View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1642R-Insertion-2 (Length: 1020)

Name: NF1642R-Insertion-2
Description: NF1642R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1642R-Insertion-2
NF1642R-Insertion-2
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (7-971)||(15271669-15272632)
chr3 (7-971)||(40874393-40875357)
chr3 (279-504)||(5739250-5739476)
chr3 (279-504)||(5776362-5776588)
chr3 (371-428)||(7775387-7775444)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (7-971)||(13222841-13223804)
chr6 (120-971)||(11326223-11327073)
chr6 (276-350)||(17537529-17537603)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (439-554)||(46186354-46186469)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (440-504)||(23899180-23899244)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (313-428)||(52410271-52410386)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 971
Target Start/End: Original strand, 15271669 - 15272632
Alignment:
Q  7 cacaatatccccaaaaactcatataattgacatccacattttgaaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15271669 cacaatatccccaaaaactcatataattgacatccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttac 15271768  T
Q  107 tggaaacttgatagacatagttatgtccatctttgctaatcttcnnnnnnnaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15271769 tggaaacttgatagacatagttatgtccatctttgctaatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtt 15271868  T
Q  207 tctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgnnnnnnnatgcctactttcataatcctctcttttttctacttt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15271869 tctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgtttttt-atgcctactttcataatcctctcttttttctacttc 15271967  T
Q  307 taagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcactt 406  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15271968 taagcggctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcactt 15272067  T
Q  407 ctttgacttgtattcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15272068 ctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgt 15272167  T
Q  507 ctagtccgtactcaatcattaatcgggtccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15272168 ctagtccgtactcaatcattaatcggctccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgga 15272267  T
Q  607 atttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctagaaaaacattggctaaagca 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15272268 atttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctggaaaaacattggctaaagca 15272367  T
Q  707 cctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccatcccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttct 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15272368 cctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccat-ccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttct 15272466  T
Q  807 gacctcatccttgtagtaaagcacaacccaaattaaactgattgat-atgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtc- 904  Q
    || ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15272467 ga-ctcat-cttgtagtaaagcacaa-ccaaataaaattgattgataatgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtct 15272563  T
Q  905 tatatgtggtgtcaaagaata-tacatct-caaattgttggtaagctaattctgatctagcatcaaccc 971  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  15272564 tatatgtggtgtcaaaagatattacatctccaaattgttggtaagctaatcttgatctagcatcaaccc 15272632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 774; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 40875357 - 40874393
Alignment:
Q  7 cacaatatccccaaaaa-ctcatataattgacatccacattttgaaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagtta 105  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40875357 cacaatatccccaaaaaactcatataattgacatccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagtta 40875258  T
Q  106 ctggaaacttgatagacatagttatgtccatctttgctaatcttcnnnnnnnaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgt 205  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40875257 ctggaaacttgatcgacatagttatgtccatctttgctaatcttctttttttaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgt 40875158  T
Q  206 ttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgnnnnnnnatgcctactttcataatcctctcttttttctactt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40875157 ttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgtttttt-atgcctactttcataatcctctcttttttctactt 40875059  T
Q  306 ttaagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcact 405  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40875058 ctaagcggctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgttgatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcact 40874959  T
Q  406 tctttgacttgtattcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttg 505  Q
    |||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40874958 tctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttg 40874859  T
Q  506 tctagtccgtactcaatcattaatcgggtccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgg 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40874858 tctagtccgtactcaatcattaatcggctccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgg 40874759  T
