View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1627_low_1 (Length: 974)

Name: NF1627_low_1
Description: NF1627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1627_low_1
NF1627_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (12-955)||(18669217-18670139)
chr8 (24-958)||(13115296-13116224)
chr8 (611-955)||(13105825-13106169)
chr8 (611-955)||(13100030-13100377)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (26-79)||(16976267-16976321)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 955
Target Start/End: Original strand, 18669217 - 18670139
Alignment:
Q  12 gtttgataaataaacatagagatgctttcatatgcaacatatttgagctttggaatgttcccactccatatgctcaacttgtcttatcccttccacatca 111  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  18669217 gtttgataaataa-cataaagatgctttcatatacaacatatttgagctttggaatgttcccactccatatgctcaacttgtcttat------------- 18669302  T
Q  112 aatgaaaaataagactaaaataataaggagaaactacactataacatccactaaaatatttacatgtaaatatctaaactctatagattttttaaacaaa 211  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669303 ---gaaaaataagactaaaataataaggagaaactacactataacatccactaaaatatttacatgtaaatatctaaactctatagattttttaaacaaa 18669399  T
Q  212 acacaaaccaaatttatagaaagaggagtttcatcggtggtcgttggatcgagattggttggcctatgttttatcttagattaattttaaggattatata 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18669400 acacaaaccaaatttatagaaagaggagtttcattggtggtcgttggatcgagattggttggcctatgttttattttagattaattttaaggattatata 18669499  T
Q  312 agtatttatgtttaaatttggagtattcaatcttgatctaatggtcacctgtgtcatgattgcgtgcgtaaatgcacgaggtcttgatcacggagaatcc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18669500 agtatttatgtttaaatttggagtattcgatcttgatctaatggtcacctgtgtcatgattgcg----taaatgcgcgaggtcttgatcacggagaatcc 18669595  T
Q  412 aaattacttccaattacatcatatatttaatttttaagtgtatattacatatcaatgcttgttgaaaaattacttcaacaatatttaatagaggtcattt 511  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18669596 aaattccttccaattacatcatatatttaatttttaagtgtatattacatatcaatgcttgttgaaaaattacttcaacaatatttagtagaggtcattt 18669695  T
Q  512 tgtctggagcatagatgatcaaacttctcttggattatatttacagtaagctacattttctatgatcaaaatccatagcctctaaagaaaaaacacaaga 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18669696 tgtctggagcatagatgatcaaacttctcttggattatatttacagtaagctactttttctatgatcaaaattcatagtctctaaagaaaaaacacaaga 18669795  T
Q  612 aaataatggatattttgtacaccttgttgactttcatagctttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaagg 711  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669796 aagtaatggatattttgtacaccttgttgactttcatagccttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaagg 18669895  T
Q  712 aaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtgaaaggcacagtgttcaaccaacttttcaacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagca 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669896 aaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtaaaaggcacagtgttcaaccaactattctacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagca 18669995  T
Q  812 aaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtgagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaattttgata 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669996 aaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtgagttgtacagaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaattttgata 18670095  T
Q  912 agtattctaaaggtaagtataataaagatattattaccgatctt 955  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  18670096 agtattctaaaggtaagtataatcaagatattattactgatctt 18670139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 13116224 - 13115296
Alignment:
Q  24 aacatagagatgctttcatatgcaacatatttgagctttggaatgttcccactccatatgctcaacttgtcttatcccttccacatcaaatgaaaaataa 123  Q
    |||||||||||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||     
T  13116224 aacatagagatgctttaatgtacaccat-tttgagctttggaatgttccctctgcatatgctcaatttgtcttatcccttccatatcaaatcaaaaatag 13116126  T
Q  124 gactaaaataataaggagaaactacactataacatccactaaaatatttacatgtaaatatctaaactctatagattttttaaacaaaacacaaaccaaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||  | ||||||| || |||||||  |||||     
T  13116125 gactaaaataataaggagaaattaaactataacatccattaaaatatttacatttaactatctaagctcttcatatttttttaa-aaaacacctaccaat 13116027  T
Q  224 tttatagaaagaggagtttcatcggtggtcgttggatcgagattggttggcctatgttttatcttagattaattttaaggattatataagtatttatgtt 323  Q
    |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||   || ||||  |||| || ||||||||||| ||||||    
T  13116026 tttagagaaagaggagttttatcgatggtcgttggatcgagattgattggtctacgttttattacagtttaaagttaaagaatatataagtatctatgtt 13115927  T
Q  324 taaatttggagtattcaatcttgatctaatggtcacctgtgtcatgattgcgtgcgtaaatgcacgaggtcttgatcacggagaatccaaattacttcca 423  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||  |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  13115926 taaatttggaatattcaatcttgatctaaaggtcacctgtgtcatgattgcgt----aaatgcgtgaggtcctgatcatggagaatccaaattccttcca 13115831  T
