccaagataaattaaatgagtgcgacaattacaaactcaattgaccataagtcattgatgtgggtgatgt |
33807442 |
T |
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| Q |
111 |
gaactgtcttgtaatttaatccacacatacaattagtcgatgcgcataaaactacaactctgattataaatttaaaggtcttgataacgagtattttaga |
210 |
Q |
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| T |
33807441 |
gaactgtcttgtaatttagtccacacatacaattagtcgatgcacataaaactacaactctgattataaatttaaaggtcttgctgacgagtattttaga |
33807342 |
T |
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| Q |
211 |
acactttttaaa-gattctaaatagaaaaattaatttttaaaaaagatgaatattataattacaatgtattgaatacataaattttcataaaaatttgtt |
309 |
Q |
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| T |
33807341 |
acattttttaaaagattctaaatagaaaaattaatttttaaaaaagataaatattataattacaatgtattgaatatataaattttaataaaaacttgtt |
33807242 |
T |
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| Q |
310 |
tcatccaatcttatatttaagaaaaagggaaatgttaacttgtgtcatcatatnnnnnnnnncacatccttttcaattttatccttgaaagtgtttcgta |
409 |
Q |
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|
| T |
33807241 |
tcatccaatcttatatttaagaaaaagggaaatgttaacttgt--catcata--aaaaaaaacacatccttatcaattttatccttgaaagtgtttcgta |
33807146 |
T |
|
| Q |
410 |
agtgttgaaaacatcgaaatagttatagtaaatttaatgtaagggtaaatttgaaattctagtattaaatataataattataatagacttaacttatttg |
509 |
Q |
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| T |
33807145 |
agtgttgaaaacattgaaatagttatagtaaatttaatttaagggtaaatttgaaattctagtattaaatataataattataatatacttaaattatttg |
33807046 |
T |
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| Q |
510 |
cttgctatgttatttccactttccaacttgagctccagctagctttgttatattctttcttttcaaccgattccattttaaaaattccataattttgttc |
609 |
Q |
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| T |
33807045 |
cttgctatgttatttccactttccaacttgagcttcagctagctttgttatattctttcttttcaaccgattccattttaaaaattccataattttgttc |
33806946 |
T |
|
| Q |
610 |
cttgtaaattcttccatgtagcaactaaaacatgggaacaaaacattggtttttatcctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatg |
709 |
Q |
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| T |
33806945 |
cttgtaaattcttccatgtagcaactaaaacatgggaacaaaacattggtttttatcctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatg |
33806846 |
T |
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| Q |
710 |
tccaagccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcacctgggatggaaggttctccaacgagttttattattgacgaaaattcgaagttcc |
809 |
Q |
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| T |
33806845 |
tccaaaccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcacctgggatggaagcttctccaatgagttttatt---gacgaaaagtcgaagttcc |
33806749 |
T |
|
| Q |
810 |
ttgtctcaaagaatagaaattttgcttttggttttgtcaccacctttaatggcaacaccaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctacgtcgt |
909 |
Q |
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| T |
33806748 |
tcgtctcaaaggatagaaattttgtttttggttttgtcaccaccgtaaacgacaacaccaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctccatcgt |
33806649 |
T |
|
| Q |
910 |
gctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttgataaaaaaggaaatgcctatttatagaggaatggaactgtgatc |
1009 |
Q |
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| T |
33806648 |
gctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttgataaaaaaggaaatgcctatttacagaggaatggaactgtgatc |
33806549 |
T |
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| Q |
1010 |
tggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactggaaatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagtt |
1109 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33806548 |
tggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactggaaatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagtt |
33806449 |
T |
|
| Q |
1110 |
ttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttga |
1209 |
Q |
| |
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| T |
33806448 |
ttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttga |
33806349 |
T |
|
| Q |
1210 |
gatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccacagacttattggactatgcagaatgatatccgtaaaatcattgataaggtcggc |
1309 |
Q |
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| T |
33806348 |
gatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccacagacttattggactatgcagaatgataaccgtaaaatcgttgataaggtcggc |
33806249 |
T |
|
| Q |
1310 |
catgttgtggcat |
1322 |
Q |
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||||||||||||| |
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| T |
33806248 |
catgttgtggcat |
33806236 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 1075; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1292
Target Start/End: Complemental strand, 33803059 - 33801784
