View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16348_low_4 (Length: 284)

Name: NF16348_low_4
Description: NF16348
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16348_low_4
NF16348_low_4
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (32-276)||(16368195-16368440)
chr7 (111-276)||(43745439-43745605)
chr7 (110-276)||(15575751-15575918)
chr7 (110-276)||(4690765-4690930)
chr7 (117-276)||(47095235-47095395)
chr7 (110-276)||(48212831-48212997)
chr7 (118-276)||(20252296-20252456)
chr7 (110-276)||(18874766-18874930)
chr7 (162-276)||(18079452-18079567)
chr7 (42-131)||(18151147-18151236)
chr7 (184-276)||(19070040-19070133)
chr7 (197-276)||(16383861-16383941)
chr7 (110-165)||(16186808-16186863)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (12-276)||(41931045-41931321)
chr1 (110-276)||(28476836-28477003)
chr1 (117-276)||(24719619-24719779)
chr1 (26-213)||(21978014-21978202)
chr1 (206-276)||(20836617-20836688)
chr1 (181-276)||(12710667-12710763)
chr1 (206-276)||(20822813-20822884)
chr1 (109-174)||(12710753-12710818)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (31-251)||(19622006-19622227)
chr4 (117-276)||(2424496-2424656)
chr4 (110-276)||(26445990-26446157)
chr4 (99-273)||(19080151-19080325)
chr4 (137-276)||(14630920-14631060)
chr4 (12-212)||(21417550-21417749)
chr4 (162-274)||(10237224-10237337)
chr4 (110-191)||(25513720-25513801)
chr4 (181-276)||(54363268-54363364)
chr4 (181-252)||(17375278-17375350)
chr4 (181-276)||(15213598-15213694)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (42-276)||(10801-11036)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (39-255)||(31160195-31160412)
chr6 (110-276)||(20410612-20410779)
chr6 (12-269)||(16386612-16386869)
chr6 (144-276)||(17856395-17856528)
chr6 (110-191)||(21686163-21686244)
chr6 (137-273)||(15515240-15515378)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (110-276)||(23199309-23199476)
chr5 (110-276)||(660573-660740)
chr5 (110-276)||(1627170-1627337)
chr5 (110-276)||(18744664-18744824)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (110-276)||(24546983-24547150)
chr3 (110-276)||(17208307-17208474)
chr3 (117-276)||(14520229-14520389)
chr3 (110-276)||(24549053-24549220)
chr3 (161-255)||(25103946-25104041)
chr3 (39-176)||(11402868-11403004)
chr3 (98-200)||(20421051-20421154)
chr3 (181-276)||(17758582-17758678)
chr3 (181-276)||(19059902-19059998)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (110-276)||(18042-18209)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (110-276)||(18816397-18816564)
chr8 (110-276)||(21514474-21514641)
chr8 (161-276)||(22366173-22366289)
chr8 (161-276)||(22723355-22723471)
chr8 (31-178)||(23242860-23243006)
chr8 (110-276)||(4380719-4380878)
chr8 (98-252)||(24239816-24239971)
[»] scaffold1278 (1 HSPs)
scaffold1278 (12-276)||(1532-1796)
[»] scaffold0414 (1 HSPs)
scaffold0414 (110-276)||(11263-11429)
[»] scaffold0878 (1 HSPs)
scaffold0878 (117-276)||(3531-3691)
[»] scaffold0162 (1 HSPs)
scaffold0162 (110-276)||(23984-24151)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (110-276)||(61953-62120)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (110-276)||(15717-15884)
[»] scaffold1186 (1 HSPs)
scaffold1186 (137-276)||(1805-1945)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (137-276)||(186323-186463)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (146-276)||(23610403-23610534)
chr2 (111-276)||(21315579-21315747)
chr2 (110-276)||(21369075-21369243)
chr2 (161-276)||(29114546-29114662)
chr2 (110-276)||(21335368-21335537)
chr2 (98-273)||(23165791-23165968)
chr2 (98-273)||(23577048-23577225)
[»] scaffold0853 (1 HSPs)
scaffold0853 (110-276)||(2558-2723)
[»] scaffold0231 (1 HSPs)
scaffold0231 (117-276)||(17630-17790)
[»] scaffold0183 (1 HSPs)
scaffold0183 (98-276)||(11156-11334)
[»] scaffold0315 (1 HSPs)
scaffold0315 (34-131)||(12221-12318)
[»] scaffold0056 (2 HSPs)
scaffold0056 (110-212)||(18123-18225)
scaffold0056 (224-276)||(15961-16013)
[»] scaffold0516 (2 HSPs)
scaffold0516 (110-193)||(5407-5490)
scaffold0516 (214-276)||(7529-7591)
[»] scaffold0331 (1 HSPs)
scaffold0331 (137-276)||(5740-5881)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (39-94)||(34599-34654)
[»] scaffold0452 (1 HSPs)
scaffold0452 (181-276)||(2760-2856)
[»] scaffold0205 (2 HSPs)
scaffold0205 (97-213)||(8164-8280)
scaffold0205 (13-74)||(8302-8363)
[»] scaffold1204 (1 HSPs)
scaffold1204 (181-276)||(65-161)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (98-255)||(19825-19983)
[»] scaffold0347 (1 HSPs)
scaffold0347 (137-213)||(7008-7084)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 32 - 276
Target Start/End: Original strand, 16368195 - 16368440
Alignment:
Q  32 caagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatct 131  Q
    |||||| ||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  16368195 caagaagagggtagaggttcaagggtttggagctaaagtgaagcgctatcttagatttgtgaagatttgaggtaagagggttagttttcattcataatct 16368294  T
Q  132 tcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgt 230  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  16368295 tcttgtataatctattttctacttctacccataagtgcttaattgtgcaaattgattattatgactttaattgatgaaattcgtgcttatgccttgatgt 16368394  T
Q  231 aatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16368395 aatgtttggatatgtgaatttgatgtggattaagttattgatgatg 16368440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 111 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 43745605 - 43745439
Alignment:
Q  111 gttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaa 209  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  43745605 gttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaa 43745507  T
Q  210 at-tctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    || | ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  43745506 atctgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 43745439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 15575751 - 15575918
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| | |||||    
T  15575751 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcttatttgtataaagtgattattgtggatttaatcggtga 15575849  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||| ||||||||  |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15575850 aattcatgcttatgttttgatgcaatgtttggatatgttaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 15575918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 4690765 - 4690930
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctc-ttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4690765 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctcattttctacttctacccataagtc--tatttgtataaagtgattattatggatttagttggtga 4690861  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4690862 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgagtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 4690930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 47095395 - 47095235
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-t 214  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||  |    
T  47095395 tttcattcataatctt-ttgtataaactctttttctacttctacccataagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaatttgt 47095297  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  47095296 gcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 47095235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 48212831 - 48212997
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  48212831 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccaaaagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 48212929  T
Q  209 aattctg-cttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  | ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  48212930 aatttgggcttatgt-ttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 48212997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 118 - 276
Target Start/End: Original strand, 20252296 - 20252456
Alignment:
Q  118 ttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaa-ttctg 215  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| || |||||| || ||    
T  20252296 ttcattcataatctt-ttgtataatctatttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattagtgaaatttgtg 20252394  T
Q  216 cttatgcgttgatgtaatgtttg-ggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  20252395 cttatgttttgatgcaatgtttgaggtatgtgaatttgatgttaattaagctgttgatgatg 20252456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 18874766 - 18874930
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaa 209  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  18874766 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctcttttt--cttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaa 18874862  T
