View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16378_low_4 (Length: 685)

Name: NF16378_low_4
Description: NF16378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16378_low_4
NF16378_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-667)||(52761330-52761978)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 52761978 - 52761330
Alignment:
Q  19 tcatctatctgaattagcattatttatatactacattgataaatcttgtttaaatcaattcttcagcttaatgaagataaaagcccattccaacagacct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761978 tcatctatctgaattagcattatttatatactacattgataaatcttgtttaaatcaattcttcagcttaatgaagataaaagcccattccaacagacct 52761879  T
Q  119 acgcttcacaggtacctataacatctatgtatgcatttaaaaaggttgagactcctcaatttcaaatgattgtgtattgaactccaaaacaattaaatgc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761878 acgcttcacaggtacctataacatctatgtatgcatttaaaaaggttgagactcttcaatttcaaatgattgtgtattgaactccaaaacaattaaatgc 52761779  T
Q  219 ttcttttgattttcatttggaaatttgaccaaaatctatcattatcatgaaatctaattctgctaacatttttattatgagacattttacacaactgatt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761778 ttcttttgattttcatttggaaatttgaccaagatctatcattatcatgaaatctaattctgctaacatttttattatgagacattttacacaactgatt 52761679  T
Q  319 tactagaccagattggaaagcttacggttttatcaaataggttaaaagatgtggggaaatgtcccgtaagttgcgtttatttaaggagcaaatgaaaaag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761678 tactagaccagattggaaagcttacggttttatcaaataggttaaaagatgtggggaaatgtcgcgtaagttgcgtttatttaaggagcaaatgaaaaag 52761579  T
Q  419 gcaaatatatctccgtcaacatggtcaacgagagatggttctattgatctagaaaaattggaggttgtcaggtgtttttaaaattttcatatcttttcta 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761578 gcaaatatatctccgtcaacatggtcaacaagagatggttctattgatctagaaaaattggaggttgtcaggtgtttttaaaattttcatatcttttcta 52761479  T
Q  519 ccgtacatttaagatagcattgccatgcaacacaatttttcttcatggatataggttaaactagcagaacttgaagctgagctaattgagattaattcaa 618  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  52761478 ccgtacatttaagagagcattgccatgtaacacaatttttcttcatggatataggttaaactagcagaacttgaagccgagctaattgagattaattcaa 52761379  T
Q  619 acaatgagaagttgcagcacacttataatgaacttatagagtacaagct 667  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52761378 acaatgagaagttgcagcacacttataatgaacttatagagtacaagct 52761330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University