View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16289_low_1 (Length: 308)

Name: NF16289_low_1
Description: NF16289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16289_low_1
NF16289_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (7-308)||(16254826-16255127)
chr4 (7-308)||(6693811-6694112)
chr4 (7-308)||(17150966-17151267)
chr4 (22-308)||(520375-520661)
chr4 (7-308)||(7844905-7845206)
chr4 (145-233)||(26813600-26813688)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (7-308)||(45015946-45016247)
chr2 (7-308)||(9512211-9512512)
chr2 (7-308)||(18652811-18653112)
chr2 (22-308)||(27168448-27168734)
chr2 (7-308)||(22903732-22904033)
chr2 (151-302)||(1792153-1792304)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (7-308)||(14892199-14892500)
chr8 (7-308)||(21211417-21211718)
chr8 (9-308)||(22832332-22832631)
chr8 (75-302)||(33600415-33600642)
chr8 (145-232)||(18234027-18234114)
chr8 (145-232)||(18243478-18243565)
chr8 (145-232)||(12916656-12916743)
chr8 (145-240)||(25035933-25036028)
chr8 (145-240)||(25049970-25050065)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (7-308)||(6536077-6536378)
chr7 (7-308)||(9543687-9543988)
chr7 (7-308)||(5389618-5389919)
chr7 (7-308)||(26305149-26305450)
chr7 (7-308)||(26361368-26361669)
chr7 (7-308)||(32099973-32100274)
chr7 (7-308)||(44898892-44899193)
chr7 (7-308)||(8502642-8502943)
chr7 (7-308)||(16140631-16140932)
chr7 (7-308)||(46498707-46499008)
chr7 (22-308)||(42596951-42597237)
chr7 (7-308)||(13283877-13284178)
chr7 (59-232)||(14643279-14643452)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (7-308)||(27413741-27414042)
chr5 (7-308)||(26200772-26201073)
chr5 (7-308)||(33940913-33941214)
chr5 (7-308)||(18362870-18363171)
chr5 (22-308)||(20949448-20949734)
chr5 (23-308)||(23375368-23375645)
chr5 (75-240)||(22456358-22456523)
chr5 (151-302)||(5601777-5601928)
chr5 (59-232)||(20037353-20037526)
chr5 (145-232)||(24299175-24299262)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (7-308)||(31359154-31359455)
chr6 (7-308)||(16899539-16899840)
chr6 (7-308)||(18161658-18161959)
chr6 (22-308)||(34766949-34767235)
chr6 (7-308)||(18710425-18710726)
chr6 (7-308)||(18704490-18704791)
chr6 (7-206)||(29561121-29561320)
chr6 (201-308)||(29542040-29542147)
chr6 (145-232)||(25895804-25895891)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (7-308)||(9538728-9539029)
chr3 (7-308)||(6423900-6424201)
chr3 (7-308)||(8974439-8974740)
chr3 (86-308)||(12387580-12387802)
chr3 (151-302)||(48979871-48980022)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (7-308)||(148301-148602)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (7-308)||(16156476-16156777)
chr1 (22-308)||(1987651-1987937)
chr1 (37-308)||(22959920-22960190)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (22-308)||(6030-6316)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (7-308)||(52979-53278)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (22-308)||(7362-7648)
scaffold0313 (22-308)||(11144-11430)
[»] scaffold0611 (1 HSPs)
scaffold0611 (9-218)||(1-210)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (23-308)||(16820-17097)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (136-308)||(118-290)
[»] scaffold0141 (2 HSPs)
scaffold0141 (7-176)||(27670-27839)
scaffold0141 (170-308)||(20368-20506)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (7-176)||(86973-87142)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (37-308)||(189005-189275)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (145-232)||(258166-258253)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16255127 - 16254826
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16255127 acatcatcatcagcaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 16255028  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16255027 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctaagtaattacagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 16254928  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16254927 caatatttttctgattctatcatgagtagaatatgcctttccaagagatctcatatcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 16254828  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  16254827 tc 16254826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6694112 - 6693811
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6694112 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 6694013  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6694012 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 6693913  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  6693912 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 6693813  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  6693812 tc 6693811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 17151267 - 17150966
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17151267 acatcatcatcagctactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 17151168  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  17151167 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattataaatctttggcctgagtaattgcattgaccataggtctccaaacacttggaagacatct 17151068  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     | |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17151067 taatatttttctaattcaaacatgagtagaatatgccttttcaagatatctcatttaatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 17150968  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  17150967 tc 17150966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Original strand, 520375 - 520661
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  520375 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 520474  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  520475 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 520574  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  520575 tctctcatgagtggaatatgtttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 520661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 7844905 - 7845206
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7844905 acatcatcatcagctactaatgagctttgttgagatgctttcaatgcaagtgtctttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 7845004  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  7845005 ctctcaatgagccaatgagatcttctagattcatagattttaaatctttggcctgagtaattgcagtgaccataggtctccatacacttggaagacatct 7845104  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     | ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7845105 taatatttttctgattctatcataagtagaataagcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 7845204  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  7845205 tc 7845206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 26813688 - 26813600
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagt 233  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| ||| ||||  | |||||||||||||| |  |||||||| |||| |||||||||    
