View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16409_low_1 (Length: 880)

Name: NF16409_low_1
Description: NF16409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16409_low_1
NF16409_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (18-862)||(49583482-49584322)
chr4 (228-392)||(49588989-49589153)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 779; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 779; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 862
Target Start/End: Original strand, 49583482 - 49584322
Alignment:
Q  18 tgatccggaaacatctgttgaggtgggtgaaatttaccaggctgaacttccaattttaatttcaaagtctgagtatattttgttgcaaaataacaccgag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49583482 tgatccggaaacatctgttgaggtgggtgaaatttaccaggctgaacttccaattttaatttcaaagtctgagtatattttgttgcaaaataacaccgag 49583581  T
Q  118 gcagaaagtatacaccacaactttcaaatagcattacctatcccaataacttggataaagagttatgatattcgggaagaaacaaagattgggatgcatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49583582 gcagaaagtatacaccacaactttcaaataggattacctatcccaataacttggataaagagttatgatattcgggaagaaacaaagattgggatgcatg 49583681  T
Q  218 aggagcatgaacataaagggcagattcttgttcctggctctcgaagtgacaactggactgaaatcgaagaggccggtttagtccttggtttatatatatt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49583682 aggagcatgaacataaagggcagattcttgttcctggctctcgaagtgacaactggactgaaattgaagaggccggtttagtccttggtttatatatatt 49583781  T
Q  318 tgggaagaacttcgttgaagtgaaaaaatttatcggcaataagaagatgaaggacatattgtcattctattatggaaaatttcgtaagtcttacaaatat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49583782 tgggaagaacttcgttgaagtgaaaaaatttatcggcaataagaagatgaaggacatattgtcattctattatggaaaatttcgtaagtcttacaaatat 49583881  T
Q  418 cagagatggtgtggatgtagggaaggcaaaagcaagaaatgcaacttagggcataaaattttcactgaatcaaggcaacgtgagcttttgtttcgtctga 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49583882 cagagatggtgtggatgtagggaagggaaaagcaagaaatgcaacttagggcataaaattttcactgaatcaaggcaacgtgagcttttgtttcgtctga 49583981  T
Q  518 tgccgaatgtaccggaggaagttcaaaatgaattacttgaggtaatgacataaacaatttcaaagtttttcattttaatatcgattgttactccgtccac 617  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49583982 taccgaatgtaccggaggaagttcaaaatgaattacttgaggtaatgacataaacaatttcaaagtttttcattttaatatcgattgttactccgtccat 49584081  T
Q  618 tgtcatggattggatctatacttattgatttgtcttccatacttattatttgctatgttcaattgattggtaggtgtcagagacacttgcagaaaggaac 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49584082 tgtcatggattggatctatacttattgatttgtcttccatactta----ttgctatgttcaattgattggtaggtgtcagagacacttgcagagaggaac 49584177  T
Q  718 attagtccagaagattatttttcgactctgaaaaatttaattgggctcaaagcccttgttgatggattagcaatcggtaaaggnnnnnnngatcttatat 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  49584178 attagtccagaagattatttttcgactctgaaaaatttaattgggctcaaagcccttgttgatggattagcaatcggtaaaggaaaaaaagatcttatat 49584277  T
Q  818 gcccccatgttgatgatgtaaaatccaatgaagttgttctggtcg 862  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49584278 gcccccatgttgatgatgtaaaatccaatgaagctgttctggtcg 49584322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 228 - 392
Target Start/End: Original strand, 49588989 - 49589153
Alignment:
Q  228 acataaagggcagattcttgttcctggctctcgaagtgacaactggactgaaatcgaagaggccggtttagtccttggtttatatatatttgggaagaac 327  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||| |||||||||||||    
T  49588989 acataaagggaagattcttgttcatggttcttgaactgatacctggactgaaatcgaagaggccaatttagtccttggcttttatacatttgggaagaac 49589088  T
Q  328 ttcgttgaagtgaaaaaatttatcggcaataagaagatgaaggacatattgtcattctattatgg 392  Q
    |||||| |||||||||  |||||  |||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||    
T  49589089 ttcgttcaagtgaaaaggtttatacgcaataagaaaatgaaggataaactgtcattctattatgg 49589153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University