View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16372_low_2 (Length: 353)

Name: NF16372_low_2
Description: NF16372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16372_low_2
NF16372_low_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-353)||(38320979-38321331)
chr8 (1-353)||(38325729-38326081)
chr8 (8-353)||(38300234-38300579)
chr8 (2-353)||(38316884-38317235)
chr8 (5-353)||(38313475-38313823)
chr8 (8-353)||(38308881-38309226)
chr8 (5-353)||(38306153-38306491)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-353)||(38850109-38850461)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38321331 - 38320979
Alignment:
Q  1 tgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321331 tgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacat 38321232  T
Q  101 gtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctacc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321231 gtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctacc 38321132  T
Q  201 gaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321131 gaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacag 38321032  T
Q  301 tcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321031 tcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 38320979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38326081 - 38325729
Alignment:
Q  1 tgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||     
T  38326081 tgctcatcatcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaa 38325982  T
Q  101 gtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctacc 200  Q
     || ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  38325981 attggaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctacc 38325882  T
Q  201 gaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  38325881 gaaggacataactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagac 38325782  T
Q  301 tcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38325781 tcatagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttt 38325729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 8 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38300579 - 38300234
Alignment:
Q  8 catcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38300579 catcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaa 38300480  T
Q  108 gtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggac 207  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38300479 gtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggac 38300380  T
Q  208 ataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcataga 307  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |  |||     
T  38300379 ataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttagg 38300280  T
Q  308 catgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38300279 cgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaaccttt 38300234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38317235 - 38316884
Alignment:
Q  2 gctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  38317235 gctcatcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaag 38317136  T
Q  102 tttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccg 201  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |      
T  38317135 tttgaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgcta 38317036  T
Q  202 aaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagt 301  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  38317035 aaggacataactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagact 38316936  T
Q  302 catagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38316935 catagacatgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttt 38316884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 5 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38313823 - 38313475
Alignment:
Q  5 catcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgttt 104  Q
    |||||| |||| ||||||||||  || |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||     
T  38313823 catcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttg 38313724  T
Q  105 gaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaag 204  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||    
T  38313723 gaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcag 38313624  T
Q  205 gacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcat 304  Q
    ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  38313623 gacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcat 38313524  T
Q  305 agacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38313523 agacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttt 38313475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 8 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38309226 - 38308881
Alignment:
Q  8 catcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaa 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38309226 catcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaa 38309127  T
Q  108 gtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggac 207  Q
    ||| |||||| ||  ||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  38309126 gtacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggac 38309027  T
Q  208 ataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcataga 307  Q
    || | ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  38309026 atgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcataga 38308927  T
Q  308 catgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38308926 catgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttt 38308881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 5 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 38306491 - 38306153
Alignment:
Q  5 catcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgttt 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||     
T  38306491 catcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttg 38306392  T
Q  105 gaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaag 204  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||          ||||    
T  38306391 gaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccactcttttgca----------gaag 38306302  T
Q  205 gacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcat 304  Q
    ||||  |  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||     ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306301 gacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcat 38306202  T
Q  305 agacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  38306201 agacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttt 38306153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 38850109 - 38850461
Alignment:
Q  1 tgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||     
T  38850109 tgctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaa 38850208  T
Q  101 gtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctacc 200  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||    
T  38850209 gttggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgcc 38850308  T
Q  201 gaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacag 300  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| || |||||||||  ||| |     
T  38850309 gaaggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaac 38850408  T
Q  301 tcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttt 353  Q
    ||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38850409 tcatagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttt 38850461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University