View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16372_low_1 (Length: 504)

Name: NF16372_low_1
Description: NF16372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16372_low_1
NF16372_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (62-485)||(38850104-38850527)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (63-485)||(38325664-38326086)
chr8 (63-485)||(38300169-38300591)
chr8 (67-485)||(38320918-38321336)
chr8 (72-485)||(38316828-38317241)
chr8 (62-485)||(38313409-38313832)
chr8 (67-485)||(38308820-38309238)
chr8 (63-485)||(38306088-38306500)
chr8 (20-59)||(38320839-38320878)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 62 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 38850527 - 38850104
Alignment:
Q  62 cagagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgctta 161  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38850527 cagagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtaggagggaaaaatttaaggagtgctttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcactta 38850428  T
Q  162 catttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgata 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850427 catttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataccggtgtgcgtttgaaagttttcacttgtatgatgata 38850328  T
Q  262 gttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcac 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850327 gttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcctgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcac 38850228  T
Q  362 aacacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatg 461  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850227 aacacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatg 38850128  T
Q  462 gctgaaaggatgatgagcaagttt 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  38850127 gctgaaaggatgatgagcaagttt 38850104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 63 - 485
Target Start/End: Original strand, 38325664 - 38326086
Alignment:
Q  63 agagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttac 162  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |    
T  38325664 agagagagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggagaaatttaaggaatgcattgaaaaggttggtggtgtcgatagttccgttcgcttgc 38325763  T
Q  163 atttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatag 262  Q
    ||  |||    ||||||||| |||  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  38325764 atcaggactcgtctatgagtctgaactcaacttatttgatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgaggataa 38325863  T
Q  263 ttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcaca 362  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  38325864 ttatgagttatgtccttcggtagaagagtagaaaagagtagaaaagatctgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgctaacatgattaatgacaca 38325963  T
Q  363 acacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatgg 462  Q
    || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  38325964 acgcatcctacttccaatttgtaatttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggagatgaagatgaagttataaagagaatgg 38326063  T
Q  463 ctgaaaggatgatgagcaagttt 485  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  38326064 ctgaaaggatgatgagcaagttt 38326086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 63 - 485
Target Start/End: Original strand, 38300169 - 38300591
Alignment:
Q  63 agagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttac 162  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   || ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |    
T  38300169 agagatagcatcatgtttgtgaggcattcaaagagtggaagggaaaaatttaaggagtgtattgcaaaggttggtggtgttgattgttccgttcgcttgc 38300268  T
Q  163 atttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatag 262  Q
    || |||| |   |||  ||  |||  |||||||||    |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38300269 atctggacacgcctaaaagagtgaactcaacttattcaatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgatgatag 38300368  T
Q  263 ttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcaca 362  Q
    |||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||    
T  38300369 ttatgtgttatgtccttcggtagaagagtggaaaagagtacaaaagatttgtgtgttcttgttgccttttagtgaaactgccaacatgattaatgccaca 38300468  T
Q  363 acacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatgg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38300469 acacatcctacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggagatcaagatgaagatataaagagaatgg 38300568  T
Q  463 ctgaaaggatgatgagcaagttt 485  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  38300569 ctgaaaggatgctgaccaagttt 38300591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 67 - 485
Target Start/End: Original strand, 38320918 - 38321336
Alignment:
Q  67 agagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacattt 166  Q
    |||| ||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  38320918 agagcatcttgttttttagggattcaaagagtcgaaggcaaaaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcagttcgcttgcatct 38321017  T
Q  167 ggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttat 266  Q
    ||| || ||||||| | |||  ||||||||| || |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  38321018 ggacatgtctatgactgtgaactcaacttatttgatgcttgaaagtgctcttaaatataggtgtgtgtttgaaagtcttcacttgtatgatgataattat 38321117  T
Q  267 gatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacac 366  Q
    || |||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||| ||||| |||    
T  38321118 gagttatgtccttcggtagaagaatggaaaagagttgaaaagatttgtgtgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcac 38321217  T
Q  367 atcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctga 466  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  38321218 atcctacttcaaacatgtattttttgcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctga 38321317  T
Q  467 aaggatgatgagcaagttt 485  Q
    |||||||||||||||||||    
T  38321318 aaggatgatgagcaagttt 38321336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 72 - 485
