View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16311_low_3 (Length: 429)

Name: NF16311_low_3
Description: NF16311
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16311_low_3
NF16311_low_3
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-381)||(42202436-42202816)
chr8 (36-365)||(44684253-44684582)
chr8 (73-195)||(25967989-25968111)
chr8 (271-308)||(3578048-3578085)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (7-352)||(3678241-3678585)
chr5 (46-358)||(2756301-2756612)
chr5 (46-360)||(42628996-42629309)
chr5 (268-365)||(3761007-3761104)
chr5 (46-106)||(3761247-3761307)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-352)||(55328897-55329248)
chr4 (70-360)||(18847870-18848160)
chr4 (36-365)||(42111001-42111330)
chr4 (85-359)||(55353392-55353666)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (46-329)||(38970840-38971123)
chr2 (46-195)||(9017570-9017719)
chr2 (268-349)||(16080465-16080546)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (1-360)||(6231954-6232314)
chr7 (64-360)||(48887990-48888286)
chr7 (239-359)||(19883466-19883586)
chr7 (232-360)||(44346457-44346585)
chr7 (52-106)||(19883600-19883654)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-360)||(380662-381007)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (73-365)||(997-1289)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (120-360)||(51361138-51361378)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (46-365)||(13154799-13155117)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 42202436 - 42202816
Alignment:
Q  1 tggacatttaatgtttggtcgaaggttggtaggtagttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaa 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42202436 tggacttttaatgtatggtcgaaggttggtaggtggttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacattttgaatgttggaatggggaaa 42202535  T
Q  101 ttgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42202536 ttgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaagcccggaatgataggattttcaataatttaat 42202635  T
Q  201 gagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgt 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42202636 gaaggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgattttgtggaattgggtgaattctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgt 42202735  T
Q  301 tggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggacttatggttctagagctcgcaggt 381  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42202736 tggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggcagttttagaggtgtctgggacttatggttctagagctcgcaggt 42202816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 36 - 365
Target Start/End: Original strand, 44684253 - 44684582
Alignment:
Q  36 gttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttg 135  Q
    |||||| || ||||| ||||| || ||| | || || ||||| ||||| ||||||| |||||| | ||||||    || || ||||||||||||||| ||    
T  44684253 gttggggattaattttattactcctcaaacgctcttccaacattttgagtgttggagtggggagactgggagactaaagctccgtaaaggttattggatg 44684352  T
Q  136 atatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaagg 235  Q
    || |||||||| ||| | ||| |||| |||||  |  ||||||||||||||||||||  | |  |||  ||| |||| ||||| ||||| || |||||||    
T  44684353 atttggcatgcagttctctggacgatctggaaaacgaggaatgataggatttttaattctattgtgaaagatcatggggaaattgttgatgacattaagg 44684452  T
Q  236 tgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggg 335  Q
    || | || ||||||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||||||||  |  || || ||||    
T  44684453 tgctctcttggaattgggcgattacaaaacttaagagtcctccctgcctcttttatgagtggtgttggaaccccaaggaatgcttgctccgacaggtggg 44684552  T
Q  336 gaagttttagaggtgtctgggacttatggt 365  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44684553 gtagttttagaggtgtctgggacttttggt 44684582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 25968111 - 25967989
Alignment:
Q  73 caacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggccc 172  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || ||||||| || || ||||||||||||||||||||||   |||||||||    |||||  ||||||| | || |    
T  25968111 caacactttgaatgttggagtggagagattgggaagaagagacttcgtaaaggttattggttggcgtggcatgcgtcggtatgggtgatttgggaagcgc 25968012  T
Q  173 ggaatgataggatttttaataat 195  Q
    | ||||| |||||||||||||||    
T  25968011 gtaatgacaggatttttaataat 25967989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 271 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 3578085 - 3578048
Alignment:
Q  271 agtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccc 308  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3578085 agtcctctttgcctcttttacgagtggtgttggaaccc 3578048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 178; Significance: 7e-96; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3678585 - 3678241
