View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16381_high_13 (Length: 360)

Name: NF16381_high_13
Description: NF16381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16381_high_13
NF16381_high_13
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (4-345)||(22899136-22899477)
chr8 (1-343)||(25652693-25653038)
chr8 (26-343)||(25392687-25393004)
chr8 (26-345)||(25454375-25454694)
chr8 (26-343)||(25696755-25697072)
chr8 (29-343)||(25324051-25324365)
chr8 (26-345)||(25716586-25716905)
chr8 (4-345)||(25312392-25312730)
chr8 (79-345)||(25477054-25477320)
chr8 (4-343)||(25606032-25606368)
chr8 (14-345)||(23259582-23259916)
chr8 (4-345)||(25571276-25571617)
chr8 (29-345)||(25342373-25342689)
chr8 (1-144)||(24872883-24873026)
chr8 (4-171)||(25806816-25806980)
chr8 (282-345)||(24874068-24874131)
[»] scaffold1415 (1 HSPs)
scaffold1415 (26-345)||(429-748)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (31-345)||(2886-3200)
[»] scaffold0070 (3 HSPs)
scaffold0070 (1-343)||(15367-15709)
scaffold0070 (1-345)||(35410-35751)
scaffold0070 (78-343)||(48966-49231)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-345)||(10325237-10325578)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (164-345)||(14413451-14413632)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (68-345)||(5100563-5100840)
chr2 (164-345)||(5118218-5118399)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Original strand, 22899136 - 22899477
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22899136 gacttatcaggaaatcatatactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 22899235  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22899236 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 22899335  T
Q  204 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22899336 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 22899435  T
Q  304 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22899436 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 22899477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25653038 - 25652693
Alignment:
Q  1 cttgacttatcaggaaatcatttactatcca---atcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatg 97  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||   |||||||||||||||| ||||| ||||||| |   ||| |   |||||| ||||||||||||||||    
T  25653038 cttgacttatcaggtaatcatatactacccaccaatcttcctaagtcaattggaaatataacttcagaatacatcagggcagaatcatgtggaattgatg 25652939  T
Q  98 gtaatattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagattt 197  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||  | |  ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| ||    
T  25652938 gtaatattccccaagaagttggaaacatgagcaacttgttatattttaatcttcatgggaataatataactggaccaatacctggtacattcaaagagtt 25652839  T
Q  198 acataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaa 297  Q
     || |||||||||   ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||  | | ||||| |||||||||| || ||    
T  25652838 gcagaaacttcagtatttgaatcttggcaacaatggactacaaggatcatttattgaggaactttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctacaa 25652739  T
Q  298 agtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatga 343  Q
    | ||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  25652738 aataataagctctctggagttttaccaacatgtatgggaaatatga 25652693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25393004 - 25392687
Alignment:
Q  26 tatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacat 125  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     | ||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  25393004 tatctaatcttcctaagtcaattggaaacataacttcggaattcttctccgcagaatcatgtggaattgatggtaatattccccaagaagttggaaacat 25392905  T
Q  126 gagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttaga 225  Q
    ||| ||||||||| |||||||| |   | |||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| | || || |||||||||   |||  ||||||     
T  25392904 gagcaacttgctaactttttctctttttaggaataatataactggaccaatacctggtacattcaaaaagttgcaaaaacttcagtttttgagtcttagc 25392805  T
Q  226 aacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaa 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||  | | ||||| |||||||||| || ||| ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  25392804 aacaatggactacaaggatcatttattgaggagatttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctaaaaaataataagctctctggagttttaccaa 25392705  T
Q  326 catgtttgggaaacatga 343  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  25392704 catgtttgggaaatatga 25392687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 26 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25454694 - 25454375
