View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1640-INSERTION-4 (Length: 757)

Name: NF1640-INSERTION-4
Description: NF1640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1640-INSERTION-4
NF1640-INSERTION-4
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (7-757)||(47814381-47815130)
chr3 (7-756)||(47378835-47379598)
chr3 (112-417)||(45110646-45110951)
chr3 (366-419)||(47371913-47371966)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (36-599)||(40241956-40242513)
chr8 (682-756)||(40242621-40242694)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (220-599)||(34056761-34057136)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 757
Target Start/End: Original strand, 47814381 - 47815130
Alignment:
Q  7 actctttggattctatgttgagatacaaacaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagtaaggggtggtagaggtagcagatg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814381 actctttggattctatgttgagatacaaacaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagtaaggggtggtagaggtagcagatg 47814480  T
Q  107 tgtaactagagccatatttcatcatttctcggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcgga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814481 tgtaactagagccatatttcatcatttctcggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcgga 47814580  T
Q  207 acagaacaaattttgttgggtattattcgcgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814581 acagaacaaattttgttgggtattattcgcgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaag 47814680  T
Q  307 tcgaaaagataattggaaggggtagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccacgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814681 tcgaaaagataattggaaggggtagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcg 47814780  T
Q  407 ccaacttggtaaacgatagcatacctttatatgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttatgaaaattgtgttcatgacttatttattattt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814781 ccaacttggtaaacgatagcatatctttatatgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttatgaaaattgtgttcatgacttatttattattt 47814880  T
Q  507 atatgatttattccaaacatgccttgattgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaattgaattgt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814881 atatgatttattccaaacatgccttgattgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaattgaattgt 47814980  T
Q  607 tggtagtttatttttgacccgtctttccgctctttcttttattttgagtgtgattaaaattttgtattcctttacgcttgctgaaattttgccttacatt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47814981 tggtagtttatttttgacccgtctttccgctctttcttttattttgagtgtgattaaaattttgtattcctttacgcttgctgaaattttgccttacatt 47815080  T
Q  707 ttgggaatttctaggtcacaattatattggaactgagaacctgcttttgga 757  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47815081 tt-ggaatttctaggtcacaattatattggaactgagaacctgcttttgga 47815130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 756
Target Start/End: Original strand, 47378835 - 47379598
Alignment:
Q  7 actctttggattctatgttgagatacaaacaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagtaaggggtggtagaggtagcagatg 106  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47378835 actctttggattctatgtttagacccagacaagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagcaaggggtggtagaggtagcagatg 47378934  T
Q  107 tgtaactagagccatatttcatcatttctcggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcgga 206  Q
    ||||||||||||||| ||| | | |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  47378935 tgtaactagagccatgtttgagcgtttcacggagaaagcaatcaaagttattatgctggctcaagaggaagctaggcggcttggtcacaattttgtcgga 47379034  T
Q  207 acagaacaaattttgttgggtattattcgcgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaag 306  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47379035 acagaacaaattttgttgggtcttattggtgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaag 47379134  T
Q  307 tcgaaaagataattggaaggggtagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccacgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcg 406  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47379135 ttgaaaagataattggaaggggtagcggttttgttgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcg 47379234  T
Q  407 ccaacttggtaaacgatagcatacctttatatgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgttta--tgaaaattgtgttcatgacttatttattat 504  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    || ||||    
T  47379235 ccaacttggtaagtgatagcatacctttatatgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttacgagaaaattgtgttcatgac----ttgttat 47379330  T
Q  505 ttatatgatttattccaaacatgccttgattgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaatt----- 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |         
T  47379331 ttatatgatttattccaaacatgccttgattgttgctttgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaactgagtttaaaattatct 47379430  T
Q  600 --gaattgttggtagttta-tttttgacccg---------tctttccgctctttcttttattttgagtgtgattaaaattttgtattcctttacgcttgc 687  Q
      || |||||| ||||||| |||||||||||          ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||  |||||| ||||    
T  47379431 acgagttgttgttagtttattttttgacccgcctttcagcgctttctgctctttcttttatttggagtgtggttaaatatttgtatttgtttacgtttgc 47379530  T
Q  688 tgaaattttgccttacattttgggaatttctaggtcacaattatattggaactgagaacctgcttttgg 756  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  47379531 tgaaattttggcttacatttt-ggaatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacctgcttttgg 47379598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 112 - 417
