View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16399_high_1 (Length: 933)

Name: NF16399_high_1
Description: NF16399
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16399_high_1
NF16399_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-922)||(37136037-37136961)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 850; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 850; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 37136961 - 37136037
Alignment:
Q  1 tccactattttttccatcatgtgataatggtgcaacttcatagtaatcattaaccatgcttgaatttcccataaaattaccatcaactccactagcataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37136961 tccactattttttccatcatgtgataatggtgcaacttcatagtaatcattaaccatgcttgaatttcccataaaattaccatcaacgccactagcataa 37136862  T
Q  101 gatgaagcaggagtttcagaatcatacagagatcctgcattgaatccatgatgttcaaagctcaaattttcagagtattggtaatcatgtgaatcacttg 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136861 gatgaagcaggagttttagaatcatacagagatcctgcattgaatccatgatgttcaaagctcaaattttcagagtattggtaatcatgtgaatcacttg 37136762  T
Q  201 gaggagtaaaattctggttgaaaagatttgatga---agatggataaggtgaaagtgaaggtgatttttgcaaagcaagagtttcattaatctcaatgtt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136761 gaggagtaaaattctggttgaaaagatttgatgatgaagatggataaggtgaaagtgaaggtgatttttgcaaagcaagagtttcattaatctcaatgtt 37136662  T
Q  298 ttcatcattggaaaagttgaattgtggacatggattggtgttgtgattattagcagaaccagagttgttctctagaagattataatcataatggtttgga 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136661 ttcatcattggaaaagttgaattgtggacatggattggtgttgtgattgttagcagaaccagagttgttctctagaagattataatcataatggtttgga 37136562  T
Q  398 tcatcaatcttcttagggtaacaagaagataagagtaaagaaaatgataatgatgaagaagataaaggttgatgttgtagttgcaatagtttatcattgt 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136561 tcatcaatcttcttagggtaacaagaagataagagtaaagaaaatgataatgatgaagaagataaaggttgatgttgtagttgcaatagtttatcattgt 37136462  T
Q  498 atgcaatagcttctgcttggatttctggaggataaagaggtaagccggctctttgacaccttttcattcttgtgttccaaaagtttttgatttcgttatc 597  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136461 atgcaatagcttctgcttggatttctggaggataaagaggtaagccggctctttgacgccttttcattcttgtgttccaaaagtttttgatttcgttatc 37136362  T
Q  598 tgttcttccgggcaactgaaaaaataacaaaacattttcaggtgctcggaaaaagannnnnnnataaacaaatgttaatagttaatttgtgtgcagtaaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37136361 tgttcttccgggcaactgaaaaaacaacaaaacattttcaggtgctcggagaaagatttttttataaacaaatgttaatagttaatttgtttgcagtaaa 37136262  T
Q  698 gatcgaattgaactcttaatactttatcgagaaacaataaacaagttctaccaagcaaacttctcaacaaataatttgtatcaagcaaagtacacaaaag 797  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136261 gatcgaattgaactcttaatactttaccgagaaacaataaacaagttctaccaagcaaacttctcaacaaataatttgtatcaagcaaagtacacaaaag 37136162  T
Q  798 acataaagatgagtattttagccttaaatgagagcttttagaaagtagggcacatatttgaaagaaagaaacaaaaatggcaatttgatattcagacaat 897  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37136161 acataaagatgagtattttaaccttaaatgagagcttttagaaagtagggcacatatttgaaagaaacaaacaaaaatggcaatttgatattcagacaat 37136062  T
Q  898 gattgaggtcagcttcttgatgatg 922  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37136061 gattgaggtcagcttcttgatgatg 37136037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University