T  26813688 tttaagtctttagcttgtgtgattgcagttaccatgggtctccatgtgcttggaagacatcttaaaatttttcttattcgatcatgagt 26813600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 258; Significance: 1e-144; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 45016247 - 45015946
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45016247 acatcatcatcagcaactgatgagcttgactgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 45016148  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45016147 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 45016048  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45016047 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcatttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 45015948  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  45015947 tc 45015946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 9512211 - 9512512
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9512211 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 9512310  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9512311 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 9512410  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  9512411 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 9512510  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  9512511 tc 9512512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 18653112 - 18652811
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18653112 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 18653013  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18653012 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 18652913  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18652912 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 18652813  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  18652812 tc 18652811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Original strand, 27168448 - 27168734
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27168448 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttactttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 27168547  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  27168548 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 27168647  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27168648 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 27168734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 22904033 - 22903732
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||| ||| | ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22904033 acatcatcttcagctactgatgaggtttgctgagaggcttttaaggcaagtgactttaccttcttcattggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 22903934  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||    
T  22903933 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaagttcatagatttcaaatctttggcctgagtaattgcagttaccataggtctccacatacttggaaggcaact 22903834  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    || ||||||||| ||| | ||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  22903833 caatatttttctgattatctcatgagtgaaatatgtctttccaagagatctcatttcatttactattgtaataaatctggcatacatctcatcaatggtt 22903734  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  22903733 tc 22903732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 1792304 - 1792153
Alignment:
Q  151 tctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaa 250  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||||   | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| |  |||||||    
T  1792304 tctttagcttgagtgattgccgtaaccatgggtctccattgagttggaagacatcttagtatttttcttattctgtcgtgggtagaataagtttttccaa 1792205  T
Q  251 gggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaat 302  Q
    | ||||| | |||||||||||| |  || |||||||  ||||| ||||||||    
T  1792204 gtgatcttagttcatttactatagatgtgaatctagagtacatttcatcaat 1792153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 14892199 - 14892500
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14892199 acatcatcatcagctactgatgagctttgctgagatgctttcaaggcaagtgttttcaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 14892298  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14892299 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatcttctgcctgagtaattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 14892398  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14892399 caatatttttctaattctatcatgagtagaatataccttttcaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 14892498  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  14892499 tc 14892500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 21211417 - 21211718
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21211417 acatcttcatcatcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 21211516  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21211517 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 21211616  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  21211617 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 21211716  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  21211717 tc 21211718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 22832631 - 22832332
Alignment:
Q  9 atcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagct 108  Q
    |||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  22832631 atcatcatcagctactgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgattttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtactacttcaggagct 22832532  T
Q  109 ctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  22832531 ctcagtgaaccaatgagatcttcaaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgacgataggtctccacataattggaagacatctcg 22832432  T
Q  209 gtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    | || ||||  ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22832431 gaatctttccgattctttcatgagtggaatatgccttttcaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcataaatggtttc 22832332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 75 - 302
Target Start/End: Original strand, 33600415 - 33600642
Alignment:
Q  75 tggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtg 174  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| |    ||  || ||||| |||||||  ||||||||||| ||     
T  33600415 tggtttgtcttcttgaagcaaaacttcatgggctcttagtgttccaatgagatcttctaaagccaaggaatttaagtctttggattgagtgattgctgta 33600514  T
Q  175 accataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattg 274  Q
    ||||||||| |||| ||  | ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||| |||   ||||| |  || || | |||||||||||| |    
T  33600515 accataggtctccatattttaggaagacatctgaggatttttctgattctgtcatgaggagagtatatttttcccaatgaccttaattcatttactatag 33600614  T
Q  275 tagtaaatctagcatacatctcatcaat 302  Q
      |||||||| | |||||| ||||||||    
