View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16378_high_57 (Length: 337)

Name: NF16378_high_57
Description: NF16378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16378_high_57
NF16378_high_57
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (9-337)||(36411766-36412094)
chr4 (9-337)||(36417097-36417425)
chr4 (9-337)||(36404452-36404783)
chr4 (9-337)||(36397519-36397847)
chr4 (9-337)||(36425932-36426260)
chr4 (20-330)||(36387751-36388061)
chr4 (17-305)||(36369169-36369457)
chr4 (9-331)||(36373780-36374102)
chr4 (9-336)||(36433789-36434116)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Original strand, 36411766 - 36412094
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  36411766 tatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttc 36411865  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411866 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 36411965  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411966 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 36412065  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36412066 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 36412094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Original strand, 36417097 - 36417425
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  36417097 tatgagagtagagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttc 36417196  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417197 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 36417296  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417297 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 36417396  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417397 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 36417425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Original strand, 36404452 - 36404783
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||     
T  36404452 tatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttg 36404551  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  36404552 ctgatatatctggagcagttgccatagatggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaattgctcttgtactgcctatgcagttgctga 36404651  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagta---atcagggccaagatttatttttgcgcgtc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  36404652 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtc 36404751  T
Q  306 gagaaagttgaacttggtaagatattccctcc 337  Q
    || ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  36404752 gataaagttgaactaggtaagatatcccctcc 36404783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Original strand, 36397519 - 36397847
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  36397519 tatgagagtagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttc 36397618  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| | |||||||||| || ||    
T  36397619 ctgatatatctggggcagttaccatagatggtttgagtttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcctgtacttcctatgcagtagccga 36397718  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  36397719 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgat 36397818  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36397819 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 36397847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 9 - 337
Target Start/End: Original strand, 36425932 - 36426260
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    ||||||||| ||||||||   || |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  36425932 tatgagagtcgagatgggtcaggtggatgtgtaagaaagaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttc 36426031  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    |||| |  |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  36426032 ctgaaacgtctacggcagttgccatagatggtttgaatttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctga 36426131  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
     |||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||      
T  36426132 cgtgaagaatggtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgct 36426231  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatattccctcc 337  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  36426232 aaagttgaactaggtaagattttccctcc 36426260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 330
Target Start/End: Original strand, 36387751 - 36388061
Alignment:
Q  20 agatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatatct 119  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || | |||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  36387751 agatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatacatct 36387850  T
Q  120 ggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatg 219  Q
    | ||||||||| | |  |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  36387851 gtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaattgctgatgtgaggaatg 36387950  T
Q  220 gtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaact 319  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  36387951 gtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaatagacattcaaaaacttaatgatcaaggccaagatttatttctacgcgtcgataaaattgaact 36388050  T
Q  320 tggtaagatat 330  Q
     ||||||||||    
T  36388051 aggtaagatat 36388061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 305
Target Start/End: Original strand, 36369169 - 36369457
Alignment:
Q  17 tagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatata 116  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| || | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||  |||||||||| |||| |    
T  36369169 tagagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcccgataca 36369268  T
Q  117 tctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgagga 216  Q
    |||| ||| ||||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36369269 tctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgagga 36369368  T
Q  217 atggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtc 305  Q
    ||||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  36369369 atggtggaagtggttgtttggcatggcatggggatttaatggacgttcagaaacttagcgatcaaggccaggatttatttttacgcgtc 36369457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 331
Target Start/End: Original strand, 36373780 - 36374102
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    |||||||| |||||||||   ||||| |||||||| || | ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  |||||||||    
T  36373780 tatgagagaagagatgggtcaggagggtgtgtaaggaagaaaggcgcatctatttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttc 36373879  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    |||||||||||| ||||||| | | || |||| ||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||    
T  36373880 ctgatatatctgtggcagttactaaaggtggtctgagtttggaagaatgcgaggaagaatgcttgagaaactgctcttgtacttcctatgcagttgctga 36373979  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || |||||     
T  36373980 tgtgagtaatggtggaagtggctgtttggcatggtatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttgtacgtgtcgat 36374079  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatatt 331  Q
      ||||||||| |||||| ||||    
T  36374080 gcagttgaactaggtaaggtatt 36374102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 9 - 336
Target Start/End: Original strand, 36433789 - 36434116
Alignment:
Q  9 tatgagagtagagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttc 108  Q
    ||||||||| ||||||||   ||||| |||||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  |||||||||    
T  36433789 tatgagagtggagatgggtcaggagggtgtgtaaggaagaacggttcatctgtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtcagcttgaaagttc 36433888  T
Q  109 ctgatatatctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctga 208  Q
    |||||| |||   ||||  ||||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||| | |    
T  36433889 ctgatacatcgatggcaaatgccaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgaaaaagaatgcttcagaaactgttcttgtacagcctatgcagttgataa 36433988  T
Q  209 tgtgaggaatggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgag 308  Q
    |||||| |||||||| || || |||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  36433989 tgtgagcaatggtggaagcgggtgtttggcatggcatggtgatttaatggacattcaaaaagtaagcgatcaaggccaagatttatttttacgtgtcgat 36434088  T
Q  309 aaagttgaacttggtaagatattccctc 336  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  36434089 aaagttgaactaggtaagaaattccctc 36434116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University