View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16375_low_2 (Length: 563)

Name: NF16375_low_2
Description: NF16375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16375_low_2
NF16375_low_2
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-547)||(17826023-17826558)
chr7 (1-547)||(17848166-17848713)
chr7 (43-549)||(14605537-14606037)
chr7 (83-549)||(16024714-16025174)
chr7 (86-550)||(16172192-16172653)
chr7 (43-550)||(16102514-16103019)
chr7 (206-525)||(15677218-15677537)
chr7 (34-516)||(15665212-15665694)
chr7 (206-286)||(15670816-15670896)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (34-516)||(18080-18562)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (452-546)||(14523006-14523100)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 547
Target Start/End: Original strand, 17826023 - 17826558
Alignment:
Q  1 aaacttcaaaagtagctttatggaaa-cgggaaggtttggaactggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatc 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17826023 aaacttcaaaagtagctttatggaaagctggaatgtttggaactgaaccctcaaactggttaaatgatatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatc 17826122  T
Q  100 aaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttcgttgaga 199  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||    
T  17826123 aaagtttgacggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgacttcaagtatatcagttgagcaagcgttaacggtattactccgttgaga 17826222  T
Q  200 aaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||            |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  17826223 aaattcccactaagatcaagactttgaaggactttaaattggccaa------------tatttcctttgaattcattgtggctcaaattcatgtcacgta 17826310  T
Q  300 atctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccgg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17826311 atctaggaaaatatccaagttgttttgtgacgaagccgctaagatcatttgctgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccgg 17826410  T
Q  400 aacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagat 499  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17826411 aatgtttcctgttagatggttgttgcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctgtgaggtaatttgaagat 17826510  T
Q  500 aagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtggtata 547  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17826511 aagtcgagtgaatataaattggttgtctcgcctagttctggtggtata 17826558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 17848713 - 17848166
Alignment:
Q  1 aaacttcaaaagtagctttatggaaa-cgggaaggtttggaactggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatc 99  Q
    |||||||||  || ||||||| |||| | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| | |||||| || ||||| |||||    
T  17848713 aaacttcaatggttgctttattgaaagctggaatgtttggaaccggaccctctaattggttaaacgatatgtcaaccgataacaaactcagcatatgatc 17848614  T
Q  100 aaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttcgttgaga 199  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  17848613 aaagttcgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgattctaagtatatcagttgagcaagcgttgacggtattgttccgttgaga 17848514  T
Q  200 aaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    ||    
T  17848513 aaattcccactaagatcaagactttgaaggactttaaattggccaaactcaacaggaatatttcctttaaatttgttatggctcaaattcatgttcaata 17848414  T
Q  300 atctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccgg 399  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||  |||||| || |||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  17848413 atctaggaaaatatcctagttctcttgtgatgaagccacttagataatttacggcaagatttaaggtctcaagtttctttagtgatgttatttgtacagg 17848314  T
Q  400 aacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagat 499  Q
    |||||||||||  ||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  17848313 aacgtttcctgaaagacggttgttgtgtatcaagagtttagacaatgaagtcaagttacctaactcctttggaatttttcctgtgagataatttgaagat 17848214  T
Q  500 aagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtggtata 547  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17848213 aagtcgagcgcatataaaatggttgcctcgcctagttctggtggtata 17848166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 43 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 14606037 - 14605537
