View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16316_high_2 (Length: 458)

Name: NF16316_high_2
Description: NF16316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16316_high_2
NF16316_high_2
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (22-442)||(11170542-11170962)
chr6 (22-439)||(11209367-11209784)
chr6 (22-431)||(11275937-11276346)
chr6 (13-439)||(11196698-11197124)
chr6 (13-439)||(11156245-11156671)
chr6 (13-439)||(11199863-11200293)
chr6 (13-439)||(11161112-11161550)
chr6 (13-288)||(11241213-11241488)
chr6 (14-391)||(11133017-11133394)
chr6 (201-361)||(11314688-11314848)
chr6 (335-439)||(11241511-11241615)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (22-431)||(871-1277)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (97-175)||(8382727-8382805)
chr7 (97-175)||(8602213-8602291)
chr7 (97-178)||(13333307-13333388)
chr7 (98-178)||(10494226-10494306)
chr7 (98-178)||(8585558-8585638)
chr7 (99-178)||(8628768-8628847)
chr7 (104-178)||(27830733-27830807)
chr7 (109-171)||(29577532-29577594)
chr7 (97-178)||(8654686-8654767)
chr7 (97-178)||(8667655-8667736)
chr7 (97-177)||(6789749-6789829)
chr7 (98-178)||(8671482-8671562)
chr7 (97-171)||(3147515-3147589)
chr7 (97-175)||(7877584-7877662)
chr7 (97-175)||(8538275-8538353)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (284-360)||(12528558-12528634)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (97-177)||(9335742-9335822)
chr4 (98-177)||(30775489-30775568)
chr4 (97-178)||(35132684-35132765)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (97-178)||(7542462-7542543)
chr2 (98-178)||(16661844-16661924)
chr2 (97-178)||(16657368-16657449)
chr2 (98-178)||(14703644-14703724)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (98-178)||(34466645-34466725)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 11170962 - 11170542
Alignment:
Q  22 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 121  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170962 ccttggatcaatagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 11170863  T
Q  122 aatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170862 aatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 11170763  T
Q  222 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11170762 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 11170663  T
Q  322 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagaggctgaagact 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  11170662 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 11170563  T
Q  422 gcttgcgagaaagcaaaatgt 442  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  11170562 gcttgcgagagagcaaaatgt 11170542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11209784 - 11209367
Alignment:
Q  22 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 121  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11209784 ccttggatcaacagtggatgatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 11209685  T
Q  122 aatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11209684 aatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttggcatgaaaccatttaatcatggacgtagaaatgttttcatatttg 11209585  T
Q  222 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||    
T  11209584 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgaggatggtgatatcaatgttaaggctattgcaggagacactcacctcgggggacaaga 11209485  T
Q  322 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagaggctgaagact 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | || |||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  11209484 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaaggaaaaaatggacattagtggaaatccaagagcccttaggaggctgaagact 11209385  T
Q  422 gcttgcgagaaagcaaaa 439  Q
    |||||||||| |||||||    
T  11209384 gcttgcgagagagcaaaa 11209367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 22 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 11276346 - 11275937
Alignment:
Q  22 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 121  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11276346 ccttggattaacagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacagcgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggccta 11276247  T
Q  122 aatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 221  Q
    || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11276246 aacgttatgcgaataataaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttaacacgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatatttg 11276147  T
Q  222 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11276146 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacttttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattggaggagacactcacctcgggggacaaga 11276047  T
Q  322 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagaggctgaagact 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||   || |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  11276046 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaagcataaaaatgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 11275947  T
Q  422 gcttgcgaga 431  Q
    ||||||||||    
T  11275946 gcttgcgaga 11275937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11197124 - 11196698
Alignment:
Q  13 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11197124 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccactcgagatgcgggtgttatt 11197025  T
Q  113 gctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  11197024 gctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagacatgttt 11196925  T
Q  213 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgg 312  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||    
T  11196924 tcatttttgatttaggtggtggtactctggacgtgtccattctcacatttgagaacggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgg 11196825  T
Q  313 gggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagagg 412  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  11196824 gggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggagg 11196725  T
Q  413 ctgaagactgcttgcgagaaagcaaaa 439  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||    
T  11196724 ttgaagtctgcttgcgagaaagcaaaa 11196698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11156671 - 11156245
Alignment:
Q  13 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 112  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||    
T  11156671 tgaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccacccaagatgcgggtgttatt 11156572  T
Q  113 gctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  11156571 gctggcctcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtaaacatgttt 11156472  T
Q  213 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgg 312  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||| ||    
T  11156471 tcatttttgatttaggaggtggtactttggacgtgtccattctcacatttgagaaaggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgg 11156372  T
Q  313 gggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagagg 412  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  11156371 gggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaatgagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggagg 11156272  T
Q  413 ctgaagactgcttgcgagaaagcaaaa 439  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||    
T  11156271 ttgaagtctgcttgcgagaaagcaaaa 11156245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11200293 - 11199863
Alignment:
Q  13 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacg----ccagtctactcgagatgcgggtgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    |||||||||| |||||||||||||    