Q  606 aatttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctagaaaaacattggctaaagc 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40874758 aatttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctggaaaaacattggctaaagc 40874659  T
Q  706 acctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccatcccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttc 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40874658 acctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccat-ccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttc 40874560  T
Q  806 tgacctcatccttgtagtaaagcacaacccaaattaaactgattgat-atgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtc 904  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40874559 tga-ctcat-cttgtagtaaagcacaa-ccaaataaaattgattgataatgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtc 40874463  T
Q  905 -tatatgtggtgtcaaagaata-tacatct-caaattgttggtaagctaattctgatctagcatcaaccc 971  Q
     ||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  40874462 ttatatgtggtgtcaaaagatattacatctccaaattgttggtaagctaatcttgatctagcatcaaccc 40874393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 279 - 504
Target Start/End: Original strand, 5739250 - 5739476
Alignment:
Q  279 tttcataatcctctcttttttctacttttaagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaaga 378  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  5739250 tttcataatcctctcttttttctgcctgtaagcggctatcaagagccttttcaaattttaatacaaattcttgcaatgttgttgaagcatttacaaaaga 5739349  T
Q  379 atc-aaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaatttt 477  Q
    ||| |||||| | ||| | ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||           |||||||||||||| |||||| | |||||||| ||  |    
T  5739350 atcaaaaaaatgaattaaagctttcacttctttgaattgcattcattccagcaaaaaaatcacttctattataaaccggtatcaatgattctctgatact 5739449  T
Q  478 atataacccttgaagccattcattgtt 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  5739450 atataacccttgaagccattcattgtt 5739476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 279 - 504
Target Start/End: Original strand, 5776362 - 5776588
Alignment:
Q  279 tttcataatcctctcttttttctacttttaagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaaga 378  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  5776362 tttcataatcctctcttttttctgcctgtaagcggctatcaagagccttttcaaattttaatacaaattcttgcaatgttgttgaagcatttacaaaaga 5776461  T
Q  379 atc-aaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaatttt 477  Q
    ||| |||||| | ||| | ||| |||||||||||| ||| |||||| ||||           |||||||||||||| |||||| | |||||||| ||  |    
T  5776462 atcaaaaaaatgaattaaagctttcacttctttgaattgcattcattccagcaaaaaaatcacttctattataaaccggtatcaatgattctctgatact 5776561  T
Q  478 atataacccttgaagccattcattgtt 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  5776562 atataacccttgaagccattcattgtt 5776588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 371 - 428
Target Start/End: Original strand, 7775387 - 7775444
Alignment:
Q  371 acaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccag 428  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | || ||||||||||    
T  7775387 acaaacgaatcaaaaaaagcattaatgctctcacttctttgtgtagtgttcatcccag 7775444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 971
Target Start/End: Original strand, 13222841 - 13223804
Alignment:
Q  7 cacaatatccccaaaaactcatataattgacatccacattttgaaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13222841 cacaatatccccaaaaactcatataattgacatccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttac 13222940  T
Q  107 tggaaacttgatagacatagttatgtccatctttgctaatcttcnnnnnnnaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13222941 tggaaacttgatagacatagttatgtccatctttgctaatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtt 13223040  T
Q  207 tctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgnnnnnnnatgcctactttcataatcctctcttttttctacttt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13223041 tctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgtttttt-atgcctactttcataatcctctcttttttctacttc 13223139  T
Q  307 taagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcactt 406  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13223140 taagcggctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcactt 13223239  T
Q  407 ctttgacttgtattcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13223240 ctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgt 13223339  T
Q  507 ctagtccgtactcaatcattaatcgggtccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13223340 ctagtccgtactcaatcattaatcggctctagttttcttcaaaactttctatacttggtgaaacattaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtgga 13223439  T
Q  607 atttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctagaaaaacattggctaaagca 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13223440 atttttatgataaacatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagaagaggcgatgtctagtttctggaaaaacattggctaaagca 13223539  T