Q  210 a-ttctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    | || || |||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||| || |||||||||    
T  18874863 atttgtgtttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtaaatttgatgttaattaaattattgatgatg 18874930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 162 - 276
Target Start/End: Original strand, 18079452 - 18079567
Alignment:
Q  162 ataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggat 260  Q
    ||||||||||| |||   || |||||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||    
T  18079452 ataagtgcttacttggataaggtgattattatgaaattaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtaatatttgggtatgtgaaattgatgttaat 18079551  T
Q  261 taagttgttgatgatg 276  Q
    | ||||||||||||||    
T  18079552 tgagttgttgatgatg 18079567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 131
Target Start/End: Original strand, 18151147 - 18151236
Alignment:
Q  42 gtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatct 131  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| | | || |||||||| |||||  ||||| || ||||||    
T  18151147 gtagaatctcaagggtttggagttaaagtgaagcactaacttagatttgtggagaattaaggtaagggggttaaatttcaatcataatct 18151236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 19070133 - 19070040
Alignment:
Q  184 tgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||| ||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  19070133 tgatcattgtgaatttaattggtgaaattcgtgctcatatgttgatgcaatgtttggatatatgaatttgatggtaattaagttgttgatgatg 19070040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 16383941 - 16383861
Alignment:
Q  197 tttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  16383941 tttaattgatgaaattcatgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 16383861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 16186863 - 16186808
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataa 165  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  16186863 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttcttcttctacccataa 16186808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 12 - 276
Target Start/End: Original strand, 41931045 - 41931321
Alignment:
Q  12 agagagaagaacatagagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaagga-- 109  Q
    |||||||||||| |  || ||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| | ||||| |||||||||||||       
T  41931045 agagagaagaacttgaagagcaagaagaggatagagactcaagggtttggagctaaagtgaagcattggcttagattcgtgaaaatttgaggtaaggtag 41931144  T
Q  110 --ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgatttta---gttg 204  Q
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||   | ||    
T  41931145 ggggttagttttcattcataatcttcttgtataatctcttttctatttctacccataaatgcttatatgtg-aaaatgattattatgattttaattggtg 41931243  T
Q  205 gtgaaattc-tgcttatgcgttg-----atgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||| | ||||||  |||     ||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  41931244 gtgaaattcgtacttatgttttgatgtaatgtaatgtttggatatgtgaatttgatgataattaagttgttgatgatg 41931321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 28476836 - 28477003
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||| |||    
T  28476836 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattgatga 28476934  T
Q  209 aat-tctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||| | ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  28476935 aatatgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 28477003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Original strand, 24719619 - 24719779
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-t 214  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||  |||| |||||||||||  |    
T  24719619 tttcattcataatctt-ttgtataatctttttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgactattgtggatttaattggtgaaatttgt 24719717  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||   |||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24719718 gcttatattttgatgcaatgtgtgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 24719779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 21978202 - 21978014
Alignment:
Q  26 agagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcg 125  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||     
T  21978202 agagggcaagaagagggtagagactcaagcgattggagttaaagtgaagcactaacttagatttgtgaagatttgaagtaagggggttagatttcattca 21978103  T
Q  126 taatcttcttg-tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc 213  Q
    |||| || | | | | ||||||| |||| ||| |  ||||| |||||||||| |  ||||||||||| |||  ||| ||| ||||||||    
T  21978102 taatattttagttgtgatctcttctctaattcaatgcataaatgcttatttgagataagtgattattgtgagcttaattgttgaaattc 21978014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 206 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20836688 - 20836617
Alignment:
Q  206 tgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  20836688 tgaaattcgtgcttatgctttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttcttgatgatg 20836617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 12710763 - 12710667
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| || |  | ||||||||||||||||    
T  12710763 aagtgattattgtgaatttaattggtgaaattcgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttaatattaaataagttgttgatgatg 12710667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 206 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 20822884 - 20822813
Alignment:
Q  206 tgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||    
T  20822884 tgaaattcgtgcttatgctttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttctcgatgatg 20822813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 12710818 - 12710753
Alignment:
Q  109 aggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatt 174  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  12710818 aggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgattatt 12710753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 251
Target Start/End: Original strand, 19622006 - 19622227
Alignment:
Q  31 gcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttag-ttttcattcgtaat 129  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||| ||||    
T  19622006 gcaagaagagggtagagacttaagggattggagctaaagtgaagcactagcttaaatttgtgaagatttgaggtaagggggctagtttttcattcataat 19622105  T
Q  130 cttcttgtataatctc-ttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttga 227  Q
    ||| |||||| ||||| |||||| |||  | ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  19622106 ctt-ttgtat-atctctttttcttcttaaatccataagtgtttatttgtataaagtgattattatgaatttaattgatgaaattcgtgcttatgctttga 19622203  T
Q  228 tgtaatgtttgggtatgtgaattt 251  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  19622204 tgtaatgtttgggtatgtcaattt 19622227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Original strand, 2424496 - 2424656
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-t 214  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||  |    
T  2424496 tttcattcataatctt-ttgtataatctatttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaatttgt 2424594  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  2424595 gcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 2424656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 26446157 - 26445990
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| | ||  |||| |||||||    
T  26446157 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatatctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattactgtggatttaattggtga 26446059  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26446058 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttggatatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 26445990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 99 - 273
Target Start/End: Original strand, 19080151 - 19080325
Alignment:
Q  99 tgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattt 198  Q
    |||||||||| || |||| |||  || |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||    
T  19080151 tgaggtaagggggctagtattctctcataatct-cttgtataatctcttttctacttaaacccataagtgcttaattgtgcaaagtgattattgtgaatt 19080249  T
Q  199 tagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatg 273  Q
    || ||||| |||||| || | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||   |||||||| ||||||    
T  19080250 tatttggttaaattcgtgttcatgtgttgatgcaatgtttgggtatatgaatttaatgataattaagttattgatg 19080325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14631060 - 14630920
