View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16407_high_12 (Length: 274)

Name: NF16407_high_12
Description: NF16407
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16407_high_12
NF16407_high_12
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (4-258)||(29272693-29272947)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (1-258)||(3567-3824)
scaffold0277 (1-258)||(12530-12787)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (1-258)||(8557-8814)
[»] chr6 (55 HSPs)
chr6 (4-258)||(28787311-28787565)
chr6 (4-258)||(28793432-28793686)
chr6 (1-258)||(26647549-26647806)
chr6 (1-258)||(26753517-26753774)
chr6 (1-257)||(27603560-27603816)
chr6 (2-257)||(27609976-27610231)
chr6 (1-258)||(26803516-26803773)
chr6 (1-257)||(27717355-27717611)
chr6 (4-258)||(26824892-26825146)
chr6 (1-257)||(26624341-26624597)
chr6 (1-257)||(26730318-26730574)
chr6 (1-257)||(27336951-27337207)
chr6 (1-257)||(27397691-27397947)
chr6 (1-257)||(31285629-31285885)
chr6 (1-257)||(27680020-27680276)
chr6 (50-258)||(26885189-26885394)
chr6 (58-257)||(27705110-27705309)
chr6 (1-250)||(25492182-25492431)
chr6 (1-258)||(26657035-26657289)
chr6 (1-258)||(26763006-26763260)
chr6 (1-258)||(27426467-27426724)
chr6 (59-257)||(27697442-27697640)
chr6 (1-258)||(26862650-26862907)
chr6 (1-221)||(27591913-27592133)
chr6 (1-221)||(27676512-27676732)
chr6 (1-250)||(25484129-25484378)
chr6 (1-184)||(25580792-25580975)
chr6 (1-184)||(26143938-26144121)
chr6 (143-233)||(26636858-26636948)
chr6 (143-233)||(26742824-26742914)
chr6 (143-233)||(26849924-26850014)
chr6 (143-233)||(26960337-26960427)
chr6 (1-250)||(25511962-25512210)
chr6 (26-250)||(25539638-25539862)
chr6 (143-226)||(27664101-27664184)
chr6 (75-233)||(28326622-28326780)
chr6 (75-233)||(28504258-28504416)
chr6 (4-184)||(27530233-27530410)
chr6 (75-236)||(28186538-28186699)
chr6 (143-233)||(26950955-26951045)
chr6 (143-217)||(25075079-25075153)
chr6 (75-220)||(28296633-28296778)
chr6 (75-220)||(28515295-28515440)
chr6 (49-184)||(26057040-26057175)
chr6 (49-184)||(26077010-26077145)
chr6 (162-230)||(26812759-26812827)
chr6 (126-219)||(28140730-28140823)
chr6 (133-258)||(29827188-29827313)
chr6 (163-226)||(26978612-26978675)
chr6 (186-220)||(28182373-28182407)
chr6 (133-258)||(29842847-29842972)
chr6 (163-216)||(28240589-28240642)
chr6 (146-234)||(26938244-26938332)
chr6 (184-236)||(28228205-28228257)
chr6 (1-53)||(28782171-28782223)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-258)||(28126530-28126787)
chr1 (1-257)||(267196-267452)
chr1 (1-191)||(28163298-28163488)
chr1 (188-258)||(28132356-28132426)
chr1 (143-219)||(26137100-26137176)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (1-257)||(2395-2651)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (163-258)||(1-96)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (1-258)||(60639-60896)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (1-258)||(18074831-18075088)
chr4 (1-221)||(18654365-18654585)
chr4 (1-220)||(18678449-18678668)
chr4 (79-221)||(18722973-18723115)
chr4 (1-221)||(18698288-18698508)
chr4 (1-221)||(18730392-18730612)
chr4 (30-221)||(18688514-18688705)
chr4 (163-236)||(5089827-5089900)
chr4 (1-38)||(5090025-5090062)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (75-236)||(57171-57332)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (163-260)||(16692099-16692196)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (143-219)||(17992109-17992185)
[»] scaffold0038 (2 HSPs)
scaffold0038 (163-216)||(40751-40804)
scaffold0038 (184-236)||(28703-28755)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 4 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 29272947 - 29272693
Alignment:
Q  4 actcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtgg 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  29272947 actcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggctgtatgggacaaaagctcttgaattgttgaggtggatgg 29272848  T
Q  104 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29272847 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 29272748  T
Q  204 caacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29272747 caacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 29272693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 3824 - 3567
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||     
T  3824 accactcgagacaaacacttgctaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatgga 3725  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3724 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 3625  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3624 ttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 3567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 12787 - 12530
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||     
T  12787 accactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatgga 12688  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12687 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 12588  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12587 ttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 12530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 206; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 8557 - 8814
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||     
T  8557 accactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatgga 8656  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8657 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 8756  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8757 ttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 8814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 55)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 258
Target Start/End: Original strand, 28787311 - 28787565
Alignment:
Q  4 actcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtgg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  28787311 actcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatgg 28787410  T
