View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16398_low_3 (Length: 422)

Name: NF16398_low_3
Description: NF16398
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16398_low_3
NF16398_low_3
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-405)||(4711253-4711657)
chr7 (5-405)||(4845185-4845597)
chr7 (2-394)||(4864446-4864850)
chr7 (1-402)||(4783001-4783417)
chr7 (2-405)||(4637367-4637779)
chr7 (1-402)||(4654009-4654422)
chr7 (1-402)||(4815430-4815846)
chr7 (18-405)||(4696364-4696775)
chr7 (18-396)||(4673222-4673615)
chr7 (1-394)||(4644216-4644618)
chr7 (19-307)||(4663310-4663604)
chr7 (332-394)||(4631451-4631513)
chr7 (197-315)||(4667550-4667668)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 405
Target Start/End: Original strand, 4711253 - 4711657
Alignment:
Q  1 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711253 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 4711352  T
Q  101 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4711353 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaacacccct 4711452  T
Q  201 gtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711453 gtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctta 4711552  T
Q  301 aaaacttcagcccttattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711553 aaaacttcagcccttattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaaacaa 4711652  T
Q  401 cataa 405  Q
    |||||    
T  4711653 cataa 4711657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 5 - 405
Target Start/End: Original strand, 4845185 - 4845597
Alignment:
Q  5 tgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatca 104  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||     
T  4845185 tgccttagataaacgaatttggattggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaatccatcttttaaatcatct 4845284  T
Q  105 cctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgttt 204  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||    
T  4845285 cctaattccctttccaatatccaaattccattcacaaccgcgcatatctctttctcaaatttcacatactcattttctagcattcctagttcccctgttt 4845384  T
Q  205 ttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaa 304  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845385 ttattcgccttcatttttacccaacttcataccagaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcgaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaa 4845484  T
Q  305 cttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcatt 392  Q
    |||||||||||            || | |||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  4845485 cttcagcccttcactttggcttcatgacgaggtggaaaaaattaccaaagaatattgcattcagatcaaaccaaatgggaagctaaacataactttcttt 4845584  T
Q  393 ccaaacaacataa 405  Q
    || ||||||||||    
T  4845585 ccgaacaacataa 4845597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 4864850 - 4864446
Alignment:
Q  2 tactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatca 101  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4864850 tactaccttagataaacgaatttgggttggtgataatattgataacaaaaatctctttactttcattgaacaaaaaaccacaaacccatctcttaaaaca 4864751  T
Q  102 tcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctg 201  Q
    ||||||| ||||  ||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||   | ||||    
T  4864750 tcacctagttccgcttcaaacatcgaaattccatacacaaccgcgcgtatctctctctcaagtttcacatattcattttctaccatcactagttcgcctg 4864651  T
Q  202 tttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaa 301  Q
    ||||| || | ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || || ||  |||| || ||  |||||||||||||  |||||||||||||    
T  4864650 tttttgttcgtcttcatttttacccaacatcttatcaaaactttgaaccttcgaaagcatttttttcagttgaagtaaacaacaaaattacccttcttaa 4864551  T
Q  302 aaacttcagccctt--------att-atgagaa---ggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttc 389  Q
    |||||||| |||||        ||| ||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4864550 aaacttcaacccttcactttggattcatgaagatggggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaatcaaatgagaagctaaacataactttc 4864451  T
Q  390 attcc 394  Q
    |||||    
T  4864450 attcc 4864446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 4783001 - 4783417
Alignment:
Q  1 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 100  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  4783001 ctactgcctttgatggacgaatttgggttgttgataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaac 4783100  T
Q  101 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttct---agcataactaacacc 197  Q
    |  |||||||||||| || |||||| | |||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||| ||    
T  4783101 aaaacctaattccctctcaaatatccaaattccattcacaaccgtacgtgcctctctctcaaatttcacatactcattttctaacatcatcactaactcc 4783200  T
Q  198 cctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttc 297  Q
     || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||  |||||||||    
T  4783201 actatttttcttcgccttcatttttacccaacttcatatcaaaattttgaaacctcttatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaacattacccttc 4783300  T
Q  298 ttaaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataac 385  Q
