View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF16409_low_2 (Length: 545)

Name: NF16409_low_2
Description: NF16409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF16409_low_2
NF16409_low_2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (16-519)||(43435172-43435663)
chr4 (16-491)||(43426695-43427158)
chr4 (16-315)||(43443558-43443857)
chr4 (16-421)||(43422175-43422580)
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (16-530)||(20644-21126)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (57-364)||(40186180-40186487)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 43435663 - 43435172
Alignment:
Q  16 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43435663 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagcttcctcgatatcttaatgtaagtattaagatccaa 43435564  T
Q  116 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43435563 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaataatactccaaaactcctcaattgattccatccttggaagaactctagcaactgcattataagtcactgta 43435464  T
Q  216 ttccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 315  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43435463 ttctgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaagggactatctcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattat 43435364  T
Q  316 ccgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43435363 ccgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttaacaacattctgcat 43435264  T
Q  416 tgcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaacttgttgaaatc 515  Q
    ||            |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||  || ||||||    
T  43435263 tg------------cattttgctcaagcatccctttatagaaatgtgaaagtgcaacaatatcactcttcaaattctcccttttcaaacccgtagaaatc 43435176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 16 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 43427158 - 43426695
Alignment:
Q  16 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43427158 atgaactatccatcatatgctcgtaaagcttgacactgtcctccatcatcctattatttagaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 43427059  T
Q  116 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43427058 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaacttctcaattgactccattctaggaagaactctagcaactgcattataagtcactgta 43426959  T
Q  216 ttccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 315  Q
    ||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  43426958 ttctgtagataaccagattgctttccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggactatttcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattgt 43426859  T
Q  316 ccgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcat 415  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43426858 ccgaaagttgaattttaaccttctcgagttcattctcaatctcattgtcccaatcagaccctgaaataataccaaccacctttttgacaacactctgcat 43426759  T
Q  416 tgcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttc 491  Q
    |            |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||| ||||    
T  43426758 t------------gcatcctgctcaagcatccctttatagaaacgtgaatactcaacaacatcactcttcatcttc 43426695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 16 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 43443857 - 43443558
Alignment:
Q  16 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  43443857 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagcttcctcgatatcttaatgtaagtattaagatccaa 43443758  T
Q  116 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43443757 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaataatactccaaaactcctcaattgattccatccttggaagaactctagcaactgcattataagtcactgta 43443658  T
Q  216 ttccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 315  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43443657 ttctgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaagggactatctcgaagctctttcataaccctaatcacgaaattat 43443558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 16 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 43422580 - 43422175
Alignment:
Q  16 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 115  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  || |||| | | |||||| || ||||||||||  |||||    
T  43422580 atgaaccatccatcataagctcgtaaagcttaacagcatccttcatcatctgattctttacaaactgcattgttatcttcatataagtatcaatctccaa 43422481  T
Q  116 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 215  Q
    ||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| || | |    
T  43422480 ttcataattcacactcttcatctccgcaagaatactccaaaactcctcaattgaatccatcctagcaagaactctagcaactgcattgtaagtcacagca 43422381  T
Q  216 ttccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 315  Q
    ||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||  ||||| ||| |||    
T  43422380 ttatgttgataaccagattgcttcccaacccaataaaaaaagttgtaaccctttaaaggacaacttcgaagctctttcaaaacccgtatcacaaaactat 43422281  T
Q  316 ccgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcat 415  Q
    ||||||  ||||| |||| ||   | || |||||| |||||| |||| |||| ||||| ||| |||| |  | ||||||||| |||| ||||  |||| |    
T  43422280 ccgaaaattgaatcttaagctctacaagctcattcacaacctcatcaccccactcagatcctaaaatcacactaaccaccttgttgaaaacaacctgcct 43422181  T
Q  416 tgcatt 421  Q
    ||||||    
T  43422180 tgcatt 43422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0252 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 21126 - 20644
Alignment:
Q  16 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacagcatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                 ||||    
T  21126 atgaactatccatcatatgctcataaagcttgacaacatcctccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcct-----------------ccaa 21044  T
Q  116 ttcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 215  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21043 ttcatgacagacactcttcgtctcctcaagaatactccaaaactcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgta 20944  T
Q  216 ttccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20943 ttccgttgataactagatttctttccaacccaatgaaaaaacttataagcctttaaaggactatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattat 20844  T
Q  316 ccgaaagctgaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagaccctgaaataatgccaaccacctttttgacaacattctgcat 415  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||              
T  20843 ccgaaa---gaattttaaccttctccagttcattctcaaccttatcatcccaatcagacccttaagtaatgccaaccacctttttgacaa---------- 20757  T
Q  416 tgcattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaacttgttgaaatc 515  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  20756 --cattctgcattgcattctgctcaagcatccctttgtagaaatgtgaaagcgcaacaacatcactcttcaacttctccccttttaaactccttgaaatc 20659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 111; Significance: 9e-56; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 57 - 364
Target Start/End: Original strand, 40186180 - 40186487
Alignment:
Q  57 tccatcatcttattcttttgaagctgcctcgatatcttaatgtaagtatcaagatccaattcatgaccgacactcttcatctcctcaagaatactccaaa 156  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  40186180 tccatcatcctattctcttgaagctgcctcgatatctttatggaagtattgagatccaattcatgaccgacactcttcatctcctc---gatactccaaa 40186276  T
Q  157 actcttcaattgactccactctaggaagaactctagcaactgcattataagtaactgtattccgttgataactagattgcttcccaacccaatgaaaaaa 256  Q
    |||| |||||||| ||||   ||| ||||||||| |||||   ||| ||||| || |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40186277 actcctcaattgagtccatcttagcaagaactcttgcaacataattgtaagtcacggtattatgttgataaccagattgcttcccaacccaatgaaaaaa 40186376  T
Q  257 cttataagcctttaaaggaccatctcgaagctctttcatgaccctaatcacgaaattatccgaaa---gctgaattttaaccttctccagttcattctca 353  Q
    ||| |||||||||||||||| || | ||||| ||| ||  ||||| ||||| |||| ||| | ||   | |||||| |||| ||  | |||| |||||||    
T  40186377 cttgtaagcctttaaaggacgattttgaagcccttccaaaacccttatcacaaaatcatcagtaagttgttgaattctaacatttgcaagttgattctca 40186476  T
Q  354 accttatcatc 364  Q
    |||||||||||    
T  40186477 accttatcatc 40186487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University