Alignment:
Q  26 tatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |   | |||   |||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  25454694 tatccaatcttcctaagtcaattggaaacctaacttcagaattcttcagggcagaatcatgtggaattggtggttatattcccctagaagttggaaacat 25454595  T
Q  126 gagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttaga 225  Q
    ||| |||||||||||||||  | || ||   ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||  || || ||| |||||   |||||||||||     
T  25454594 gagcaacttgctatcttttgatctgtattacaataatataaatggaccaatacctggtacattcaaagggttgcagaaatttcagtatttggatcttagc 25454495  T
Q  226 aacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaa 325  Q
    | |||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||||| |||||||||| |||| | ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  25454494 agcaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctagacaataataagctctctggagttttaccaa 25454395  T
Q  326 catgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  25454394 catgtttgggaaatatgact 25454375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 26 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25697072 - 25696755
Alignment:
Q  26 tatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |   ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  25697072 tatccaatcttcctaagtcaattggaaacctaacttcagaatactttacggcagaatcatgtggaattgatggtaatattccccaagaagttggaaacat 25696973  T
Q  126 gagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttaga 225  Q
    ||| ||||||||| ||||   | ||  ||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||  || || |||||||||   |||  ||||||     
T  25696972 gagcaacttgctaactttggatctgtctgacaataatataaatggaccaatacctggtacattcaaagggttgcagaaacttcagcatttgagtcttagc 25696873  T
Q  226 aacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaa 325  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||| ||||  | | ||||| |||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  25696872 aacaatggattacaaggaccatttattgaagagctttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatcttgaaaataataagctttctggagttttaccaa 25696773  T
Q  326 catgtttgggaaacatga 343  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  25696772 catgtttaggaaatatga 25696755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25324365 - 25324051
Alignment:
Q  29 ccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgag 128  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||| |   |||| | ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  25324365 ccaatcttcctaagtcaattggaaacataacttcagaatacatcagggcaaaatcatgtggaattggtggttatattcccctagaagttggaaacatgag 25324266  T
Q  129 taacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaac 228  Q
     |||||||||   |||||| |   |||||||||||||| |||| ||||||||   ||||| |||   || || ||||||||||  ||| ||||||| |||    
T  25324265 caacttgctacaattttctctttctgggaataatataactggaccaatacctcctacattcaaaaggttgcagaaacttcaggttttgaatcttagcaac 25324166  T
Q  229 aatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacat 328  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| |||||| ||||  | | ||||| |||||||||| || ||| ||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  25324165 aatggactacaaggatcatttattgaggaactttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctacaaaataataagctctctggagttttaccaacat 25324066  T
Q  329 gtttgggaaacatga 343  Q
    |||||||||| ||||    
T  25324065 gtttgggaaatatga 25324051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25716905 - 25716586
Alignment:
Q  26 tatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |   | |||    ||||  |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  25716905 tatccaatcttcctaagtcaattggaaacataacatcagaattcttccgagcagcatcatgtggaattgatggtaatattccccaagaagttggaaacat 25716806  T
Q  126 gagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttaga 225  Q
    ||  |||||||||  | ||||| |   |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||   ||| ||||| |     
T  25716805 gaccaacttgctacttctttctatttttgggaataatataactggacgaatacctggtacattcaaagagttgcagaaacttcagtatttgaatcttggc 25716706  T
Q  226 aacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaa 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||||| |||||||||| | |||| ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  25716705 aacaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctggaaaataataagctctctggagttttaccaa 25716606  T
