View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16275_high_1 (Length: 667)

Name: NF16275_high_1
Description: NF16275
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16275_high_1
NF16275_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-651)||(8823271-8823920)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 651
Target Start/End: Original strand, 8823271 - 8823920
Alignment:
Q  2 acccattactcgaaataagtggattacccgattcgtttatgatatactacta---gctatgaagtaatgaagataaagtgtgatatannnnnnnatgtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||    
T  8823271 acccattactcgaaataagtggattacccgattcgtttatgatatactactactagctatgaagtaatgaagataaagtgtgatatatttttttatgtaa 8823370  T
Q  99 tagttttggttttatgaaatgatgtaatattgtagcggtaaagttgaaatgaacaaaaagaagtttgttgaaaggagcataggcaattgaatgcacgtgc 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8823371 tagttttggttttatgaagtgatgtaatattgtagtggtaaagttgaaatgaacaaaaagaagtttgttgaaaggagcataggcaattgaatgcacgtgc 8823470  T
Q  199 atggcatcataatatggctttgaaggaaagaatttatgtttaattgtgcatgggttaattaattaatctttgtactgaaaatgttcctgttttgcatgtg 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8823471 atggcatcataatatggctttgaaggaaagaatttatgtttaattgtgcatgggttaa----ttaatctttgtactgaaaatgttcctgttttgcatgtg 8823566  T
Q  299 agcttccttatataaaatatttgaatttggataatgatcccattattactctacctattcaattcaaagtgtttgatttaaatatgttatcactttgggt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8823567 agcttccttatataaaatatttgaatttggataatgatcccattattactctacctattcaattcaaagtgtttgatttaaatatgttatcactttgggt 8823666  T
Q  399 ttgaatgtttttaatggataacttgaattagatttgtgtcaaatctacattattagaggagatcatgacattattaaagccaactttataaatagtttag 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8823667 ttgaatgtttttaatggataacttgaattagatttgtgtcaaatctacattattagaggagatcatgacattattaaagccaactttacaaatagtttag 8823766  T
Q  499 attccaaatcttcacaaaaaatagtagtaagacaacaaaatatataaacttttttactttaatgtcggtacatttatattttcatcttatgtcaaaattc 598  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8823767 attccaaatcttcacataaaatagtagtaagacaacaaaatatataaacttttttactttaatgtcggtacattcatattttcatcttatgtcaaaattc 8823866  T
Q  599 ttacttgcactaaatacttcaacaactttata-atgcacattctttgttaaatg 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8823867 ttacttgcactaaatacttcaacaactttatatatgcacattctttgttaaatg 8823920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University