View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16392_high_1 (Length: 781)

Name: NF16392_high_1
Description: NF16392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16392_high_1
NF16392_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-771)||(54430408-54431155)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 771
Target Start/End: Original strand, 54430408 - 54431155
Alignment:
Q  16 caatctcgagataactcgccccatttggactctttttcttccaatttcttttgnnnnnnnnn--atatgaacttccatttccttttgtcaaacataatgg 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430408 caatctcgagataactcgccccatttggactctttttcttccaatttcttttgtttttttttttatatgaacttccatttccttttgtcaaacataatgg 54430507  T
Q  114 atatggatggatatggatgcgagtaatttccaaactatctctttacttagaactgccatagtatagtatcaactaataatgatatgagtaattgttgtat 213  Q
              ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54430508 ----------atatggatgtgagtaatttccaaactatctctttacttagaactgccatagtatagtatcaactaataatgatatgagtaattgctgtat 54430597  T
Q  214 cttagctagtatgccctctcaagagcaagtcaccatttgtgaccttgatcttggatgtgagttcatgattttcgcagcagtaagcagtttggtgagtata 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430598 cttagctagtatgccctctcaagagcaagtcaccatttgtgaccttgatcttggatgtgagttcatgattttcgcagcagtaagcagtttggtgagtata 54430697  T
Q  314 tatgcaagttggtctgttatgcatacatgtgaattcattttggattcctccatttacccaccattcatttagagttatactcctataaggaatatatttg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430698 tatgcaagttggtctgttatgcatacatatgaattcattttggattcctccatttactcaccattcatttagagttatactcctataaggaatatatttg 54430797  T
Q  414 tcttttaatcgtttttataaatttctctctacttatttttctattcatccaaacaatacaaactaatggaattcactttaattagcacttctcactaatg 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430798 tcttttaatcgtttttataaatttctctctacttatttttctattcatccaaacaatacaaactaaaggaattcactttaattagcacttctcactaatg 54430897  T
Q  514 gagttcatcaatcttctaattgtgtctatctctctcataaatgaacaataatctagatgtggggtaaatgaatggaatctcaactcaagaaacacacaat 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430898 gagttcatcaatcttctaattgtgtctatctctctcataaatgaacaatagtctagatgtggggtaaatgaatggaatctcaactcaagaaacacacaat 54430997  T
Q  614 tgattatcttgaacttgttactaaacaaatgttaatccactagtccatatttgctccatttagtcctgttcacttcatatatgcaaaacattgaggacaa 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54430998 tgattatcttgaacttgttactaaacaaatgttaatccactagtccatatttgctccatttagtcctgttcacttcatatatgcaaaacattgaggacaa 54431097  T
Q  714 tccatatacacttcttctcaaaaaatggaggacaatccatatacacttattcttctca 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54431098 tccatatacacttcttctcaaaaaatggaggacaatccatatacacttattcttctca 54431155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University