Q  326 catgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  25716605 catgtttgggaaatatgact 25716586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25312730 - 25312392
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    ||||||||||| |||||| |||   ||||||||||||||||||| |||||||||| || |   ||| |   |||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  25312730 gacttatcaggtaatcatatac---ccaatcttcctaagtcaattggaaacataagttcagaatacatcagggcagaatcatgtggaattggtggttata 25312634  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 203  Q
    |||| | ||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||| |   |||||||||||||| |||| |||||||| |  || | ||||  || || ||    
T  25312633 ttccccaagaagttggaaacatgaccaacttgctaactttttctctttttgggaataatataactggaccaatacctcgttcagtcaaagggttgcagaa 25312534  T
Q  204 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 303  Q
    |||||| ||||||  |||| |  |||||| ||| |||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||||| ||| |||||| |||||| ||||    
T  25312533 acttcaaggattgtctcttggctacaatgaactccaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtttgggtgaattgtatctagaaaataat 25312434  T
Q  304 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25312433 aagctttctggagttttaccaacatgtttgggaaatatgact 25312392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 79 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25477320 - 25477054
Alignment:
Q  79 gattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatac 178  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||  | ||||||||||| ||| || ||| ||||||| | ||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  25477320 gattcatgtcgaattgaaggtaatattcccatagaaatcggaaacatgagcaacatgatatttttttctataaatgataataatatatatggatcaatac 25477221  T
Q  179 ctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaattt 278  Q
    |||| ||  | ||||| ||||| || ||||| |  ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || || | || ||    
T  25477220 ctggtactatcaaagagttacagaatcttcaagtgttggatcttggcaacaatcgactacaaggatcatttattgaggagctttgtgaacttcagaaatt 25477121  T
Q  279 ggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
     | |||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  25477120 aggtgagttgtatctagaaaataataagctctctggtgttttaccaacatgcttggaaaatatgact 25477054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 4 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25606368 - 25606032
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    ||||||||||| |||||| |||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   ||| |   |||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  25606368 gacttatcaggtaatcatatac---ccaatcttcctaagtcaattggaaacataacttcagaatacatcagggcagaatcatgtggaattggtggttata 25606272  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 203  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||  | || |||  ||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||  ||||| ||    
T  25606271 ttcccctagaagttggaaacatgagcaacttgctattttttgatatgtatgacaataatataaatggaccaatacctcgttcagtcaaagggttacagaa 25606172  T
Q  204 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 303  Q
    ||||||    |||  |||||| || ||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||||| |||||||||| || | | |||     
T  25606171 acttcaacatttgagtcttagcaagaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctaaacaataaa 25606072  T
Q  304 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatga 343  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  25606071 aagctctctggagttttaccaacatgtttgggaaatatga 25606032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 14 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 23259916 - 23259582
Alignment:
Q  14 gaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctaga 113  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||      | ||| | |||||||  |||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  23259916 gaaatcatataccatccaatcttccaaagtcaattggaaacataacttcgtcaaagtttattgcagatttgtgtggaattgttggtaaaattcccctaga 23259817  T
Q  114 ggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacata---aacttcag 210  Q
     || |||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||  || || |   ||||||||    
T  23259816 agtcggaaacatgagtaaattgctatatttttctgtttttgggaataatatgactggaccaatacctggtacattcaaagggttgcagaaacaacttcag 23259717  T
Q  211 ggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagcttt 310  Q
       ||||||||| |||  |||  | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||  | | ||||| |||||||| | |||| |||||||||||||    