Alignment:
Q  7 tttaatgtttggtcgaaggttggtaggtagttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattggga 106  Q
    ||||| || ||||||||||| ||| ||| |||||| || ||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  3678585 tttaaagtgtggtcgaaggtcggtgggtggttggggattaatctcattacacctcaatctatgtttcaacattttgagtgttggaatggggagatcggga 3678486  T
Q  107 ggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgaggga 206  Q
    |||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||  || |||    
T  3678485 ggagtaaacttcggaaaggtcattggttgatttggcatgcggtggtatggacgatttggaaggcgcggaatgataggattttcaaaaatttatcgaagga 3678386  T
Q  207 ttatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaac 306  Q
    || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  3678385 ttttggtgaaattgttgaggagattaaggtgatttcgtggaattgggtgattactagacttaagagtcctccttgcctctattacaagttgtgttggaac 3678286  T
Q  307 cctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtc 352  Q
    || |||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||    
T  3678285 cccatcgaatgcttattaagataggt-gggcagttttagaggtgtc 3678241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 46 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 2756612 - 2756301
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatg 145  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||| |||||||  ||||| || | ||||||     
T  2756612 aattttattacacctcaatctcgttt-caacattttgaatgttggagtggggagattgggaagaaaaaactttgtaaaggaaattggatggtttggcatt 2756514  T
Q  146 cggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtg 245  Q
    |  | |||||| |||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||    
T  2756513 caatcttatggacgatttggaaagcgagaaatgataggatttttaataatcttgtgaaagattatggtgaaattgttgatgagattaaggtgctttcgtg 2756414  T
Q  246 gaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttag 345  Q
    |||||||  |  | ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |   |||| ||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  2756413 gaattggatggtttctagactaaagaggcctccgtgcctttattacgagtggtgttggaaccccaagaaatgtttactgagatagttggggtagttttag 2756314  T
Q  346 aggtgtctgggac 358  Q
    ||| ||| |||||    
T  2756313 aggcgtccgggac 2756301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 42629309 - 42628996
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatg 145  Q
    ||||| |||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||| ||  || ||| ||||||| |||||| |||| |||||||    
T  42629309 aattttattacacctcgatctctgtttcaacattttgaatgttggagtggggagaccgggaagaaaaagctttgtaaaggatattggatgatttggcatg 42629210  T
Q  146 cggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtg 245  Q
    |||| |||||| | |||||||| |   | |||||||||||||||| |||| |  |||  || | ||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||    
T  42629209 cggtattatggac-atttggaaagtgagaaatgataggatttttagtaatcttgtgaaagaatttggtgaaattgttgatgaaattatggtgctttcgtg 42629111  T
Q  246 gaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttag 345  Q
    ||||||||||  | ||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||||  |  |||||||| ||||| ||||||||    
T  42629110 gaattgggcggttactagactgaaaagtcctccctgcctctattatgagtggtgtcggaaccccaaggaatgtcttctgagatagttggggtagttttag 42629011  T
Q  346 aggtgtctgggactt 360  Q
    ||| ||| |||||||    
T  42629010 aggcgtccgggactt 42628996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 268 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 3761104 - 3761007
Alignment:
Q  268 aagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggacttatggt 365  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |  ||||| ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  3761104 aagagttctccctgcctctattacgagtgctgtttgaaccccaaggaatgtttactgatatagctggggtagttttagaggtgtttgggacttttggt 3761007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 3761307 - 3761247
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattggga 106  Q
    ||||| |||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  3761307 aattttattacacctcaatctttgtttcaacattttgaatgttggagtggggagattggga 3761247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 55328897 - 55329248
Alignment:
Q  1 tggacatttaatgtttggtcgaaggttggtaggtagttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaa 100  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| | | ||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  55328897 tggacttttaaagtttggtcgaaggttggtggttggttagggattaatttcattacacctcaatctctttttcaacattttgagtgttggaatggggaga 55328996  T
Q  101 ttgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaat 200  Q
