View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16295_low_4 (Length: 364)

Name: NF16295_low_4
Description: NF16295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16295_low_4
NF16295_low_4
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-355)||(49109527-49109862)
chr7 (183-287)||(49098486-49098590)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (24-302)||(28699254-28699532)
chr8 (19-302)||(28725063-28725346)
chr8 (24-302)||(28642983-28643261)
chr8 (24-302)||(28651935-28652213)
chr8 (24-302)||(28710289-28710567)
chr8 (24-302)||(28717636-28717914)
chr8 (87-302)||(28625309-28625524)
chr8 (174-302)||(28739030-28739158)
chr8 (120-293)||(8846161-8846334)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (23-302)||(29647517-29647796)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (24-302)||(6522-6800)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 49109862 - 49109527
Alignment:
Q  19 gtattccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109862 gtattccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacac 49109763  T
Q  119 cactatagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaactta 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109762 cactatagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagatgtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaactta 49109663  T
Q  219 atcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatgtatctaatctatatca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109662 atcacttcaaaacaccctcatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatgtatctaatctatatca 49109563  T
Q  319 cttgtgccatcattaagcattcattcataagtataat 355  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49109562 cttgtg-catcattaagcattcattcataagtataat 49109527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 49098590 - 49098486
Alignment:
Q  183 gatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatg 282  Q
    ||||||||||| ||||||||  | ||| | || |||||||| || ||| |  | |||||||| || || ||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  49098590 gatgttggtggtggtcttggaattaacctcaaattaatcacatccaaatattcacatattcagggaattaattttgacttgcctcatgtactacaacatg 49098491  T
Q  283 cccct 287  Q
    |||||    
T  49098490 cccct 49098486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28699532 - 28699254
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||| |||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| | | ||||  |    
T  28699532 ccattcaacatggttcatggcacacatgcctttgattatgcaagttttgactcaaggtttaatcaagttttcaatacagccatgatcagttataccaaaa 28699433  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||| ||||||||| |   |||||| |||||  | |   | || |||||||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  28699432 tagttatgaagaaggttcttgagagctacaatggtttcaagggcataaaaaggcttgttgatgttggaggtggtcttgggatcaacattaacttgatcac 28699333  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  28699332 ttcaaaacaccctcatatacacggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgccccctcgtatcctggtatg 28699254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 19 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28725346 - 28725063
Alignment:
Q  19 gtattccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacac 118  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||    
T  28725346 gtattccattcaacatggttcatggcacacatgcctttgattatcctagttttgactcaaggttcaatcaagttttcaatacagcgatgatcaaccatac 28725247  T
Q  119 cactatagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaactta 218  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||  |    ||||| |||||  ||||  | || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||     
T  28725246 caagatagttatgaagaaggttctcgagagttacaatggtttcaaagacataaaaaggcttgttgatgttggaggtggtcttggagtcaacattaacttg 28725147  T
Q  219 atcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28725146 gtcacttctaaacaccctcatatccagggtatcaattttgacttacctcatgtcattcaacatgccccttcttatcctggtatg 28725063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28643261 - 28642983
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||| |||| | ||| | ||| | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||  |    
T  28643261 ccattcaacatggttcatggcacacatgcctttcattatccaagcttggactcaaggttcaacaaagttttcaatacagcgatgatcaatcataccaaaa 28643162  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| ||||| || |   | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||| |||| |||||    
T  28643161 tagttatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttcgagggcataaagaggcttgttgatgttggaggtggtcttggggttaacattcacttgatcac 28643062  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||    
T  28643061 atcaaaataccctaatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgtcccttcttatcttggtatg 28642983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28652213 - 28651935
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||| |||| | ||| | ||| | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||  |    
T  28652213 ccattcaacatggttcatggcacacatgcctttcattatccaagcttggactcaaggttcaacaaagttttcaatacagcgatgatcaatcataccaaaa 28652114  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| ||||| || |   | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||| |||| |||||    
T  28652113 tagttatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttcgagggcataaagaggcttgttgatgttggaggtggtcttggggttaacattcacttgatcac 28652014  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||    
T  28652013 atcaaaataccctaatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgtcccttcttatcttggtatg 28651935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28710567 - 28710289
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||| | ||||| |||||  |  |||||||||||||  | ||||||||||| || |  |    