Alignment:
Q  43 tggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatata 142  Q
    ||||||||| ||||||||| | || || ||||||| |   ||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  14606037 tggaccctccaattggttatatgatatatcaacagatgttaagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgagata 14605938  T
Q  143 ttcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttcgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggc 242  Q
    |||||||  |  |||||| |||  || | |||| || ||||||||||| | |  | |||||| ||||| ||||| ||  ||| |||||| | |||||| |    
T  14605937 ttcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggatttcaaggacattaaattgtc 14605838  T
Q  243 caaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaag 342  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||  | ||   |||| |||| | ||||||||||||||  |||||| || ||    
T  14605837 caaattcaataggaatatttcctgtgaatttgttatggctcaaatttaagttccataccttaggcaaatttgcaagttgttttgtgatgaagccacttag 14605738  T
Q  343 atcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagac 442  Q
    |||||||  |||||| | ||||||||||||   || ||  |||| ||||| ||| |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  14605737 atcattttctgcaaggtctaaggtctcaag---ctctaaggatgatatttctacaggaatgtttcctgagagatggttgttgcttatcaagagattggac 14605641  T
Q  443 aatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtg 542  Q
    |   |||  ||||| | ||||||| | |||||||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||||||   ||| ||| |||| | |||| ||||||||    
T  14605640 a---aagataagttgcttaactccctcggaattttccctgtgagatggtttgaagataagtcaagtgaacccaaaatgggtgcccctcctatttctggtg 14605544  T
Q  543 gtatatg 549  Q
    |||||||    
T  14605543 gtatatg 14605537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 83 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 16025174 - 16024714
Alignment:
Q  83 aagctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatg 182  Q
    ||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |  |||||| |||  || | |||| || |||    
T  16025174 aagctgaacatctgatcgaagctagagggaataaaaccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatg 16025075  T
Q  183 gtattgtttcgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggct 282  Q
    |||||||| | |  | |||||| ||||| ||||| ||  ||| |||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  16025074 gtattgttccatccaaaaaatttccactgagatctaggatttcaaggacattaaattgtccaaattcaataggaatatttcctgtgaatttgttatggct 16024975  T
Q  283 caaattcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagc 382  Q
    |||||| | ||  | ||   |||| |||| | ||||||||||||||  |||||| || |||||||||  |||||| | ||||||||||||   || ||      
T  16024974 caaatttaagttccataccttaggcaaatttgcaagttgttttgtgatgaagccacttagatcattttctgcaaggtctaaggtctcaag---ctctaag 16024878  T
Q  383 gatgttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttccta 482  Q
    |||| ||||| ||| |||| ||||||||  |||||||| || ||||||||||| || ||||   |||  ||||| | |||||||||||||||||  |||     
T  16024877 gatgatatttctacaggaatgtttcctgagagatggttattgcttatcaagaggtttgaca---aagataagttgcttaactcctttggaatttcccctg 16024781  T
Q  483 tgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtggtatatg 549  Q
    |||| |  |||||||||||||| ||||||   ||||||| |||| | |||| |||||||||||||||    
T  16024780 tgagatggtttgaagataagtcaagtgaacccaaattgggtgcccctcctatttctggtggtatatg 16024714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 86 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 16172653 - 16172192
Alignment:
Q  86 ctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggta 185  Q
    |||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |  |||||| |||  || | |||| || ||||||    
T  16172653 ctgaacatctgatcgaagctagagggaataaatccagaaagattattatgtgagatattcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggta 16172554  T
Q  186 ttgtttcgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaa 285  Q
    ||||| | || | |||||| ||||| |||||||| |||||||||| || |||||| || ||| ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  16172553 ttgttccatttaaaaaatttccactcagatcaaggctttgaaggattttaaattgtcccaattcaacaggaatatttcctatcaatttgttatggctcaa 16172454  T
Q  286 attcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgat 385  Q
    ||| | ||  | ||   |||| |||| | ||||||||||||||  |||||| || |||||||||  |||||| | |||| ||||||| || | ||  |||    
