View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16283_high_1 (Length: 514)

Name: NF16283_high_1
Description: NF16283
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16283_high_1
NF16283_high_1
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (5-441)||(2865283-2865719)
chr6 (5-437)||(2859898-2860330)
chr6 (5-441)||(2884473-2884909)
chr6 (5-429)||(2909341-2909764)
chr6 (51-437)||(2832680-2833066)
chr6 (51-437)||(2842554-2842940)
chr6 (51-437)||(2829148-2829534)
chr6 (52-437)||(14578259-14578644)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (99-425)||(1801152-1801475)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (271-341)||(6318517-6318587)
chr4 (280-419)||(44396419-44396558)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (144-200)||(2178195-2178251)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 441
Target Start/End: Original strand, 2865283 - 2865719
Alignment:
5 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865283 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 2865382  T
105 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
2865383 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagctggtgacatattagtctctcccaacaacttt 2865482  T
205 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865483 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaatgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 2865582  T
305 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865583 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 2865682  T
405 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattg 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2865683 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattg 2865719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 437
Target Start/End: Original strand, 2859898 - 2860330
Alignment:
5 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2859898 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 2859997  T
105 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
2859998 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagctggtgacatattagtctctcccaacaacttt 2860097  T
205 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2860098 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatagctacaataggacatttctatgtgtt 2860197  T
305 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2860198 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 2860297  T
405 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
2860298 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 2860330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 441
Target Start/End: Original strand, 2884473 - 2884909
Alignment:
5 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884473 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccgtttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 2884572  T
105 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttt 204  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884573 caaattcttcaagcaagactcagcatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttt 2884672  T
205 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884673 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 2884772  T
305 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884773 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 2884872  T
405 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattg 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2884873 atcaatagaattcaacaaacccgaaagagttacattg 2884909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 5 - 429
Target Start/End: Original strand, 2909341 - 2909764
Alignment:
5 ccaattcttgtttatctttccctgccaccagttgagctttctcaccctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaat 104  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||   |||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||    
2909341 ccaattgttgtttatctttatctgctttcagttgagctttttcagtctttttctttgcatcctccttttcctttttctttgaaatctcaagagattgaat 2909440  T
105 caaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttt 204  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2909441 caaattcttcacgcaagtctcaacatcttcaatgatcgtctttggcatcaaattctcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctctcccaacaacttt 2909540  T
205 tcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtt 304  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||      
2909541 tcaataattggaaacaaatcatcatgagactcaacatctaagtagttctttgcaagcatcttgaacacttgatagctacaataggacatttcaatgtgca 2909640  T
305 tatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattcc 404  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
2909641 tatccatccttcccctccttataagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtg-aaattatgatcctttctcctccacatgttgaccaaattcc 2909739  T
405 atcaatagaattcaacaaacccgaa 429  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
2909740 atcaataaaattcaacaaacccgaa 2909764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 51 - 437
Target Start/End: Original strand, 2832680 - 2833066
Alignment:
51 ctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggc 150  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| | |||||||||    
2832680 ctttttctttgcttcctcctcatcctttttctttgcaatctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaactttcaaaatcttcagtgattgactttggc 2832779  T
151 atcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagt 250  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
2832780 atcaaattctcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcatcatgagtctcaacatctaagtagt 2832879  T
251 tcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccac 350  Q
    |  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
2832880 ttcttgcaagaaccttgaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccattcttcccctccttataagagcaggatcaagtttgtccac 2832979  T
351 aaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 437  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
2832980 aaaatttgttgtgaaaattattatcctctctgatccacatgctgaccaaattccatcaatgaaattcaacaaaccagaaagagttac 2833066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 51 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2842940 - 2842554