Q  104 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28787411 cttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcttatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 28787510  T
Q  204 caacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28787511 caacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtactttagatggatatgaa 28787565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 258
Target Start/End: Original strand, 28793432 - 28793686
Alignment:
Q  4 actcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtgg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  28793432 actcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatgg 28793531  T
Q  104 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793532 cttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcgtatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 28793631  T
Q  204 caacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28793632 caacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtactttagatggatatgaa 28793686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26647549 - 26647806
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| |||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26647549 accacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 26647648  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647649 tggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtggg 26647748  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647749 ttccaacttatatggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 26647806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26753517 - 26753774
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| |||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26753517 accacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 26753616  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26753617 tggcgtttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtggg 26753716  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26753717 ttccaacttatatggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 26753774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27603816 - 27603560
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||  ||| |||| | | ||| | | |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||     
T  27603816 accactcgagacagacacttactaaccagtcatgatatagaaagaaagtatgcattagaagggttgtgtaggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27603717  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||||    
T  27603716 tggcttttaagaataacaaagtaccttcagtttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcccttagttttggaagtagtggg 27603617  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27603616 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacgttagaaggatatga 27603560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27610231 - 27609976
Alignment:
Q  2 ccactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27610231 ccactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcataaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggat 27610132  T
Q  102 ggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggt 201  Q
    ||||||||| | | |||| || ||||||  ||| |||||  ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27610131 ggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgctgttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtgggt 27610032  T
Q  202 tccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    || ||||||||||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||    
T  27610031 tctaacttgtttggaaagaacatagaggaatggaagtatacattagatgggtatga 27609976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26803516 - 26803773
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||||||||||| || || ||| ||||||  ||| |||| |   ||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26803516 accactcgagacaaacatttactgaccagtcatgatatagaaagaacatatgcagtagaggggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 26803615  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  26803616 tggcttttaaaaataacaaagtaccttcaagttatgaagacattttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggtcttcccttagttttagagatagtggg 26803715  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803716 ttccaacttgtttggaaagagcataaaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 26803773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27717611 - 27717355
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27717611 accactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27717512  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | |||| || ||||||  ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27717511 tggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtggg 27717412  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||| | ||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||    
T  27717411 ttctaacttatctggaaagaacatagaggaatggaagaatacattagatgggtatga 27717355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 4 - 258
Target Start/End: Original strand, 26824892 - 26825146
Alignment:
Q  4 actcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtgg 103  Q
    |||||||||||||| || || |||  ||||| |||| ||   ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  26824892 actcgagacaaacaattacttaccaatcatgagatagaattaatgtatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttaaggtggatgg 26824991  T
Q  104 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttc 203  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26824992 cttttaaaaataacaaagtaccgtcaagttatgaacacattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagtattagaaatagtgggttc 26825091  T
Q  204 caacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| |||||||||||||| ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  26825092 caatttgtttggaaagagcatacaaatatggaagggtgcattagatggatatgaa 26825146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 26624341 - 26624597
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||| |||||||| | |||| |  ||||||||||||||| |  |||| ||| |||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||     