T  16172453 atttaagttccataccttaggcaaatttgcaagttgttttgtgatgaagccacttagatcattttctgcaaggtctaagatctcaagctcatctaaggat 16172354  T
Q  386 gttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatga 485  Q
    | |||||  || |||| |||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||   ||| |||||| | ||||||||| |||||||| ||| |||    
T  16172353 gatatttcgacaggaatgtttccggagagatggttgttgcttatcaaaagtttggaca---aagacaagttgcttaactccttcggaattttccctgtga 16172257  T
Q  486 ggtaatttgaagataagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtggtatatga 550  Q
    | |  |||||||||||||| |||  |   ||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||    
T  16172256 gatggtttgaagataagtcaagtatacccaaattggatgcccttcctatttctggtggtatatga 16172192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 43 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 16103019 - 16102514
Alignment:
Q  43 tggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttattatgtgatata 142  Q
    ||||||||| ||||||||| | || || ||||||| |  |||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  16103019 tggaccctccaattggttatatgatatatcaacagatgtcaagcttaacatttgatcaaagctagagggaataaagccagaaagattattatgtgagata 16102920  T
Q  143 ttcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttc-gttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattgg 241  Q
    |||||||  |  |||||| |||  || | |||| || ||||||||||| |  || | |||||| ||||| |||||||| |||||||||| || ||||||     
T  16102919 ttcaatgtttccaagtatttcaactgtgtaagcattgatggtattgttccatttaaaaaaatttccactcagatcaaggctttgaaggattttaaattgt 16102820  T
Q  242 ccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaa 341  Q
    || ||| ||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||  | ||   |||| |||| | ||||||||||||||  |||||| || |    
T  16102819 cccaattcaacaggaatatttcctatcaatttgttatggctcaaatttaagttccataccttaggcaaatttgcaagttgttttgtgatgaagccactta 16102720  T
Q  342 gatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttaga 441  Q
    ||||||||  |||||| | |||| ||||||| || | ||  |||| |||||  || |||| |||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  16102719 gatcattttctgcaaggtctaagatctcaagctcatctaaggatgatatttcgacaggaatgtttccggagagatggttgttgcttatcaaaagtttgga 16102620  T
Q  442 caatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggt 541  Q
    ||   ||| |||||| | ||||||||| |||||||| ||| |||| |  |||||||||||||| |||  |   ||||||| ||||   |||| |||||||    
T  16102619 ca---aagacaagttgcttaactccttcggaattttccctgtgagatggtttgaagataagtcaagtatacccaaattgggtgcccttcctatttctggt 16102523  T
Q  542 ggtatatga 550  Q
    |||||||||    
T  16102522 ggtatatga 16102514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 206 - 525
Target Start/End: Original strand, 15677218 - 15677537
Alignment:
Q  206 ccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgtaatctag 305  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||  ||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| | | ||    ||| || |    
T  15677218 ccactgagatcaagactttcaaggactttaaattgtccaaactcaaaaggaatatttccaatgaatttgttatggctcaaacttaggttgaataacctgg 15677317  T
Q  306 gaaaatatccaagttgttttgtggcgaagccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccggaacgtt 405  Q
    | |||    |||||||||||| |  ||| ||||| |||| ||||  ||||| || |||||| |||||| ||||||  ||||  |||||||||||||| ||    
T  15677318 gcaaaatggcaagttgttttgggatgaaaccgcttagattattttctgcaacatctaaggtttcaagtccctttaatgatgcaatttgtaccggaacatt 15677417  T
Q  406 tcctgttagatggttgtttcttatcaagagtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcg 505  Q
     || |  ||||||||||| ||||   ||||| ||  |||   ||||||||| |||||||||||||||||||| || || || |  ||||||||||||||     
T  15677418 accagaaagatggttgttgcttaaatagagtctacccaacatagtcaagttgcctaactcctttggaattttaccaataagatggtttgaagataagtca 15677517  T
Q  506 agtgaatataaattggttgc 525  Q
    | ||||||||| || |||||    
T  15677518 attgaatataagtttgttgc 15677537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 516
Target Start/End: Original strand, 15665212 - 15665694
Alignment:
Q  34 gtttggaactggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttatta 133  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| | || || |||||| || |||| || | |||||||||||||   || || |||   |||||||| || |||    