T  23259716 tatttggatcttggaataaataaattacaaggatcatttattgaggagctttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtctctagacagtaataagcttt 23259617  T
Q  311 ttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
     ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  23259616 ctggagctttaccaacatgtttcggaaatatgact 23259582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25571617 - 25571276
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   | |||   |||| | |||||||||||||| |||||||    
T  25571617 gacttatcagggaatcatgtactacccaatcttcctaagtcaattggaaacataacttcagaattcttccgggcacagtcatgtggaattgagggtaata 25571518  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 203  Q
    ||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||   ||||| |  |||  ||||||||||||| | ||||||||    || | ||||   || | ||    
T  25571517 ttcccgtagaagttggaaacatgagcaacttgctattactttctctatatgacaataatataaatgaaccaatacctcattcactcaaagggctagagaa 25571418  T
Q  204 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 303  Q
     ||||| | ||||  ||||    |||||| |||  ||||||||||  || | ||||| |||| |||| | | ||| | |||||||||| |||||| ||||    
T  25571417 gcttcaagtattgtctcttgcttacaatgcactcaaaggatcattcattgatgagctctgtctaattaagagtttaggtgagttgtatatagaaaataat 25571318  T
Q  304 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  25571317 aagctttctggtgttttaccaacatgttagggaaatatgact 25571276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 25342689 - 25342373
Alignment:
Q  29 ccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgag 128  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |   | ||| | |||| | |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  25342689 ccaatcttccaaagtcaattggaaacataacttcagaattcttctgggcaaaatcatgtggaattgagggtaatattcccgtagaagttggaaacatgag 25342590  T
Q  129 taacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaac 228  Q
     || |||||||   ||||| || |||  ||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||   || | || ||||| | ||||  ||||    ||    
T  25342589 caatttgctattactttctctgtatgacaataatataaatggaccaatacctcgttcactcaaagggctagagaagcttcaagtattgtctcttgcttac 25342490  T
Q  229 aatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacat 328  Q
    |||| |||  ||||||||||  || | ||||| |||| |||| | | ||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25342489 aatgcactcaaaggatcattcattgatgagctctgtctaattaagagtttaggtgagttgtatctagaaaataataagctttctggtgttttaccaacat 25342390  T
Q  329 gtttgggaaacatgact 345  Q
    ||| |||||| ||||||    
T  25342389 gttcgggaaatatgact 25342373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Original strand, 24872883 - 24873026
Alignment:
Q  1 cttgacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggta 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| |   ||| |   |||| | ||||||||||||| ||||     
T  24872883 cttgacttatcagggaatcatgtactacccaatcttccaaagtcaattggaaacataacttcagaatacatcagggcaaaatcatgtggaattggtggtt 24872982  T
Q  101 atattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttt 144  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  24872983 atattcccctagaagttggaaacatgaccaacttgctatatttt 24873026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 25806980 - 25806816
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    ||||||||||| |||||| |||   ||||||||||||||||||| |||||||||| || |   ||| |   |||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  25806980 gacttatcagggaatcatatac---ccaatcttcctaagtcaattggaaacataagttcagaatacatcagggcagaatcatgtggaattggtggttata 25806884  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatgga 171  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||  | || |||  |||||||||||||||    
T  25806883 ttcccctagaagttggaaacatgagcaaattgctattttttgatctgtatgacaataatataaatgga 25806816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 282 - 345
Target Start/End: Original strand, 24874068 - 24874131
Alignment:
Q  282 tgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24874068 tgagttgtatctagaaaataataagctttctggtgttttaccaacatgtttgggaaatatgact 24874131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1415 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold1415
Description:

Target: scaffold1415; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 26 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 748 - 429
Alignment:
Q  26 tatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacat 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |   | |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  748 tatccaatcttcctaagtcaattggaaacctaacttcagaattcttttctgcagaatcatgtggaattgatggtaatattccccaagaagttggaaacat 649  T