T  11200293 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataattgtgcctacatactttaatgattcacaacgtacgccagtctacttgagatgcgggtgc 11200194  T
Q  109 tattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaat 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11200193 tattgctggcctcaatgttttgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagaaat 11200094  T
Q  209 gttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacc 308  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  11200093 gttttcattttttatttaggtggtggtactctggatgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcacc 11199994  T
Q  309 tcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaa 408  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||| |||||||||  |||||||||| |||     
T  11199993 ttgggggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttag 11199894  T
Q  409 gaggctgaagactgcttgcgagaaagcaaaa 439  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  11199893 gaggtagaagtctgcttgcgagaaagcaaaa 11199863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 11161550 - 11161112
Alignment:
Q  13 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacg----ccagtctactcgagatgcgggtgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||    ||||||||||||||||||||||||    
T  11161550 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataattgtgcctacatactttaatgtttcacaacgtacgccagtctactcgagatgcgggtgc 11161451  T
Q  109 tattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatga--------gcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggat 200  Q
    ||||| |||||| |||||||||||| || |||||||        ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  11161450 tattgttggccttaatgttatgcgagtaatcaatgactctactagcctactgcagatgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggat 11161351  T
Q  201 gtagaaatgttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggaga 300  Q
    ||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||||    
T  11161350 gtatacatgttttcattttttatttaggtggtggtactttggacgtgtctattctcacatttgagattggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggaga 11161251  T
Q  301 cactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaaga 400  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||| |||||||||  |||||||    
T  11161250 cactcaccttaggggacaagactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaaga 11161151  T
Q  401 gccattaagaggctgaagactgcttgcgagaaagcaaaa 439  Q
    ||| ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  11161150 gcccttaggaggttgaactctgcttgcgagaaagcaaaa 11161112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 13 - 288
Target Start/End: Original strand, 11241213 - 11241488
Alignment:
Q  13 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11241213 tgaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtctattcgagatgcgggtgctatt 11241312  T
Q  113 gctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttt 212  Q
    ||||||||||| ||| || ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||||||||| |||||     
T  11241313 gctggcctcaaagttttgtgaataatcactgagcctactgcagttgcaattgcatatggccttaacatgaaaactcttaatcatggatgtagacatgttc 11241412  T
Q  213 tcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggc 288  Q
    | ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11241413 taattttcgatttaggtggtggtactctggacgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggc 11241488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 11133394 - 11133017
Alignment:
Q  14 gaagcttaccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattg 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||    
T  11133394 gaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgtcgttataactgttcctgcttactttaatgactcgcaacgccaagctactagagatgcaggtgttattg 11133295  T
Q  114 ctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgtttt 213  Q
    | || ||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||    || | |||||||    
T  11133294 caggtctcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttt 11133195  T
Q  214 catttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcggg 313  Q
      ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||   ||  ||||    ||| |||||||  ||||| ||||||||||||    
T  11133194 tgtttttgatttaggaggtggtacattggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcggg 11133095  T
Q  314 ggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtgga 391  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | || |||||||||    
T  11133094 ggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttcttgaggaagcataaaattgacattagtgga 11133017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 201 - 361
Target Start/End: Original strand, 11314688 - 11314848
Alignment:
Q  201 gtagaaatgttttcatttttgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggaga 300  Q
    |||||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||| |||| ||||  ||| |||||    
T  11314688 gtagaaatgttttcatcttcgatttgggtggcggtactttggatgtgtctattctcacacttgagaatggtgccatcaaagttagggccgttggcggaga 11314787  T
Q  301 cactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttc 361  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||  |||||||| ||| ||||    
T  11314788 cactcaccttgggggacaagacttcaataatacaatggtgaaatattttgtggaagtgttc 11314848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 335 - 439
Target Start/End: Original strand, 11241511 - 11241615
Alignment:
Q  335 atggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagaggctgaagactgcttgcgagaaag 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||| |||||| ||  |||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  11241511 atggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtagagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgagaaag 11241610  T
Q  435 caaaa 439  Q
    |||||    
T  11241611 caaaa 11241615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 22 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 1277 - 871
Alignment:
Q  22 ccttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccagtctactcgagatgcgggtgctattgctggcctc 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1277 ccttggatcaacagtggaggatgttgttataactgtgcctgcatactttaatgactcacaacgccaatctactcgagatgcaggtgctattgctggcctc 1178  T
Q  122 aatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttttg 221  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1177 aatgttttgggaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttgacacaaaaccatca---catggacatagaaatgttttcatttttg 1081  T
Q  222 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaaga 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||| |||||    
T  1080 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcaaatttgagaatggtgatatcaatgttaaggctattgtaggagacactcacctcagggggcaaga 981  T
Q  322 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgatattagtggatctccaagagccattaagaggctgaagact 421  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  980 ctttgataacgcaatggtgaaccattttgtgaaagtgttcttaaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagccgttaggaggctgaagact 881  T
Q  422 gcttgcgaga 431  Q
    ||||| ||||    
T  880 gcttgtgaga 871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 175
Target Start/End: Original strand, 8382727 - 8382805
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggcctt 175  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  8382727 agatgctggtgcgattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgccgctgctcttgcatatggcctt 8382805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8602291 - 8602213
