View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1642R-Insertion-1 (Length: 1095)
Name: NF1642R-Insertion-1
Description: NF1642R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1642R-Insertion-1 |
 |  |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 290 - 920
Target Start/End: Original strand, 4133734 - 4134365
Alignment:
| Q |
290 |
ttctgccggcacacgaatgaagagatcagctccgccatgaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatca |
389 |
Q |
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| T |
4133734 |
ttctgccgggacacggatgaagagatcaactcctccatgaggaaagttttgcaaaccaattaagtctccactccaatacacgcaacctatataacgatca |
4133833 |
T |
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| Q |
390 |
tatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttcatattcc |
489 |
Q |
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| T |
4133834 |
tatgcatatgccaaacaagaacaatttaccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttcatattcc |
4133933 |
T |
 |
| Q |
490 |
gattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcgacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtcca |
589 |
Q |
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| T |
4133934 |
gattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcaacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtcca |
4134033 |
T |
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| Q |
590 |
attccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggccca |
689 |
Q |
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|
| T |
4134034 |
attccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggccca |
4134133 |
T |
 |
| Q |
690 |
cattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtca |
789 |
Q |
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| T |
4134134 |
cattttccataaaaatcacactcattttgatccacctcaagtctaaaatgttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtca |
4134233 |
T |
 |
| Q |
790 |
atgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggt |
889 |
Q |
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| T |
4134234 |
atgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggt |
4134333 |
T |
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| Q |
890 |
tgacattc-tggcgttccaagaaaaacccttc |
920 |
Q |
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| T |
4134334 |
tgacaatcttggcgttccgagaaaaacccttc |
4134365 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 290 - 920
Target Start/End: Original strand, 4144539 - 4145167
Alignment:
| Q |
290 |
ttctgccggcacacgaatgaagagatcagctccgccatgaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatca |
389 |
Q |
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| T |
4144539 |
ttctgccggcacacgaatgaagagatcaactccgccggtaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatca |
4144638 |
T |
 |
| Q |
390 |
tatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttcatattcc |
489 |
Q |
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| T |
4144639 |
tatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttccacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaggtttcatattat |
4144738 |
T |
 |
| Q |
490 |
gattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcgacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtcca |
589 |
Q |
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| T |
4144739 |
gatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccttctgttctcacacaaccattagtcca |
4144838 |
T |
 |
| Q |
590 |
attccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggccca |
689 |
Q |
| |
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|
| T |
4144839 |
atttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaat---tggtacactagaattatcacaatttccaaatggccca |
4144935 |
T |
 |
| Q |
690 |
cattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtca |
789 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4144936 |
cattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtca |
4145035 |
T |
 |
| Q |
790 |
atgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggt |
889 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4145036 |
atgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcatcgtcgacacctaaacgccaaccaaatagatattcggt |
4145135 |
T |
 |
| Q |
890 |
tgacattc-tggcgttccaagaaaaacccttc |
920 |
Q |
| |
|
||||| || ||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
4145136 |
tgacaatcttggcgttccgagaaaaactcttc |
4145167 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 290 - 850
Target Start/End: Original strand, 4162892 - 4163452
Alignment:
| Q |
290 |
ttctgccggcacacgaatgaagagatcagctccgccatgaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatca |
389 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4162892 |
ttctgctggaacacgaatgaagagatcaactccgctagtaggaaatttctgcaaatcaattaactcactactccaatacatacaacgtataaaaggatca |
4162991 |
T |
 |
| Q |
390 |
tatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttcatattcc |
489 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || || ||||||||||| |||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
4162992 |
tatgcataagccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgttctacacttatctcgactaacatctgatctctcagcaaaatcaggaggtttcgtattgg |
4163091 |
T |
 |
| Q |
490 |
gattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcgacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtcca |
