View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1633_low_3 (Length: 613)

Name: NF1633_low_3
Description: NF1633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1633_low_3
NF1633_low_3
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-595)||(34320323-34320917)
chr8 (1-591)||(34329231-34329821)
chr8 (485-559)||(34333815-34333889)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-591)||(36627146-36627727)
chr5 (1-590)||(36632719-36633294)
chr5 (257-567)||(36621945-36622252)
chr5 (4-185)||(36622306-36622487)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 34320323 - 34320917
Alignment:
Q  1 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320323 ttgaaccctttgtttcccgacaaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 34320422  T
Q  101 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320423 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 34320522  T
Q  201 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320523 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttctgtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 34320622  T
Q  301 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320623 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatggcaacttctagttctatgcattcacctc 34320722  T
Q  401 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320723 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 34320822  T
Q  501 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaattac 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34320823 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgtaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaattac 34320917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Original strand, 34329231 - 34329821
Alignment:
Q  1 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 100  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34329231 ttgaaccctttgttcccggatgaattgcaatggaaagaaatggattggagtgaaactttaatagccattcaaatcaactgttttgcatgtggaggaatgg 34329330  T
Q  101 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattac---aagaaga 197  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||   ||||| |    
T  34329331 cgataagtgtttgcatgagtcacaaaattggtgatggttcgacacttttcaacttcatgaatgattggtccattatcaacgaaaatttaccaaaagaaaa 34329430  T
Q  198 agaagaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtg 297  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||     
T  34329431 agaaggagaaaaagggttattagaattaccctttcatttccttgatggaggagcttcaatgtttccacaaagagatttacctatttttcaagaacttgtt 34329530  T
Q  298 ttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcac 397  Q
     | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  ||||||       
T  34329531 cttaagagagaaaacaatgtggtgtgtaaaagatttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaagaaaatggcaacttctagttcggtgcatt--- 34329627  T
Q  398 ctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtaga 497  Q
    ||||  ||||||||||||  || |||||||||||||| ||  |  | |||||| ||| ||||||||||||| ||||  | || ||||| |||| ||| ||    
T  34329628 ctcccacacgtgtacaagttgtgactgcatggatttacaaatgcacggtttcaataacgggattaaatttcaagacatcattgtttagtatggctgttga 34329727  T
Q  498 tcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaa 591  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34329728 ttttcgcaaaagaatggttcctccgttgtctgaaaaatgtgtagggaacatattttggttctcgtctatgtttgcagataagaaggaaatggaa 34329821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 485 - 559
Target Start/End: Original strand, 34333815 - 34333889
Alignment:
Q  485 gcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttct 559  Q
    |||||| ||| |||||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||| || |||||||    
T  34333815 gcatggctgtggatcttcgtagaagaatggttcctccattgtctgataagtctgtaggaaacatagtatggttct 34333889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 36627727 - 36627146
Alignment:
Q  1 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 100  Q
    |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  | ||| |||||  ||||||| || || ||  |||||||||||||||    
T  36627727 ttgaaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagaaatggattggagagcaagttttatagccattcaaataaattggtttacatgtggaggaatgg 36627628  T
Q  101 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 200  Q
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||  |      ||| ||    
T  36627627 taataagtatttgcatgactcacaaaattggtgatgcttcaaccattttcaaattcatgaatgattgggccattatcaaccaaaagat------agagga 36627534  T
Q  201 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 300  Q
    |||  | |||| ||||||||||| ||| ||   ||||||||||| ||| ||  |  |||||||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||| ||    
T  36627533 agataaaaaagagttattagtatcacccttgagtttacttgatgcaggggcaacaatttttccacaaagggatttgcctatcttcccagaaatggtgata 36627434  T
Q  301 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctc 400  Q
    | || | |||||||||| || | |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||   |||    