Q  424 attacatcatatatttaatttttaagtgtatattacatatcaatgcttgttgaaaaattacttcaacaatatttaatagaggtcattttgtctggagcat 523  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  13115830 attacatcatatatttaattattaagtatatattacatatcattgcttgctgaaaaattacttcaacaatatttaatagaggtcattttgtctg----at 13115735  T
Q  524 agatgatcaaacttctcttggatta-----------tatttacagtaagctacattttctatgatcaaaatccatagcctctaaagaaaaaa-cacaaga 611  Q
    |||       ||||| |||||||||           ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  13115734 aga-------acttcccttggattagttatagaatatacatacaataagctaccttttctatgatcaaaattcatagtctctaaagaaaaaaacacaaga 13115642  T
Q  612 aaataatggatattttgtacaccttgttgactttcatagctttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaagg 711  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13115641 aaa-aatggatattttgtacaccttgttgacttccatagccttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaagg 13115543  T
Q  712 aaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtgaaaggcacagtgttcaaccaacttttcaacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagca 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13115542 aaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtgaaaggcacagtgttcaaccaacttttcaacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagca 13115443  T
Q  812 aaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtgagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaattttgata 911  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13115442 aaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtgagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaattttgata 13115343  T
Q  912 agtattctaaaggtaagtataataaagatattattaccgatcttctt 958  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13115342 agtattctaaaggtaagtataataaagatattattactgatcttctt 13115296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 611 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 13106169 - 13105825
Alignment:
Q  611 aaaataatggatattttgtacaccttgttgactttcatagctttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaag 710  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13106169 aaaaaaatggatgttttgtataccatgttgactctcatagccttctcttctctagcaattttcctagctatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaag 13106070  T
Q  711 gaaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtgaaaggcacagtgttcaaccaacttttcaacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagc 810  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  13106069 gaaaatcaataggggactcaaagtatacacctgttaaaggcacagtgttcaaccaacttttctacttcaagaaactctatgattaccatgctcaattggc 13105970  T
Q  811 aaaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtgagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaattttgat 910  Q
     |||| ||||||||||   || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  13105969 caaaattcatccaacttatagacttcttgcaccaaatcatagtgagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatgtattgaaaacaaactttgat 13105870  T
Q  911 aagtattctaaaggtaagtataataaagatattattaccgatctt 955  Q
    || ||||||| ||||||||||| | |||||||||| || ||||||    
T  13105869 aaatattctagaggtaagtatagtcaagatattatgacagatctt 13105825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 611 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 13100377 - 13100030
Alignment:
Q  611 aaaataatggatattttgtacaccttgttgactttcatagctttcttttttctagcaattttcctagccatatgtttcatcatgatgacaatcttcaaag 710  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13100377 aaaaaaatggatgttttgtacaccattttgactctcatagccttctctcttctagcaattttcctagccatatgtttcatcttgatgacaatcttcaaag 13100278  T
Q  711 gaaaatccataggggacccaaaatatgcacctgtgaaaggcacagtgttcaaccaacttttcaacttcaagaaactccatgattaccatgctcaattagc 810  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||| | ||    
T  13100277 gaaaatcaataggggacccaaaatatgcacctgttaaaggcacagtgttcaaccatcttttctacttcaacaaactctatgattaccaagctcaaatggc 13100178  T
Q  811 aaaaactcatccaactatgaggcttcttgcaccaaatcaaagtg---agttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatatattgaaaaccaatttt 907  Q
     |||| ||||||||||   || ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13100177 caaaattcatccaacttatagacttcttgcaccaaatcaaagtgatcagttgtacacaatagatgtgagaaatattgaacatgtattgaaaaccaatttt 13100078  T
Q  908 gataagtattctaaaggtaagtataataaagatattattaccgatctt 955  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| | ||||| |||| || ||||||    
T  13100077 gataaatattctagaggtaagtatagtcaagatgttatgacagatctt 13100030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 79
Target Start/End: Original strand, 16976267 - 16976321
Alignment:
Q  26 catagagatgctttcatatgcaacatatttgagctttggaatg-ttcccactcca 79  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  16976267 catacagatgctttcatatacaacatatttgagatttgaaatgattcccactcca 16976321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University