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgt 235  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||    
T  14631060 tataatcttttttctaattctaaccataagtgcttatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaattcatgcttatgttttgatgcgatgt 14630961  T
Q  236 ttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  14630960 ttgggtatttgaatttgatgttaattaagttgctgatgatg 14630920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 12 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 21417749 - 21417550
Alignment:
Q  12 agagagaagaacatagagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggagg 111  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||  |||||||||||| ||    
T  21417749 agagagaagaacttcgagggcaagaagagggtagagactcaagagtttggagctaaagtgaagcactacctta-aattgtgaaggtttgaggtaagg-gg 21417652  T
Q  112 ttagttttcattcgtaatcttcttg-tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaa 210  Q
    |||| |||||||| ||||||  | | | ||||| ||| |||| ||||   |||||||||||||||| |  ||||||||||| |||  ||| ||| |||||    
T  21417651 ttagatttcattcataatctcttagttgtaatcccttctctaattctttgcataagtgcttatttgggataagtgattattgtgagcttaattgttgaaa 21417552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 162 - 274
Target Start/End: Original strand, 10237224 - 10237337
Alignment:
Q  162 ataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggat 260  Q
    |||| |||||||||||  ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  10237224 ataaatgcttatttgtataaagtgattattatgaaattaattgatgaaattcgtggttatgctttgatgtgatgtttgggtatgtgaaattgatgttaat 10237323  T
Q  261 taagttgttgatga 274  Q
    ||||||||||||||    
T  10237324 taagttgttgatga 10237337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 25513801 - 25513720
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattatt 191  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  25513801 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctatttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattatt 25513720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 54363268 - 54363364
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  54363268 aagtgattattttgaatttaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 54363364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 252
Target Start/End: Original strand, 17375278 - 17375350
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttg 252  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  17375278 aagtgattattttgaatttaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttg 17375350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 15213598 - 15213694
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||| | ||| |||| ||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  15213598 aagtgattagtttgaatttaattgataaaattcgtgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 15213694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 42 - 276
Target Start/End: Original strand, 10801 - 11036
Alignment:
Q  42 gtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgta-ta 140  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | || |||||||| |||||| ||||| || |||||   | ||  ||    
T  10801 gtagaatctcaagggttttgagctaaagagaagcactagcttagatttgtgaagaattaaggtaagggggttagatttcaatcataatcacttagttgta 10900  T
Q  141 atctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgg 239  Q
    | || || |||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  10901 accttttctctaattctatgcataagtgcttattt-tgcaaagtggttattatgattttaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtaatgtttga 10999  T
Q  240 gtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  11000 gtatgtgaatttgatgttgattgagttgttgatgatg 11036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 255
Target Start/End: Original strand, 31160195 - 31160412
Alignment:
Q  39 agggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgta 138  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |  |||||||||||| ||||| | |||||    
T  31160195 agggtagagactcaagggattggagttaaagtgaagcactagcttagatttgtgaagatttaaggtaaggggactagttttcattcataatcct-ttgta 31160293  T
Q  139 taatctcttttctacttct---acccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatg 234  Q
    ||||||||||||  |||||      || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||    
T  31160294 taatctcttttc--cttctcaagttcaaaagtgcttatttgtgaaaagtgattattgtgattataattggtgaaattcgtgcttatgttttgatgcaatg 31160391  T
Q  235 tttgggtatgtgaatttgatg 255  Q
    |||  ||||||||||||||||    
T  31160392 tttaagtatgtgaatttgatg 31160412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 20410612 - 20410779
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  20410612 ggttagatctcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 20410710  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20410711 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 20410779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 16386869 - 16386612
Alignment:
Q  12 agagagaagaacatagagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggagg 111  Q
    |||||||||||  | ||| ||||||| ||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||    
T  16386869 agagagaagaaacttgagagcaagaagagggtggagattcaaggaattggagctaaagtgaagcactaacttagaattgtgaagatttgaggtaaggggg 16386770  T
Q  112 ttagttttcattcgtaatcttcttgtataatct-cttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaa 210  Q
     |||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||| ||      || ||||| ||||||| | |||||||||||| ||| |||| ||| |||||    
T  16386769 ctagttttcattcataatcct-ttgtataatctatttttcttctcaagttcaaaagtgtttatttgggaaaagtgattattgtga-tttaattgctgaaa 16386672  T
Q  211 ttc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgtt 269  Q
    ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||    
T  16386671 ttcgtgcttatatgttgatgcaatgtttgggtatatgaatttgatgataattaagttgtt 16386612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 144 - 276
Target Start/End: Original strand, 17856395 - 17856528
Alignment:
Q  144 tcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggta 242  Q
    |||| |||| |||||  |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17856395 tcttctctaattctatgcatacgtgcttatttttgtaaagtgattattatgattttaattgatgaaatttatgcttatactttgatgtaatgtttgggta 17856494  T
Q  243 tgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  17856495 tgtgaatttgatgttgattgagttgttgatgatg 17856528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Original strand, 21686163 - 21686244
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattatt 191  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  21686163 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattatt 21686244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 273
Target Start/End: Original strand, 15515240 - 15515378
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgatta-ttatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatg 234  Q
    |||||| |||||||||||| ||  || ||||| ||||||||| ||||| |||| || ||| |||| || ||||||||| ||||  |  ||||||| ||||    
T  15515240 tataatatcttttctacttatattcaaaagtggttatttgtgaaaagttattaattgtgaatttaattagtgaaattcatgctgttatgttgatgcaatg 15515339  T
Q  235 tttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatg 273  Q
    ||| ||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
T  15515340 tttaggtatgtgaatttgaggataattaagttgttgatg 15515378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 23199309 - 23199476
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  23199309 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttcttcttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 23199407  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  23199408 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 23199476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 660740 - 660573
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  660740 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 660642  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
     |||  ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  660641 gatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttggatatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 660573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 1627170 - 1627337
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  1627170 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgtctatgtgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 1627268  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  1627269 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 1627337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 18744824 - 18744664
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||       |||||| ||  |||| |||||||    