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggcctt 175  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  8602291 agatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgcggataatcaatgagccaactgcagctgctcttgcatatggcctt 8602213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Original strand, 13333307 - 13333388
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  13333307 agatgctggtgctattgctggccttaatatcattcgaataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 13333388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Original strand, 10494226 - 10494306
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  10494226 gatgctggtgctattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 10494306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Original strand, 8585558 - 8585638
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8585558 gatgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggccttgac 8585638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 99 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8628847 - 8628768
Alignment:
Q  99 atgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8628847 atgctggtgccattgctggccttaatgttatgaggataatcaatgaccccactgctgcagctattgcatatggccttgac 8628768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 178
Target Start/End: Original strand, 27830733 - 27830807
Alignment:
Q  104 ggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | |  ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  27830733 ggtgccattgctggccttaatgttatgcggataataagcgagcctactgctgcagctattgcatatggccttgac 27830807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 171
Target Start/End: Original strand, 29577532 - 29577594
Alignment:
Q  109 tattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatgg 171  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| |||||| ||||||||||    
T  29577532 tattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaaccaactgctgctgcacttgcatatgg 29577594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8654767 - 8654686
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8654767 agatgctggtgccattgctggacttaacgtcattcggatactcaatgaacctactgccgcagctattgcatatggccttgac 8654686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8667736 - 8667655
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||| ||| |||||||||| || ||||| || || ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8667736 agatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgcggcagctattgcatatggccttgac 8667655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 97 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789749
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttga 177  Q
    |||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||| || || || |||||  ||||||||||||||||    
T  6789829 agatgctggtgccattgctggtcttaatgttatacgaataatcaatgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttga 6789749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Original strand, 8671482 - 8671562
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||| |||||||||| || ||||| || || ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8671482 gatgctggtactattgctggacttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttgac 8671562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 3147589 - 3147515
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatgg 171  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| || || ||||| |||||    
T  3147589 agatgctggtgttattgctggccttaatattatgcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcgtatgg 3147515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 175
Target Start/End: Original strand, 7877584 - 7877662
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggcctt 175  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  7877584 agatgctggtgcagttgccggcctcaatgttatgcggataattaatgaaccaactgctgctgcccttgcatatggcctt 7877662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 8538353 - 8538275
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggcctt 175  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| || |||||  ||||||| ||||||    
T  8538353 agatgctggtgtcattgctggcctcaatgtaatgcggataatcaatgaacctacagctgctgctcttgcatacggcctt 8538275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 284 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 12528634 - 12528558
Alignment:
Q  284 aaggccactggaggagacactcacctcgggggacaagactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagtt 360  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||    
T  12528634 aaggccactgccggagacactcaccttggaggagaggactttgataatcgaatggtgaatcactttgtgaaagagtt 12528558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 177
Target Start/End: Original strand, 9335742 - 9335822
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttga 177  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||| || || ||| ||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  9335742 agatgctggtactattgctggccttaatgtcattcggataatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggccttga 9335822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 30775568 - 30775489
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttga 177  Q
    ||||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  30775568 gatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactgcagcagctattgcatatggacttga 30775489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 35132765 - 35132684
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||||||||| || || | ||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  35132765 agatgctggtgctattgctggtcccaatgttatgagagtaatgaatgaacctactgccgcagcggttgcatatggccttgac 35132684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 7542543 - 7542462
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   | | ||||| |||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  7542543 agatgcgggtgccattgctggcctcaatgttatgagggcaatgaatgaacctactgccgcagctgttgcatatggccttgac 7542462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Original strand, 16661844 - 16661924
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||| || | ||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  16661844 gatgctggtgccattgctggccttaacgttgtgaggataatcaatgaacccactgcagcagctattgcatatggccttgac 16661924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Original strand, 16657368 - 16657449
Alignment:
Q  97 agatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    |||||| ||||| || |||||||| ||||| || |||||  ||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||    
T  16657368 agatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcgaattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgac 16657449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 14703724 - 14703644
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |  || | ||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||    
T  14703724 gatgctggtgttattgccggcctcaatgttatgagggtaatgaatgaacctacagctgcagctattgcatatggccttgac 14703644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 178
Target Start/End: Original strand, 34466645 - 34466725
Alignment:
Q  98 gatgcgggtgctattgctggcctcaatgttatgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgac 178  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| || ||||| || || ||||||||||| ||||||    
T  34466645 gatgctggtactattgctggccttaatgttttgcaaataatcaatgaacccactgctgcagctattgcatatggacttgac 34466725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University