Alignment:
| Q |
11 |
acatcatcaacagccataagaaagtaaagatccaagattaattaaatgagtgcgacaattacaaactcaattggccataagtcattgatgtgggtgatgt |
110 |
Q |
| |
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|
| T |
33803059 |
acattatcaacagccataagaaagaaaagatccaagataaattaaatgagtgcgacaattacaaactcaattgaccataagtcattgatgtgggtgatgt |
33802960 |
T |
|
| Q |
111 |
gaactgtcttgtaatttaatccacacatacaattagtcgatgcgcataaaactacaactctgattataaatttaaaggtcttgataacgagtattttaga |
210 |
Q |
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| T |
33802959 |
gaactgtcttgtaatttagtccacacatacaattagtcgatgcacataaaactacaactctgattataaatttaaaggtcttgctgacgagtattttaga |
33802860 |
T |
|
| Q |
211 |
acactttttaaa-gattctaaatagaaaaattaatttttaaaaaagatgaatattataattacaatgtattgaatacataaattttcataaaaatttgtt |
309 |
Q |
| |
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| T |
33802859 |
acattttttaaaagattctatatagaaaaattaatttttaaaaaagataaatattataattacaatgtattgaatatataaattttaataaaaacttgtt |
33802760 |
T |
|
| Q |
310 |
tcatccaatcttatatttaagaaaaagggaaatgttaacttgtgtcatcatatnnnnnnnnncacatccttttcaattttatccttgaaagtgtttcgta |
409 |
Q |
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|
| T |
33802759 |
tcatccaatcttatatttaagaaaaagggaaatgttaacttgt--catcata--aaaaaaaacacatccttatcaattttatccttgaaagtgtttcgta |
33802664 |
T |
|
| Q |
410 |
agtgttgaaaacatcgaaatagttatagtaaatttaatgtaagggtaaatttgaaattctagtattaaatataataattataatagacttaacttatttg |
509 |
Q |
| |
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| T |
33802663 |
agtgttgaaaacattgaaatagttatagtaaatttaatttaagggtaaatttgaaattctagtattaaatataataattataatatacttaaattatttg |
33802564 |
T |
|
| Q |
510 |
cttgctatgttatttccactttccaacttgagctccagctagctttgttatattctttcttttcaaccgattccattttaaaaattccataattttgttc |
609 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33802563 |
cttgctatgttatttccactttccaacttgagcttcagctagctttgttatattctttcttttcaaccgattccattttaaaaattccataattttgttc |
33802464 |
T |
|
| Q |
610 |
cttgtaaattcttccatgtagcaactaaaacatgggaacaaaacattggtttttatcctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatg |
709 |
Q |
| |
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|
| T |
33802463 |
cttgtaaattcttccatgtagcaactaaaacatgggaacaaaacattggtttttatcctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatg |
33802364 |
T |
|
| Q |
710 |
tccaagccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcacctgggatggaaggttctccaacgagttttattattgacgaaaattcgaagttcc |
809 |
Q |
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|
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| T |
33802363 |
tccaaaccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcacctgggatggaagcttctccaatgagttttatt---gacgaaaagtcgaagttcc |
33802267 |
T |
|
| Q |
810 |
ttgtctcaaagaatagaaattttgcttttggttttgtcaccacctttaatggcaacaccaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctacgtcgt |
909 |
Q |
| |
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| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
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| T |
33802266 |
tcgtctcaaaggatagaaattttgtttttggttttgtcaccaccgtaaacgacaacaccaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctccatcgt |
33802167 |
T |
|
| Q |
910 |
gctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttgataaaaaaggaaatgcctatttatagaggaatggaactgtgatc |
1009 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
33802166 |
gctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttgataaaaaaggaaatgcctatttacagaggaatggaactgtgatc |
33802067 |
T |
|
| Q |
1010 |
tggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactggaaatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagtt |
1109 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
33802066 |
tggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactggaaatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagtt |
33801967 |
T |
|
| Q |
1110 |
ttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttga |
1209 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33801966 |
ttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttga |
33801867 |
T |
|
| Q |
1210 |
gatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccacagacttattggactatgcagaatgatatccgtaaaa |
1292 |
Q |
| |
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|
|
| T |
33801866 |
gatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccacagacttattggactatgcagaatgataaccgtaaaa |
33801784 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 656 - 1322
Target Start/End: Original strand, 33811405 - 33812068
Alignment:
| Q |
656 |
tggtttttatcctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatgtccaagccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcac |
755 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33811405 |