Target Start/End: Original strand, 45110646 - 45110951
Alignment:
Q  112 ctagagccatatttcatcatttctcggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcggaacaga 211  Q
    |||||||||| ||| | | |||| | |||||| || ||||||| || ||| | |||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  45110646 ctagagccatgtttgagcgtttcacagagaaagcaatcaaagtgataatgttagctcaagaggaagcaaggcgtcttggtcacaattttgttggaacaga 45110745  T
Q  212 acaaattttgttgggtattattcgcgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaagtcgaa 311  Q
     || ||| |  ||||| ||||| | |||||||||||||| |  || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  | || |||||||| ||     
T  45110746 gcagattctactgggtcttattggtgaaggcactggtatcgccgccaaggttttaaagtctatgggaatcaaccttaaagatgcacgggtggaagtagag 45110845  T
Q  312 aagataattggaaggggtagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccacgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaac 411  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || |||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  45110846 aagataattggaaggggtagtggatttgttgctgttgagattccgtttactcctcgtgcaaagcgtgtattggaactttcactcgaggaagctcgccaac 45110945  T
Q  412 ttggta 417  Q
    ||||||    
T  45110946 ttggta 45110951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 419
Target Start/End: Original strand, 47371913 - 47371966
Alignment:
Q  366 cgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaacttggtaaa 419  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  47371913 cgtgccaagagagttttgaaattttcattgaaggaagctcaccaacttggtaaa 47371966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 36 - 599
Target Start/End: Original strand, 40241956 - 40242513
Alignment:
Q  36 caagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatagagtaaggggtggtagaggtagcagatgtgtaactagagccatatttcatcatttct 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||| | | |||      
T  40241956 caagattttcattctaaggtgctcactcagattggtactaatcgagctaagggtggtagaggtagtagatgtgttactaaagccatgtttgagcgtttta 40242055  T
Q  136 cggagaaaccagtcaaagttattatgctggctcaagatgaagctaggcggctgggacacaattttgtcggaacagaacaaattttgttgggtattattcg 235  Q
    |||||||| |  |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||| ||||| |    
T  40242056 cggagaaagctatcaaagttattatgttggctcaggaggaagcaaggcggctgggacacaattttgttggaactgaacagattctattgggtcttattgg 40242155  T
Q  236 cgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaagtcgaaaagataattggaaggggtagtggt 335  Q
     ||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||  | || || || || || ||||||||||||||||| ||||||    
T  40242156 tgaaggaactggtattgcggctaaggttttgaagtctatggggattaacctaaaagatgcacgtgtcgaggtagagaagataattggaaggggcagtggt 40242255  T
Q  336 tttgtcgctgttgagattccgtttactccacgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaacttggtaaacgatagcataccttta 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  40242256 tttgtcgctgttgagattccgtttactccgcgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgtcaacttggtaaacaatagcatactttta 40242355  T
Q  436 t-atgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttatgaaaattgtgttcatgacttatttattatttatatgatttattccaaacatgccttgat 534  Q
    | |||||||||| |||||| ||||||||||   |||||||  |||| |||||||| |||    ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  40242356 taatgtcgttttgcatatctaatcaattat--cttgttta-caaaaatgtgttcacgac----ttattatttgtatgatatattccaaacatgacttgat 40242448  T
Q  535 tgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaatt 599  Q
    | ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  40242449 ttttgctttgagtgatctgttggttcaccaatttgaattaaattcattcaaagtaagttgaaatt 40242513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 682 - 756
Target Start/End: Original strand, 40242621 - 40242694
Alignment:
Q  682 gcttgctgaaattttgccttacattttgggaatttctaggtcacaattatattggaactgagaacctgcttttgg 756  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||    
T  40242621 gcttgctgaaagtttggcttacattttgg-aatttctaggtcacaattatatcggatctgagcacttgcttttgg 40242694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 220 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 34057136 - 34056761
Alignment:
Q  220 tgttgggtattattcgcgaaggcactggtattggtgctaaggttctaaagtctatgggaattaacctgaaagactctcgcgtggaagtcgaaaagataat 319  Q
    |||| ||| ||||| | ||||||||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | || |||||||| |||||||||||    
T  34057136 tgtttggtcttattggtgaaggcactagtatttctgttaaggttctaaagtgtatgggaattaacttgaaagatgcgcgtgtggaagtagaaaagataat 34057037  T
Q  320 tggaaggggtagtggttttgtcgctgttgagattccgtttactccacgtgccaagagagttttggaactctcattggaggaagctcgccaacttggtaaa 419  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  34057036 tggaaggggtggtggttttgtcgctgttgagattccgtttacttcttgtgtcaagagagttttgaaactctcattggaggaatctcgccaacttggtata 34056937  T
Q  420 cgatagcatacctttatatgtcgtttttcatatcaaatcaattatactttgtttatgaaaattgtgttcatgacttatttattatttatatgatttattc 519  Q
    ||||| |||| ||| || |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||    ||||||||| |||||||||||     
T  34056936 cgataacatagcttcatgtgtcattttgcatatcaaatcaattatactttgtttaccaaaattgtgttcataac----ttattatttgtatgatttattt 34056841  T
Q  520 caaacatgccttgattgttgctatgattgatctgatggttgaccaatttgaattaaatacattcaaagtgagtttaaatt 599  Q
    ||  |||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  34056840 catgcatgacttgattgttgctttgattgatacgatggttgagcaatatgaattaaatacattcaaaatgagtctaaatt 34056761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University