View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16350_low_1 (Length: 890)

Name: NF16350_low_1
Description: NF16350
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16350_low_1
NF16350_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (12-872)||(33063339-33064196)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 872
Target Start/End: Original strand, 33063339 - 33064196
Alignment:
Q  12 atcatcaccttacaaactggtgttatggtgttttgttaagagaatgtgtattgtattaaattttgttaaagagtttttagggaatacttgattgatggat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33063339 atcatcaccttacaaactggtgttatggggttttgttaagagaatgtgtattgtattaaattttgttaaagagtttttagtgaatacttgattgatggat 33063438  T
Q  112 tgttttaatctattcattatcatctaaattcaaatttaataaatccagctattttgtcacctcctagtccgtctctaatctaggatatgtatgattggag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063439 tgttttaatctattcattatcatctaaattcaaatttaataaatccagctattttgtcacctcttagtccgtctctaatctaggatatgtatgattggag 33063538  T
Q  212 attcatcaactctctatatgatcacttaaggaatgaggatctttctcatcctcatttagaggagaaatgactttcaatcatgtatatcacaaattttgcg 311  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063539 attcatcaactct--atatgatcacttaaggaatgaggatctttctcatcctcatttagaggagaaatgactttcaatcatgtatatcacaaattttgcg 33063636  T
Q  312 actttccaagtctcaagatgcattcatcctcataaaatgtatttcttaaagttttatcatttacatagaaattattatttatttaccaactaagttgaaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33063637 actttccaagtctcaagatgcattcatcctcataaaatgtatttct--aagttttatcatttacatagaaattatcatttatttaccaactaagttgaaa 33063734  T
Q  412 tcaactgttgtatcttcacatattcattttaacttcaacttgtatggttcattttcatccgactcttgattcgtgatagtaagcaccacatgatgacccc 511  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063735 tcaattgttgtatcttcacatattcattttaacttcaacttgtctggttcattttcatccgactcttgattcgtgatagtaagcaccacatgatgacccc 33063834  T
Q  512 aaattaaacacgtaacaatattaatttatctatttttcgatatgcttt-tgttagatatggatgattggctaacaagtgtttaatttgatctttcgcata 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063835 aaattaaacacgtaacaatattaatttatctatttttcgatatgctttctgttagatatggatgattggctaacaagtgtttaatttgatctttcgcata 33063934  T
Q  611 taacaaacacgattacatataattataaatgctcctatatatgattttaaaagattagttcatatatcactttctccgacaaaacacacatgcataaact 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063935 taacaaacacgattacatataattataaatgctcctatatatgattttaaaagattagttcatatatcactttctccgacaaaacacacatgcataaact 33064034  T
Q  711 aaggttaaattttgtagtttcgaagaggatagtggagtggtttatggaacaggatgatccttacacatcaactttattgcgttggatatactgtttacaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33064035 aaggttaaattttgtagtttcgaagaggatagtggagtggtttatggaacaggatgatccttacacatcaactttattgcgttggatatactgtttacaa 33064134  T
Q  811 ttgtnnnnnnnnnnnnnnnnntatttactgttttcgaacatggaaaagattaaatggactac 872  Q
    ||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33064135 ttgtaaaaaagaaaacaaaaatatttactgttttcgaacatggaaaagattaaatggactac 33064196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University