tggtttttatcctatgttgttgttggtctttccatctccaccctactgatcatgtccaaactgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcac |
33811504 |
T |
|
| Q |
756 |
ctgggatggaaggttctccaacgagttttattattgacgaaaattcgaagttccttgtctcaaagaatagaaattttgcttttggttttgtcaccacctt |
855 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
33811505 |
ctgggatggagggttctcaagcgaattttatt---gacgaaggctcgaagttccttgtctcaaagaatagaaattttgcttttggttttgtcaccaccgt |
33811601 |
T |
|
| Q |
856 |
taatggcaacaccaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctacgtcgtgctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataat |
955 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
33811602 |
taatgacaccaccaagtttctattagtaatcgtccacgcggctagctccaccgtgctttggactgctaatagagcactaccagtttccaattatgataat |
33811701 |
T |
|
| Q |
956 |
tttgtgtttgataaaaaaggaaatgcctatttatagaggaatggaactgtgatctggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactg |
1055 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33811702 |
ttcgagtttgataaaaaaggaaatgcctatttactgaaagatggaactgtgatctggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaaaacactg |
33811801 |
T |
|
| Q |
1056 |
gaaatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagttttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaaga |
1155 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
33811802 |
gaaatttggttttgcttggtaaggacgacaataatacggtaatttggcaaagttttagttatccaactgatactttgatgcattcacaggatttcaaaga |
33811901 |
T |
|
| Q |
1156 |
gggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactcca |
1255 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33811902 |
gggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactcca |
33812001 |
T |
|
| Q |
1256 |
cagacttattggactatgcagaatgatatccgtaaaatcattgataaggtcggccatgttgtggcat |
1322 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33812002 |
cagacttattggactatgcagaatgataaccgtaaaatcgttgataaggtcggccatgttgtggcat |
33812068 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 566 - 1320
Target Start/End: Original strand, 31026989 - 31027740
Alignment:
| Q |
566 |
ttcttttcaaccgattccattttaaaaattccataattttgttccttgtaaattcttccatgtagcaactaaaacatgggaacaaaacattggtttttat |
665 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||| || | |||||||||| |||| |||||||||||| || | | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
|
|
| T |
31026989 |
ttcttttcaaccaattccacttaacaaattccatagttttcttccttgtaaatcctacaaggtaggaactaaaacatgggaacacaacattggttttttt |
31027088 |
T |
|
| Q |
666 |
cctatgttgttgttggtcttttcatctccaccctattgatcatgtccaagccgtgtttatgtgatattcaatatattggcacaatctcacctgggatgga |
765 |
Q |
| |
|
| |||||||| || ||| | |||||||| ||| ||| |||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
31027089 |
cgaatgttgtttatgttctgtccatctccatcctcttggtcatgtccaaactgtgtttgtgtgatattcaatatattggcacaatctcaccagggatgga |
31027188 |
T |
|
| Q |
766 |
aggttctccaacgagttttattattgacgaaaattcgaagttccttgtctcaaagaatagaaattttgcttttggttttgtcaccacctttaatggcaac |
865 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| | ||| || ||| || | | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | |||| || | |
|
|
| T |
31027189 |
aggttctcaaacaaatttcatc---gacaaagacttcaagttcctcctctcaaagaatagagtttttgcttttggttttgttgctgccgtcaatgacacc |
31027285 |
T |
|
| Q |
866 |
accaagtttctattagcaatcgtccacatggctagctacgtcgtgctttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttg |
965 |
Q |
| |
|
||||||||| || | ||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
31027286 |
accaagtttttactggcaatcgtccacacggctagctccaccgtgctttgggctgctaatagagcattacctgtttccaattacgatagtttcgtgtttg |
31027385 |
T |
|
| Q |
966 |
ataaaaaaggaaatgcctatttatagaggaatggaactgtgatctggtctacaaacacaattagcaaaacaatggaattgcaagacactggaaatttggt |
1065 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
31027386 |
ataaaaatggaaatgcctttttggagaaagatggaattgtgatctggtctacaaacacaattagcaaagcaatggaattgcaagacaatggaaatttggt |
31027485 |
T |
|
| Q |
1066 |
tttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagttttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagggaatgaaa |
1165 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31027486 |
tttgcttggtaacgacgacaatgatacggtaatttggcaaagttttagttatccaactgatactttgatgccttcgcaggaattcaaagagggaatgaaa |
31027585 |
T |
|
| Q |
1166 |
cttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccacagacttatt |
1265 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
31027586 |
cttaccagtgaacctagtccaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatcaggtaatgttattctttcagctggttacaaaactccacaaacatatt |
31027685 |
T |
|
| Q |
1266 |
ggactatgcagaatgatatccgtaaaatcattgataaggtcggccatgttgtggc |
1320 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31027686 |