Alignment:
51 ctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggc 150  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| | |||||||||    
2842940 ctttttctttgcttcctcctcatcctttttctttgcaatctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaactttcaaaatcttcagtgattgactttggc 2842841  T
151 atcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagt 250  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||    
2842840 atcaaattttcagcaacatcagcaggtgtcatattagtctcttccaacaacttttcaataattggaaataaatcatcatgaaactcaacatctaagtagt 2842741  T
251 tcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccac 350  Q
    |  | ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||    
2842740 ttcttgcaagaaccttaaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccattcttcctctccttataagagcaggatcaagtttatccac 2842641  T
351 aaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
2842640 aaaattagttgtgaaaattatgatcctctctgatccacatgctgaccaaattccatcaataaaattcaacaaacccgaaagagttac 2842554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 51 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2829534 - 2829148
Alignment:
51 ctttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggc 150  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| ||||||     | |||||||||    
2829534 ctttttctttgcttcctcctcatcctttttctttgcattctcaagagattgaatcaaactcttcaaacaagtttcaaaatcttcatcaattgactttggc 2829435  T
151 atcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagt 250  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||    
2829434 atcaaattttcagcaacatcagcaggtgtcatattagtcttttccaacaatttttcaataattggaaataaatcatcatgagactcaacatcccaatagt 2829335  T
251 tcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccac 350  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
2829334 tctttgcaagcaccttgaaagcttgatagctacaataagacatttctatatgcttatccatccttcccctcctaattagggcaggatcaagtttgtccac 2829235  T
351 aaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
2829234 aaaatttgttgtgaaaattatgatcctctctcctccacatgcagaccaaatcccatcaataaaattcaacaaaccagaaagagttac 2829148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 52 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 14578644 - 14578259
Alignment:
52 tttttctttgcttcctcctcttccttttcctttgcaatttcaagatattgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggca 151  Q
    |||| |||||||| ||| | | |||||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |   | || |||||||    
14578644 ttttcctttgctttctcatgtgcctttttctttgcattctcaagagattgaatcaaattcttcaagcaagtttcaagatcttcagcaattgattttggca 14578545  T
152 tcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagtt 251  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||  |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | || ||    
14578544 tcaaattttcagcaacatctgcaggtgttatattagtctctcctattaacttttcaataattggaaacaaaccatcatgagactcaacatcccaataatt 14578445  T
252 cttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccaca 351  Q
    ||| ||||| || ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||    
14578444 ctttgcaagcactttgaatgcttcatagctacaatatgacatttcaatatgcatatccatccttcccctcctaataagagcatgatcaagtttatccaca 14578345  T
352 aaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaacaaacccgaaagagttac 437  Q
    || || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||    
14578344 aagttggttgtgaaaattatgatcctttctcctccacatgccgaccaaattccatcgataaaattcaacaaaccagaaagagttac 14578259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 99 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 1801475 - 1801152
Alignment:
99 ttgaatcaaattcttcaagcaagcctcaacatcttcggtggtcgactttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaac 198  Q
    |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||  |    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |  || |||||    
1801475 ttgaatcaaattcttcaaactagtctcgacatcttcattcacagacttaggcatcaaattctcagcaacatcagcaggtgtcatattaataacttccaac 1801376  T
199 aacttttcaataattggaaacaaatcaccatgagactcaacatccaagtagttcttagcaagaaccttgaacgcttgatatctacaataggacatttcta 298  Q
    || |   ||||      |||||||| |   || ||||||| |||||| || |||||| |||||||||| || |||| | | | |||||| || |  || |    
1801375 aaatcaccaatttcatcaaacaaataa---tgtgactcaatatccaaataattcttaacaagaaccttaaaagcttcaaaacaacaataagataactcaa 1801279  T
299 tgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgttctcctccacatgatgacca 398  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||  || |||||||| |  |||||    
1801278 cgtgtttatccatccttcctgtcctaataagagctggatcaagtttctccacaaaattcgtcgtgaaaattataatcctctcccctccacacgcggacca 1801179  T
399 aattccatcaatagaattcaacaaacc 425  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||    
1801178 aattccatcaataaaattcaataaacc 1801152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 271 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 6318587 - 6318517
Alignment:
271 gcttgatatctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaag 341  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
6318587 gcttgatagctacaataagacatttctatgttcttatccatccttcccctcctgatgagagcaggatcaag 6318517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 280 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 44396558 - 44396419
Alignment:
280 ctacaataggacatttctatgtgtttatccatccttcccctcctaattagagcaggatcaagtttgtccacaaaattagttgtgaaaattatgatccgtt 379  Q
    |||||||| || | ||| || ||||| ||||| || |||||||| || || ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||  || | || ||    
44396558 ctacaataagaaagttcaatatgtttgtccattctacccctccttataagtgcaggatcaagcttctccacataatttgttgtgaaaacaattaaccttt 44396459  T
380 ctcctccacatgatgaccaaattccatcaatagaattcaa 419  Q
    | |||||||| | |||||| || ||||||||  |||||||    
44396458 cacctccacaagctgaccatataccatcaatgaaattcaa 44396419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 2178251 - 2178195
Alignment:
144 ctttggcatcaaattctcggcaacatcagcaggtgacatattagtctctcccaacaa 200  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
2178251 ctttggcatcaaattttcagcaacatcagctggtgtcatattagtctctaccaacaa 2178195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University