T  28710567 ccattcaacactgttcatggcacacatgcctttgattatccaagcttggactcaaggttctactaagttttcaatacaacgatgatcaatcatactaaga 28710468  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| |||||  | |   | || |||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  28710467 tagttatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttccagggcataaaaaggcttgttgatgttggtggtgatcttggggtcaacattaacttgatcac 28710368  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     |||||| | | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||    
T  28710367 atcaaaatatcatgatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgcccctctttatcctggtatg 28710289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28717914 - 28717636
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| ||| |||||| ||| | ||| | ||||| |||||  |  |||||||||||||  | ||||||||||| || |  |    
T  28717914 ccattcaacactgttcatggcacacatgcctttgattatccaagcttggactcaaggttctactaagttttcaatacaacgatgatcaatcatactaaga 28717815  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| |||||  | |   | || |||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||    
T  28717814 tagttatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttccagggcataaaaaggcttgttgatgttggtggtgatcttggggtcaacattaacttgatcac 28717715  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     |||||| | | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||    
T  28717714 atcaaaatatcatgatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgcccctctttatcctggtatg 28717636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 87 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28625524 - 28625309
Alignment:
Q  87 caagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccactatagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatg 186  Q
    |||||||||||||  || ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| |   |||||| ||||| || |   | ||||||||||| ||||    
T  28625524 caagttttcaatagagctatgatcaatcataccaaaatagtgatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttcgagggcataaagaggcttgttgatg 28625425  T
Q  187 ttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgcccc 286  Q
    |||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| || || |||| || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  28625424 ttggaggtggtcttggggttaacattaacttgatcacatcaaaatactctaatatacagggtatcaatttcaacttgcctcatgtcattcaacatgcccc 28625325  T
Q  287 ttcctatcctggtatg 302  Q
     || ||||| ||||||    
T  28625324 ctcatatcccggtatg 28625309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 174 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28739158 - 28739030
Alignment:
Q  174 aggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtca 273  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |  |||||| |||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28739158 aggcttgtggatgttggaggtggtcttggggcaaacattcacttgatcacttccaaatacccacatatacatggtatcaatttcgacttgcgtcatgtca 28739059  T
Q  274 tacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||||||    
T  28739058 ttcaacatgccccttcatattctggtatg 28739030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 293
Target Start/End: Original strand, 8846161 - 8846334
Alignment:
Q  120 actatagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaa 219  Q
    |||||||| ||||| | ||||||| ||  |||  ||||||||||| |  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||||||  ||||  ||||  |||    
T  8846161 actatagtcatgaagagggttcttgaaatctatgaaggttttgaacacatcaataaacttgttgatgttggtggtggtcttgggatcaatcttaagctaa 8846260  T
Q  220 tcacttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctat 293  Q
    | ||||| ||| | |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||    
T  8846261 ttacttctaaatatcctcatatacatggtgttaattttgacttgcctcacgtcctagaacatgcaccttcctat 8846334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 302
Target Start/End: Original strand, 29647517 - 29647796
Alignment:
Q  23 tccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccact 122  Q
    |||||| |||| |||| |||||||  ||  |||||| ||| ||||| | ||||  ||||| |||||| || ||||||| || |||| |||||| || |||    
T  29647517 tccatttaacaaggttcatggcacccatctctttgattatcccagcttggacttgaggttcaatcaaattctcaatacagcgatgagcaatcatacaact 29647616  T
Q  123 atagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatca 222  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||   || || || || |||||||| |||||||| || |||||  | ||||||||| | ||||    
T  29647617 atagtgatgaaaaaggttcttgaatgctacaaaggttttagggatgtaaaaagacttgtggacgttggtggtggccttggaatgaacattaacatgatca 29647716  T
Q  223 cttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29647717 cttcaaaatacactcatattcagggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgctccttcctatcctggtatg 29647796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 302
Target Start/End: Original strand, 6522 - 6800
Alignment:
Q  24 ccattcaacagggtttatggcacaaatgactttgaatatgccagcattgactccaggtttaatcaagttttcaatactgcaatgatcaatcacaccacta 123  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||| |||| | ||| | ||| | ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||  |    
T  6522 ccattcaacatggttcatggcacacatgcctttcattatccaagcttggactcaaggttcaacaaagttttcaatacagcgatgatcaatcataccaaaa 6621  T
Q  124 tagttatgaacaaggttcttcaatcctacaaaggttttgaagaggtcaagaggcttgtggatgttggtggaggtcttggtgtcaacattaacttaatcac 223  Q
    |||||||||||||||||||| |   |||||| ||||| || |   | ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |||||| | ||  | ||    
T  6622 tagttatgaacaaggttcttgagagctacaatggtttcgagggcataaagaggcttgttgatgttggaggtggtcttggggttaacattcaattggttac 6721  T
Q  224 ttcaaaacaccctcatattcatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcatacaacatgccccttcctatcctggtatg 302  Q
     |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  6722 atcaaaataccctaatatacatggtatcaatttcgacttgcctcatgtcattcaacatgccccttcttatcctggtatg 6800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University