T  18744824 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatatgtg-------attattgtggatttaattggtga 18744733  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  18744732 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggcatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 18744664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 24547150 - 24546983
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  24547150 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 24547052  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24547051 aatttgtgcttatgttttaatgtaatatttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 24546983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 17208474 - 17208307
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  17208474 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttcttcttctattcataagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 17208376  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  17208375 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 17208307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 14520389 - 14520229
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaa-ttct 214  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||||||| || |    
T  14520389 tttcactcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaatttgt 14520291  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    | |||||  |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  14520290 gtttatgttttgatgcaatgtttggatatgtgattttgatgttaattaagttgttgatgatg 14520229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 24549053 - 24549220
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| |||| || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||||| ||  |||| |||||||    
T  24549053 ggttagatttcattcataatatt-ttgtacaatctctttttctacttctacccataagtgcctatttgcataaagtaattattgtggatttaattggtga 24549151  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  || ||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  24549152 aatttgtgcttatgttttaatgcaatatttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 24549220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 161 - 255
Target Start/End: Original strand, 25103946 - 25104041
Alignment:
Q  161 cataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatg 255  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25103946 cataagtgcttatttgtataaagtgattattatgaaattaattgatgaaattcgtgcttatgttttgatgtaatgtttgagtatgtgaatttgatg 25104041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 11403004 - 11402868
Alignment:
Q  39 agggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgta 138  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| | || |||||||  |||||| |||||||| ||||||  | ||     
T  11403004 agggtagaaactca-gggattggagttaaagtcaagcactagcttagatttgtgaagaattaaggtaagtgggttagatttcattcataatctcttagtt 11402906  T
Q  139 taatctcttttctacttctacccataagtgcttatttg 176  Q
    | || |||| |||| |||||  || |||||||||||||    
T  11402905 tcatttcttctctagttctatgcacaagtgcttatttg 11402868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 20421154 - 20421051
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgt-ataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgat 196  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| | |||||||   || ||||||||||||||||||  |  |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||     
T  20421154 ttgaggtaaggaggatagtgttcatccataatctttaagttataatctcttttctacttaaattcataagtgcttaattgtgaaaagtgattattgtgaa 20421055  T
Q  197 ttta 200  Q
    ||||    
T  20421054 ttta 20421051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 17758582 - 17758678
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||| |||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  17758582 aagtgattattttgaagttaattgatgaaattcgtgcttgtgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 17758678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 19059902 - 19059998
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||| |||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  19059902 aagtgattattttgaagttaattgatgaaattcgtgcttgtgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 19059998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 18042 - 18209
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttct-acttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| |||| || |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||| |||| ||    
T  18042 ggttagatttcattcataatatt-ttgtttaatctctttttttacttctacccataagtgcttatttgtataaagtgattattgtgaatttaattgggga 18140  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  18141 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 18209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 77; Significance: 9e-36; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 18816397 - 18816564
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  18816397 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctactcataagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 18816495  T
Q  209 aat-tctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||| | ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  18816496 aatatgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 18816564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 21514641 - 21514474
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttc-tacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  21514641 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttatacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 21514543  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21514542 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtacgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 21514474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 22366289 - 22366173
Alignment:
Q  161 cataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtgga 259  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |    
T  22366289 cataagtgcttatttgtataaagtgattattatgaaattaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtaatgtttggatatgtgaatttgatgttaa 22366190  T
Q  260 ttaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||||||||||||    
T  22366189 ttaagttgttgatgatg 22366173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 161 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 22723471 - 22723355
Alignment:
Q  161 cataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtgga 259  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  22723471 cataagtgcttatttgtataaagtgattattatgaaattaattgatgaaattcgtgcttatgttttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaa 22723372  T
Q  260 ttaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||||||||||||    
T  22723371 ttaagttgttgatgatg 22723355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 178
Target Start/End: Original strand, 23242860 - 23243006
Alignment:
Q  31 gcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatc 130  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | | || |||||||| ||||||| |||  || |||||    
T  23242860 gcaagaagaggatagaaactcaagggattggagttaaagtgaagcactagcttagatttgtggagaattaaggtaagggggttagtattctctcataatc 23242959  T
Q  131 ttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtg 178  Q
    |  | ||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||||    
T  23242960 tcttagtataatctcttttccactt-tcctcataagtgcttatttgtg 23243006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 4380719 - 4380878
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||         || |||||||  |||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  4380719 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctaa--------gcctatttgtataaagtgattattgtgaatttaattggtga 4380809  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  4380810 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgagtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 4380878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 24239971 - 24239816
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgatt 197  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| | | || |||| ||||  ||| |||||  |||||||||||| |||    ||||||||||| ||| |    
T  24239971 ttgaggtaagggggttagatttcattcataatcctttagtttaatttcttccctaattctatgcataagtgcttaattgaaataagtgattattttgaat 24239872  T
Q  198 ttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttg 252  Q
    ||| ||  |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  24239871 ttaattaatgaaattcatgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttg 24239816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1278 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1278
Description:

Target: scaffold1278; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 1796 - 1532
Alignment:
Q  12 agagagaagaacatagagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggagg 111  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| |||||||| ||    
T  1796 agagagaa-aacttagagagcaagaagagggtagaaacttaagggattggagttaaagtgaagcgctagctttgatttgtgaagatttaaggtaaggggg 1698  T
Q  112 ttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttct---acccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
     |||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||  |||||      || |||||||||||| |  |||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  1697 ctagttttcattcataatcct-ttgtataatctcttttc--cttctcaagttcaaaagtgcttattttttaaaagtgattattgtgattttaattgttga 1601  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||| ||||||||  ||||||  || ||||| ||  |||||||||||   |||||||||||| |||||    
T  1600 aattcgtgcttatgttttgatgccatatttggatacatgaatttgatgataattaagttgttgttgatg 1532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0414 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0414
Description:

Target: scaffold0414; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 11263 - 11429
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  11263 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttcttcttctacccataagtgtctatttgtataaagtgattattgtgggtttaattggtga 11361  T
Q  209 aattctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||| ||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  11362 aattgtgcttatgttttgatgcaatgtttacgtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 11429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0878 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0878
Description:

Target: scaffold0878; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Original strand, 3531 - 3691
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-t 214  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |  |||| |||||||||||| |    
T  3531 tttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgcttatttgtataaagtgattattgaggatttaattggtgaaattcgt 3629  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  3630 gcttatgttttgatgcaatgtttgcgtctgtgaatttgatgttaattaagttgttgaagatg 3691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 23984 - 24151
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  23984 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgactatatgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 24082  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  24083 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttcttgatgatg 24151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 61953 - 62120
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| |||| ||    
T  61953 ggttagatttcattcataatctt-ttgtttaatctctttttctacttctacctataagtgcttatttgtataaagtgattattgtggatttaattgggga 62051  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  62052 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtgtgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 62120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 69; Significance: 5e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 15717 - 15884
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||| |||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  15717 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacacataagtgaatatatgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 15815  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  15816 aattcgtgcttatgttttgatgaaatgtttgggtatgtaaatttgatgttaattatgttgttgatgatg 15884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1186 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold1186
Description:

Target: scaffold1186; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 1945 - 1805
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgt 235  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||    
T  1945 tataatcttttttctaattctaaccataagtgcttatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaattcatgcttatgttttgatgcgatgt 1846  T
Q  236 ttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  1845 ttgggtatttgaatttgatgttaattaagttgctgatgatg 1805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 276
Target Start/End: Original strand, 186323 - 186463
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgt 235  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||    
T  186323 tataatcttttttctaattctaaccataagtgcttatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaaattcatgcttatgttttgatgcgatgt 186422  T
Q  236 ttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||    
T  186423 ttgggtatttgaatttgatgttaattaagttgctgatgatg 186463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 5e-28; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 23610534 - 23610403
Alignment:
Q  146 ttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaa-ttctgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatg 244  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  23610534 ttttctacttctacccataagtgcctatttgtataaagtgattattgtgaatttaattggtgaaatttttgcttatgttttgatgcaatgtttgagtatg 23610435  T
Q  245 tgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||| ||||  ||||| ||||||||||||    
T  23610434 tgaatttaatgttaattaatttgttgatgatg 23610403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 276
Target Start/End: Original strand, 21315579 - 21315747
Alignment:
Q  111 gttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaa 209  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  21315579 gttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtgaa 21315677  T
Q  210 a-ttctgcttatgcgttgatgtaatgttt--gggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    | || | ||||||  |||||| |||||||   ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21315678 atttgtccttatgttttgatgcaatgttttgaggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 21315747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 21369243 - 21369075
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  21369243 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctactactacccataaatgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtga 21369145  T
Q  209 aa-ttctgcttatgcgttgatgtaatgtttg-ggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    || || ||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  21369144 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgaggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgttgatg 21369075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 29114662 - 29114546
Alignment:
Q  161 cataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtgga 259  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||| ||  ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  29114662 cataagtgcttatttgtataaagtgattattacgaaattaattaatgacattcgtgcttatgctttgatgtaatgtttgggtatgtgaacttgatgttaa 29114563  T
Q  260 ttaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||||||||||||    
T  29114562 ttaagttgttgatgatg 29114546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 21335368 - 21335537
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| |   |||| |||||||    
T  21335368 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgtctatttgtataaagtgattattgtagatttaattggtga 21335466  T
Q  209 aa-ttctgcttatgcgttgatgtaatgttt--gggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    || || | ||||||  |||||| |||||||   ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  21335467 aatttgtccttatgttttgatgcaatgttttgaggtatgtaaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 21335537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 98 - 273
Target Start/End: Original strand, 23165791 - 23165968
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttctt-gtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgat 196  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||| || || ||| |||||||||||  | || || ||||||||| |||     
T  23165791 ttgaggtaagggggatagtgttcattcataattttttttgtataatctcttttccacatcaaccaataagtgcttaactatgaaaggtgattattgtgaa 23165890  T
Q  197 tttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatg 273  Q
    |||| |||||||||||| ||||  |    ||||  |||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||    
T  23165891 tttaattggtgaaattcgtgctcttattgtgataaaatgtttgggtatgtgaaattgatgataattaagttgttgatg 23165968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 98 - 273
Target Start/End: Original strand, 23577048 - 23577225
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttctt-gtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgat 196  Q
    ||||||||||| || |||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||| || || ||| |||||||||||  | || || ||||||||| |||     
T  23577048 ttgaggtaagggggatagtgttcattcataattttttttgtataatctcttttccacatcaaccaataagtgcttaactatgaaaggtgattattgtgaa 23577147  T
Q  197 tttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatg 273  Q
    |||| |||||||||||| ||||  |    ||||  |||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||    
T  23577148 tttaattggtgaaattcgtgctcttattgtgataaaatgtttgggtatgtgaaattgatgataattaagttgttgatg 23577225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0853 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0853
Description:

Target: scaffold0853; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 110 - 276
Target Start/End: Original strand, 2558 - 2723
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||  | |  |||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  2558 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctctttttctacttctacccataagtgtctacgtat--aaagtgattattgtggatttaattggtga 2654  T
Q  209 aattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  2655 aatttgtgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaaattgttgatgatg 2723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 117 - 276
Target Start/End: Original strand, 17630 - 17790
Alignment:
Q  117 tttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc-t 214  Q
    |||||||| ||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||| |||||  |    
T  17630 tttcattcataatctt-ttgtacaatcactttttctacttctacccataagtgtctatttgtataaagtgattattgtggatttaattggtcaaatttgt 17728  T
Q  215 gcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  17729 gcttatgttttgatgcaatgtttaggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 17790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0183 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0183
Description:

Target: scaffold0183; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 98 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 11334 - 11156
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctc-ttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgat 196  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||||||||||| |||| | |||  |  || ||||||||||||||| |||||||||||| |||     
T  11334 ttgaggtaagg-ggctagttttcattcataatcgt-ttgtataatctcctttttttcttaaattcaaaagtgcttatttgtgaaaagtgattattgtgaa 11237  T
Q  197 tttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||| |||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||    
T  11236 tttaattggtgaaattcgtgcttcagttttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttaatgataattaagttgttgatgatg 11156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0315 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0315
Description:

Target: scaffold0315; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 131
Target Start/End: Original strand, 12221 - 12318
Alignment:
Q  34 agaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaatatttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatct 131  Q
    |||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||    
T  12221 agaaaagggtagagattcaagggattggagttaaagtgaagcactaacttagatttgtgaagatttgaggtaagggggctagctttcattcataatct 12318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0056 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0056
Description:

Target: scaffold0056; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 110 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18225 - 18123
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctctttt-ctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtga 208  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||  |||| |||||||    
T  18225 ggttagatttcattcataatcttct-gtataatctctttttctacttctacccataagtgcttatttgtataaaatgattattgtggatttaattggtga 18127  T
Q  209 aatt 212  Q
    ||||    
T  18126 aatt 18123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0056; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 224 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 16013 - 15961
Alignment:
Q  224 ttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  16013 ttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 15961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0516 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0516
Description:

Target: scaffold0516; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 193
Target Start/End: Original strand, 5407 - 5490
Alignment:
Q  110 ggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctc-ttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattat 193  Q
    |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  5407 ggttagatttcattcataatctt-ttgtataatctccttttctacttcaacccataagtgcttatttgtataaagtgattattat 5490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0516; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 276
Target Start/End: Original strand, 7529 - 7591
Alignment:
Q  214 tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7529 tgcttatgttttgatgcaatgtttgggtatgtgaatttgatgttaattaagttgttgatgatg 7591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0331 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0331
Description:

Target: scaffold0331; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 137 - 276
Target Start/End: Original strand, 5740 - 5881
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgatta-ttatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatg 234  Q
    |||||||||||||| |||| ||  || |||| |||||||||| |||||||||| || ||| ||||  || |||||||  ||||| ||  |||||||||||    
T  5740 tataatctcttttcaacttatattcaaaagtccttatttgtgaaaagtgattaattgtgaatttaaatgttgaaattggtgcttgtgttttgatgtaatg 5839  T
Q  235 tttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||||| |||||||   ||||||||||||| ||||    
T  5840 tttgggtatgtgagtttgatgataattaagttgttgaagatg 5881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 94
Target Start/End: Original strand, 34599 - 34654
Alignment:
Q  39 agggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaagcactagcttagagttgtgaa 94  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  34599 agggtagaaactcaaggaattggagttaatgtgaagcactagcttagatttgtgaa 34654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0452 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0452
Description:

Target: scaffold0452; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 2760 - 2856
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  2760 aagtgattattttgaatttaattgatgaaattcgtgcttatgctttgatgtgatgtttgtgtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 2856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0205
Description:

Target: scaffold0205; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 97 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 8280 - 8164
Alignment:
Q  97 tttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgat 196  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||| |||||||    |||||||| |||||||||| ||  || ||||| ||||||| | |||||||||||| |||     
T  8280 tttgaggtaagggggatagatttcattcataatcttaagttataatcttttttctacttatattcaaaagtgtttatttgagaaaagtgattattgtgaa 8181  T
Q  197 tttagttggtgaaattc 213  Q
    || | ||||||||||||    
T  8180 ttcaattggtgaaattc 8164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0205; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 8363 - 8302
Alignment:
Q  13 gagagaagaacatagagggcaagaatagggtagaaactcaagggattggagctaaagtgaag 74  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||    
T  8363 gagagaagaacttggagagcaagaagagggtagagattcaagggcttggagctaaattgaag 8302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1204 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1204
Description:

Target: scaffold1204; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 276
Target Start/End: Original strand, 65 - 161
Alignment:
Q  181 aagtgattattatgattttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatgtggattaagttgttgatgatg 276  Q
    ||||||||| | ||| |||| ||| | |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||   || |||||||||||||||    
T  65 aagtgattagtttgaatttaattgataaaattcgtgcttatgctttgatgtgatgtttgggtatatgaatttgttgataatcaagttgttgatgatg 161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 255
Target Start/End: Original strand, 19825 - 19983
Alignment:
Q  98 ttgaggtaaggaggttagttttcattcgtaatcttcttgtataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgatt 197  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || ||||||  | || |||| ||||  ||| |||||  |||||||| ||||||| |  ||||||||||| |||      
T  19825 ttgaggtaagggggttagatttcaatcataatctcttagtctaatttcttccctaattctatgcataagtgtttatttgagataagtgattattgtgaac 19924  T
Q  198 ttagttggtgaaattc-tgcttatgcgttgatgtaatgtttgggtatgtgaatttgatg 255  Q
    ||| ||| |||||||| |||| |||  ||  ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19925 ttaattgttgaaattcgtgctcatgttttagtgttatgtttgggtatgtgaaattgatg 19983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0347 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0347
Description:

Target: scaffold0347; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 213
Target Start/End: Original strand, 7008 - 7084
Alignment:
Q  137 tataatctcttttctacttctacccataagtgcttatttgtgcaaagtgattattatgattttagttggtgaaattc 213  Q
    |||||||| ||||||||||  |  ||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||||    
T  7008 tataatctattttctacttaaattcataagtacttaattgtgaaaagtgattattgtgaatttaattggtgcaattc 7084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University