589 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4163092 |
gatgcaccaaaaatttatcttgtttaactacgcttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcattccttctttcctcacacaaccattagtcca |
4163191 |
T |
 |
| Q |
590 |
attccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggccca |
689 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4163192 |
attccttgaactccactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaaatatcacaatttccaaatggccca |
4163291 |
T |
 |
| Q |
690 |
cattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtca |
789 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| | || |||||| |||||| | |||||| |||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
4163292 |
cattttccataaaaatcacactcgttttgactaaccgtaagtgatagaaattccttattattcaaaaactcaaccaacttaagtgttccatttggtgtca |
4163391 |
T |
 |
| Q |
790 |
atgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatc |
850 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| | |||| |||||||| |
|
|
| T |
4163392 |
atgagagaattccaaacatagctttgacggcgaaatcataagttagataagtagttccatc |
4163452 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 290 - 851
Target Start/End: Original strand, 4152539 - 4153100
Alignment:
| Q |
290 |
ttctgccggcacacgaatgaagagatcagctccgccatgaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatca |
389 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4152539 |
ttctgccggcacacgaacgaagagatcaactccgccattaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatatagaaggatca |
4152638 |
T |
 |
| Q |
390 |
tatgcatatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagc---tgatctctcattaaaatcaggaactttcatat |
486 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| | || || |||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4152639 |
tatgcatatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatctgctccacacttatcttgatcagcattatttgttctcacattaaaatcaggaggtttcatat |
4152738 |
T |
 |
| Q |
487 |
tccgattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcgacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagt |
586 |
Q |
| |
|
| ||| |||| ||| ||||||||||||| | | ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4152739 |
tatgatacaccttaaatccatcttgtttaactatacttgatccattcttcaccatctcacactttaagttcattccttctttcctcacacaaccattagt |
4152838 |
T |
 |
| Q |
587 |
ccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggc |
686 |
Q |
| |
|
|||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||||||||| |
|
|
| T |
4152839 |
ccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaacaactacaaat---tggcacagtagaattatcacagttaccaaatggc |
4152935 |
T |
 |
| Q |
687 |
ccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtg |
786 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
4152936 |
ccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcatatactcaatcaacttgagtgttccatgcggtg |
4153035 |
T |
 |
| Q |
787 |
tcaatgagagaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatca |
851 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
4153036 |
tcaatgagagaattccgaacatagttttatcagcaaaattgtaagtaatataagtagttccatca |
4153100 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 295 - 852
Target Start/End: Original strand, 4123197 - 4123751
Alignment:
| Q |
295 |
ccggcacacgaatgaagagatcagctccgccatgaggaaatttctgcaaatcaattaactcgctactccaatacatacaacctatagaaggatcatatgc |
394 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4123197 |
ccggcactcgaatgaagagatcaactccaccataaggaaatttctgcaaatcaattaactctccagtccaatacatacaaaatatagaaggatcatatgc |
4123296 |
T |
 |
| Q |
395 |
atatgccaaacaagtacaatttgccaaacaatctgttctacatttatcttgattaccagctgatctctcattaaaatcaggaactttcatattccgattc |
494 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| || | || | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |
|
|
| T |
4123297 |
atatgccaaacaagaacaatttgccaaacaatcttctccacacttatctatatcaacatttaatctctcagcaaaatcaggaactttcatattatgatac |
4123396 |
T |
 |
| Q |
495 |
accaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcgacatctcacacttcaagttcattcctgctgtcctcacacaaccattagtccaattcc |
594 |
Q |
| |
|
||| ||| |||||||| |||| | || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
4123397 |
accttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttcaatccctctttcctcacacaaccattagtccaatttc |
4123496 |
T |
 |
| Q |
595 |
ttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggtacactagaattatcacaatttccaaatggcccacattt |
694 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4123497 |
ctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaat---tggcacaacagaattatcacagttaccaaatggcccacattt |
4123593 |
T |
 |
| Q |
695 |
tccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaagtctaaaaagttcctttttattcttatactcaatcaacttaagtgtcccatgtggtgtcaatgag |
794 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4123594 |
tccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaaatctaagaagttcctttttattcatatactcaaccaacttaagtgttccatgtggtgtcaatgac |
4123693 |
T |
 |
| Q |
795 |
agaattccaaacatagttttgtcggcgaaattataagttataaaagtggttccatcat |
852 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
4123694 |
agaattccaaacatagttttgtcggcgaaattgtaagtaatataagtagttccatcat |
4123751 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 280
Target Start/End: Original strand, 4144707 - 4144976
Alignment:
| Q |
11 |
tctctcagcaaaataaggaactttcatattattatgaaccaaaaatccatcttgttgaacttcacttgatccattcttcaaaatcttacacttcaagttc |
