View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16357_low_1 (Length: 714)

Name: NF16357_low_1
Description: NF16357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16357_low_1
NF16357_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-699)||(37602605-37603285)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 699
Target Start/End: Original strand, 37602605 - 37603285
Alignment:
Q  19 gcaacctctctttcatgctgtttttctaacctatatcatatctccatataaaacctagctatatttttccaatctccttcaaccatgcacgtccacatga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602605 gcaacctctctttcatgctgtttttctaccctatatcatatctccatataaaacctagctatatttttccaatctccttcaaccatgcacgtccacatga 37602704  T
Q  119 aagctgagttaaaagcaacatccatttcctttcaaaatccaacacttttcaacacacaccaaaacactcctcctcttcctgaaccagaagaactcaaagg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602705 aagctgagttaaaagcaacatccatttcctttcaaaatccaacacttttcaacacacaccaaaacactcctcctcttcctgaaccagaagaactcaaagg 37602804  T
Q  219 ttgtcttggaagcttagatggagcatgtattgaaaagctcttacttcattgtgcaagtgctttggaaagcaatgatataaccttagctcaacaagttatg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602805 ttgtcttggaagcttagatggagcatgtattgaaaagctcttacttcattgtgcaagtgctttggaaagcaatgatataaccttagctcaacaagttatg 37602904  T
Q  319 tgggtcttaaacaacgttgcttcaccattaggtgacacaaaccaaagactcacttcatggtttctgagagcattaatctctagagcttcaaggatttgtc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602905 tgggtcttaaacaacgttgcttcaccattaggtgacactaaccaaagactcacttcctggtttctaagagcattaatctctagagcttcaaggatttgtc 37603004  T
Q  419 ctacttcaatgaatttcaaaggaagtaactacacaattcaaagaaggttgatgtccgttaccgaactcgccgggtatgttgatttaattccttggcatag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603005 ctacttcaatgaatttcaaaggaagtaactacacaattcaaagaagattgatgtccgttaccgaactcgccgggtatgttgatttaattccttggcatag 37603104  T
Q  519 gtttggtttttgtgcttccaacaatgaaattttcaagtcaattaagggattcaaaagggtacatattttagattttagcataacaccttgtatgcaatgg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603105 gtttggtttttgtgcttccaacaatgaaattttcaagtcaattaagggattcaaaagggtacatattttagattttagcataacaccttgtatgcaatgg 37603204  T
Q  619 cctacttttatagattctttggctaaattaccagaaggccctccttcacttagaatcacagttccatcttttaggcctatg 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603205 cctacttttatagattctttggctaaattaccagaaggccctccttcacttagaatcacagttccatcttttaggcctatg 37603285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University