View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16368_low_2 (Length: 733)

Name: NF16368_low_2
Description: NF16368
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16368_low_2
NF16368_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-729)||(2768180-2768912)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 2768912 - 2768180
Alignment:
Q  1 aaaatcttacttgaacggtacggttatgatgttgatgctgatgactactttcctcaatcttcttctccaaaggnnnnnnnnnnnnnnn--cctctttgtg 98  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||    
T  2768912 aaaatcttacttgaacggtatggttatgatgttgatgctgatgactactttcctcaatcttcttctccaaaggtttttcattttttttttcctctttgtg 2768813  T
Q  99 tttttatatgattgtaaatttctgtaatactgtaaattacaacttttataagggttgtttgaattgcttttctgcttaacttttcaatttgaataagttt 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2768812 tttttatatgattgtaaatttctgtaatactgtaaattacaacttttataagggttgtttgaattgcttttctgcttaatttttcaatttgaataagttt 2768713  T
Q  199 atgtt-gttgatttatgaaaaaagtgcttatatgatttaagttgagataaagttattgaaaaatttgagatgcagtggcttattttgatttattcaacaa 297  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2768712 atgttagttgatttatgaaaaaagtgcttatatgatttaagttgagataaagttattgaaaaatttgagatgcagtggcttattttgatttatacaacaa 2768613  T
Q  298 gatgttatttaaaaataatgtatatgtaaagatttcttacactgtcataaaatcacacatgattggttgcgatttgctgactttttgtttcgtgaatttt 397  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768612 gatgttatttaaaaatagtgtatatgtaaagatttcttacactgttataaaatcacacatgattggttgcgatttgctgactttttgtttcgtgaatttt 2768513  T
Q  398 gtcgtgttttgcaactatttagtcgaagaggaagaaggagcaacaaaagacaagaggagggaaacaagtgcaggatccacccgaggaacctaagcctcct 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  2768512 gtcgtgttttgcaactatttagtcgaagaggaagaaggagcaacaaaagacaagaggagggaaacaagtgcaggatccacctgtggaacctaagcctcct 2768413  T
Q  498 cgtacgacacataaattacttcaggtaatctcattttaacacttggaagtgctaattgatgaggaaaataaaaactgttatcttcgttaactgatgttaa 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768412 cgtacgacacataaattacttcaggtaatctcattttaacacttggaagtgctaattgatgaggaaaataaaaactgttatcttcgttaactgatgttaa 2768313  T
Q  598 cgtctttcttcagtttatcgtatgctttttaacacccgttgcatcaaagcattataacctataa-ggtataccatcctactttaacatatgtttggatgc 696  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2768312 cgtctttcttcagtttatcgtatgctttttaacacccgttgcatcaaagcattataacctataagggtataccatcctactttagcatatgtttggatgc 2768213  T
Q  697 gtggctgtaactttttcttgcatccctatgcta 729  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2768212 gtggctgtaactttttcttgcatccctatgcta 2768180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University