110 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4144707 |
tctctcattaaaatcaggaggtttcatattatgatgcaccaaaaatgcatcttgtttcactagatttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttc |
4144806 |
T |
 |
| Q |
111 |
aatccttccttcctaacacaaccattagcccaatttctcaaactccactccaccaaattctttggctgaaacccctccaaacaactacaaattggtacac |
210 |
Q |
| |
|
|||||||| | || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4144807 |
aatccttctgttctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccactccaccgaattctttggctgaaacccatcaaaacaactacaaattggtacac |
4144906 |
T |
 |
| Q |
211 |
tagaattatcacagtttccaaatgacccacattttccataaaaatcacattcatttttatcaaccccaag |
280 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
4144907 |
tagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaag |
4144976 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 275
Target Start/End: Original strand, 4123360 - 4123624
Alignment:
| Q |
11 |
tctctcagcaaaataaggaactttcatattattatgaaccaaaaatccatcttgttgaacttcacttgatccattcttcaaaatcttacacttcaagttc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| | |||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4123360 |
tctctcagcaaaatcaggaactttcatattatgatacaccttaaatccatcttgcttaactacagttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttc |
4123459 |
T |
 |
| Q |
111 |
aatccttccttcctaacacaaccattagcccaatttctcaaactccactccaccaaattctttggctgaaacccctccaaacaactacaaattggtacac |
210 |
Q |
| |
|
||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
4123460 |
aatccctctttcctcacacaaccattagtccaatttcctaaactccattccacagaattctttgcctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacaa |
4123559 |
T |
 |
| Q |
211 |
tagaattatcacagtttccaaatgacccacattttccataaaaatcacattcatttttatcaacc |
275 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4123560 |
cagaattatcacagttaccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacc |
4123624 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 32 - 280
Target Start/End: Original strand, 4152731 - 4152979
Alignment:
| Q |
32 |
tttcatattattatgaaccaaaaatccatcttgttgaacttcacttgatccattcttcaaaatcttacacttcaagttcaatccttccttcctaacacaa |
131 |
Q |
| |
|
||||||||||| || ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
4152731 |
tttcatattatgatacaccttaaatccatcttgtttaactatacttgatccattcttcaccatctcacactttaagttcattccttctttcctcacacaa |
4152830 |
T |
 |
| Q |
132 |
ccattagcccaatttctcaaactccactccaccaaattctttggctgaaacccctccaaacaactacaaattggtacactagaattatcacagtttccaa |
231 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4152831 |
ccattagtccaattgcctaaactccattccacagaattctttggctcaaacccatcaaaacaactacaaattggcacagtagaattatcacagttaccaa |
4152930 |
T |
 |
| Q |
232 |
atgacccacattttccataaaaatcacattcatttttatcaaccccaag |
280 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
4152931 |
atggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatcaacctcaag |
4152979 |
T |
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Back To:
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Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 259
Target Start/End: Original strand, 4163060 - 4163311
Alignment:
| Q |
11 |
tctctcagcaaaataaggaactttcatattattatgaaccaaaaatccatcttgttgaacttcacttgatccattcttcaaaatcttacacttcaagttc |
110 |
Q |
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| T |
4163060 |
tctctcagcaaaatcaggaggtttcgtattgggatgcaccaaaaatttatcttgtttaactacgcttgatccattcttcaccatctcacacttcaagttc |
4163159 |
T |
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| Q |
111 |
aatccttccttcctaacacaaccattagcccaatttctcaaactccactccaccaaattctttggctgaaacccctccaaacaactacaaa---ttggta |
207 |
Q |
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| T |
4163160 |
attccttctttcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccactccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggta |
4163259 |
T |
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| Q |
208 |
cactagaattatcacagtttccaaatgacccacattttccataaaaatcaca |
259 |
Q |
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| T |
4163260 |
cactagaaatatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcaca |
4163311 |
T |
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Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 280
Target Start/End: Original strand, 4133902 - 4134174
Alignment:
| Q |
11 |
tctctcagcaaaataaggaactttcatattattatgaaccaaaaatccatcttgttgaacttcacttgatccattcttcaaaatcttacacttcaagttc |
110 |
Q |
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| T |
4133902 |
tctctcattaaaatcaggaactttcatattccgattcaccaaaaaaccatcttgtttaaattcatttgatccggtcttcaacatctcacacttcaagttc |
4134001 |
T |
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| Q |
111 |
aatccttccttcctaacacaaccattagcccaatttctcaaactccactccaccaaattctttggctgaaacccctccaaacaactacaaa---ttggta |
207 |
Q |
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| T |
4134002 |
attcctgctgtcctcacacaaccattagtccaattccttgaactccattccaccaaattctttggctcaaaccctttaaaacaactacaaatatttggta |
4134101 |
T |
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| Q |
208 |
cactagaattatcacagtttccaaatgacccacattttccataaaaatcacattcatttttatcaaccccaag |
280 |
Q |
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| T |
4134102 |
cactagaattatcacaatttccaaatggcccacattttccataaaaatcacactcattttgatccacctcaag |
4134174 |
T |
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