    |||||||||||| |||||            || ||||  || |  | |||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4783301 ttaaaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaatcatatcgtcaaagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataac 4783400  T
Q  386 tttcattccaaacaaca 402  Q
    ||||||||| |||||||    
T  4783401 tttcattcccaacaaca 4783417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 4637779 - 4637367
Alignment:
Q  2 tactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatca 101  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |    
T  4637779 tactgccttagataaacgaatttgggttggtgataatattaataacaaaaatctctttactttcattgaaccaaaaaccacaaacccatcttttaatgta 4637680  T
Q  102 tcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctg 201  Q
      | |||||||||| || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||    
T  4637679 caagctaattccctctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgtttctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaattccactg 4637580  T
Q  202 tttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaa 301  Q
    ||||| || | |||||||||||||| || || || ||||||||||| || |||| |||  |||||||||||||||| ||| ||   ||||||||||||||    
T  4637579 tttttcttcgtcttcatttttaccctacatcttatcaaaactttgaaccttccagtgcaattttctctgtcaaagtgaacgac---cttacccttcttaa 4637483  T
Q  302 aaacttcagccct------------tattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttc 389  Q
    |||||||| ||||            |||| |||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  4637482 aaacttcaaccctttgctttggctctattttgatgacgaaaaaatcaccaaagaatattgcatacaaatcaaaccaaatgaaaagttaaacataactttc 4637383  T
Q  390 attccaaacaacataa 405  Q
    ||||| |||| |||||    
T  4637382 attcctaacagcataa 4637367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 4654422 - 4654009
Alignment:
Q  1 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 100  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  4654422 ctactaccttagataaacgaatttggattggtgagaatattgataacaaaaatatctttactttcattgaaccaaaaaccacgaacccatctcttacaac 4654323  T
Q  101 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccct 200  Q
    | ||| || |||||| || ||||   | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |||||    
T  4654322 accacgtagttccctctcaaatactcaaattccattcacaaccgcacgtatctctctctcatatttcacatactcattttctaacatcactacttcccct 4654223  T
Q  201 gtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctta 300  Q
    |||||||   |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4654222 gtttttaaccgccttcatttttaccctacttcgtatcaaaaatttgaaccctcaaatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaaacttacacttctta 4654123  T
Q  301 aaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataacttt 388  Q
    |||||||||  ||||            || ||||   ||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||||||||| |||||||||    
T  4654122 aaaacttcaatccttcactttggattcatgatgatggggaaacaatcaccaaagaatattgcatccaagtccaaccgaataagaagctaaacataacttt 4654023  T
Q  389 cattccaaacaaca 402  Q
    |||||| |||||||    
T  4654022 cattcccaacaaca 4654009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 4815430 - 4815846
Alignment:
Q  1 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 100  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |    
T  4815430 ctactgcctttgatggacgaatttgggttgttgataacattgataactctaatctcttttccttcattgaaccaaaaaatacaaacccatctcttaaaac 4815529  T
Q  101 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttct---agcataactaacacc 197  Q
    |  |||||||||||| || |||| | | |||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||| |||||| ||    
T  4815530 aaaacctaattccctctcaaatacccaaattccattcacaaccggacgtgcctctctctcaaatttcacatactcattttctaacatcatcactaactcc 4815629  T
Q  198 cctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttc 297  Q
     || ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||  |||| |||||||||||  |||||||||||||  |||||||||    
T  4815630 actatttttcttcgccttcatttttacccaacttcatatcaaaattttgaaacctcttatgcacttttctctgttgaagtaaacaacaacattacccttc 4815729  T
Q  298 ttaaaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataac 385  Q
    |||||||||||| |||||            || ||||  || |  | |||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4815730 ttaaaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaatcatatcgtcaaagaatattccatccaaatcaaaccaaacgagaagctaaacataac 4815829  T
Q  386 tttcattccaaacaaca 402  Q
    ||||||||| |||||||    
T  4815830 tttcattcccaacaaca 4815846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Original strand, 4696364 - 4696775
Alignment:
Q  18 cgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattcccttt 117  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  | |||||||  |||| |    
T  4696364 cgaatatgggttggtgataataatgataacacaaaactcttttccttcaatgaaccaaaaaccacaaacacatctcttacaataccacctaacaccctct 4696463  T
Q  118 ccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagccttca 217  Q
    | |||||| | |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   ||||||||||| || |||||||    
T  4696464 caaatatccaaattccattcacaaccgcacgtgtctctctctcaaatttcacatactcttttcctagcatcactacttcccctgtttttcttcgccttca 4696563  T
Q  218 tttttacccaacttcataccaaaactttga----------tccc--tccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaac 305  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||          ||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4696564 tttttacccgacttcgtaccgaaactttgaaccttctaattccctttcaaatgcacttttctctgttaaagtaaacaacaacgttacccttcttaaaaac 4696663  T