    | |||||| | ||| |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||  |  |    
T  55328997 tagggaggcgtaaatttcaaaaaggatattggttgatttggcacgcggtgttatggacgatttggaaagcgaggaatgataggattttcaataacctttt 55329096  T
Q  201 gagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgt 300  Q
    || ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  55329097 gaaggattttggtgaaattgtggaggaaattaaggtgatttcgtgaaattgaacgaattcaagacttaagagttctccttgcctctattacgagtggtgt 55329196  T
Q  301 tggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtc 352  Q
    |||||||  |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  55329197 tggaacctcaaggaatgcttattgagataggtggggcagttttagaggtgtc 55329248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 70 - 360
Target Start/End: Original strand, 18847870 - 18848160
Alignment:
Q  70 tttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaagg 169  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||  || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  18847870 tttcaacattttgaatgttggagtggggagattgggaagaaaaagctttgtaaagggtattggttgatttggcatgcggtattatggacgatttggaaag 18847969  T
Q  170 cccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaa 269  Q
    |  | ||||||||||||||||||||| |  |||  |||  || |||||| ||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||  | ||||||||||    
T  18847970 caagaaatgataggatttttaataatcttgtgaaagatcgtgatgaaattgttgatgacattaaggtgctttggtggaattgggcggttactagacttaa 18848069  T
Q  270 gagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  18848070 aagtcctccctgcctctattacgagtggtgttggaaccccaaggaatgcctattgagatagttggggtagttttagaggtgtccgggactt 18848160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 36 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 42111330 - 42111001
Alignment:
Q  36 gttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttg 135  Q
    |||||| || ||||| ||||| || ||| | || || ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||    || |||||||||||||||||| ||    
T  42111330 gttggggattaattttattactcctcaaacgctcttccaacattttgagtgttggagtggggagattgggagactaaagcttcgtaaaggttattggatg 42111231  T
Q  136 atatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaagg 235  Q
    || |||||||||||| | ||| ||||||||||  |  ||||||||||||||||||||  | |  |||  |||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  42111230 atttggcatgcggttctttggacgatttggaaaacgaggaatgataggatttttaattctattgtgaaagattatggggaaattgttgatgacattaagg 42111131  T
Q  236 tgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggg 335  Q
    || | || ||||||||||||| | | ||||||||||||||||  ||||||| ||  ||||||||||||||||| |  ||||||||  |  || || ||||    
T  42111130 tgctctcttggaattgggcgattacaagacttaagagtcctcactgcctcttttttgagtggtgttggaaccccaaggaatgcttgctccgacaggtggg 42111031  T
Q  336 gaagttttagaggtgtctgggacttatggt 365  Q
    | ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  42111030 gtagttttagaggtgtccgggacttttggt 42111001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 85 - 359
Target Start/End: Original strand, 55353392 - 55353666
Alignment:
Q  85 tgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgatagga 184  Q
    |||||||||||||| || |||||| | ||  | || |||||||||||| || | |||||||||||  | |||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  55353392 tgttggaatggggagatcgggaggcgcaagttgcgaaaaggttattggatggtttggcatgcggtgatgtggtcgatttggaaagcgaggaatgatagga 55353491  T
Q  185 tttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcct 284  Q
    |||| |||  | |  | | ||||  || ||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  55353492 ttttcaattctcttgtcaaggatgttgctgatatcgttgatgacatcaaggtgatctcgtggaattgggcgaattccagacttaaaagtcctccttgcct 55353591  T
Q  285 ctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggact 359  Q
    || |||||| ||||| |||||||| |   ||||| | ||| ||||| ||||| ||||| ||||||| | ||||||    
T  55353592 cttttacgattggtgctggaaccccaagaaatgccttttgcgataggtggggtagtttcagaggtggcagggact 55353666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 46 - 329
Target Start/End: Original strand, 38970840 - 38971123
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatg 145  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  38970840 aatttcattacacctcaatctctatttcatcattttgagtgttggaatggggagattgggaggcgtaaacttcggaaaggttattggttgatttggcacg 38970939  T
Q  146 cggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtg 245  Q
    |||| ||||||  ||||||||| |   |||||||||||||||| || |||  ||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  38970940 cggtgttatggatgatttggaaagagaggaatgataggattttcaaaaatcaaatgaaggattttggtgaaattgtggaggaaattaaggtgatttcgtg 38971039  T
