View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1634_low_15 (Length: 370)

Name: NF1634_low_15
Description: NF1634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1634_low_15
NF1634_low_15
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-370)||(38249236-38249605)
chr3 (1-367)||(38254353-38254719)
chr3 (160-242)||(7861769-7861850)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (1-367)||(12036564-12036930)
chr6 (1-367)||(20656878-20657247)
chr6 (66-366)||(20655873-20656174)
chr6 (24-317)||(12035847-12036137)
chr6 (56-145)||(302489-302578)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-367)||(22177300-22177666)
chr2 (103-367)||(22169127-22169391)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-370)||(4355666-4356021)
chr1 (15-370)||(4674891-4675246)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (70-122)||(26816413-26816465)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 38249236 - 38249605
Alignment:
1 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38249236 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaagg 38249335  T
101 aggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
38249336 aggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatatagagaacggaatctca 38249435  T
201 actatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
38249436 actatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaa 38249535  T
301 tttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38249536 tttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatg 38249605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 38254353 - 38254719
Alignment:
1 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaagg 100  Q
    |||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||  | ||||||||  | ||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||    
38254353 gtgtttatgatagcaaagaaggcgtgtggacaacaatgaaacatagtttttcacctagtggtaggaacatggaatttgacatgcatgtatttcacaaggg 38254452  T
101 aggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctca 200  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
38254453 atgccttcattttatctcagattgcgcttcttacattgcaagatctagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatttca 38254552  T
201 actatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaa 300  Q
    || ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| |    
38254553 accatgattaagttgtgaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactagggtaaaaagacaagttacaatagttcta 38254652  T
301 tttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 367  Q
    ||||||||||| ||||||| || |||||||| ||  ||||| || ||||||||||||||||||||||    
38254653 tttgtttggtgcaattaagaaattctgttttcacggtttggtttataaaagactatgagtcaggttc 38254719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 160 - 242
Target Start/End: Original strand, 7861769 - 7861850
Alignment:
160 agccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcat 242  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| || ||| | || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
7861769 agccatatataatatcttatgatctagagagtgaaatataaattatgcttaagttgccta-ggaagctataaaaggttgtcat 7861850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 12036564 - 12036930
Alignment:
1 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaagg 100  Q
    ||||||| || | ||| ||||| | ||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
12036564 gtgtttatcacatcaaagaaggcgggtggacaacaatgaaaaatagtttttcacctggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaaggg 12036663  T
101 aggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctca 200  Q
    | | |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
12036664 atgtcttcattttatctcagattgtgattcttactttgcaaaatctagtcctttttataagccatatacaatgtcttataatctagagaatggaatctca 12036763  T
201 actatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaa 300  Q
    || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||| ||||| ||| |    
12036764 accatgcttaagttgtcaagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggtaaaaagagaagttccaataattcta 12036863  T
301 tttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 367  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
12036864 tttgtttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcaggttc 12036930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 20656878 - 20657247
Alignment:
1 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaag-tggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaag 99  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||  | ||| ||||  ||||||| | |||||| |||||||||||| ||| |||||||| |    
20656878 gtgtttatcacagcaaagaaggtgtgtggacaacaatgaaaaaatagttgttcacctggtggtaggaacatggaatttgacatgcatgtatttcacaagg 20656977  T
100 gaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctc 199  Q
    || | |||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20656978 gatgtcttcattttatctcagattgcacttcttactttgcaaaatctaggcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctc 20657077  T
200 aactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaatt--ggggtaaaaaggcaagttacaatagtt 297  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||| |  |||||||||||  ||||| ||||||||    
20657078 aactatgcttaggttgccaagggaagctgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatattcaactggggggtaaaaagagaagtttcaatagtt 20657177  T
298 caatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 367  Q
    | |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
20657178 ctatttgtttggtgaaattaagaaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcaggttc 20657247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 66 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20656174 - 20655873
Alignment:
66 aacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccat 165  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
20656174 aacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaagggatgtcttcattttatctcaaattgcgcttctgactttgcaaaatctagtcctttttataagccat 20656075  T
166 atataatgtcttataatctagagaatg-gaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatat 264  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||    
20656074 atgtaatgtcttataatctagagaatgagaatctcaactatgcttaagttgccaagggaagttgtaaaaggttgtcatattatgtgtaacatgggcatat 20655975  T
265 tcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 364  Q
    |||||||||| ||||||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||  ||| |||||||| |||||||||    
20655974 tcaattggggcaaaaagagtagttccaatagttctatttgtttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttgattttcaaaagactgtgagtcagg 20655875  T
365 tt 366  Q