T  33600615 aggtaaatctggaatacatttcatcaat 33600642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 18234114 - 18234027
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  || |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  18234114 tttaagtctttggcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtatttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 18234027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 18243565 - 18243478
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  || |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  18243565 tttaagtctttggcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtatttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 18243478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 12916743 - 12916656
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||| || ||||||||| ||||  |  |||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  12916743 tttagatctttgtcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtgtttgggagacatcttaatatttttctaattctgtcatgag 12916656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 240
Target Start/End: Original strand, 25035933 - 25036028
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatat 240  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  |  |||| | |||||| | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  25035933 tttaagtctttggcttgagtgattgccgtaaccataggtctccatgtgtttgggaaacatcttaatatttttctgattctgtcatgaggagaatat 25036028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 240
Target Start/End: Original strand, 25049970 - 25050065
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatat 240  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  |  |||| | |||||| | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  25049970 tttaagtctttggcttgagtgattgccgtaaccataggtctccatgtgtttgggaaacatcttaatatttttctgattctgtcatgaggagaatat 25050065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6536378 - 6536077
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6536378 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 6536279  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6536278 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 6536179  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  6536178 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 6536079  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  6536078 tc 6536077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 9543687 - 9543988
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9543687 acatcatcttcagcagctgatgagctttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 9543786  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9543787 ctctcagtgaaccaataagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgggtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 9543886  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  9543887 tagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtt 9543986  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  9543987 tc 9543988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 5389618 - 5389919
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5389618 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 5389717  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5389718 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 5389817  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  5389818 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 5389917  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  5389918 tc 5389919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 26305450 - 26305149
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26305450 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 26305351  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26305350 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 26305251  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  26305250 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 26305151  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  26305150 tc 26305149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 26361368 - 26361669
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26361368 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 26361467  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26361468 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 26361567  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  26361568 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 26361667  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  26361668 tc 26361669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 32100274 - 32099973
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32100274 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 32100175  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32100174 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 32100075  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  32100074 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 32099975  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  32099974 tc 32099973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 44899193 - 44898892
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44899193 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 44899094  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44899093 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 44898994  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  44898993 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 44898894  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  44898893 tc 44898892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 8502943 - 8502642
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8502943 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 8502844  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8502843 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 8502744  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||    
T  8502743 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatttcatcaatggtt 8502644  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  8502643 tc 8502642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 16140631 - 16140932
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16140631 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 16140730  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  16140731 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 16140830  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  16140831 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 16140930  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  16140931 tc 16140932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 46499008 - 46498707
