View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1632_high_11 (Length: 507)

Name: NF1632_high_11
Description: NF1632
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1632_high_11
NF1632_high_11
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (20-496)||(9821811-9822286)
chr1 (35-493)||(9811026-9811487)
chr1 (34-443)||(9750464-9750870)
chr1 (34-467)||(9753354-9753785)
[»] scaffold0432 (1 HSPs)
scaffold0432 (34-472)||(1280-1729)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 9822286 - 9821811
Alignment:
Q  20 cattggaagtttataacccattaattggattttagttacctcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagatttaaaaaagagaat 119  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822286 cattagaagtttttaacccattaattggattttagttacatcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagatttaaaaaagagaat 9822187  T
Q  120 aaattttctaaaatttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaattt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822186 aaattttctaaaatttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaattt 9822087  T
Q  220 gcattggtccatcaattttcatattatccccaattagcattttggnnnnnnnaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacat 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822086 gcattggtccatcaattttcatattatccccaattagcattttggtttttttaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacat 9821987  T
Q  320 tgt-aagaggctattattaagtgagaatttgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaagtgtttatatga 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9821986 tgtaaagaggctattattaagtgagaatttgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaattgtttatatga 9821887  T
Q  419 aactgattgtgtttagtttcatgttagatggttctcttatgttctagatatgttgatctccaggtctcaatggttcat 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  9821886 aactgattgtgtttagtttcatgttagatggttctctaatcttctagata--ttgatctccaggtctcaatggttcat 9821811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 35 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 9811487 - 9811026
Alignment:
Q  35 acccattaattggattttagttacctcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagatttaaaaaagagaa---taaattttctaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||   |||||||| ||||    
T  9811487 acccattaattggattttagttacctcaggagaattagtcttcacagttgaacatagagaatactttagatttaaaaaaaataagtataaattttttaaa 9811388  T
Q  132 atttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaatttgcattggtccat 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9811387 atttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtgtttgcttttacttttgatattggtctccctatatttaaactcacgaatttgca-tggtccat 9811289  T
Q  232 caattttcatattatccccaattagcattttgg--nnnnnnnaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacattgtaagaggc 329  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||      
T  9811288 caattttcatattttccccaattagcattttggttattttttaataatttgacaagtgatatccttatacgatgagtaagctggtgacatagtaagag-- 9811191  T
Q  330 tattattaagtgagaatttgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaagtgtttatatgaaactgattgtg 429  Q
     | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  9811190 -actattaagtgagaatctgccgcaagtgtatgttggtttttaacagatttatccctcgatctggattcacgcataagtgtttatatgaaactgattatg 9811092  T
Q  430 tttagtttcatgttagatggttctcttatgttctagatatgtt--gatctccaggtctcaatggtt 493  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  9811091 tttagtttcatgttcgatggttctctgaagttttagatatgttgagatctccaggtctcattggtt 9811026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 34 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 9750870 - 9750464
Alignment:
Q  34 aacccattaattggattttagttacctcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagatttaaaaaagagaataaattttctaaaat 133  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||  |||| ||  ||||  || ||||||    
T  9750870 aacccattaaatggattttagttatctcgagataattagtcttcgtagttagacatagaggatactttagatttttaaaa-agtctaaaaattttaaaat 9750772  T
Q  134 ttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaatttgcattggtccatca 233  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9750771 ttcatataagtttgaatacaattttaatcttgtgtgtttgcatttacttttgatattggtctccatatatttaaactcacgaatttgcattggtccatca 9750672  T
Q  234 attttcatattatccccaattagcattttgg-nnnnnnnaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacattgtaagaggctat 332  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||       
T  9750671 attttcatattttccccaattatcattttggtttattttaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtacgttggtgacatagaaagaggc--- 9750575  T
Q  333 tattaagtgagaatttgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaagtgtttatatgaaactgattgtgttt 432  Q
    | |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9750574 tgttaagtgagaatctcccgcaaatgtatgtcggtttttaacggacttatccctcgatctggattcacgcataagtgtttatgtgaaattgattgtgttt 9750475  T
Q  433 agtttcatgtt 443  Q
    || ||||||||    
T  9750474 agcttcatgtt 9750464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 34 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 9753785 - 9753354
Alignment:
Q  34 aacccattaattggattttagttacctcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagatttaaaaaagagaataaattttctaaaat 133  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||    
T  9753785 aacccattaaatggattttagttacctcgaaagaattaatcttcgcagttagacatagagaatactttagattttaaaaa-agtctaaattttttaaaat 9753687  T
Q  134 ttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaatttgcattggtccatca 233  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9753686 ttcatataaatttgaatacaattttaatctcgtgtgtttgcatttacttttgatattggtctccttatatttaaactcataaatttgcattggtccatca 9753587  T
Q  234 attttcatattatccccaattagcattttgg-nnnnnnnaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacattgtaagaggctat 332  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||       
T  9753586 attttcatatttcccccaattatcattttggtttattttaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagt--gttggtgacattgaaagaggc--- 9753492  T
Q  333 tattaagtgagaatt----tgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaagtgtttatatgaaactgattgt 428  Q
    | |||||||||||||    | |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | || || |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  9753491 tgttaagtgagaattaatctcccgcaaatgtatgttggtttgtaacggacttatccttctatatggatttacgcataagt-tttatatgaaactgattgt 9753393  T
Q  429 gtttagtttcatgttagatggttctcttatgttctagat 467  Q
    |||||| |||||||| |||| |||| | |||||||||||    
T  9753392 gtttagcttcatgttcgatgattctttgatgttctagat 9753354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0432 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0432
Description:

Target: scaffold0432; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 34 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 1729 - 1280
Alignment:
Q  34 aacccattaattggattttagttacctcgagagaattagtcttcacaattggacatagagaatactttagattt----------aaaaaagagaataaat 123  Q
    |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| ||||          |||||| || | ||||    
T  1729 aacccattaattagattttagttactttgagagaattagtcttcaaagatggacataaagaatgctttatattttttaaaataaaaaaaaaagtacaaat 1630  T
Q  124 tttctaaaatttcatataagtttgaatacaattttaatctcgtgtatttgcttttacttttgatattggtctccctatatctaaactcacaaatttgcat 223  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||    
T  1629 ttttgaaaatttcatataagtttgaatacaattttaatcttgtgtgtttgcttttacttttgatgttggtctccctatatttaaactcacgaatttgtat 1530  T
Q  224 tggtccatcaattttcatattatccccaattagcattttggnnnnnnn----aatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacat 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1529 tggtccatcaattttcatattttccccaattagcattttggtttttttttttaatgatttgacaagtgatatccttatacgataagtaagttggtgacat 1430  T
Q  320 tgtaagaggctattattaagtgagaatttgccgcaaatgtatgttggtttttaacggatttattcctcgatctggattcacgcagaagtgtttatatgaa 419  Q
     ||||||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1429 agtaagaggctatta---agtgagaatctgccgcaagtgtatgttggtttttaacggatttatccctcgatctggattcacgcataagtgtttatatgaa 1333  T
Q  420 actgattgtgtttagtttcatgttagatggttctcttatgttctagatatgtt 472  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| ||||    
T  1332 actgattgtgtttagtttcatgtttgatggttctcagatattctagatttgtt 1280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University