Q  126 gagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttaga 225  Q
    ||  |||||||||  | ||||| |   |||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||  || || |||||||||   |||||||||||     
T  648 gaccaacttgctacttctttctatttttgggaataatataagtggaccaatacctggtacattcaaagggttgcagaaacttcagtatttggatcttagc 549  T
Q  226 aacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaa 325  Q
    | |||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | | ||| |||||||||| |||| | ||||||||| | ||| ||||||||||    
T  548 agcaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaaaagtgtgggtgagttgtatctagacaataataagctctctggagttttaccaa 449  T
Q  326 catgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  448 catgtttgggaaatatgact 429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 31 - 345
Target Start/End: Original strand, 2886 - 3200
Alignment:
Q  31 aatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggca--gattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgag 128  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||  ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  2886 aatcttcctaagtcaattggaaacataacttcaactta--ttttgacatggatttatgtggaattgatggtagtattcccctagaagttggaaacatgag 2983  T
Q  129 taacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaac 228  Q
     |||||||||    ||||| |   ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||  ||||| |||||||||   ||||||||||| |||    
T  2984 caacttgctacaactttctctacctgggaataatataaatggaccaataccggtcacattaaaaggattacaaaaacttcagtatttggatcttagcaac 3083  T
Q  229 aatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacat 328  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||| |  |||  |||||| ||| || ||| ||||||||| | |||||||||  || |||    
T  3084 aatggactacaaggatcatttattaaagagctttgtggaattgagaggttgagtgagttatatctacaaaataataagctatctggtgttttgtcaccat 3183  T
Q  329 gtttgggaaacatgact 345  Q
    |||||||||| ||||||    
T  3184 gtttgggaaatatgact 3200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 15367 - 15709
Alignment:
Q  1 cttgacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggta 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |   ||| |   || ||| ||||||||||||| ||||     
T  15367 cttgacttatcagggaatcatgtactatccaatattccaaagtcaattggaaacataacttcagaatacatcagggtagaatcatgtggaattggtggtt 15466  T
Q  101 atattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttaca 200  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |   ||||||| |   | |||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||  || ||    
T  15467 atattcccctagaagttggaaacatgagtaacttattgcatttttctctttctaggaataatataactggaccaatacctggtacattcaaagggttgca 15566  T
Q  201 taaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagt 300  Q
     |||||||||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||||| |||||||||| || | | |    
T  15567 gaaacttcagtatttggatcttggcaacaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtttgggtgagttgtatctaaacaat 15666  T
Q  301 aataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatga 343  Q
    |||||||| |  || |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  15667 aataagctctcgggagttttaccgacatgtttgggaaatatga 15709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 345
Target Start/End: Original strand, 35410 - 35751
Alignment:
Q  1 cttgacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggta 100  Q
    |||||||||||||| |||||| ||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |||||   |||| | ||||||||||||| ||||     
T  35410 cttgacttatcaggtaatcatata---tccaatcttcctaagtcaattggaaacataacttcagaatacttcagggcaaaatcatgtggaattggtggtt 35506  T
Q  101 atattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttaca 200  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||  | || |||  ||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||   || |    
T  35507 atattcccctagaagttggaaacatgagcaccttgctatcttttgatctgtatgacaataatataaatggaccaatacctcgttcaatcaaagggctaga 35606  T
Q  201 taaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagt 300  Q
     || ||||| | ||||  ||||    |||||| |||  ||||||||||  || | ||||| |||| |||| | | ||| | |||||||||| |||||| |    
T  35607 gaagcttcaagtattgtctcttgcttacaatgcactcaaaggatcattcattgatgagctctgtctaattaagagtttaggtgagttgtatatagaaaat 35706  T
Q  301 aataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35707 aataagctttctggtgttttaccaacatgtttgggaaatatgact 35751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 78 - 343
Target Start/End: Original strand, 48966 - 49231
Alignment:
Q  78 agattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaata 177  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||  ||||  | ||||||||||| ||| |||||  ||||||| | ||||  ||||||||||| ||| |||||    