Q  707 cctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccatcccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttct 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13223540 cctttcatagccaaatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccat-ccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttct 13223638  T
Q  807 gacctcatccttgtagtaaagcacaacccaaattaaactgattgat-atgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtc- 904  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  13223639 ga-ctcat-cttgtagtaaaacacaa-ccaaataaaattgattgataatgattattcaatccaacaaacagggcaaatggcatactatacttgttagtct 13223735  T
Q  905 tatatgtggtgtcaaagaata-tacatct-caaattgttggtaagctaattctgatctagcatcaaccc 971  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||    
T  13223736 tatatgtggtgtcaaaagatattacatctccaaattgttggtaagctaatcttgatttagcatcaaccc 13223804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 971
Target Start/End: Complemental strand, 11327073 - 11326223
Alignment:
Q  120 gacatagttatgtccatctttgctaatcttcnnnnnnnaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaata 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11327073 gacatagttatgtccatctttgctaatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaata 11326974  T
Q  220 gacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgnnnnnnnatgcctactttcataatcctctcttttttctacttttaagcagctatca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  11326973 gacgcagcatgctcctcaagttttgaccctgtagccaaaatgcgtttttt-atgcctactttcataatcctctcttttttctacttctaagcggctatca 11326875  T
Q  320 accgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326874 accgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtat 11326775  T
Q  420 tcatcccagtnnnnnnncagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgtctagtccgtactc 519  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326774 tcatcccagcaaaaaaacagcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgtctagtccgtactc 11326675  T
Q  520 aatcattaatcgggtccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtggaatttttatgataa 619  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326674 aatcattaatcggctccagtcttcttcaaaactttctatacttggtgaaacatgaatgcattttttcaattctcgcttgaaagtggaatttttatgataa 11326575  T
Q  620 acatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctagaaaaacattggctaaagcacctttcatagcca 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326574 acatgagctaacttttcagcaaattttttcctaatatgccataagcagaggcgatgtctagtttctggaaaaacattggctaaagcacctttcatagcca 11326475  T
Q  720 aatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccatcccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttctgacctcatccttg 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  11326474 aatcctggtcagttatgacagatttgggctttttaccat-ccattgccttaagaaaagtttcaaacaaccatataaacgagcgttctga-ctcat-cttg 11326378  T
Q  820 tagtaaagcacaacccaaattaaactgattgat-atgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtc-tatatgtggtgtc 917  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11326377 tagtaaagcacaa-ccaaataaaattgattgataatgattattcaatccaacaaacggggcaaatggcatactatacttgttagtcttatatgtggtgtc 11326279  T
Q  918 aaagaata-tacatct-caaattgttggtaagctaattctgatctagcatcaaccc 971  Q
    |||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  11326278 aaaagatattacatctccaaattgttggtaagctaatcttgatctagcatcaaccc 11326223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 276 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 17537603 - 17537529
Alignment:
Q  276 tactttcataatcctctcttttttctacttttaagcagctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattctt 350  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  17537603 tactttcacaatcctctcttttttctgcctctaagcggctatcaagcgctttttcaaattgtaacacaaattctt 17537529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 439 - 554
Target Start/End: Original strand, 46186354 - 46186469
Alignment:
Q  439 gcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgttgtctagtccgtactcaatcattaatcgggtccag 538  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |  || | |  ||||||||| || || ||| ||||     
T  46186354 gcttctattataaattggtatccatgattctctaatcttgtataacccttgaagccatacattttcctccaatatgtactcaattatcaagcggttccac 46186453  T
Q  539 tcttcttcaaaacttt 554  Q
    ||||||||||||||||    
T  46186454 tcttcttcaaaacttt 46186469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 23899244 - 23899180
Alignment:
Q  440 cttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgtt 504  Q
    |||||||||||||| |||||| | |||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23899244 cttctattataaaccggtatcaatgattctctgatactatataacctttgaagccattcattgtt 23899180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 52410386 - 52410271
Alignment:
Q  313 gctatcaaccgccttttcaaatttcaacacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttga 412  Q
    |||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| | | | || || | ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  52410386 gctatccactgccttttcaaatttcactacaaaatcttgtagtatagttgacgaattaacaaatgaatcaaaaaaagcattaatgctctcacttctttgt 52410287  T
Q  413 cttgtattcatcccag 428  Q
     | || ||||||||||    
T  52410286 gtagtgttcatcccag 52410271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University