T  26624341 accactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtgga 26624440  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26624441 tggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtggg 26624540  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  26624541 ttccaacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagtatacattagatgggtatga 26624597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 26730318 - 26730574
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||| |||||||| | |||| |  ||||||||||||||| |  |||| ||| |||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||     
T  26730318 accactcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtgga 26730417  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26730418 tggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtggg 26730517  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  26730518 ttccaacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagtatacattagatgggtatga 26730574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27337207 - 27336951
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| |||   |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  27337207 accacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtgga 27337108  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27337107 cggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcccttagttttagaaatagtggg 27337008  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||   ||||||||||| |||||    
T  27337007 ttctaacttgtttggaaagaacatagaagtatggaagaacacattagatgggtatga 27336951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27397947 - 27397691
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |   ||| |||   |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  27397947 accacccgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtgga 27397848  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27397847 cggcttttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcccttagttttagaaatagtggg 27397748  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||   ||||||||||| |||||    
T  27397747 ttctaacttgtttggaaagaacatagaagtatggaagaacacattagatgggtatga 27397691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 31285629 - 31285885
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||  |||| ||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  31285629 accactcgagacaaacacttactaagtagtcatgggataaaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgggactgaagctcttgaattgttaaggtgga 31285728  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  31285729 tggcttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcagttgcatattcttctggccttccattagttatagaagtagtggg 31285828  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  31285829 ttcaaacttgtttggaaagagcatagaaaaatggaagagtacattagatgggtatga 31285885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Original strand, 27680020 - 27680276
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||| | ||||||| ||| ||||||  |||| ||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  27680020 accactcgaaacaaagacttactaagcagtcatggcatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27680119  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | | ||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  27680120 tggcttttaaaagtgataaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttttggccttccgttagttttagaagtagtggg 27680219  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||    
T  27680220 ttctaacttgtttggaaagagcatagaagattggaagcatacattagatgggtatga 27680276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 50 - 258
Target Start/End: Original strand, 26885189 - 26885394
Alignment:
Q  50 atgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaa 149  Q
    ||||||| |||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||  |   |||||| |||| |  |||||||||  |||||||    
T  26885189 atgaagtagaagggatatatgggaaagaagcttttgaattgttgaggtggctggcctttaaaga---caaagttcctttaggttatgaagagattttaaa 26885285  T
Q  150 ccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  26885286 ccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcctttagttatagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagagcatagaaacatggaagagtacactagat 26885385  T
Q  250 ggatatgaa 258  Q
    |||||||||    
T  26885386 ggatatgaa 26885394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 58 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27705309 - 27705110
Alignment:
Q  58 gaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcag 157  Q
    |||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||| || ||||||  |||||||||| |||||||||||||||    
T  27705309 gaagggttgaatgggatagatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaacgttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcag 27705210  T
Q  158 tttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    || |||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||  |||||||||||| |||||    
T  27705209 ttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaagtaatgggttctaacttgtttggcaagaacatagaagaatggaagaatacattagatgggtatga 27705110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 25492431 - 25492182
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |||| | || |||||  |||||||||||||||| | | ||||     
T  25492431 accactcgagacaaacacatactaaccagtcatgggatagaaagtatgcatgcagtagaagagttgcatggggaagaagctcttgaattgcttatgtgga 25492332  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||  | |||| || | |||||||| |||||||| |||| ||||| |||| | ||    
T  25492331 tggcttttaaaaatgacagagttccttcaatttatgaagacattttaacacttgcaattacctatgcttctggccttccattagctttagtaataatagg 25492232  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatg 250  Q
     || || ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25492231 gtcaaatttgtttggaaatagcatagaagaatggaagtgtacattagatg 25492182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26657035 - 26657289
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||  |   |||  ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||     
T  26657035 accactagagataaacacttgctaaactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatgga 26657134  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    ||||||||| ||   |||| || ||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||     
T  26657135 tggctttta-gag--acaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcccttagttatagaagtagtggc 26657231  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26657232 ttcaaacttgtttggaaagagcatcgaaaaatggaagagtacattagatggatatgaa 26657289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26763006 - 26763260
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||  |   |||  ||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||     
T  26763006 accactagagataaacacttgctaaactgtcacgggatagaaataacatatgccgtaaaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatgga 26763105  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    ||||||||| ||   |||| || ||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||     
T  26763106 tggctttta-gag--acaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcccttagttatagaagtagtggc 26763202  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26763203 ttcaaacttgtttggaaagagcatcgaaaaatggaagagtacattagatggatatgaa 26763260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 27426724 - 27426467
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||  |   ||| |||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  27426724 accacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27426625  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| |  |||| || |||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  27426624 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtggg 27426525  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||    
T  27426524 ttctaacttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaa 27426467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 59 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 27697640 - 27697442
Alignment:
Q  59 aagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagt 158  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||| || || ||||  ||  ||||  ||||||  ||||||||    
T  27697640 aagggttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccatcaaggtacaaagagattttaagtcgtgcagt 27697541  T
Q  159 ttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||  || ||||||||| |||||    
T  27697540 ttcatatgtttctggccttccgttagttatagaaatagtgggttctaacttgtttggaaagaacatagaagaatggaagtatatattagatgggtatga 27697442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 26862650 - 26862907
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||| |   |||  ||  | |||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  26862650 accactcgagataaacacttactaacatgccatgggatagaaagaacatatgcggtaaacgggctacatgagacagaagcttttgaattgttgaggtgga 26862749  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| |||    |||| ||||| | |||| | || |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||    
T  26862750 tggcttttaaaaatggtgaagttccttcgagttataacgatgttttaaaccgtgcagttgcatatgcttccggccttccgttagttctcgaaatagtggg 26862849  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |  | ||||||||||| ||||||    
T  26862850 ttctaacttgtttggaaagagcatggaagaatggcaatgcacattagatgggtatgaa 26862907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27592133 - 27591913
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||  ||||||||||||| |||  |   ||| ||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27592133 accacccgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27592034  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
     ||||||||| ||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||   ||||| |||||||    
T  27592033 aggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtggg 27591934  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  27591933 ttctaacttgtttggaaagag 27591913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27676732 - 27676512
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||  ||||||||||||| |||  |   ||| ||| |||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  27676732 accacccgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtgga 27676633  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
     ||||||||| ||| | ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||   ||||| |||||||    
T  27676632 aggcttttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtggg 27676533  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    ||| |||||||||||||||||    
T  27676532 ttctaacttgtttggaaagag 27676512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 25484129 - 25484378
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| | |||||  |||| ||| ||||   || ||| ||||||||||||||||||||||||| |      
T  25484129 accactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaa 25484228  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||| |||| | ||||| || ||||| |||||||   ||| || | | ||    
T  25484229 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcctgcccttagcaatagtaacaatagg 25484328  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatg 250  Q
       ||| |||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  25484329 gggcaatttgtttggaaggaaggtagaagattggaagcgtacattagatg 25484378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 25580792 - 25580975
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| | |||||  |||| ||| ||||   || ||| ||||||||||||||||||||||||| |      
T  25580792 accactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaa 25580891  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 184  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||| | ||||| || || || |||||||    
T  25580892 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaatttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctgggctgcccttag 25580975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 26143938 - 26144121
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||| | |||||  |||| ||| ||||   || ||| ||||||||||||||||||||||||| |      
T  26143938 accactcgtgataaacacttactagcctgtcatgggattacaagtacacatgcagtagaagaattgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaa 26144037  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 184  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||| |||| | ||||| || ||||| |||||||    
