View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF16332_high_1 (Length: 812)
Name: NF16332_high_1
Description: NF16332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF16332_high_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0459 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0366 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0459 (Bit Score: 774; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0459
Description:
Target: scaffold0459; HSP #1
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 6387 - 5602
Alignment:
| Q |
12 |
aagcatagggaagaaagctagcaactctgaaatatatggaatgatgcaagcagtgtttatagaaatggataatgatcctaatgtaagcctacgccttctg |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6387 |
aagcatagggaagaaagctagcaactctgaaatatatggaatgatgcaagcagtgtttatagaaatggataatgatcctaatgtaagcctacgccttctg |
6288 |
T |
|
| Q |
112 |
atcctcttatccttttgccaataaatatattcagcaattgttttatgttttttattatatgttcatattatattctgatctttgccctgtcctataaaat |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6287 |
atcctcttatccttttgccaataaatatattcagcaattgttttatgttttttattatatgttcatattatattctgatctttgccctgtcctataaaat |
6188 |
T |
|
| Q |
212 |
tcttgctccgaacctgctatcatggagatcaaacacgacacgaataataactaaattactaattgttcctgaacatggttctgcagaatcattcagtggt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6187 |
tcttgctccgaacctgctatcatggagatcaaacacgacacgaataataactaaattactaattgttcctgaacatggttctgcagaatcattcagtggt |
6088 |
T |
|
| Q |
312 |
aaaagaactagaagatttgaaagattttgtcctaaatggtgaagataaaggagacaacaataagagcacatttgatcctgagaaacacattgatacatat |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
6087 |
aaaagaactagaggatttgaaagattttgtcctaaatggtgaagataaaggagacaacaataagagcacatttgatcttgagaaacatattgatacatat |
5988 |
T |
|
| Q |
412 |
ttgcctgtaagagtaaaggagcaaagagtgagcaaccttttacaatcactctttgttggagtagcagtgtttgctatgcctgccataaaaatgataccaa |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5987 |
ttgcctgtaagagtaaaggagcaaagagtgagcaaccttttacaatcactctttgttggagtagcagtgtttgctatgcctgccataaaaatgataccaa |
5888 |
T |
|
| Q |
512 |
cttcagttttgtggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttttgtaagacctagtag |
611 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5887 |
cttcagttttgtggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttttgtaagacctagtag |
5788 |
T |
|
| Q |
612 |
atggtacaagtaagtgaaagttactttgatttcaccattttaacaaaatagacatgaagcattgaaatagacacaaacaccgaacacgacattcacacat |
711 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5787 |
atggtacaagtaagtgaaagttactttgatttcaccattttaacaaaatagacatgaagcattgaaatagacacaaacaccgaacacgacattcacacat |
5688 |
T |
|
| Q |
712 |
cggataccggacacatctttattctgaagtgtcggttgtcattgatttctggttctaaagccaaacctatccttgcaggttgttgg |
797 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5687 |
cggataccggacacatctttattctgaagtgtcggttgtcattgatttctggttctaaagccaaacctatccttgcaggttgttgg |
5602 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0366 (Bit Score: 770; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0366
Description:
Target: scaffold0366; HSP #1
Raw Score: 770; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 6387 - 5602
Alignment:
| Q |
12 |
aagcatagggaagaaagctagcaactctgaaatatatggaatgatgcaagcagtgtttatagaaatggataatgatcctaatgtaagcctacgccttctg |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6387 |
aagcatagggaagaaagctagcaactctgaaatatatggaatgatgcaagcagtgtttatagaaatggataatgatcctaatgtaagcctacgccttctg |
6288 |
T |
|
| Q |
112 |
atcctcttatccttttgccaataaatatattcagcaattgttttatgttttttattatatgttcatattatattctgatctttgccctgtcctataaaat |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6287 |
atcctcttatccttttgccaataaatatattcagcaattgttttatgttttttattatatgttcatattatattctgatctttgccctgtcctataaaat |
6188 |
T |
|
| Q |
212 |
tcttgctccgaacctgctatcatggagatcaaacacgacacgaataataactaaattactaattgttcctgaacatggttctgcagaatcattcagtggt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6187 |
tcttgctccgaacctgctatcatggagatcaaacacgacacgactaataactaaattactaattgttcctgaacatggttctgcagaatcattcagtggt |
6088 |
T |
|
| Q |
312 |
aaaagaactagaagatttgaaagattttgtcctaaatggtgaagataaaggagacaacaataagagcacatttgatcctgagaaacacattgatacatat |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6087 |
aaaagaactagaggatttgaaagattttgtcctaaatggtgaagataaaggagacaacaataagagcacatttgatcttgagaaacacattgatacatat |
5988 |
T |
|
| Q |
412 |
ttgcctgtaagagtaaaggagcaaagagtgagcaaccttttacaatcactctttgttggagtagcagtgtttgctatgcctgccataaaaatgataccaa |
511 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5987 |
ttgcctgtaagagtataggagcaaagagtgagcaaccttttacaatcactctttgttggagtagcagtgtttgctatgcctgccataaaaatgataccaa |
5888 |
T |
|
| Q |
512 |
cttcagttttgtggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttttgtaagacctagtag |
611 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5887 |
cttcagttttgtggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttttgtaagacctagtag |
5788 |
T |
|
| Q |
612 |
atggtacaagtaagtgaaagttactttgatttcaccattttaacaaaatagacatgaagcattgaaatagacacaaacaccgaacacgacattcacacat |
711 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5787 |
atggtacaagtaagtgaaagttactttgatttcaccattttaacaaaatagacatgaagcattgaaatagacacaaacaccgaacacgacattcacacat |
5688 |
T |
|
| Q |
712 |
cggataccggacacatctttattctgaagtgtcggttgtcattgatttctggttctaaagccaaacctatccttgcaggttgttgg |
797 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5687 |
cggataccggacacatctttattctgaagtgtcggttgtcattgatttctggttctaaagccaaacctatccttgcaggttgttgg |
5602 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 499 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 49706539 - 49706439
Alignment:
| Q |
499 |
aaaatgataccaacttcagttttgtggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttttg |
598 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
49706539 |
aaaaggataccaacctcggttttatggggatattttgcttacatggcaatagatagtcttccggggaatcagttctgggaaaggatattgctcctctttg |
49706440 |
T |
|
| Q |
599 |
t |
599 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
49706439 |
t |
49706439 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 523 - 596
Target Start/End: Original strand, 2235350 - 2235423
Alignment:
| Q |
523 |
tggggatactttgcttacatggctattgatagtcttccagggaatcagttttgggaaaggatattgcttctttt |
596 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2235350 |
tggggatattttgcttatatggcaattgatagtctcccagggaaccaattttgggaaaggatattgcttctttt |
2235423 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University