View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1629-INSERTION-3 (Length: 732)

Name: NF1629-INSERTION-3
Description: NF1629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1629-INSERTION-3
NF1629-INSERTION-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-732)||(35694559-35695283)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 35695283 - 35694559
Alignment:
Q  8 gctcttcctaccttcttctgaaccaatttccaattacaacaaattagtatacaaaacatgctcaactcaaaccttcaaccatcaatcttattctcaatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35695283 gctcttcctaccttcttctgaaccaatttccaattacaacaaattagtatacaaaacatgctcaactcaaaccttcaaccatcaatcttattctcaatca 35695184  T
Q  108 ctcaattccttattccaacaattcataacacaatcttcccagtacaagttcttcaaaaccaacgaagcaatcaacgacgacaccttcatctccggctttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35695183 ctcaattccttattccaacaattcataacacaatcttcccaatacaagttcttcaaaaccaacgaagcaatcaacgacgacaccttcatctccggctttt 35695084  T
Q  208 ttcaatgcagaaacgacttcaccaaagaagattgtttcgcatgtgtaacatctttacttcctcatatatcaaatactttgtgcagtgattccacatcggc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35695083 ttcaatgcagaaacgacttcaccaaagaagattgtttcgcatgtgtaacatctttacttcctcatatatcaaatactttgtgcagtgattccacatcggc 35694984  T
Q  308 acgagtacaacttcaaggttgctacgttcaatatcaaactgaacaatttcaagaaacaactattcatgaatccgaaaataacaatatgtttcacaagatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35694983 acgagtacaacttcaaggttgctacgttcaatatcaaactgaacaatttcaagaaacaactattcatgaatccgaaaataacaatatgtttcacaagatt 35694884  T
Q  408 tgtggagtgcctgttgtagagtattattttgagtttaaagagttgatgaacgaggcattcatgatactagaaaatgggattgtaaatagtgatgggtttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35694883 tgtggagtgcctgttgtagagtattattttgagtttaaagagttgatgaacgaggcattcatgatactagaaaatgggattgtaaatagtgatgggtttt 35694784  T
Q  508 acacaatgaagtataaaaaggtgaaattgatggcacaatgtgaaggtgatttgagaagttgtgaatgtggtgaatgtgttggtaatgcagtgatggttgc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35694783 acacaatgaagtataaaaaggtgaaattgatggcacaatgtgaaggtgatttgagaagttgtgaatgtggtgaatgtgttggtaatgcagtgatggttgc 35694684  T
Q  608 caaggaagaatgtagtagttcagtttctgcagaaatatattttgataagtgttttataagctacacatacatgcccaaatcaaatggtggtgctaacgac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  35694683 caaggaagaatgtagtagttcagtttctgcagaaatatattttgataagtgttttataagctacacatacatgcccaaatcaaatggtgatgctaacaac 35694584  T
Q  708 actgtcccaggtaaatttattttta 732  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  35694583 actgtcccaggtaaatttattttta 35694559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University