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46499008 acatcttcatcagcaactgatggagtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttaaagtacaacttcatgag 46498909  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  46498908 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 46498809  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  46498808 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 46498709  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  46498708 tc 46498707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 42597237 - 42596951
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42597237 actgatgaggtttgttgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaacaaa 42597138  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  42597137 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctcagtgattgcagtgaccataggtctctacatacttggaaggcatctcaatatttttctgat 42597038  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  42597037 tctctcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 42596951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 13283877 - 13284178
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||||||||||   ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13283877 acatcatcatcagttactgatgaagtttactgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactagtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 13283976  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  13283977 ctctaagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgaagtgaccataggtctccacatacttggaaggcatct 13284076  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     | ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  13284077 taatatttttctgattctctcatgagtggagtatgccttcccaagagatctcatttcatttactattgcagtaaatctggcatacatctcatcaatggtt 13284176  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  13284177 tc 13284178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 59 - 232
Target Start/End: Original strand, 14643279 - 14643452
Alignment:
Q  59 tttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggc 158  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||| |||| |||| || |||||||||||| || |  ||||| ||||| || |||  ||  || |||| |||||||||    
T  14643279 tttttccctttttcaccggtttatcttcttggagtagaatttcatgagctctaagcgttccaataagatcctctagggccaaggaatttagatctttggc 14643378  T
Q  159 ctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
     ||||||||||| || ||||||||| ||||  |  |||| |||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  14643379 ttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtgtttgggagacatcttaatatttttctaattctgtcatgag 14643452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 27414042 - 27413741
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27414042 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaagcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 27413943  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  27413942 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 27413843  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  27413842 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtt 27413743  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  27413742 tc 27413741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 26200772 - 26201073
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26200772 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 26200871  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26200872 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 26200971  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  26200972 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 26201071  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  26201072 tc 26201073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 33941214 - 33940913
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33941214 acatcttcatcagcaactgatgaggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 33941115  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33941114 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 33941015  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  33941014 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 33940915  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  33940914 tc 33940913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 18363171 - 18362870
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18363171 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 18363072  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18363071 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 18362972  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18362971 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 18362872  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  18362871 tc 18362870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 20949734 - 20949448
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20949734 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 20949635  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  20949634 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatccttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 20949535  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20949534 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 20949448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 308
Target Start/End: Original strand, 23375368 - 23375645
Alignment:
Q  23 ctgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaat 122  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23375368 ctgatgaagtttgttgagatgctttcaaggaaagtgattttacctttttcactggtttgtctttttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaat 23375467  T
Q  123 gagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaatt 222  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| ||||||||||||     ||||||| ||||||||| |||    
T  23375468 gagatcttcaaggttcatagattttaaatctttggcctgagtaattgca---tccataggtctccacatacttg-----catctcaatatttttctgatt 23375559  T
Q  223 ctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    || |||||||| |||||| | |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  23375560 ctttcatgagtggaatatacttttcgaagagacctcatctcatttactattgtagtaaatctaaaatacatttcatcaatagtttc 23375645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 240
Target Start/End: Original strand, 22456358 - 22456523
Alignment:
Q  75 tggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtg 174  Q
    |||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |    ||  || |||||||||||||| ||||||||| | ||     
T  22456358 tggtttgtcttcttgaagcaaaacttcatgagctcttagtgttccaatgagatcttctaaagccaaggaatttaaatctttggcttgagtgatttctgta 22456457  T
Q  175 accataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatat 240  Q
