View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16274_high_3 (Length: 557)

Name: NF16274_high_3
Description: NF16274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16274_high_3
NF16274_high_3
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (14-541)||(2797802-2798329)
chr4 (123-541)||(1673396-1673816)
chr4 (123-541)||(1675871-1676291)
chr4 (123-541)||(1682399-1682819)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-541)||(29266975-29267502)
chr2 (28-541)||(29185844-29186354)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 541
Target Start/End: Original strand, 2797802 - 2798329
Alignment:
Q  14 agatggggaggatccttcataaatttattcatcaattcccaaaattgaaccttgctgcccatgtgcagccaattacttgctcagttttgggggttgagct 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797802 agatggggaggatccttcataaatttattcatcaattcccaaaattgaaccttgctgcccatgtgcagccaattacttgctcagttttgggggttgagct 2797901  T
Q  114 cacaataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcat 213  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2797902 cacaataactccagatttctcatgggatgacagagtacatggatgtgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcat 2798001  T
Q  214 cacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatcc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798002 cacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgagaatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatcc 2798101  T
Q  314 gtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgtt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798102 gtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgtt 2798201  T
Q  414 ggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798202 ggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttc 2798301  T
Q  514 acagctctgtataattctgatgacaatg 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2798302 acagctctgtataattctgatgacaatg 2798329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1673816 - 1673396
Alignment:
Q  123 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1673816 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt 1673717  T
Q  221 attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673716 attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 1673617  T
Q  321 ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673616 ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 1673517  T
Q  421 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1673516 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 1673417  T
Q  521 tgtataattctgatgacaatg 541  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1673416 tgtataattctgatgacaatg 1673396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1676291 - 1675871
Alignment:
Q  123 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1676291 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt 1676192  T
Q  221 attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1676191 attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 1676092  T
Q  321 ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1676091 ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 1675992  T
Q  421 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1675991 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 1675892  T
Q  521 tgtataattctgatgacaatg 541  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1675891 tgtataattctgatgacaatg 1675871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1682819 - 1682399
Alignment:
Q  123 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1682819 tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt 1682720  T
Q  221 attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682719 attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt 1682620  T
Q  321 ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682619 ttctgataggtggcttggatcccaaactggtttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg 1682520  T
Q  421 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682519 cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc 1682420  T
Q  521 tgtataattctgatgacaatg 541  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1682419 tgtataattctgatgacaatg 1682399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 14 - 541
Target Start/End: Original strand, 29266975 - 29267502
Alignment:
Q  14 agatggggaggatccttcataaatttattcatcaattcccaaaattgaaccttgctgcccatgtgcagccaattacttgctcagttttgggggttgagct 113  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  29266975 agatggggaggacccttcatagatttatccatcaatttccaaaactgaaccttgcagcacatgtgcagccaattactcgcacagttttgggggttgagct 29267074  T
Q  114 cacaataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcat 213  Q
    |||||||| |||||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  29267075 cacaataactccagattttgcatgggatgacagaatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattgtggaggataatgatggtgaatatatccttcat 29267174  T
Q  214 cacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatcc 313  Q
    || ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  29267175 catgagtattttttgctgaaaaaacagtacattgaggaggaccacactttgaattttacagtgccgatatacgagcctcttcctcctcaatacttcatcc 29267274  T
Q  314 gtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgtt 413  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  29267275 gtgttgtttctgataaatggcttggatcccaaactgttctgcctgtttctttcaggcatctaattttacctgaaaagtatcctccgcctactgaactatt 29267374  T
Q  414 ggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttc 513  Q
    ||||||||| ||||| || || || ||||||  || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  29267375 ggatctgcaaccacttccagttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaacccagtacagacacaagtcttc 29267474  T
Q  514 acagctctgtataattctgatgacaatg 541  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||    
T  29267475 acagtgctatataattctgatgacaatg 29267502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 28 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 29186354 - 29185844
Alignment:
Q  28 cttcataaatttattcatcaattcccaaaattgaaccttgctgcccatgtgcagccaattacttgctcagttttgggggttgagctcacaataaatccag 127  Q
    ||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||||  || ||||||| ||||| |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  29186354 cttcataaacttatccgtcaatttccaaaactgaaccttgtcgcacatgtgcggccaactactagtgcagttttaggggttgagctcacaataactccag 29186255  T
Q  128 atttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagtattttat 227  Q
    ||||  |||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | | ||||||||||| ||||||||| |    
T  29186254 attttgcatgggatgacataatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattatggaggataaagatggtgcacagatccttcatcatgagtatttttt 29186155  T
Q  228 gctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgtttctgat 327  Q
    ||||||||||||  | ||| | |||||||| ||||||||||||| |||  ||||| |  |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29186154 gctgaaaaaacagcacattaaggaggatcacactttgaatttcacagtgtcaatagacaagtgtcttcctcctcaatactctatccgtgttgtttctgat 29186055  T
Q  328 aggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctgcagccac 427  Q
    |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||  | |||||||||||||| ||||||   |||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  29186054 aaatggcttggatcccaaacagttttacctgtttcttgcagtcatctcattttacctgaaaactatcct---cctactgaactactggatctgcaaccac 29185958  T
Q  428 tgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctctgtataa 527  Q
    | || || || ||||||  || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29185957 ttccggttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaatccagtacagacacaagtcttcacagtactgtataa 29185858  T
Q  528 ttctgatgacaatg 541  Q
    ||||||||||||||    
T  29185857 ttctgatgacaatg 29185844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University