T  15665212 gtttggaagtggaccctcgaattggttatatgatatatcaacatttgacaaactaatcatctgatcaaaggaagaagggatattgccagaaagattgtta 15665311  T
Q  134 tgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttcgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggactt 233  Q
    ||||| ||||||| ||  | ||||  |||||| |   ||| ||||  |||||| ||| | |  | |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  15665312 tgtgaaatattcagtgtttctaagagtatcagctttacaaacgttggtggtatggttccatccaaaaaatttccactgagatcaagactttgaagggctt 15665411  T
Q  234 caaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaa 333  Q
     |||||  |||||| || |||||||||||||| | |||||||| || | |||||| |||||   ||  ||||| |||    |||||| |||| ||  |||    
T  15665412 taaattttccaaattcattaggaatatttcctctaaatttgttttgacacaaatttatgtcgaatatcctaggcaaaatgacaagttcttttctgatgaa 15665511  T
Q  334 gccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaag 433  Q
    |||  | |||| ||||  ||||| || |||| | |||||||| ||||  |||| |||||||   ||||| || || |  ||||||||||| ||||  |||    
T  15665512 gccatttagattattttctgcaacatctaagatttcaagttcttttaatgatgctatttgtgtaggaacattgccagaaagatggttgttgcttaaaaag 15665611  T
Q  434 agtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataa 516  Q
    ||| ||  |||   |||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| | |||||||||    
T  15665612 agtctacccaacttagtcaaattgcccaactcctttggaatttttcctgtgagatgatttgaagataagtcaattgaatataa 15665694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 286
Target Start/End: Original strand, 15670816 - 15670896
Alignment:
Q  206 ccactaagatcaagactttgaaggacttcaaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaa 286  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||  ||  ||||||||||||  ||||||| || |||||||||    
T  15670816 ccactgagatcaagactttcaaggactttaaattgtccaaactcatcaggaatatttccaatgaattttttatggctcaaa 15670896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 51; Significance: 6e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 516
Target Start/End: Original strand, 18080 - 18562
Alignment:
Q  34 gtttggaactggaccctcaaattggttaaaggacatgtcaacagttaacaagctgagcatctgatcaaagtttgagggaataaatccagaaaggttatta 133  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| | || || |||||| || |||| || | |||||||||||||   || || |||   |||||||| || |||    
T  18080 gtttggaagtggaccctcgaattggttatatgatatatcaacatttgacaaactaatcatctgatcaaaggaagaagggatattgccagaaagattgtta 18179  T
Q  134 tgtgatatattcaatgactttaagtatatcagttgagcaagcgttaatggtattgtttcgttgagaaaattcccactaagatcaagactttgaaggactt 233  Q
    ||||| ||||||| ||  | ||||  |||||| |   ||| ||||  |||||| ||| | |  | |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  18180 tgtgaaatattcagtgtttctaagagtatcagctttacaaacgttggtggtatggttccatccaaaaaatttccactgagatcaagactttgaagggctt 18279  T
Q  234 caaattggccaaatacaataggaatatttcctttgaatttgttctggctcaaattcatgtcacgtaatctaggaaaatatccaagttgttttgtggcgaa 333  Q
     |||||  |||||| || |||||||||||||| | |||||||| || | |||||| |||||   ||  ||||| |||    |||||| |||| ||  |||    
T  18280 taaattttccaaattcattaggaatatttcctctaaatttgttttgacacaaatttatgtcgaatatcctaggcaaaatgacaagttcttttctgatgaa 18379  T
Q  334 gccgctaagatcatttaatgcaagatttaaggtctcaagttcctttagcgatgttatttgtaccggaacgtttcctgttagatggttgtttcttatcaag 433  Q
    |||  | |||| ||||  ||||| || |||| | |||||||| ||||  |||| |||||||   ||||| || || |  ||||||||||| ||||  |||    
T  18380 gccatttagattattttctgcaacatctaagatttcaagttcttttaatgatgctatttgtgtaggaacattgccagaaagatggttgttgcttaaaaag 18479  T
Q  434 agtttagacaatgaagtcaagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataa 516  Q
    ||| ||  |||   |||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| | |||||||||    
T  18480 agtctacccaacttagtcaaattgcccaactcctttggaatttttcctgtgagatgatttgaagataagtcaattgaatataa 18562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 452 - 546
Target Start/End: Original strand, 14523006 - 14523100
Alignment:
Q  452 aagtttcctaactcctttggaatttttcctatgaggtaatttgaagataagtcgagtgaatataaattggttgcctcgcctagttctggtggtat 546  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| || | |||||| || ||||| |||  || |||||||||||| ||  | | ||||||||||||    
T  14523006 aagtttcctagatcctttggaatttttcctataagttgatttgaggacaagtcaagtatatgtaaattggttgcttcagccaattctggtggtat 14523100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University