View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16288_low_2 (Length: 420)

Name: NF16288_low_2
Description: NF16288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16288_low_2
NF16288_low_2
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (9-415)||(4443493-4443899)
chr6 (9-415)||(13512217-13512623)
chr6 (11-238)||(28694555-28694782)
chr6 (11-125)||(10082242-10082356)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-415)||(38965819-38966223)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (11-415)||(35600303-35600707)
chr2 (11-415)||(40656105-40656509)
chr2 (11-415)||(37363980-37364384)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-415)||(33886905-33887311)
chr5 (11-415)||(37567320-37567703)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (11-415)||(18334405-18334809)
chr7 (9-278)||(38702721-38702990)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (9-415)||(33901449-33901855)
chr3 (11-271)||(26249191-26249451)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-415)||(34676480-34676883)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (11-356)||(1-346)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-415)||(9764075-9764478)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 415
Target Start/End: Original strand, 4443493 - 4443899
Alignment:
Q  9 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443493 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 4443592  T
Q  109 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443593 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 4443692  T
Q  209 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443693 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 4443792  T
Q  309 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443793 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 4443892  T
Q  409 ttctcac 415  Q
    |||||||    
T  4443893 ttctcac 4443899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 13512623 - 13512217
Alignment:
Q  9 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512623 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 13512524  T
Q  109 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512523 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 13512424  T
Q  209 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512423 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 13512324  T
Q  309 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512323 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 13512224  T
Q  409 ttctcac 415  Q
    |||||||    
T  13512223 ttctcac 13512217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 11 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 28694782 - 28694555
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694782 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 28694683  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694682 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 28694583  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatggg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694582 atcaggtcctgttgggtttgcatatggg 28694555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 11 - 125
Target Start/End: Original strand, 10082242 - 10082356
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| |    
T  10082242 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactccg 10082341  T
Q  111 ctgcccaacaccttg 125  Q
    |||||||||||||||    
T  10082342 ctgcccaacaccttg 10082356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 38965819 - 38966223
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965819 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 38965918  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965919 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 38966018  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966019 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 38966118  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966119 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 38966218  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  38966219 ctcac 38966223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 35600707 - 35600303
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600707 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 35600608  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600607 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 35600508  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600507 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 35600408  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600407 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 35600308  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  35600307 ctcac 35600303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 40656509 - 40656105
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656509 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 40656410  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656409 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 40656310  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656309 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 40656210  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656209 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 40656110  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  40656109 ctcac 40656105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 37363980 - 37364384
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  37363980 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactctg 37364079  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37364080 ctgcccaacaccttgctcattcctattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccacctcatgg 37364179  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37364180 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggaaacaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcattttgggagtgagctcaggttgccgagaag 37364279  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37364280 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 37364379  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  37364380 ctcac 37364384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 415
Target Start/End: Original strand, 33886905 - 33887311
Alignment:
Q  9 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886905 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 33887004  T
Q  109 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887005 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 33887104  T
Q  209 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887105 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 33887204  T
Q  309 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887205 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 33887304  T
Q  409 ttctcac 415  Q
    |||||||    
T  33887305 ttctcac 33887311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 37567320 - 37567703
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567320 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 37567419  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    |||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567420 ctgcccaacacct---------------------tgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 37567498  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567499 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 37567598  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567599 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggaagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 37567698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 397; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 18334405 - 18334809
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334405 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 18334504  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334505 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgatcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 18334604  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334605 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 18334704  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334705 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 18334804  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  18334805 ctcac 18334809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 9 - 278
Target Start/End: Original strand, 38702721 - 38702990
Alignment:
Q  9 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702721 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 38702820  T
Q  109 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702821 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 38702920  T
Q  209 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 278  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702921 ggatcaggtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 38702990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 415
Target Start/End: Original strand, 33901449 - 33901855
Alignment:
Q  9 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33901449 gacatcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcttccgcatcatcatcacacactagaggagccctcacactctctcggcttccacta 33901548  T
Q  109 tgctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901549 tgctgcccaccaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcat 33901648  T
Q  209 ggatcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgaga 308  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901649 ggatcagctcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccggatttctggagtgagctcaggttgccgaga 33901748  T
Q  309 agagccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901749 agaaccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttc 33901848  T
Q  409 ttctcac 415  Q
    |||||||    
T  33901849 ttctcac 33901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 11 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 26249451 - 26249191
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249451 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacaccctggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 26249352  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249351 ctgcccaacaccttgctcattcatattcaagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 26249252  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249251 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 26249191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 34676480 - 34676883
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676480 catcatcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcagcacaaactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 34676579  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676580 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaat-tgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 34676678  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34676679 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgagaag 34676778  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34676779 agccctccccaacattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 34676878  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  34676879 ctcac 34676883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 346 - 1
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  346 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 247  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  246 ctgcctaataccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 147  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  146 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 47  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 9764478 - 9764075
Alignment:
Q  11 catcatcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctg 110  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||| ||    
T  9764478 catcatcatcatcttcgcc-tcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttctactatg 9764380  T
Q  111 ctgcccaacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatgg 210  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||    
T  9764379 ctgcccaacaccttgctcattcctattccagccttgttcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccaccttctgg 9764280  T
Q  211 atcaggtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaag 310  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  9764279 atcagctcttgttgggtttgcatttgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgacaag 9764180  T
Q  311 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttctt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9764179 agccctccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttctt 9764080  T
Q  411 ctcac 415  Q
    |||||    
T  9764079 ctcac 9764075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University