T  36627433 aagaaagaaaacaatgtcgtatttaaaaggtttgtttttcaacctgcaatgattaagtctcttaaggcaatggtgacttctagttccatgcatt---ctc 36627337  T
Q  401 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 500  Q
    |  | |  |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||    
T  36627336 ccacgcaagtacaagttgtaactgcatggatttacaagcatgccgtttcaataatggggttaaatttccagacggcaatgtttagcatgattgtcgatct 36627237  T
Q  501 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatggaa 591  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||| |||||  ||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  36627236 tcgtagaagaatggttcctccattgtctgaacattgtgtagggaacatattttggttttcgtctatgttggcaaataagaaggaaatggaa 36627146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 36633294 - 36632719
Alignment:
Q  1 ttgaaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatgg 100  Q
    |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |  | ||| |||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  36633294 ttgaaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagacatggattggagtgcaagttttatagccattcaaataaactgctttgcatgtggaggaatgg 36633195  T
Q  101 cgataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaaattacaagaagaaga 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||     ||| ||||| |     
T  36633194 ctataagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcttcaaccgttttcaacttcatgaatgattgggccactatcaaccaa-----acaggaagatgg 36633100  T
Q  201 agaagataaagggttattagtattaccttttcctttacttgatggaggagcttcggtttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgtta 300  Q
    |      |||| ||||||||||| ||| ||   ||||||||||| ||||||     |||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||| |  |    
T  36633099 a------aaagagttattagtatcacccttaagtttacttgatgcaggagcaataatttttccacaaagggatttgcctgttttcccagagattgcggga 36633006  T
Q  301 acgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaagtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctc 400  Q
    | |||| |||||||||| || | |||||||||| | ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| | |||||||||||  |||||||   |||    
T  36633005 aagagagaaaacaatgtcgtatttaaaaggtttttttttcaacctgcaatgatcaaatctcttaaggcaatggtaacttctagtttcatgcatt---ctc 36632909  T
Q  401 catcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatgggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatct 500  Q
    |  ||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||| |||| ||||    
T  36632908 ccacacatgtacaagttgtaactgcatggatttacaagcatacagtttcaataatggggttaaatttccaaacggcgtcgttttgcatggctgtaaatct 36632809  T
Q  501 tcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggttctcgtctatggttgcagataagaaggaaatgga 590  Q
    | | |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||    |||| |||| | ||| ||||||||||||||||    
T  36632808 tagaaaaagaatggatcctccattgtcggaaaaatgtgcagggaacatagtttgcaattcgtatatgttggcaaataagaaggaaatgga 36632719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 257 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 36622252 - 36621945
Alignment:
Q  257 tttttccacaaagggatttaactattttcccagaacttgtgttaacgagaaaaaacaatgtggtgtgtaaaaggtttgtgtttcaaccctcaatgatcaa 356  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||| | || |||||||||||| ||||||||  | ||||||||    
T  36622252 tttttccacaaagggatttacctattttcccagaaaatgtgttaaagagagaaaacaatgttgagtttaaaaggtttgtttttcaacctgcgatgatcaa 36622153  T
Q  357 gtcccttaaggcaatagcaacttctagttctatgcattcacctccatcacgtgtacaagcagtaactgcatggatttataagcgtgcagtttcactaatg 456  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||   ||||  |||| || ||||  |||| |||||||||||| |||| ||| || ||| |||||    
T  36622152 gtctcttaaggcaatggtaacttctagttccatgcctt---ctcccacacgcgtgcaagttgtaattgcatggatttacaagcatgctgtatcaataatg 36622056  T
Q  457 ggattaaatttccagacggctttatttagcatgggtgtagatcttcgcaaaagaatggttcctgcattgtctgaaaagtgtgcaggaaacattgtttggt 556  Q
    || |||||||||||||||||||  |||  ||||| |||  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||  ||||||    
T  36622055 gggttaaatttccagacggcttcgttttacatggttgtgaatctacgcaaaagaatggttcctccgttgtctgaaaaatgtgtagggaacatactttggt 36621956  T
Q  557 tctcgtctatg 567  Q
    | |||||||||    
T  36621955 tttcgtctatg 36621945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 4 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 36622487 - 36622306
Alignment:
Q  4 aaccctttgtttcccgacgaattgcaatggaaagacatggattggagcgatactttgatagctgttcaaatcaactgtttcgcatgtggaggaatggcga 103  Q
    ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  | ||| |||||  ||||| | || || || ||||| ||||||||||  |    
T  36622487 aaccctttgttccctgatgaattacaatggaaagaaatggattggagagcgagttttatagccattcaagtaaattggtttgcatgcggaggaatggtaa 36622388  T
Q  104 taagtatttgcatgagtcacaaaattggtgatgcgtcaaccattttcaacttcatgaatgattggtccatcatcaaccaaaa 185  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||    
T  36622387 taagtatttgcattagtcacaaaattggtgatgctgcaaccattttcaacttcatgaatgattgggccattatctaccaaaa 36622306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University