    ||||||||| |||| ||| | ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  22456458 accataggtctccatatattaggaagacatcttaatatttttctgattctgtcatgaggagaatat 22456523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 5601928 - 5601777
Alignment:
Q  151 tctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaa 250  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||||   | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| |  |||||||    
T  5601928 tctttagcttgagtgattgccgtaaccatgggtctccattgagttggaagacatcttagtatttttcttattctgtcgtgggtagaataagtttttccaa 5601829  T
Q  251 gggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaat 302  Q
    | ||||| | |||||||||||| |  || |||||||  ||||| ||||||||    
T  5601828 gtgatcttagttcatttactatagatgtgaatctagagtacatttcatcaat 5601777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 20037526 - 20037353
Alignment:
Q  59 tttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggc 158  Q
    ||||| |||| ||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||| |    ||  || |||| ||| |||||    
T  20037526 tttttccctttttcaccggtttatcttcttggagtagaacttcatgagctctaagtgttccaatgagattttctaaagccaaggaatttagatcgttggc 20037427  T
Q  159 ctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
     ||||||||||  || ||||||||| ||||| |  |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  20037426 ttgagtgattgttgtaaccataggtctccacgtgtttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 20037353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Original strand, 24299175 - 24299262
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  || |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  24299175 tttaagtctttggcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtatttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 24299262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 31359455 - 31359154
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359455 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 31359356  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31359355 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 31359256  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  31359255 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 31359156  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  31359155 tc 31359154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16899840 - 16899539
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16899840 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 16899741  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  16899740 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 16899641  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  16899640 cagaatttttctaattctatcatgagttgaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 16899541  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  16899540 tc 16899539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 18161959 - 18161658
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18161959 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 18161860  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18161859 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 18161760  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  18161759 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 18161660  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  18161659 tc 18161658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 34767235 - 34766949
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34767235 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 34767136  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  34767135 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 34767036  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34767035 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 34766949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 18710425 - 18710726
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18710425 acatcatcatcagctacttatgaggtttgctgagaagctttcaaggcaagtgattttaccttcttcactgggttgtctccttgaagtacaactgcatgag 18710524  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18710525 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtaattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 18710624  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     || || ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18710625 tagaatctttctgattctctcatgagtggaatattcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 18710724  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  18710725 tc 18710726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 18704490 - 18704791
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18704490 acatcatcatcagctacttatgaggtttgctgagaagctttcaaggcaagtgattttaccttcttcactgggttgtctccttgaagtacaactgcatgag 18704589  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18704590 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtaattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 18704689  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     || || ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  18704690 tagaatctttctgattctctcatgagtggaatattcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcataaatctcatcaatggtt 18704789  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  18704790 tc 18704791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 29561320 - 29561121
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  29561320 acatcatcatcagctactgatgaggtttgctgagatgctttcaaagcaagtgtttttacattcttcactggtttatctccttgaagtacgacttcatgag 29561221  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||| ||   |||| ||||| |||||||||    
T  29561220 ctcttagtgaaccaatgagatctttcaggttcatagattttaaatctttggcctaagtaattgttgtgaccatatgtcctcacacacttgaaagacatct 29561121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 201 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 29542147 - 29542040
Alignment:
Q  201 acatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatca 300  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29542147 acatcttaatatttttctgattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatttcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatca 29542048  T
Q  301 atagtttc 308  Q
    || |||||    
T  29542047 atggtttc 29542040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 25895891 - 25895804
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  || |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  25895891 tttaagtctttggcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtatttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 25895804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 9539029 - 9538728