T  26144038 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagaaattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcctgcccttag 26144121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 26636858 - 26636948
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26636858 ttttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtatagcagaatg 26636948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 26742824 - 26742914
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26742824 ttttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtatagcagaatg 26742914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 26849924 - 26850014
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26849924 ttttaaatcgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtatagaagaatg 26850014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 26960337 - 26960427
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  26960337 ttttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggcaagagtatagcagaatg 26960427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 25511962 - 25512210
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||| || |||||||| ||| |||||||||| || | |||||  |||| ||| |||||| || ||| || ||||||||||   ||||||||| |      
T  25511962 accactcgtgataaacacttactagcctgtcatgg-attacaagtacacatgcagtagaagggttgaatgagatagaagctcttattttgttgaggcgaa 25512060  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    ||||||||||  || ||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||||| |||| | ||||| || |||||||| |||| | ||| || | | ||    
T  25512061 tggcttttaaacatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggccttccgttagctatagtaacaatagg 25512160  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatg 250  Q
      |||| |||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  25512161 ggccaatttgtttggaaggaaggtagaagattggaagcgtacattagatg 25512210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 250
Target Start/End: Original strand, 25539638 - 25539862
Alignment:
Q  26 cctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtacc 125  Q
    ||||||||||||| | |||||  |||| |||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||| ||| ||||||| ||    
T  25539638 cctgtcatgggattacaagtacacatgtagtaaaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcgtttaaaaatgacaaagttcc 25539737  T
Q  126 ttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggata 225  Q
    ||| | |||||||||  |||||||||||| |||| | ||||| || ||||| |||||||   ||| || | | ||   ||| |||||||||| || | ||    
T  25539738 ttcgagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcctacccttagcaatagtaacaatagggggcaatttgtttggaaggaaggta 25539837  T
Q  226 gaagaatggaagggtacattagatg 250  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||    
T  25539838 gaagattggaagcgtacattagatg 25539862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 143 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27664184 - 27664101
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatag 226  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27664184 ttttaaaccgtgcagttgaatatgcttctggccttccattagctttaaaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtatag 27664101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 233
Target Start/End: Original strand, 28326622 - 28326780
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||    |||| || |||||||||||   ||||| || ||| | | ||||| || |||||||  | |||||||| |||    
T  28326622 agaagctcttgaattgttgaggtggaatactttcaaaaataacaaagtcgattcaaattttgacggcattttatactgtgcagtaacttatgcttctggc 28326721  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  28326722 cttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatatagtagaatg 28326780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 75 - 233
Target Start/End: Original strand, 28504258 - 28504416
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||    |||| || |||||||||||   ||||| || ||| | | ||||| || |||||||  | |||||||| |||    
T  28504258 agaagctcttgaattgttgaggtggaatactttcaaaaataacaaagtcgattcaaattttgacggcattttatactgtgcagtaacttatgcttctggc 28504357  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  28504358 cttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatatagtagaatg 28504416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27530410 - 27530233
Alignment:
Q  4 actcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtgg 103  Q
    |||||| |||||||||| ||||    |||||||||| ||||||  |||| ||| |||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  27530410 actcgaaacaaacacttactaaagattcatgggatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgcgacagaagctctcgaattgttgaggtggatgg 27530311  T
Q  104 cttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 184  Q
    |||| |  || || || || ||||||| | |||||||| |||||||||||||| || | |||||||| |||||||| ||||    
T  27530310 ctttca--aagaa-aatgttccttcaagtcatgaagacattttaaaccgtgcacttacttatgcttctggccttccattag 27530233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 236
Target Start/End: Original strand, 28186538 - 28186699
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||| || |||||||||||   | ||| ||  ||   ||||||| ||| ||||||  | |||||||| |||    
T  28186538 agaagctcttgaattgttgacgtggaaggctttaaaaaataacaaagttgatacaaatttcgacagcgttttacaccatgcagtaacttatgcttctggc 28186637  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaa 236  Q
    ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  28186638 cttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatataggagaatggaa 28186699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 233
Target Start/End: Original strand, 26950955 - 26951045
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatg 233  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| | |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  26950955 ttttaaaccgtgcagttaaatatgctgctggccttccattagctttagaagtagtgggttctaacttgtttggaaagactatagcagaatg 26951045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 217
