View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1639_low_1 (Length: 893)

Name: NF1639_low_1
Description: NF1639
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1639_low_1
NF1639_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-880)||(26380323-26381193)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 812; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 812; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 880
Target Start/End: Complemental strand, 26381193 - 26380323
Alignment:
Q  7 acatcatcatcatcaaatacaaaactcctactactattttcacttctactaggcaaatgagaaacttgaggaatcactgcctcttgtgagtgtgaaactg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26381193 acatcatcatcatcaaatacaaaactcctactactattttcacttctactaggcaaatgagaaacttgaggaatcaccgcctcttgtgagtgtgaaactg 26381094  T
Q  107 aaaactttctaccaccaccaccaacaccactaccagccaacaatgaattattgcactcatttttcatgtcattctcttgaaagataaaactattatcaca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26381093 aaaactttctaccaccaccaccaacaccactaccagccaacaatgaattattgcactcatttttcatgtcattctcttgaaagataaaactattatcaca 26380994  T
Q  207 tttaaaagccactggttcctcaataggtctagtaggataaagagattgaggaagctgttgaagtcccctattggaaggaaaataaagtggtgttgaagga 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26380993 tttaaaagccactggttcctcaataggtctagtaggataaagagattgaggaagctgttgaagtcccctattagaaggaaaataaagtggtgttgaagga 26380894  T
Q  307 acattgtttacatttggagtagtagtgtacatgataggatttgttgtaacatcccatgatcctaaatcattctccattccaaaagaagaccctcttggtg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26380893 acattgtttacatttggagtagtagtgtacatgataggatttgttgtaacatcccatgatcctaaatcattctccattccaaaagaagaccctcttggtg 26380794  T
Q  407 aaggatacacaacatgttgttcataagggttataaggcgaagaagaagacgggttttgcagctgaaccggaacaactctacctctacctctaccataaca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26380793 aaggatacacaacatgttgttcataagggttataaggcgaagaaaaagacgggttttgcagctgaaccggaacaactctacctctacctctaccataaca 26380694  T
Q  507 aactccatgaccataaggagcattgtttccaagatcaatagaagaacccatttgagatattccagtaaaggtgtgacctttttgcataccccacttgata 606  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26380693 aactccattaccataaggaacattgtttccaagatcaatagaagaacccatttgagatattccagtaaaggtgtgacctttttgcataccccacttgata 26380594  T
Q  607 ttttcagaaactaaaccttgtggattttgtgaaaccccaaaagttgaggcttttggactaccaccac---cacccatgttttggtaacgtgggtgtgtta 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26380593 ttttcagaaactaaaccttgtggattttgtgaaaccccaaaagttgaggcttttggactaccaccaccaccacccatgttttggtaacgtgggtgtgtta 26380494  T
Q  704 ctgttactgtttcatcatcaacaacgttgttattgttgttgttgtatgcatgagattcccaaaaacgaggcatgttagtgaatgattcaacaagattgtt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26380493 ctgttactgtttcatcatcaacaacgttgtta------ttgttgtatgcatgagattcccaaaaacaaggcatgttagtgaatggttcaacaagattgtt 26380400  T
Q  804 attactattattacctctgattctggacatgttgttaacaacgttgctaggttgagaatgttgttgatgatgatctt 880  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26380399 attactattattacctctgattctggacatgttgttaacaacgttgctaggttgagaatgttgttgatgatgatctt 26380323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University