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9539029 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgttcttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 9538930  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9538929 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatct 9538830  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  9538829 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 9538730  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  9538729 tc 9538728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 6424201 - 6423900
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6424201 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 6424102  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||    
T  6424101 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggtttatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacacct 6424002  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  6424001 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcatttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtt 6423902  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  6423901 tc 6423900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 8974740 - 8974439
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8974740 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgcttttaaggcaagtgtctttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 8974641  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8974640 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 8974541  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  8974540 cagaatttttctaattctatcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatcttgcatacatctcatcaatggtt 8974441  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  8974440 tc 8974439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 86 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 12387802 - 12387580
Alignment:
Q  86 cttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgt 185  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12387802 cttgaagtacaacttcatgagctatcagtgaatcaatgagatcttccaagttcatatattgtaaatatttagcctgagtaattgcagtgaccataggtct 12387703  T
Q  186 ccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatcta 285  Q
     | |||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12387702 tcgcatacttggaaggcatctcaatatttttctgactctctcataagtggaatatgcctttccaaaagatcttatttcatttactattgtagtaaatcta 12387603  T
Q  286 gcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  12387602 gcatacatctcatcaatggtttc 12387580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 48980022 - 48979871
Alignment:
Q  151 tctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaa 250  Q
    ||||| || ||||||||||| || ||||| ||| ||||   | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| |  |||||||    
T  48980022 tctttagcttgagtgattgccgtaaccatgggtctccattgagttggaagacatcttagtatttttcttattctgtcgtgggtagaataagtttttccaa 48979923  T
Q  251 gggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaat 302  Q
    | ||||| | |||||||||||| |  || |||||||  ||||| ||||||||    
T  48979922 gtgatcttagttcatttactatagatgtgaatctagagtacatttcatcaat 48979871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 148602 - 148301
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  148602 acatcatcatcagctactgatgagctttgctgagatgctttcaaggtaagtgtttttactttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacgtcatgag 148503  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  148502 ctctcagtgaaccaatgagatcctctaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 148403  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
     | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  148402 taatatttttctgattctatcatgagtataatatgccttttcaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 148303  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  148302 tc 148301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 16156777 - 16156476
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    ||||| |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16156777 acatcttcatcagcaactgatggggtttgctgagatgctttcaaagcaggtgtttttaccttcttcactggtttgtctcgttgaagtacaacttcatgag 16156678  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  16156677 ctcttagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatcttttgcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacacacttggaagacatct 16156578  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  16156577 cagtatttttctaattttatcatgagtagaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtt 16156478  T
Q  307 tc 308  Q
    ||    
T  16156477 tc 16156476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Original strand, 1987651 - 1987937
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1987651 actgatgagatttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctcttagtgaaccaa 1987750  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  1987751 tgagatcttccagattcatagatttcaaatctttggcctgagtgatttcagtgaccataggtctccacatacttggaagtcatctcaatatttttctgat 1987850  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  1987851 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 1987937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 22960190 - 22959920
Alignment:
Q  37 tgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggt 136  Q
    ||||| ||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||       
T  22960190 tgagaagcttttaaggtaagtgattttaccttcctcactggtttatctccttaaagtataacttcatgagctcttagtgaacca-tgagttcttccaaag 22960092  T
Q  137 tcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtaga 236  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |     
T  22960091 tcaaagagtttaaatctttggcttgagtaattgcagtgaccataggtctccatatacttggaagacatcttagtatcttcctgattctatcatgagtggt 22959992  T
Q  237 atatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    |||| | || || ||  ||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  22959991 atatactttgcccagatatctcatttcattcactattgttgtgaatctatcatacatttcatcaatggtttc 22959920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Original strand, 6030 - 6316
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6030 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 6129  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  6130 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 6229  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6230 tctctcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 6316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 7 - 308
Target Start/End: Original strand, 52979 - 53278
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  52979 acatcatcatcagctactgatgagctttgatgagatgctttcaaggcaagtgttttcaccttcttcactagtttgtctccttgaagtataacttcatgag 53078  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatct 206  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  53079 ctctcagtgatccaatgagatcttcgaggttcatagattttaaatctttggcctgagtaattgcagtgaccataggtctccatatacttggaagacatct 53178  T