T  48966 agattcatgtcgaatagaaggtaatattcccatagaaatcggaaacatgagcaacatgctaattttttctataaatgataataatataaaaggaccaata 49065  T
Q  178 cctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatt 277  Q
    ||||| ||  | ||| | ||| | || |||||    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| ||||  | | ||    
T  49066 cctggtaccatcaaaaagttaaaaaatcttcaaatgttggatcttggcaacaatggactacaaggatcatttattgaagagttttgtgaaatgaagagtt 49165  T
Q  278 tggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatga 343  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  49166 tgggtgagttgtatctagaaaataataagctctctggtggtttaccaacatgtttgggaaatatga 49231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 10325578 - 10325237
Alignment:
Q  4 gacttatcaggaaatcatttactatccaatcttcctaagtcaatcggaaacataactttaatgtactttttggcagattcatgtggaattgatggtaata 103  Q
    ||||||||| | |||||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||| ||||   |   | ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  10325578 gacttatcaaggaatcatatactaccaaatcttcctaaatcaattggaaacctaacagcagaattcttctgggcagcatcatgtggaattgatggtaata 10325479  T
Q  104 ttcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataa 203  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||| |   || ||||||||||| |||| |||||||| | ||||| ||||  || || ||    
T  10325478 ttcccctagaagttggaaacatgagcaacttgctacgtttttctctttctgtgaataatataactggaccaatacctagtacattcaaagggttgcagaa 10325379  T
Q  204 acttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaat 303  Q
    ||||||    ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| || | ||  ||||| ||||  | | ||||| ||| |||||| | ||||  |||    
T  10325378 acttcaaattttgaatcttagcagcaatggactacaaggatcatttattgaagaattttgtgaaatgaagagtttgggtgacttgtatcttgaaaagaat 10325279  T
Q  304 aagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10325278 aagctctctggagttttaccaacatgtatgggaaatatgact 10325237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 164 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 14413632 - 14413451
Alignment:
Q  164 taaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttg 263  Q
    ||||||||||||| |||||  || ||||||  ||||||||||||||    || || ||| |  ||||| |||||||||||||  |  || | ||||||||    
T  14413632 taaatggatcaatccctggttcaattaaagggttacataaacttcaatctttagaacttggttacaatagactacaaggatccatgattgatgagctttg 14413533  T
Q  264 tcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    | ||||| | | ||||  |||||| ||||||  ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14413532 tgaaattaagagtttgagtgagttatatttaataagcaataagctttttggagtgttaccaacatgtttgggaaatatgact 14413451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 68 - 345
Target Start/End: Original strand, 5100563 - 5100840
Alignment:
Q  68 actttttggcagattcatgtggaattgatggtaatattcctctagaggttggaaacatgagtaacttgctatctttttctgtgaatgggaataatataaa 167  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||| || |||||| |    || ||| |||   | |||| | ||||    
T  5100563 actttttggcagattcttgtggaattaatggaaatattcctgtagaaatcggaaacataagcaacttgattcaattatctctgagaagcaatagtttaaa 5100662  T
Q  168 tggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttgtcaa 267  Q
    |||| |||| ||| | ||| ||||||  ||||||||||||||    ||| ||||| |  ||||||| || ||||||||  |  || | ||||||||| ||    
T  5100663 tggagcaatccctagtacaattaaagggttacataaacttcaatctttgaatcttggctacaatgggctgcaaggatccatgattgatgagctttgtgaa 5100762  T
Q  268 attgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    |||   | ||||  |||||||  |||   ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5100763 attaggagtttgagtgagttgggtttgacaagcaataagctttttggagtgttaccaacatgtttgggaaatatgact 5100840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 164 - 345
Target Start/End: Original strand, 5118218 - 5118399
Alignment:
Q  164 taaatggatcaatacctggcacatttaaagatttacataaacttcagggattggatcttagaaacaatggactacaaggatcatttgttaaggagctttg 263  Q
    ||||||||||||| |||||   | ||||||  ||||||||||||||    || |||||| |  |||||||||| ||||||||  |  || | ||||||||    
T  5118218 taaatggatcaatccctggtgtaattaaagggttacataaacttcaatatttagatcttggttacaatggactgcaaggatccatgattgatgagctttg 5118317  T
Q  264 tcaaattgacaatttggatgagttgtatttagaaagtaataagctttttggtgttttaccaacatgtttgggaaacatgact 345  Q
    | ||||| | | ||||  ||  |||||||||  ||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5118318 tgaaattaagagtttgagtgtattgtatttatcaagcaataagctttctggagtgttaccaacatgtttgggaaatatgact 5118399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University