View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1640-INSERTION-8 (Length: 680)

Name: NF1640-INSERTION-8
Description: NF1640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1640-INSERTION-8
NF1640-INSERTION-8
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-680)||(55162078-55162751)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 55162751 - 55162078
Alignment:
Q  7 atctgattcatgtgctgcctcaaagaaatgaaatgtagcattgggtccaagcctttgttcgtagaaatcaaaatgaagcatttcgttactgatatcccaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162751 atctgattcatgtgctgcctcaaagaaatgaaatgtagcattgggtccaagcctttgttcgtagaaatcaaaatgaagcatttcgttactgatatcccaa 55162652  T
Q  107 tgtatgaattctgttttgtattggttcatgagactttgaattcgtgaattcacagcagatcttaactgtgtacctgtaaggttaagaacccatgcaggat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162651 tgtatgaattctgttttgtattggttcatgagactttgaattcgtgaattcacagcagatcttaactgtgtacctgtaaggttaagaacccatgcaggat 55162552  T
Q  207 tgtatttagggtcttcccagaatatattgtgccctctagctatgattttgttggctctaacaaattgcatcatttgatctgaaattgtgtagttgactct 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  55162551 tgtatttagggtcttcccagaatatattgtgccctctagctatgattttgttggctctaacaaattgcatcatttggtctgaaattgtgtagttgacgct 55162452  T
Q  307 gccttcatgaggctctgtggcataccatttaagctcgttttcaaacactgcagcattgaaccgtttcaaaaaccaattctgatatggtatgttgccaaga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162451 gccttcatgaggctctgtggcataccatttaagctcgttttcaaacactgcagcattgaaccgtttcaaaaaccaattctgatatggtatgttgccaaga 55162352  T
Q  407 atggtctttgatatcgcagagccaataggaaagtcttttgatatttgctctacaaacacagaagctccttgtaatttctttccattagggtctgatacat 506  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55162351 atggtctttgctatcgcagagccaataggaaagtcttttgatatttgctctacaaacacagaagctccttgtaatttccttccattagggtctgatacat 55162252  T
Q  507 gaacggtgacggcacgctttcttttctgtcaaatcagagagacaaaactataattagattcttctatatatcttttaatatataccttacctatgagaca 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||    
T  55162251 gaacggtgacggcacgctttcttttctgtcaaatcagagagacaaaactataattagattcttctatatatcttttaatatat-----acctatgagaca 55162157  T
Q  607 cc-----aaattgtttttaatttgaagtgtgagtgctgaagtgaagattagcttggactgactcacagtgttgatgata 680  Q
    ||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55162156 ccaaattaaattgtttttaatttgaagtgtgagtgctgaagtgaagattagcttggactgactcacagtgttgatgata 55162078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University