Target Start/End: Original strand, 25075079 - 25075153
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaa 217  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  25075079 ttttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccattagctttagaagttgtgggttccaacttgtttggaa 25075153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 75 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 28296778 - 28296633
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   ||||| || |||||||||||   | ||| || ||| ||| ||||| |||  || ||  | |||||||| |||    
T  28296778 agaagctcttgaattgttgagatggaatgctttcaaaaataacaaagtcgatacaaattttgacgacattttacaccaggctgtaacttatgcttctggc 28296679  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaaga 220  Q
    ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28296678 cttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 28296633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 75 - 220
Target Start/End: Original strand, 28515295 - 28515440
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   ||||| || |||||||||||   | ||| || ||| ||| ||||| |||  || ||  | |||||||| |||    
T  28515295 agaagctcttgaattgttgagatggaatgctttcaaaaataacaaagtcgatacaaattttgacgacattttacaccaggctgtaacttatgcttctggc 28515394  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaaga 220  Q
    ||||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28515395 cttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 28515440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 184
Target Start/End: Original strand, 26057040 - 26057175
Alignment:
Q  49 catgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaa 148  Q
    |||| ||| |||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||  |    |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||    
T  26057040 catgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagatattttaa 26057139  T
Q  149 accgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 184  Q
    |||||| |||| | ||||| || |||||||| ||||    
T  26057140 accgtgtagttacttatgcatctggccttccgttag 26057175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 184
Target Start/End: Original strand, 26077010 - 26077145
Alignment:
Q  49 catgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaa 148  Q
    |||| ||| |||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||  |    |||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||    
T  26077010 catgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagatattttaa 26077109  T
Q  149 accgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 184  Q
    |||||| |||| | ||||| || |||||||| ||||    
T  26077110 accgtgtagttacttatgcatctggccttccgttag 26077145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Original strand, 26812759 - 26812827
Alignment:
Q  162 atatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaaga 230  Q
    |||| |||| |||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  26812759 atatacttctggccttccattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtattgaaga 26812827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 219
Target Start/End: Original strand, 28140730 - 28140823
Alignment:
Q  126 ttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaag 219  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||||||||||| | ||||| || |||||||| || | ||||||| |||| ||||| | |||||||||||||    
T  28140730 ttcaagttatgagcacattttaaaccgtgcagttacttatgcctctggccttccattggctttagaagtagttggttctagcttgtttggaaag 28140823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 258
Target Start/End: Original strand, 29827188 - 29827313
Alignment:
Q  133 tatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaat 232  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| |  | |||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| ||   |||||||||||||  ||||||||||    
T  29827188 tatgatgacattttagaccgtgcaatagcttatgcttctggccttccgttggttttagaattagtaggtcccgcgttgtttggaaagaatatagaagaat 29827287  T
Q  233 ggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||   || ||||||| ||||||||    
T  29827288 ggaaatctatattagatagatatgaa 29827313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 163 - 226
Target Start/End: Original strand, 26978612 - 26978675
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatag 226  Q
    |||||||| || ||||| |||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  26978612 tatgcttctggtcttccattagctttagaagtagtgggttcaagcttgtttggaaagagtatag 26978675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 220
Target Start/End: Original strand, 28182373 - 28182407
Alignment:
Q  186 tttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaaga 220  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28182373 tttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 28182407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 29842972 - 29842847
Alignment:
Q  133 tatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaactt-gtttggaaagaggatagaagaa 231  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| |  | |||||||| |||||||| || ||||||||| |||| ||| ||| ||| |||||||||||  |||||||||    
T  29842972 tatgatgacattttagaccgtgcaatagcttatgcttctggccttccgttggttttagaattagtaggt-ccagctttgtttggaaagaatatagaagaa 29842874  T
Q  232 tggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||   |||||||||| | ||||||    
T  29842873 tggaaatctacattagataggtatgaa 29842847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Original strand, 28240589 - 28240642
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttgga 216  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  28240589 tatgcttctggcctaccattagctttagaagtagttggttccaacttgtttgga 28240642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 146 - 234
Target Start/End: Original strand, 26938244 - 26938332
Alignment:
Q  146 taaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatgg 234  Q
    ||||||||||| ||  ||| ||||| |||||||| |||| ||||||| | || |||||| | |||||||||||| | |||| |||||||    
T  26938244 taaaccgtgcaattaaatacgcttctggccttccattagctttagaagttgtaggttcccatttgtttggaaagtgtatagcagaatgg 26938332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 236