Q  306 ttcagccct------------tattatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattc 393  Q
    |||| ||||            ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  4696664 ttcaacccttctctttggttctatcatgatgacgaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaaccaaaccaaatgagaagttaaacataactttcattc 4696763  T
Q  394 caaacaacataa 405  Q
    | | ||||||||    
T  4696764 ccagcaacataa 4696775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4673615 - 4673222
Alignment:
Q  18 cgaatttgggttggtgataata---ttgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacctaattccc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||  |||||||||||    
T  4673615 cgaatgtgggttggtgataataatattaataacacaaatctctttactttcattgaaccaaaaaccacatacccatctcttacaacacaacctaattccc 4673516  T
Q  115 tttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagcct 214  Q
    | || |||||| |  |||||  ||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| || ||||    
T  4673515 tctcaaatatccaagttccatacacacacgcacgtgtttctctctcaaatttcacatactcattttctagcatcactaattccactgtttttcttcgcct 4673416  T
Q  215 tcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaacttcagccct 314  Q
    |||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  4673415 tcatttttacccaaatttatctaaaagctttgatccctccaatgcaattttctctatcaaagttaacaacaatattacccttcttaaaaacttcaaccct 4673316  T
Q  315 t------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattccaa 396  Q
    |            || || |  |||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  4673315 ttcctttggattcatgattatgaggaaacaatcaccaaagaattttgtatccaaatcaagcccaatgagaagctaaacataaatttcattccaa 4673222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 4644618 - 4644216
Alignment:
Q  1 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |    
T  4644618 ctactgccttagatagtcgaatttgggttggtgataataatgataacacaaaactctttactttcattgaaccaaaaaccactaatccatctcctaaaac 4644519  T
Q  101 atcacctaattccctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccct 200  Q
    ||||| ||| ||||   | ||| ||    |||||  ||||  ||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||    |||||    
T  4644518 atcacttaaatccc---caaatttcacagttccatacacacacgcacgtgtctctttctcaaattttacatactcattttctagcatcactgtttcccct 4644422  T
Q  201 gtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttctta 300  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||  | || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  4644421 gtttttcttcgcctttatttttaccctgcatcgtatcaaaattttgaaccctcaaatgcacttttctctgtcaaagtaaacaacaatctcacccttcttc 4644322  T
Q  301 aaaacttcagccctt------------attatgagaaggaaaaaatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataacttt 388  Q
    ||||||||| |||||            || ||||  || | || |||| |||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4644321 aaaacttcaacccttcactttggcttcatcatgatgagaataatatcatcaaagagtattgcatccaaattaaaacaaatgagaagctaaacataacttt 4644222  T
Q  389 cattcc 394  Q
    ||||||    
T  4644221 cattcc 4644216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 4663604 - 4663310
Alignment:
Q  19 gaatttgggttggtgataatattgataactcaaatctctttaccttcattgaaccaaaaaccacaaacccatctcttaaatcatcacc------taattc 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||| | ||| |||| |||||||| | ||| |||||||||||||  ||||       | |||     
T  4663604 gaatttgggttggtgataataatgataacacagaactcttttctttccttgagccaaaaacaaaaaatccatctcttaaattgtcactaccccatgatta 4663505  T
Q  113 cctttccaatatcgatattccactcacaaccgcgcgtatctctctctcaaatttcacatactcattttctagcataactaacacccctgtttttattagc 212  Q
    |||||| ||||||   |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||  |||    |||||||||| || ||    
T  4663504 cctttcaaatatcccaattccactcaaaaccgcacgtatctcgctctcaaatttcacatactcatttcctaccatccctagttgccctgtttttcttcgc 4663405  T
Q  213 cttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttacccttcttaaaaactt 307  Q
    |||||||||||| |||| || ||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4663404 cttcatttttactcaacatcttataaaaactttgaaccctccaatgcacttttctctgtcaaactaaacgacaatcttacccttcttaaaaactt 4663310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 332 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 4631513 - 4631451
Alignment:
Q  332 aatcaccaaagaatattgcattcaaatcaaaccaaatgagaagctaagcataactttcattcc 394  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4631513 aatcaccaaagaatattgcatacaaattgctccaaatgagaagctaaacataactttcattcc 4631451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 197 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 4667668 - 4667550
Alignment:
Q  197 ccctgtttttattagccttcatttttacccaacttcataccaaaactttgatccctccaatgctcttttctctgtcaaagtaaacaacaatcttaccctt 296  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||| ||||| ||| | |||||||||   | ||| |||||||||    
T  4667668 ccctgtttttcttcgcctccatttttacccaacatcgtatcaaaactttgaaacctccaacgctctcttcacagtcaaagtaggaaccaaccttaccctt 4667569  T
Q  297 cttaaaaacttcagccctt 315  Q
    || ||| |||| |||||||    
T  4667568 ctcaaagactttagccctt 4667550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University