    ||    
20655874 tt 20655873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 24 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 12036137 - 12035847
Alignment:
24 gtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagata 123  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | ||||||||||||||||||     
12036137 gtgtggacaacaatgaaaaatagtttttcacctggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaaggaatgtcttcattttatctcagatt 12036038  T
124 gcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagttgccaaggga 223  Q
    |||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
12036037 gcgcctcttactttgcaaaatctagtcctttttataagctatatataatgtcttataatctagagaatgaaatctcaactatgcttaggttgccaaggga 12035938  T
224 agctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaatta 317  Q
    || | |||||||| |||||| |||||| | |||||    |||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
12035937 agttgtaaaaggtggtcatattatgtgtaacatgg---cattcaactggggtaaaaagagaagttccaatagttatatttgtttggtgaaatta 12035847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 56 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 302578 - 302489
Alignment:
56 tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatc 145  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
302578 tggtggtaggaacatgaaatttgacatgcctgtatttcacaagggaggccttcgttttatctcagatagtgctccttactttgcaaaatc 302489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 22177300 - 22177666
Alignment:
1 gtgtttaccatagcaaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatgtggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaagg 100  Q
    ||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||   ||||||||  ||||||| | |||||| |||||||||||||| | |||||||| ||    
22177300 gtgtttatcatagcaaaggaggtgtgcggacaacaatgaaaaacagtttttcacctggtggtaggaacatggaatttgacatgcctttatttcacaaggg 22177399  T
101 aggccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctca 200  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
22177400 atgccttcattttatctcagattgcgcttcttactttgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatttca 22177499  T
201 actatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaa 300  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| |    
22177500 accatgtttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatgggcatattcaactggggtaaaaagacaagttccgatagttcta 22177599  T
301 tttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 367  Q
    ||||||||||||||||||  || | |||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
22177600 tttgtttggtgaaattaataaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcaggttc 22177666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 103 - 367
Target Start/End: Original strand, 22169127 - 22169391
Alignment:
103 gccttcattttatctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaac 202  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
22169127 gccttcattttatctcagattgcgcttcttactatgcaaaatccagtcctttttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaattgcaac 22169226  T
203 tatgcttaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaatt 302  Q
     ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||  |||    
22169227 cataattaagttgccaagggaagctataaaaggttgtcatattatgtgcaacatggacatattcaactggggtaaaaagacaagtttcaatagttatatt 22169326  T
303 tgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttc 367  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||    
22169327 tgtttggtgaaattaaaaaattctgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcaggttc 22169391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Original strand, 4355666 - 4356021
Alignment:
15 aaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatg-tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  | || ||||||  |||||||||| || ||||||   |||||||||||   || | || || ||    
4355666 aaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttc-cttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacgtgtttcacaacaaagccattaatgtt 4355764  T
114 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagt 213  Q
    ||||||||| |   || ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||    
4355765 atctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttatcatctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggt 4355864  T
214 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 313  Q
    ||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   | |||||| ||||| |||||||||||   | |||| |  ||  | || ||||||||||||||    
4355865 tgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaa 4355964  T
314 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatg 370  Q
    | |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||  |||||||    
4355965 agtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatg 4356021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 15 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 4675246 - 4674891
Alignment:
15 aaggaaggtgtgtggacaacaatggaaagtggtttttcatg-tggtggtcgaaacatgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcatttt 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||||||  | || ||||||  |||||||||| || ||||||    ||||||||||   || | || || ||    
4675246 aaggaaggtgtgtggaaaacaatggataatggtttc-cttgctggtggaagaaacatgaacttcgacatgaacttgtttcacaacaaagccatttatgtt 4675148  T
114 atctcagatagcgatccttactttgcaaaatctagtccattttataagccatatataatgtcttataatctagagaatggaatctcaactatgcttaagt 213  Q
    ||||||||| |   || ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| | ||    
4675147 atctcagattgttctcattattttgcaaaacctagccctttttacaagccatacataatgtcttatcatctcgagaatggaaactcaacaatgctgaggt 4675048  T
214 tgccaagggaagctataaaaggttgtcataatatgtgcaccatgggaatattcaattggggtaaaaaggcaagttacaatagttcaatttgtttggtgaa 313  Q
    ||||||| ||||| || | |||||| ||||  |||   | |||||| ||||| |||||||||||   | |||| |  ||  | || ||||||||||||||    
4675047 tgccaagagaagccattagaggttgccataccatgactaacatgggcatatttaattggggtaaggtgtcaagctcgaaacgatctatttgtttggtgaa 4674948  T
314 attaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatg 370  Q
    | |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||  |||||||    
4674947 agtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatg 4674891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 122
Target Start/End: Original strand, 26816413 - 26816465
Alignment:
70 tgaaatttgacatgcctgtgtttcacaaaggaggccttcattttatctcagat 122  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||| || |||||||||    
26816413 tgaaatttgacatgccagtgtttcacaatggagccgttcacttcatctcagat 26816465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University