View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16320_high_1 (Length: 782)

Name: NF16320_high_1
Description: NF16320
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16320_high_1
NF16320_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-774)||(50654274-50655037)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 774
Target Start/End: Original strand, 50654274 - 50655037
Alignment:
Q  5 gatggacatcatcacccttctaccccagtcnnnnnnngtataggatgagagaatggaataacataggttataaacttggtggcttctaaggtgagagagc 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  50654274 gatgaacatcatcacccttctaccccagtcaaaaaaagtataggatgagagaatggaataacataggttataaacttggtggcaga-aaggtgagagagc 50654372  T
Q  105 catcaagttcctcaccagtgtactattggatctattaaaataattaaagggttcagatatattaaaaaattaagagtagcacataagtcttccctcaccc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654373 catcaagttcctcaccagtgtaccattggatctattaaaataattaaagggttcagatatattaaaaaattaagagtagcacataagtcttccctcaccc 50654472  T
Q  205 aatccctccttgtttaactctttccctgctaaaccttccttgttatgatgtcttcaccttcaatttacgccactgacttatcttgttttctactcaagtg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654473 aatccctccttgtttaactctttccctgctaaaccttccttgttatgatgtcttcaccttcaatttacgccactgacttatcttgttttctactcaagtg 50654572  T
Q  305 taaaatcaattattgttcagcacaaccagaaaagttgcaacccatgataataataacatnnnnnnnggatagtccagtgcaccaaaactcccgcatatgc 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50654573 taaaatcaattattgttcagcacaaccagaaaagttgcgacccatgataataataacataaaaaaaggatagtccagtgcaccaaaagtcccgcatatgc 50654672  T
Q  405 agggtccagggataacaataacatcaataataacaaataatgggtaaacaggaattcaagacaacaatttatgcaaccaaataaaatccaaaacctatag 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50654673 agggtccagggataacaataacatcagtaataacaaataatgggtgaacaggaattcacgacaacaatttatgcaaccaaataaaatccaaaacctatag 50654772  T
Q  505 ttcaacaaaaaccattaacccgaactaaggatctgttagtccacataaaattggaatctgtaattaagaagattgtatcatttgagagcaaaccaatcag 604  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  50654773 ttcaacaaaaaccaataacccgaactaaggatctgttagtccacataaaattggaatctgtaattaagaagattgtatcatttgagagcaaaccaattag 50654872  T
Q  605 ttcaagtgaggaaacttatactatgctaaaaagactaatgaatgttacttatgaattgcaaaatgattcagtcactatgatattgattttccctcaacnn 704  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  50654873 ttcaagtgaggaaaattatactatgctaaaaagactaatgaatgttacttatgaattgcaaaatgattcagtcactatgatattgattttccctcaa--- 50654969  T
Q  705 nnnnnnnnnnnnnnctaagatattgatttctatctttctcagtc--atgaatattgggatatgattgatgat 774  Q
                  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  50654970 ----aaaaaaaaaactaagatattgatttctatctttctcaatcatatgaatattgggatatgattgatgat 50655037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University