Q  246 gaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagata 329  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  38971040 gaattgggcaaattctagacttaaaagtcctcattgcctctattacgagtggtgttggaaccccaaagaatgcttattgagata 38971123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 9017719 - 9017570
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatg 145  Q
    ||||||| | |||| |||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| || |||| || ||  | |||||||||||| ||||||||| | |||||||    
T  9017719 aatttcaatgcaccccaatctttgtttcaacaatttgaatgttggagtggtgatattgagaagaaaagacttcgtaaagggtattggttggtgtggcatg 9017620  T
Q  146 cggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataat 195  Q
    |   | | |||  ||||||||| |   |||||||||| ||||||||||||    
T  9017619 cctctctttggatgatttggaaagtgtggaatgatagaatttttaataat 9017570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 268 - 349
Target Start/End: Original strand, 16080465 - 16080546
Alignment:
Q  268 aagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggt 349  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |  ||||| ||  ||||| |  ||||| ||||||||||||    
T  16080465 aagagtcctccttgcctcttttatgagtggtgttggaaccccaaggaatgtttgatgagaaaattggggtagttttagaggt 16080546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 6231954 - 6232314
Alignment:
Q  1 tggacatttaatgtttggtcgaaggttggtaggtagttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaa 100  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  6231954 tggacgtttaaagtgtggtcgaaggtaggtggttggttggggataaatttcattacacctcaatccctttttcaacattttgagtgttggaatggggaga 6232053  T
Q  101 ttgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaat 200  Q
    |||||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||  | ||||||| ||| ||||| ||| |       
T  6232054 ttgggaggcgtaagcttcggaaaggttattggttgatttggcacgcagtgttatggtcgatttggaaagcgagaaatgatatgatctttaacaatatttc 6232153  T
Q  201 gagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgt 300  Q
     | ||||| ||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  6232154 caaggattttggtgaattggtggaggatattaaggtgatttcgtggaattgggctaattctagacttaggagtcctccatgcctctattacgagtggtgc 6232253  T
Q  301 tggaaccctatcgaatgcttattgagat-agatggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6232254 tggaaccccaaggaatgcttattgagataatgtggggcagttttagaggtgtccgggactt 6232314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 64 - 360
Target Start/End: Original strand, 48887990 - 48888286
Alignment:
Q  64 tctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgattt 163  Q
    ||||||||| | || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | || ||||| ||||| |||||| |||| ||||||| ||| |||||| ||||||    
T  48887990 tctctttttaatcattttgagtgttggaatggggagattgggaggcgaaagcttcgcaaagggtattggatgatttggcatgtggtcttatggacgattt 48888089  T
Q  164 ggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctag 263  Q
    |||| || ||||||||||| ||||| ||     || |||  || |  |||||||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||    
T  48888090 ggaaagctcggaatgatagaattttcaagtcactagtgaaagagttcggtgaaatggttgatgatattaaggtgctctcgtggaattgggtgaattctag 48888189  T
Q  264 acttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  | ||||||| | ||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  48888190 actaaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccccaaggaatgtcttttgagattggtggggtagttctagaggtgtccgggactt 48888286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 239 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 19883586 - 19883466
Alignment:
Q  239 tttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaa 338  Q
    |||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||| ||||| |    
T  19883586 tttcgtggaattgggcggtgtctagactaaagagtcctccgtgcctctattacgagtggtgttggaaccccaaggaatgtttattgagatagttggggta 19883487  T
Q  339 gttttagaggtgtctgggact 359  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  19883486 gttttagaggtgtccgggact 19883466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 232 - 360
Target Start/End: Original strand, 44346457 - 44346585
Alignment:
Q  232 aaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagataga 331  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |  |||||| | ||| | |||     
T  44346457 aaggtgctttcgtgtaattgggcgaattctagacttaaaagtcctccttgcctcttttacaagtggtgctggaaccccaaagaatgccttttgcgttagg 44346556  T
Q  332 tggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||    
T  44346557 tggggaagtttcagaggtgttagggactt 44346585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 19883654 - 19883600
Alignment:
Q  52 attacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattggga 106  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  19883654 attacacctcaatctctgtttcaacattttgaatgttggagtggggagattggga 19883600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 381007 - 380662