Target Start/End: Original strand, 38316828 - 38317241
Alignment:
Q  72 atcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacatttggata 171  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | |||||||  ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||| |||| |    
T  38316828 atcatgtttgtgaggaattcaaaaaatagaaggacaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtgttgatagttctgtttgcctgcatctggaca 38316927  T
Q  172 tatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttatgattt 271  Q
    | ||||||||| |||  ||||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||    
T  38316928 tgtctatgagtctgaactcaacttatgtgatgcttgaaagtgctcttaaatatcggcatgtatttgaaagttttcacttgtatgatgataattaccagtt 38317027  T
Q  272 atgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcct 371  Q
    ||||||||  ||  | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||    
T  38317028 atgtcctttagcacatgagtggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgctgcctttttatgaaactgccaacatgattaatgacacaacgcatcct 38317127  T
Q  372 acttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaagga 471  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38317128 acttcaaacttgtgttttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaagga 38317227  T
Q  472 tgatgagcaagttt 485  Q
    |||||||| |||||    
T  38317228 tgatgagcgagttt 38317241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 62 - 485
Target Start/End: Original strand, 38313409 - 38313832
Alignment:
Q  62 cagagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgctta 161  Q
    ||||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38313409 cagagagagcattttgtttgtaaggcattccaagagtagatggaaattttttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttg 38313508  T
Q  162 catttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgata 261  Q
    ||| | ||||| ||||||||  |||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| | | ||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  38313509 catctagatatgtctatgagagtgaactcaacttatttgatgcttcaaagtgctcttaaatatcagcgtgcgtttgaaagtcttcacttgtatgatgatg 38313608  T
Q  262 gttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcac 361  Q
     |||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  38313609 attatgattcatgtcctgcggcagaagactggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttacctttttgtgaaactgccaacatgattaatggcgc 38313708  T
Q  362 aacacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatg 461  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||  || ||||    
T  38313709 aacacatcctacttccaacttgtatttttcgcaagtttggaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggagatgaagatgaatttgtagcgagaatg 38313808  T
Q  462 gctgaaaggatgatgagcaagttt 485  Q
    ||| |||| |||||| ||||||||    
T  38313809 gctaaaagtatgatgggcaagttt 38313832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 67 - 485
Target Start/End: Original strand, 38308820 - 38309238
Alignment:
Q  67 agagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttacattt 166  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |    
T  38308820 agagcatcatgtttgtgaggcgatcaaagagtcacagggaaaaatttaaggagtgcattgaaaaggttggtggtgttgatagttctgttcgtttgcatct 38308919  T
Q  167 ggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatagttat 266  Q
     || || ||||||||  |||  ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| | |  ||  ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  38308920 agacatgtctatgagagtgaactcaacttatttgatgcttcaaagtgctcttaaatatcagcttgcatttgaaagtcttcacttgtatgacgatggttat 38309019  T
Q  267 gatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacac 366  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||| |  ||||||    
T  38309020 gattcatgtcctgcggcagaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgccttttagcgaaactgccaacacgataaatggtgcaacac 38309119  T
Q  367 atcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctga 466  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  38309120 atcgtacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggagatgaagatgaagatataaagagaatggttga 38309219  T
Q  467 aaggatgatgagcaagttt 485  Q
    ||||||| ||| |||||||    
T  38309220 aaggatgttgaccaagttt 38309238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 63 - 485
Target Start/End: Original strand, 38306088 - 38306500
Alignment:
Q  63 agagagagtatcatgtttgtgaggcattcaaagagtagaagggaaaattttaaggagtgctgtgaaaaggttggtggtgttgatagttcggttcgcttac 162  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |    
T  38306088 agagagagcatcttgtttgtgagggattcaaagagtagaaggaaaaaatttaaggagtgcgttgaaaaggttggtggtattgacagttcagttcgcttgc 38306187  T
Q  163 atttggatatatctatgagtttgagttcaacttatatgttgcttgaaagagctcttaaataacggtgtgtgtttgaaagttttcacttgtatgatgatag 262  Q
    || |||| || ||||||| | |||  ||||||||| || |||| || || ||||||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  38306188 atatggacatgtctatgactgtgaactcaacttatttgatgctcgatagtgctcttaaatatcaacatgtgtttgaaagttttcacttgtatgatggtga 38306287  T
Q  263 ttatgatttatgtccttcggcggaagagtggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcaca 362  Q
    |||||  |  |||||||| ||          |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |  ||    
T  38306288 ttatgtctcgtgtccttctgc----------aaaagagtggaaaagatttgtgcattcatgttgccttttcgtgaaactgccaacatgatcaatggtgca 38306377  T
Q  363 acacatcctacttccaacttgtattttttacaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatgg 462  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||    
T  38306378 acacatcccacttccaacttgtattttttgcaagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaatgg 38306477  T
Q  463 ctgaaaggatgatgagcaagttt 485  Q
    || ||||||||||| ||||||||    
T  38306478 ctaaaaggatgatgggcaagttt 38306500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 59
Target Start/End: Original strand, 38320839 - 38320878
Alignment:
Q  20 cattgttatgcacgtcttttaaaattgattgttgaggagg 59  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  38320839 cattgttatgcacgtgttttaaaattgattgttgaagagg 38320878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University