View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16331_low_1 (Length: 687)

Name: NF16331_low_1
Description: NF16331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16331_low_1
NF16331_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-679)||(20632667-20633335)
chr5 (8-676)||(20648763-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 679
Target Start/End: Original strand, 20632667 - 20633335
Alignment:
Q  8 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| |  |||||||||||||    
T  20632667 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcttattgaagtgtttaaaatcatatcccccaaagatgtaacca 20632766  T
Q  108 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632767 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20632866  T
Q  208 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 307  Q
    |||||||||||||||   ||| ||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632867 tataaatgtaaacaa---ttgtatcgtggccagcgaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20632963  T
Q  308 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632964 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20633063  T
Q  408 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 507  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633064 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccggcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 20633163  T
Q  508 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 607  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633164 ccaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20633263  T
Q  608 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgatgtc 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20633264 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttattgatgatgtc 20633335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 676
Target Start/End: Original strand, 20648763 - 20649428
Alignment:
Q  8 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||  ||| |  |  |||||||||||||    
T  20648763 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcctattgaagggtttaatttcatctaccccaaagatgtaacca 20648862  T
Q  108 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648863 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20648962  T
Q  208 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 307  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648963 tataaatgtaaacaacttttgtatcgtggccaactaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20649062  T
Q  308 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649063 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20649162  T
Q  408 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 507  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  20649163 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatattgaaat 20649262  T
Q  508 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 607  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649263 tcaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20649362  T
Q  608 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 676  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649363 ataaggaacttcaggaatggattgaagatttgaag---gtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 20649428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University