Alignment:
Q  16 tggtcgaaggttggtaggtagttgggaataaatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaac 115  Q
    ||||||||||| ||| | | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| | || |    
T  381007 tggtcgaaggtaggtggttggttggggataaatttcattacacctcaatccctttttcaacattttgagtgttggaatggggagattgggaggcgtaagc 380908  T
Q  116 ttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtga 215  Q
     ||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |   | ||||||||||| ||||| |||||    | ||||| ||||||    
T  380907 ctcggaaaggttattggttgatttggcacgcagtgttatggtcgatttggaaagtgagaaatgataggatctttaacaatttttccaaggattttggtga 380808  T
Q  216 aatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaa 315  Q
    | | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |  |||    
T  380807 attggtggaggatattaaggtgatttcgtggaattgggctaattctagacttaggagtcctccatgcctctattacgagtggtgctggaaccccaaggaa 380708  T
Q  316 tgcttattgagat-agatggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
    ||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  380707 tgcttattgagataacgtggggcagttttagaggtgtccgggactt 380662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 73 - 365
Target Start/End: Original strand, 997 - 1289
Alignment:
Q  73 caacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggccc 172  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||    || || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | ||| |||| |||||  |      
T  997 caacattttgagtgttggagtggggagattgggagactaaagctccgtaaaggttattggatgatttggcatgcggttctttggacgatctggaaaacga 1096  T
Q  173 ggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagag 272  Q
    ||||||||||||||||||||  | |  |||  |||||||| ||||| ||||| || ||||||||| |  | ||||||||||||| | | |||||||||||    
T  1097 ggaatgataggatttttaattctattgtgaaagattatggggaaattgttgatgacattaaggtgctcccttggaattgggcgattacaagacttaagag 1196  T
Q  273 tcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggacttatggt 365  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||||||| || |  ||||||||  |  || || ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  1197 tcctccctgcctcttttatgagtggtgttggaagcccaaggaatgcttgctccgacaggtggggtagttttagaggtgtccgggacttttggt 1289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 120 - 360
Target Start/End: Original strand, 51361138 - 51361378
Alignment:
Q  120 taaaggttattggttgatatggcatgcggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaata 219  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||  ||| | ||| ||  ||||||||||||||||||||||  |  | |  ||| | ||||||||     
T  51361138 taaagggtattggttgacttggcatgcggtattatggatgatatagaaagcaaggaatgataggatttttaataagattgttaaagatcacggtgaaatt 51361237  T
Q  220 gttgaggaaattaaggtgatttcgtggaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgct 319  Q
    ||| | || ||||||||| ||| |||||||||| ||  | ||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||     
T  51361238 gtttatgacattaaggtgcttttgtggaattggacggttactagactcaaaagttctccctgcctctattatgagtggtgttggaaccccaaggaatgcc 51361337  T
Q  320 tattgagatagatggggaagttttagaggtgtctgggactt 360  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  51361338 tattgagatagttggggtagttttagaggtgtcagggactt 51361378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 46 - 365
Target Start/End: Original strand, 13154799 - 13155117
Alignment:
Q  46 aatttcattacaccgcaatctctttttcaacagtttgaatgttggaatggggaaattgggaggaggaaacttcgtaaaggttattggttgatatggcatg 145  Q
    ||||| ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| ||  |  ||| | ||||| |||||| || | |||||||    
T  13154799 aattttattactcctcaatctttgtttcaacattttgaatgttggagcggggagattgggaagaaaaggctttgcaaaggctattggatggtttggcatg 13154898  T
Q  146 cggttttatggtcgatttggaaggcccggaatgataggatttttaataatttaatgagggattatggtgaaatagttgaggaaattaaggtgatttcgtg 245  Q
    | ||  ||||| |||||||||| || |  || |||||||||||||| ||| |  |||  || |  || ||||| ||||| || ||||||||  | || ||    
T  13154899 ctgtcctatggacgatttggaaagcgccaaacgataggatttttaacaatcttgtgaaagaatcgggagaaattgttgatgacattaaggtactctcttg 13154998  T
Q  246 gaattgggcgaatgctagacttaagagtcctccttgcctctattacgagtggtgttggaaccctatcgaatgcttattgagatagatggggaagttttag 345  Q
    ||||| | ||    ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||| ||||| || | ||| || |||||    
T  13154999 gaattagacgctatctagattaaagagtcctacttgcctctattacgagtggtgtttgaaccctaaagaatgtttactgagaaagctcgggtag-tttag 13155097  T
Q  346 aggtgtctgggacttatggt 365  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  13155098 aggtgtttgggacttttggt 13155117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University