Q  207 cagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtt 306  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  53179 c--tatttttctgattctatcatgagtagaatatgcctttccaagagatctcatatcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtt 53276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 7648 - 7362
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7648 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 7549  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  7548 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 7449  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  7448 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 7362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 22 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 11430 - 11144
Alignment:
Q  22 actgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 121  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11430 actgatgaggtttgctgagaggctttcaaggcaagtgactttaccttctttactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaa 11331  T
Q  122 tgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  11330 tgagatcttccaggttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcaatatttttctgat 11231  T
Q  222 tctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11230 tctctcatgagtggaatatgcttttccaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctggcatacatctcatcaatggtttc 11144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0611 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0611
Description:

Target: scaffold0611; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 210 - 1
Alignment:
Q  9 atcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagct 108  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  210 atcatcatcagcaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggaaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagct 111  T
Q  109 ctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  110 ctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctaagtaattgcagtgaccataggtctccaaatacttggaagacatctca 11  T
Q  209 gtatttttct 218  Q
     |||||||||    
T  10 atatttttct 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 156; Significance: 7e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 23 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 17097 - 16820
Alignment:
Q  23 ctgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaat 122  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17097 ctgatgaagtttgttgagatgctttcaaggaaagtgattttacctttttcactggtttgtctttttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaat 16998  T
Q  123 gagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaatt 222  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||| ||||||||||||     ||||||| ||||||||| |||    
T  16997 gagatcttcaaggttcatagattttaaatctttggcctgagtaattgca---tccataggtctccacatacttg-----catctcaatatttttctgatt 16906  T
Q  223 ctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    || |||||||| |||||| | |||| ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  16905 ctttcatgagtggaatatacttttcgaagagacctcatctcatttactattgtagtaaatctaaaatacatttcatcaatagtttc 16820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 136 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 290 - 118
Alignment:
Q  136 ttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtag 235  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |    
T  290 ttcatagatttcaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtctccacatacttggaagacatctcattatttttcttattctttcatgagtgg 191  T
Q  236 aatatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  190 aatatgcttttctaagagatctcatttcatttactattgtagtaaatctttcatacatctcatcaatggtttc 118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 2)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 27839 - 27670
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27839 acatcatcatcagctactgatgaggtttgctgagaagctttcaaggcaagtgattttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtataacttcatgag 27740  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgac 176  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||    
T  27739 ctctcaatgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttgatctgagtaattgtagtgac 27670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 170 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 20506 - 20368
Alignment:
Q  170 cagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtagaatatgcctttccaagggatctcatttcatttac 269  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20506 cagtgaccataggtctccacattcttggaagacatcttagaatctttctgattctctcatgagtggaatatgcctttccaagagatctcatttcatttac 20407  T
Q  270 tattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20406 tattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatggtttc 20368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 176
Target Start/End: Original strand, 86973 - 87142
Alignment:
Q  7 acatcatcatcaacaactgatgaactttgctgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgag 106  Q
    |||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  86973 acatcatcatcagctactgatgaggtttgctgagaagctttcaaggcaagtgattttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtataacttcatgag 87072  T
Q  107 ctctcagtgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgac 176  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||    
T  87073 ctctcaatgaaccaatgagatcttccaggttcatagattttaaatctttgatctgagtaattgtagtgac 87142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 37 - 308
Target Start/End: Original strand, 189005 - 189275
Alignment:
Q  37 tgagatgctttcaaggcaagtgtttttaccttcttcactggtttgtctccttgaagtacaacttcatgagctctcagtgaaccaatgagatcttccaggt 136  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||       
T  189005 tgagaagcttttaaggcaagtgattttacctttctcattggtttatctccttaaagtataacttcatgagctcttagtgaacca-tgagtacttccaaag 189103  T
Q  137 tcatagattttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgagtaga 236  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||       
T  189104 tcaaagagtttaaatctttggcttgagtaattgcagtgaccataggcctccatgtacttggaagacatcttagtatcttcctaattctatcatgagtgct 189203  T
Q  237 atatgcctttccaagggatctcatttcatttactattgtagtaaatctagcatacatctcatcaatagtttc 308  Q
    |||| | || || ||  ||||||||||||| |||||||| || |||||| |||| || | |||||| |||||    
T  189204 atatactttgcccagatatctcatttcattcactattgttgtgaatctatcatatattttatcaatggtttc 189275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 145 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 258253 - 258166
Alignment:
Q  145 tttaaatctttggcctgagtgattgcagtgaccataggtgtccacatacttggaagacatctcagtatttttctaattctatcatgag 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||  |  |||| |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  258253 tttaagtctttggcttgagtgattgctgtaaccataggtctccatgtttttgggagacatcttaatatttttctgattctgtcatgag 258166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University