ggactatgcagaaggataaccgtaaaataatagataaggtcggccatgttgtggc |
31027740 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 3e-51; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1058 - 1319
Target Start/End: Original strand, 49462448 - 49462706
Alignment:
| Q |
1058 |
aatttggttttgcttggtaacgacgacaataatacggtaatttggcaaagttttagttatccaactgatactttaatgccttcacaagatttcaaagagg |
1157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||| ||| | ||| || || | |
|
|
| T |
49462448 |
aatttggttttgcttgggaaggat---aatagtacggtaatttggcaaagttttgattttcctactgatactttgatgcctcaacaggtttttaaggaag |
49462544 |
T |
|
| Q |
1158 |
gaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactccaca |
1257 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
49462545 |
gaatgaagattactagtgaacctagttcaaataatttgacctatgttcttgagattaaatctggtaatgttgttctttctgctggttttaaaattccaca |
49462644 |
T |
|
| Q |
1258 |
gacttattggactatgcagaatgatatccgtaaaatcattgataaggtcggccatgttgtgg |
1319 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||| | |||| | | |||| ||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
49462645 |
ggtttattggactatgcaggaggataacaggaaaaccattgataaggatggtcatgttgtgg |
49462706 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1148 - 1304
Target Start/End: Complemental strand, 10071418 - 10071262
Alignment:
| Q |
1148 |
ttcaaagagggaatgaaacttaccagtgaacctagttcaaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttca |
1247 |
Q |
| |
|
|||||||||| || ||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||| | || |||| |||||||| |
|
|
| T |
10071418 |
ttcaaagaggtaaagaaacttacaagtgaacctattccaaataactcgacctatgttcttcagataaaatctggtaatgctattgtttctgctggtttgg |
10071319 |
T |
|
| Q |
1248 |
aaactccacagacttattggactatgcagaatgatatccgtaaaatcattgataagg |
1304 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| | |||||||||||| | || ||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
10071318 |
aaactccactgacttactagactatgcagaagggtaaccgcaaaacaattgataagg |
10071262 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1185 - 1255
Target Start/End: Complemental strand, 7815187 - 7815117
Alignment:
| Q |
1185 |
caaataacttgacctatgttcttgagatcaaatctggtgatgttgttctttcagctggtttcaaaactcca |
1255 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7815187 |
caaataacttgacctttgttattgagatcaaatctggtaatgttatactttcagcttgtttcaaaactcca |
7815117 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 912 - 981
Target Start/End: Original strand, 49462293 - 49462362
Alignment:
| Q |
912 |
tttggactgctaatagagcattaccagtttccaatgttgataattttgtgtttgataaaaaaggaaatgc |
981 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
49462293 |
tttggactgctaatagaggaaaaccagtttctaattctgataattttgtctttgataaaaagggtaatgc |
49462362 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 272 - 306
Target Start/End: Original strand, 51039811 - 51039845
Alignment:
| Q |
272 |
caatgtattgaatacataaattttcataaaaattt |
306 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51039811 |
caatgaattgaatacataaattttcataaaaattt |
51039845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000008; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 427 - 491
Target Start/End: Original strand, 44207967 - 44208031
Alignment:
| Q |
427 |
aatagttatagtaaatttaatgtaagggtaaatttgaaattctagtattaaatataataattata |
491 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||| |||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44207967 |
aatagttacattaaatttaatttaagggtaaatttggaatagtggcattaaatataataattata |
44208031 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 379 - 420
Target Start/End: Original strand, 9301258 - 9301299
Alignment:
| Q |
379 |
ttttcaattttatccttgaaagtgtttcgtaagtgttgaaaa |
420 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
9301258 |
ttttcaattttatccttgaaagtgttttaaaagtgttgaaaa |
9301299 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 269 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 18945179 - 18945144
Alignment:
| Q |
269 |
ttacaatgtattgaatacataaattttcataaaaat |
304 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
18945179 |
ttacaatgtattgaatacacaaattttcataaaaat |
18945144 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 213 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 27004133 - 27004039
Alignment:
| Q |
213 |
actttttaaagattctaaatagaaaaattaatttttaaaaaagatgaatattat-aattacaatgtattgaatacataaattttcataaaaattt |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| | ||| |||| |||| ||||| ||||| |||| || ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27004133 |
actttttaaagatcctaaatttaaaaaatattttttaaaaaagttaaatgttatcaatttcaatgcattgattacacaatttttcttaaaaattt |
27004039 |
T |
|
Back To:
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