View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16368_low_1 (Length: 782)

Name: NF16368_low_1
Description: NF16368
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16368_low_1
NF16368_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-766)||(34857146-34857897)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 703; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 703; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 766
Target Start/End: Original strand, 34857146 - 34857897
Alignment:
Q  15 cataggtaggctgcataacagttaccaactttaatagtcaagggatattcatattatagaactgttagtgattactattgcatatattccacccccttct 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857146 cataggtaggctgcataacagttacaaactttaatagtcaagggatattcatattatagaactgttagggattactattgcatatattccacccccttct 34857245  T
Q  115 ccttttgaagggcacaacagaggaaaaagttgtccaacatcatccagagaccgcgattctttaaatgtctatttatttcatctatacaactgtgtatatg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857246 ccttttgaagggcacaacagaggaaaaagttgtccaacatcatccagagaccgcgattctttaaatgtctatttatttcatctatacaactgtgtatatg 34857345  T
Q  215 atacttctgaccttcatctaacatcagaaaagacgatggctttacgtcataggatctatccagaatatacccttnnnnnnntattcgtaatagtatgagg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |||||||| ||||    
T  34857346 atacttctgaccttcatctaacatcagaaaagacgatggctttacgtcataggatctatccagaatatacccttaaaaaaatattcataatagtacgagg 34857445  T
Q  315 cttgtttaaacaaagtcacctttcatattcatcatgaattattgatgtattttttcacaaacacccgtaggcatagtaagcagtttagtaattacaatac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857446 cttgtttaaacaaagtcacctttcatattcatcatgaattattgatgtattttttcacaaacacccgtaggcatagtaagcagtttagtaattacaatac 34857545  T
Q  415 aggccacaggtaagcatagagcatattgtacttgtggcccatattgcaagaaaaaacatatttagcaaagacaatgcaacgcataagtatctctaaccaa 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34857546 aggccacaggtaagcatagagcatattgtacttgtggcccatattgcaagaaaaaacatatttagcaaagacaatgcaacacataagtatctctaaccaa 34857645  T
Q  515 gctagtttgcaattatgatcacatctataattcgcaggtattggcttgaatagaagtctttactctttagtctacctttggctgcaatatcttttgacta 614  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857646 gctagcttgcaattatgatcacatctataattcgcaggtattggcttgaatacaagtctttactctttagtctacctttggctgcaatatcttttgacta 34857745  T
Q  615 tcactgaaatattgatttggatggttaatccctgcatcgcattgcacgccgtgaagagcttcaaatgtcaaggtacatgctaactgcacatacagtaccc 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857746 tcactgaaatattgatttggatggttaatccctgcatcgcattgcacgccgtgaagagcttcaaatgtcaaggtacatgctaactgcacatacagtaccc 34857845  T
Q  715 atatatcagatattaagttcaaaggtttaacctaataattggagttcatcag 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34857846 atatatcagatattaagttcaaaggtttaacctaataattggagttcatcag 34857897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University