View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16401_low_3 (Length: 664)

Name: NF16401_low_3
Description: NF16401
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16401_low_3
NF16401_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-655)||(1134013-1134653)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 1134653 - 1134013
Alignment:
Q  17 agtttctactttgatatgtgtaactttgtttatataaatgatatatccatgcgtgagcataatcgacgcccgattattcaccttaaaatgtgaaatttag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1134653 agtttctactttgatatgtgtaactttgtttatataaatgatatatccatgcgtgagcataatcgacacccgattattcaccttaaaatgtaaaatttag 1134554  T
Q  117 tctaaactatttgacaaaaaataatgatatattaatacaaatttagaaatcaacacaatattattatattaaatttctattttttaattctctttcccaa 216  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1134553 tctagactatttgacaaaaaataatgatatattgatacaaatttagaaatcaacacaatattattatattaaatttctattttttaattctctttcccaa 1134454  T
Q  217 tcaaatcaatgtttataattgatgtattttatagctctatcttgtcttatctaatgttaataattagtgattagagatattccagttgttggagggttaa 316  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1134453 tcaaatcgatgtttataattgatatattttatagctctatcttgtcttatctaatgttaataattagtgattagagatattccagttgttggagggttaa 1134354  T
Q  317 tatgtttaagtaactttatgagaaaataataaattcggttgaagtatatctatgaagtgcatgaatttgacgaaatcacagtaacatctgattttgttgt 416  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  1134353 tatgtgtaagtaactttatgacaaaataataaatttggttgaagtatatctatgaagtgcatgaatttgacgaaatcacaataacatctgattttgttga 1134254  T
Q  417 aatcctaaattaataatattttagtgattaaccgtaattctaccaaaaagaaagcaagcatgaaacctgtggttttgtcatagagcttttgatctccaaa 516  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1134253 aattctaaattaataatattttagtgattaaccgtaattctaccaaaaagaaagcaagcatgaaacctgtggttttgtgatagagcttttgatctccaaa 1134154  T
Q  517 tcaaagaattaagattgaatagaatagag--nnnnnnnnnatgtgaatggaatttggtatatttaaagagtgaagcaaaggaacttgtgaaggccacgtc 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1134153 tcaaagaattaagattgaatagaatagagtttttttttttatgtgaatggaatttggtatatttaaagggtgaagcaaaggaacttgtgaaggccacgtc 1134054  T
Q  615 atcagggactttgtttagtgatgaagaaggcatgatgatgt 655  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1134053 atcagggactttgtttagtgatgaagaaggcatgatgatgt 1134013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University