Target Start/End: Original strand, 28228205 - 28228257
Alignment:
Q  184 gttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaa 236  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  28228205 gttttagaagtagtgggttcaaacttgtttgggaagaatattgaagaatggaa 28228257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 28782171 - 28782223
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatga 53  Q
    |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||| ||||||    
T  28782171 accactcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatga 28782223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 28126787 - 28126530
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||  ||||| ||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||     
T  28126787 accactcgagagaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgcggtaaaagggttgtatgtaacaaaagcacttgaattgttgaggtgga 28126688  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28126687 tggcttttaaacataacaaagttccttcaagttatgatgatgttttaaaccgggcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttatagaaatagtggg 28126588  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126587 ttccaacttatttggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 28126530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 267452 - 267196
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  267452 accactcgagacaagcaattactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgaagtagaagggttgtatgggaccgaagctcttgaattgttgagttgga 267353  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| |   ||| || ||||||||  | ||  ||||||  ||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  267352 tggcttttaaaaatgatccagttccatcaatttacaatgagattttaattcgtgcagttgcttatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtggg 267253  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  267252 ttctaacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatgggtatga 267196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 28163488 - 28163298
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||   || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||     
T  28163488 accactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtatgcattcggtagaagggttgtatgggacggaagcgcttgaattgttgacgtgga 28163389  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttaga 191  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  28163388 tggcttttaaaaataacaaagttccttcaagttatgaagatgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttataga 28163298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 188 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 28132426 - 28132356
Alignment:
Q  188 tagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28132426 tagaaatagtgggttcaaacttatttggaaagagcatagaagaatggaagtgtacattagatggatatgaa 28132356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 143 - 219
Target Start/End: Original strand, 26137100 - 26137176
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaag 219  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  26137100 ttttaaacagtgcagttaaatatgcttctggccttccgttagctttagaagtagtgggttccagcttgtttggaaag 26137176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 149; Significance: 9e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2651 - 2395
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2651 accactcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgga 2552  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | |||| || ||||||  ||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2551 tggcttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtggg 2452  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 257  Q
    ||| ||||| | ||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| |||||    
T  2451 ttctaacttatctggaaagaacatagaggaatggaagaatacattagatgggtatga 2395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 258
Target Start/End: Original strand, 1 - 96
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 96  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 60639 - 60896
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||  |   ||| |||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  60639 accacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtgga 60738  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| |  |||| || |||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  60739 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtggg 60838  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||    
T  60839 ttctaacttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaa 60896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 258
Target Start/End: Original strand, 18074831 - 18075088
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||| |||| |||  |   ||| |||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  18074831 accacccgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtgga 18074930  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||| |  |||| || |||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  18074931 tggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtggg 18075030  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 258  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||    
T  18075031 ttctaacttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaa 18075088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18654585 - 18654365
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||  |||||||||| |||| |  ||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||| ||| |  |  | | |||||||||||||||||||||     
T  18654585 accactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtgga 18654486  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||    
T  18654485 tggcttttaaaatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcagttgcgtatgcttctggccttccattagctatagaagtcgtggg 18654386  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18654385 ttccaacttgtttggaaagag 18654365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18678668 - 18678449
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||  |||||||||| |||| |  ||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||| ||| | ||  | | |||||||||||||||||||||     
T  18678668 accactcgtaacaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtgga 18678569  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||    
T  18678568 tggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaacgtgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtggg 18678469  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaaga 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  18678468 ttccaacttgtttggaaaga 18678449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 79 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18723115 - 18722973
Alignment:
Q  79 gctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttc 178  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||  |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||    
T  18723115 gctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgagcagttgcgtatgcttctggccttc 18723016  T
Q  179 ccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    | |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723015 cattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagag 18722973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18698508 - 18698288
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| ||| ||||||||  ||||| ||| |  |  | | |||||||||||||||||||||     
T  18698508 accactcgtaacaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtgga 18698409  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  |||| |||| |||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||    
T  18698408 tggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtggg 18698309  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18698308 ttccaacttgtttggaaagag 18698288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18730612 - 18730392
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggg 100  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| ||| ||||||||  ||||| ||| |  |  | | |||||||||||||||||||||     
T  18730612 accactcgtaacaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtgga 18730513  T
Q  101 tggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtggg 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  |||| |||| |||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||    
T  18730512 tggcttttaaaaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtggg 18730413  T
Q  201 ttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  18730412 ttccaacttgtttggaaagag 18730392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 18688705 - 18688514
Alignment:
Q  30 tcatgggataaaaagtatgcatgaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttca 129  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||||  ||||| ||| | ||  | | ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||| ||||||    
T  18688705 tcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttataaagttccttca 18688606  T
Q  130 atttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagag 221  Q
    | |||||||||  ||||||||||||||||    |||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18688605 agttatgaagagattttaaaccgtgcagtcgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagag 18688514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 5089900 - 5089827
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaa 236  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||||    
T  5089900 tatgcttctggccttccattggctttagaagttgtgggttccaatttgtttggaaaggatatagaaaaatggaa 5089827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 38
Target Start/End: Complemental strand, 5090062 - 5090025
Alignment:
Q  1 accactcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggat 38  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  5090062 accactcgagacaaacacttgctaaaatgtcatgggat 5090025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 75 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 57332 - 57171
Alignment:
Q  75 agaagctcttgaattgttgaggtgggtggcttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||| || |||||||||||   | ||| ||  ||  |||||||| ||| ||||||  | |||||||| |||    
T  57332 agaagctcttgaattgttgaggtggaatgctttcaaaaataacaaagtcaatccaaatttcgacaacgttttacaccttgcagtaacttatgcttcaggc 57233  T
Q  175 cttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaa 236  Q
    ||||| || |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||    
T  57232 cttccattggccttagaagtagtgggttcgaacttgtttggaaagaatataggagaatggaa 57171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 163 - 260
Target Start/End: Original strand, 16692099 - 16692196
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaatg 260  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||||    
T  16692099 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagtaggatctaacttgtttggaaagaatatagaagaatggaaatctacatttgatcgatatgaatg 16692196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 143 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 17992185 - 17992109
Alignment:
Q  143 ttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaag 219  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||| | ||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17992185 ttttaaaccgtgtagttaaatatgctgctggcctcccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaag 17992109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 2)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 163 - 216
Target Start/End: Original strand, 40751 - 40804
Alignment:
Q  163 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttgga 216  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  40751 tatgcttctggcctaccattagctttagaagtagttggttccaacttgtttgga 40804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 236
Target Start/End: Original strand, 28703 - 28755
Alignment:
Q  184 gttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagaggatagaagaatggaa 236  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  28703 gttttagaagtagtgggttcaaacttgtttgggaagaatattgaagaatggaa 28755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University